genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28702824--28702928	51	2.1	51	98	0	201	34	0	19	46	1.50
28705068--28705115	14	3.4	14	77	5	60	47	27	0	25	1.52
28705047--28705115	29	2.4	29	87	4	95	49	28	0	21	1.50
28705076--28705117	22	1.9	22	85	0	57	50	23	0	26	1.50
28705351--28705520	84	2.0	84	90	0	268	32	17	19	30	1.94
28705452--28705643	101	1.9	101	86	0	276	29	16	19	34	1.94
28705567--28705792	124	1.8	124	83	1	301	34	15	15	34	1.89
28705567--28705807	123	2.0	124	82	4	299	34	15	15	34	1.89
28709979--28710009	15	2.1	15	100	0	62	25	6	12	54	1.62
28710293--28710417	43	2.9	43	83	1	144	29	18	24	28	1.98
28710310--28710435	43	2.9	43	83	1	144	31	19	22	26	1.97
28714898--28714926	14	2.1	14	100	0	58	31	34	0	34	1.58
28719371--28719435	33	2.0	33	81	0	76	35	4	38	21	1.74
28719922--28719960	5	7.2	5	86	13	51	74	0	0	25	0.82
28719924--28719960	17	2.1	18	90	5	58	75	0	0	24	0.80
28724829--28724885	27	2.1	27	84	9	73	33	24	24	17	1.96
28725076--28725135	26	2.3	26	85	0	75	25	15	21	38	1.92
28725493--28725819	170	1.9	172	87	2	480	34	23	12	29	1.91
28730728--28730763	17	2.1	17	94	0	63	75	0	0	25	0.81
28730703--28730763	23	2.8	22	78	7	70	68	1	3	26	1.14
28735767--28735862	28	3.2	28	68	13	66	29	23	21	25	1.99
28736194--28736306	26	4.3	25	81	9	93	24	13	19	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28736232--28736306	26	2.9	26	90	4	107	25	13	18	42	1.87
28737163--28737209	23	2.1	21	84	7	58	74	8	8	8	1.22
28743090--28743165	33	2.5	28	75	18	80	31	21	21	26	1.98
28743555--28743667	26	4.3	26	85	4	138	23	14	22	39	1.90
28746196--28746426	40	5.8	40	84	5	229	24	27	22	25	2.00
28746203--28746426	39	5.7	40	84	6	244	24	27	22	25	2.00
28746203--28746426	79	2.8	80	81	8	242	24	27	22	25	2.00
28751112--28751179	35	1.9	35	96	0	127	33	5	11	48	1.64
28751305--28751941	59	10.8	59	89	1	857	43	4	5	45	1.48
28751336--28751891	32	18.8	31	63	18	154	43	4	5	46	1.47
28751538--28751575	19	2.0	20	89	5	60	52	5	0	42	1.24
28751656--28751693	19	2.0	20	89	5	60	47	5	7	39	1.55
28754174--28754224	24	2.2	24	96	3	95	0	11	17	70	1.16
28754341--28754468	25	5.1	25	81	3	150	27	17	35	19	1.94
28754986--28755012	7	3.9	7	100	0	54	11	14	14	59	1.62
28767177--28767356	39	4.6	39	89	1	254	44	22	1	31	1.63
28767261--28767327	17	3.7	17	70	25	57	46	22	0	31	1.52
28769159--28769372	71	3.0	70	76	10	227	34	20	21	23	1.97
28769759--28769975	105	2.1	105	87	0	317	42	17	7	32	1.77
28769913--28769957	18	2.6	17	76	16	56	46	15	0	37	1.46
28769974--28770066	23	4.1	23	77	1	89	36	17	12	33	1.88
28770937--28770977	20	2.0	20	85	9	55	2	21	0	75	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28777710--28777784	38	2.0	38	89	0	114	49	12	8	30	1.68
28787915--28787976	23	2.7	24	76	20	69	67	6	8	17	1.37
28788564--28788606	22	1.9	23	90	4	70	46	11	4	37	1.61
28788598--28788651	19	2.8	19	100	0	108	35	16	11	37	1.84
28789325--28789415	37	2.4	38	83	1	112	16	13	38	31	1.87
28795700--28795807	27	4.0	27	85	2	144	24	34	2	38	1.70
28795783--28795992	93	2.3	93	85	0	285	23	29	10	36	1.89
28797643--28797712	22	3.0	23	73	24	67	34	0	8	57	1.29
28798669--28798738	36	1.9	36	85	8	97	37	0	4	58	1.18
28798669--28798740	37	1.9	36	83	10	92	37	0	4	58	1.18
28808544--28808630	39	2.3	39	84	5	108	32	13	14	39	1.86
28808646--28808689	23	1.9	23	85	0	61	22	29	6	40	1.80
28813167--28813233	23	2.9	23	97	0	125	20	31	4	43	1.72
28817983--28818166	51	3.6	51	81	3	176	32	25	15	27	1.95
28821222--28821320	23	4.3	23	88	0	153	22	20	27	30	1.98
28821222--28821320	46	2.2	46	92	0	171	22	20	27	30	1.98
28822500--28822638	49	2.8	49	94	0	233	25	15	28	31	1.95
28823616--28823745	62	2.1	63	85	7	176	26	34	17	20	1.95
28827031--28827066	18	2.0	18	88	0	54	41	11	11	36	1.76
28827975--28828181	42	4.9	42	87	1	272	32	21	20	25	1.97
28828583--28828651	21	3.3	21	87	0	93	5	43	17	33	1.73
28831106--28831148	22	2.0	22	90	0	68	9	13	27	48	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28831238--28831573	42	8.0	42	87	3	446	32	21	21	25	1.98
28831239--28831573	85	4.0	84	87	5	446	31	21	21	25	1.98
28832005--28832118	33	3.5	33	83	0	147	2	37	18	41	1.65
28831993--28832098	12	9.3	12	69	15	64	3	36	17	41	1.68
28837660--28837981	9	35.9	9	73	10	214	32	4	15	48	1.63
28837656--28837752	25	3.8	25	69	15	72	29	6	20	43	1.76
28837767--28837983	27	7.7	27	82	9	236	33	2	12	52	1.52
28839387--28839434	23	2.1	22	88	7	69	37	16	16	29	1.91
28839393--28839435	23	1.9	22	95	4	77	34	16	16	32	1.91
28843009--28843139	63	2.1	63	100	0	262	29	16	19	34	1.94
28845840--28846303	9	52.7	9	82	4	554	33	0	17	48	1.51
28846298--28846395	29	3.3	29	68	25	87	31	3	12	53	1.54
28846312--28846429	31	3.9	29	68	10	76	34	2	11	51	1.51
28846488--28846521	17	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
28848008--28848792	334	2.4	333	79	6	797	34	16	18	31	1.93
28848892--28849059	83	2.0	83	100	0	336	28	22	19	29	1.98
28850793--28851028	112	2.1	113	84	3	298	27	25	23	24	2.00
28853228--28853261	17	1.9	18	94	5	61	41	11	0	47	1.40
28856490--28856531	21	2.0	21	85	0	57	71	4	4	19	1.22
28861847--28861897	25	2.1	24	82	13	61	39	3	11	45	1.59
28868970--28868994	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
28869175--28869224	22	2.3	22	89	0	73	40	14	10	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28870514--28871186	92	7.3	92	92	1	1098	44	15	5	33	1.71
28870514--28871186	367	1.8	368	93	0	1168	44	15	5	33	1.71
28874947--28875023	19	3.8	19	81	11	91	41	9	15	33	1.79
28875840--28875956	24	5.0	24	73	12	100	33	5	5	55	1.46
28875835--28875998	68	2.4	69	80	8	183	34	4	5	55	1.44
28876069--28876113	23	2.0	23	90	0	72	31	6	4	57	1.44
28877602--28877636	16	2.2	16	89	0	52	17	17	22	42	1.88
28884656--28885848	397	3.0	396	97	0	2221	26	15	19	38	1.91
28886699--28886733	11	3.1	11	88	8	52	74	0	20	5	1.02
28886699--28886736	12	3.2	12	92	3	60	73	0	21	5	1.02
28888286--28888310	12	2.1	12	100	0	50	24	32	8	36	1.84
28889065--28890027	253	3.8	255	88	3	1341	28	21	25	24	1.99
28889281--28890027	132	5.8	132	86	5	1013	28	21	25	24	1.99
28890049--28890227	50	3.6	50	93	1	288	35	21	14	29	1.93
28890047--28890257	50	4.2	50	90	3	273	36	20	15	27	1.93
28890656--28890709	19	2.8	19	97	0	99	38	11	16	33	1.84
28890656--28890732	19	3.7	22	87	6	76	38	9	16	35	1.81
28891553--28891802	24	10.7	24	69	15	139	33	6	4	56	1.45
28891506--28891792	69	4.1	67	74	12	197	33	6	4	55	1.47
28891851--28891895	23	2.0	23	90	0	72	31	6	4	57	1.44
28903647--28903796	75	2.0	76	82	8	182	55	9	6	29	1.55
28904001--28904179	33	5.4	32	80	5	137	25	12	44	17	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28904011--28904171	66	2.4	66	78	2	171	26	12	44	16	1.83
28915163--28915308	67	2.3	61	78	12	159	54	19	1	24	1.52
28915052--28915240	105	1.8	102	85	10	267	55	16	1	27	1.48
28918001--28918061	25	2.6	24	71	7	63	47	9	9	32	1.70
28919394--28919480	31	2.8	31	86	5	106	27	12	14	44	1.82
28922218--28922386	27	6.2	27	88	2	232	42	18	19	19	1.89
28922218--28922386	81	2.1	82	89	3	261	42	18	19	19	1.89
28928195--28928226	17	1.9	17	93	6	57	0	28	0	71	0.86
28929628--28929764	32	4.3	32	85	3	177	40	22	18	18	1.92
28929913--28929987	24	3.1	24	82	0	87	52	20	2	25	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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