genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10146876--10147041	66	2.5	66	83	3	192	13	28	18	40	1.88
10152240--10152540	9	36.0	9	64	19	116	30	2	19	47	1.62
10152262--10152540	16	17.8	16	67	16	95	31	2	18	47	1.61
10152300--10152451	25	6.1	25	76	6	121	34	1	19	44	1.62
10152267--10152540	41	7.0	41	77	13	245	31	2	18	47	1.61
10152298--10152446	75	2.0	74	92	5	246	34	2	18	45	1.61
10152543--10152820	121	2.3	121	94	1	495	44	6	9	39	1.62
10152855--10152943	18	4.8	18	79	14	101	41	0	12	46	1.41
10152857--10152961	31	3.5	31	71	21	100	42	0	13	43	1.43
10152984--10153075	13	6.9	13	71	18	73	42	3	8	45	1.51
10152969--10153092	40	3.1	39	85	5	151	40	3	10	45	1.54
10156657--10156749	7	12.9	7	78	10	80	34	46	0	19	1.50
10156657--10156749	15	6.4	14	80	9	80	34	46	0	19	1.50
10156657--10156746	22	4.1	21	81	8	99	33	47	0	18	1.49
10157422--10157466	19	2.3	20	88	3	65	15	2	2	80	0.92
10157849--10157889	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
10158797--10159034	41	5.8	41	86	1	316	32	26	21	19	1.97
10158797--10159030	123	1.9	122	89	2	362	32	26	20	19	1.97
10159090--10159183	40	2.3	39	83	7	116	22	24	20	32	1.97
10159338--10159376	19	2.1	19	85	9	53	53	0	2	43	1.14
10160440--10160495	22	2.5	22	83	11	78	66	8	7	17	1.42
10160486--10160510	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10164120--10164149	5	5.8	5	96	4	51	36	20	0	43	1.52
10168667--10168710	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
10171281--10171680	90	4.4	90	90	5	640	50	10	9	30	1.67
10171276--10171667	186	2.1	187	92	3	659	50	9	9	30	1.67
10171984--10172035	17	3.1	17	94	0	86	38	7	1	51	1.42
10172599--10172628	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
10173371--10173461	44	2.1	44	89	0	137	52	6	7	32	1.56
10187985--10188010	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
10188485--10188662	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
10188486--10188641	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	29	1.96
10188482--10188662	82	2.2	81	82	2	220	26	15	28	29	1.96
10196657--10196830	27	6.4	27	82	4	188	26	14	28	31	1.95
10196650--10196830	82	2.2	81	81	2	211	26	14	28	30	1.95
10216405--10216451	21	2.2	20	78	10	58	12	14	31	40	1.84
10229322--10229408	26	3.3	26	77	3	95	42	24	17	16	1.88
10229322--10229421	52	1.9	52	87	4	148	43	24	17	16	1.88
10229626--10229889	27	9.8	27	74	11	184	23	16	20	39	1.92
10229625--10229897	54	5.1	53	81	5	289	23	16	21	38	1.92
10229626--10229890	81	3.3	81	83	3	302	23	16	20	39	1.92
10229855--10229965	27	4.1	27	73	6	82	18	17	20	43	1.88
10232615--10232807	50	3.9	50	85	1	244	21	30	20	27	1.98
10236562--10236804	50	4.8	50	84	2	317	20	31	21	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10237142--10237198	29	1.9	29	85	3	78	28	22	10	38	1.87
10238971--10239327	27	13.2	27	78	6	301	39	19	16	24	1.92
10238971--10239317	81	4.3	81	78	5	344	39	20	15	24	1.92
10238971--10239327	54	6.6	54	78	3	342	39	19	16	24	1.92
10239454--10239511	27	2.2	26	87	9	82	18	25	22	32	1.97
10243814--10245062	623	2.0	623	100	0	2498	37	18	19	25	1.94
10259640--10259748	27	4.1	27	78	4	105	18	13	20	47	1.82
10264676--10264735	19	3.2	19	75	11	61	13	10	6	70	1.34
10265960--10266002	17	2.4	18	92	3	70	16	4	4	74	1.16
10269191--10269268	41	1.9	41	89	5	122	25	23	21	29	1.99
10270910--10271206	43	6.9	43	87	2	382	26	28	18	25	1.98
10271295--10271328	16	2.1	16	94	0	59	64	0	0	35	0.94
10271283--10271324	22	1.9	22	85	9	59	69	0	0	30	0.89
10272680--10272792	40	2.8	41	76	4	106	38	18	21	22	1.94
10272852--10273128	41	6.8	41	82	2	324	19	19	27	33	1.96
10272853--10273128	82	3.4	82	83	2	358	19	19	27	33	1.96
10276931--10278062	96	11.8	94	85	10	1454	32	8	29	29	1.86
10276931--10278062	47	23.6	47	86	8	1536	32	8	29	29	1.86
10277064--10277102	19	2.1	19	100	0	78	30	0	35	33	1.58
10277015--10277151	68	2.0	68	100	0	274	32	5	30	31	1.81
10276968--10277198	115	2.0	114	94	3	401	32	6	29	30	1.84
10277083--10278062	143	6.9	141	91	4	1548	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10280194--10280268	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
10280322--10280503	40	4.6	40	90	0	285	24	21	27	25	2.00
10280408--10280599	96	2.0	96	96	0	357	26	22	25	26	2.00
10280381--10280636	136	1.9	136	88	1	388	26	21	25	27	1.99
10280341--10280667	176	1.9	176	93	0	564	25	20	26	27	1.99
10280517--10280685	40	4.2	40	87	0	239	25	20	27	26	1.99
10284276--10285324	47	21.6	49	85	8	1318	32	8	29	29	1.86
10284276--10285324	96	10.8	96	85	9	1317	32	8	29	29	1.86
10284411--10284449	19	2.1	19	95	0	69	28	0	38	33	1.57
10284362--10284498	68	2.0	68	97	0	256	31	5	32	31	1.79
10284315--10284545	115	2.0	114	92	3	383	32	6	30	30	1.83
10284276--10284592	164	2.0	160	93	2	544	32	7	30	30	1.84
10287012--10287051	15	2.8	14	85	7	53	27	0	22	50	1.50
10287504--10287543	20	2.0	21	90	5	64	27	45	0	27	1.54
10287650--10287698	24	2.0	24	100	0	98	8	22	8	61	1.51
10291735--10291800	35	1.9	34	84	9	89	37	3	1	57	1.23
10291883--10291926	17	2.6	17	85	0	52	47	0	4	47	1.22
10291924--10292055	43	3.1	43	86	3	178	23	15	30	31	1.95
10294713--10294756	22	1.9	24	86	9	65	40	2	36	20	1.65
10295571--10295646	21	3.6	21	87	0	89	31	47	1	19	1.58
10295581--10295633	7	7.6	7	97	0	97	30	52	0	16	1.44
10295622--10295770	66	2.2	69	85	7	207	45	25	1	27	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10296277--10296471	81	2.4	80	84	4	246	29	29	20	20	1.97
10296285--10296472	41	4.6	41	82	4	218	30	29	19	20	1.97
10310970--10311011	12	3.5	12	90	0	66	28	38	23	9	1.86
10314910--10315161	109	2.3	110	84	3	319	28	17	22	32	1.96
10314910--10315232	109	2.9	109	80	4	310	27	17	21	32	1.96
10318486--10318517	15	2.1	15	94	0	55	71	6	3	18	1.20
10320569--10320614	6	7.5	6	84	15	51	78	0	6	15	0.95
10329648--10329732	6	14.8	6	84	9	99	21	25	0	52	1.46
10329645--10329752	29	3.9	28	80	13	118	22	22	0	55	1.44
10329648--10329732	24	3.7	23	84	9	111	21	25	0	52	1.46
10329724--10329799	20	3.7	20	72	16	57	31	10	0	57	1.32
10329725--10329813	23	4.1	21	72	15	74	28	11	0	60	1.31
10329805--10329841	19	1.9	19	94	0	65	29	18	0	51	1.47
10329847--10329871	13	1.9	13	100	0	50	20	8	0	72	1.10
10330019--10330061	21	2.0	21	86	8	61	34	6	0	58	1.25
10330286--10330558	27	10.9	26	65	20	106	24	12	0	62	1.32
10330286--10330527	49	5.0	48	86	7	339	24	12	0	62	1.29
10330376--10330424	20	2.4	21	87	12	68	24	8	0	67	1.18
10330293--10330527	96	2.4	95	86	8	332	24	12	0	63	1.28
10330294--10330526	24	9.9	22	67	17	112	24	12	0	63	1.28
10330302--10330582	77	3.8	75	77	16	316	24	12	0	61	1.36
10333930--10334139	113	1.9	110	83	6	271	32	21	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10335867--10336187	41	7.9	41	87	4	427	18	21	28	31	1.97
10337254--10337294	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
10337268--10337315	21	2.3	20	79	10	51	22	0	41	35	1.54
10338024--10338067	22	2.0	22	82	8	54	27	40	4	27	1.75
10338264--10338289	9	2.9	9	100	0	52	34	11	30	23	1.90
10338377--10338422	19	2.4	19	85	3	56	21	0	6	71	1.08
10340731--10340918	43	4.4	43	91	0	277	23	17	30	28	1.97
10343230--10343293	26	2.5	26	97	0	119	20	29	26	23	1.99
10346316--10346344	14	2.1	14	100	0	58	51	6	0	41	1.28
10350766--10351106	47	7.2	47	92	2	547	31	9	30	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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