genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11176765--11176814	20	2.5	19	77	6	55	30	0	18	52	1.46
11179871--11180062	58	3.3	57	79	7	181	23	15	12	48	1.79
11179871--11180038	58	2.9	58	81	7	198	23	16	12	48	1.80
11180210--11180279	31	2.2	32	89	2	106	20	15	15	48	1.81
11196342--11196391	20	2.5	19	77	6	55	30	0	18	52	1.46
11199478--11199623	58	2.5	57	80	9	161	21	14	13	50	1.76
11200140--11200305	57	2.9	55	79	8	172	47	12	16	23	1.80
11204758--11204800	14	2.9	15	79	10	52	41	0	16	41	1.48
11208206--11208245	18	2.1	18	86	9	53	35	0	0	65	0.93
11208829--11208863	16	2.2	16	90	10	54	51	0	2	45	1.16
11210139--11210163	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
11210335--11210424	42	2.2	41	80	7	94	18	27	28	24	1.98
11221350--11221413	32	2.0	31	96	3	119	31	17	18	32	1.94
11222549--11222682	41	3.3	41	90	1	216	24	28	17	29	1.98
11222851--11222946	41	2.3	41	96	0	174	22	26	20	30	1.99
11238924--11238987	27	2.4	28	79	12	71	76	4	4	14	1.11
11239020--11239061	4	10.8	4	80	14	52	71	0	4	23	1.05
11245977--11246024	2	24.0	2	95	0	87	50	2	47	0	1.12
11251342--11251375	6	5.7	6	96	0	59	20	17	26	35	1.95
11251336--11251375	18	2.2	18	86	0	53	22	17	22	37	1.94
11259910--11259972	31	2.0	33	84	6	85	41	14	11	33	1.81
11261510--11261577	29	2.4	29	77	20	72	52	2	1	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11261546--11261602	20	2.8	19	84	7	60	47	3	0	49	1.18
11263788--11263922	38	3.5	39	88	6	188	31	31	19	18	1.96
11263812--11263944	38	3.4	38	87	8	178	31	32	18	17	1.94
11268246--11268304	22	2.7	22	78	7	66	25	3	42	28	1.71
11268334--11268604	147	1.9	142	90	5	427	30	13	14	40	1.85
11269095--11269271	89	2.0	89	90	0	282	43	29	0	25	1.59
11269127--11269302	89	2.0	88	83	4	219	45	27	1	26	1.61
11269252--11269347	43	2.3	41	82	8	106	39	38	1	20	1.60
11269364--11269397	15	2.3	15	95	5	61	35	26	0	38	1.57
11269803--11269996	41	4.7	41	90	1	264	28	23	22	25	1.99
11270033--11270185	40	3.8	38	73	11	119	25	19	20	33	1.96
11270033--11270167	40	3.4	39	77	7	137	23	19	20	36	1.95
11272624--11272755	50	2.6	51	81	2	158	19	30	24	25	1.98
11273090--11273149	29	2.0	30	83	3	77	33	21	10	35	1.87
11275461--11275501	22	1.9	22	90	5	66	34	0	0	65	0.93
11275467--11275515	21	2.3	22	80	16	59	36	2	0	61	1.08
11276424--11276459	13	2.5	15	86	13	58	55	2	0	41	1.14
11283908--11283981	31	2.4	31	83	0	94	45	4	0	50	1.20
11287007--11287039	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
11294570--11294630	3	20.7	3	86	6	81	32	1	1	63	1.13
11296506--11296558	27	2.0	27	96	3	99	66	7	0	26	1.18
11302492--11302559	31	2.3	31	77	7	79	29	13	17	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11321289--11321339	26	1.9	26	84	4	66	60	1	11	25	1.41
11321530--11321554	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
11321842--11321889	24	2.0	24	88	4	71	6	6	16	70	1.28
11321842--11321893	21	2.4	22	84	12	63	7	5	15	71	1.29
11322998--11323194	98	2.0	99	84	3	254	29	11	16	42	1.83
11327626--11327665	15	2.7	15	92	0	62	30	7	17	45	1.76
11341753--11341823	21	3.4	21	76	0	70	15	25	18	40	1.89
11341695--11341819	42	3.0	42	81	6	137	17	22	16	43	1.88
11349304--11349438	42	3.2	42	86	4	166	17	22	17	42	1.88
11349364--11349446	21	4.0	21	75	0	76	13	22	21	42	1.88
11350442--11350541	42	2.4	42	81	3	112	17	33	30	20	1.95
11353004--11353054	16	3.1	16	73	13	50	31	0	13	54	1.39
11362900--11362951	25	2.1	24	82	3	59	19	3	25	51	1.63
11367655--11367737	24	3.4	24	76	6	69	33	16	27	21	1.95
11370140--11370247	20	5.4	19	69	8	81	33	18	25	23	1.97
11370145--11370330	40	4.7	40	85	2	239	34	17	25	22	1.96
11370269--11370330	20	3.1	20	69	4	54	32	17	25	24	1.97
11377855--11378685	414	2.0	414	100	0	1662	30	16	19	34	1.93
11398398--11398450	18	2.9	18	80	2	61	41	45	1	11	1.51
11398554--11398602	9	5.4	9	87	0	71	26	12	20	40	1.87
11399279--11399321	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
11399430--11399496	9	7.4	9	91	0	98	23	7	23	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11400064--11400102	5	8.0	5	82	5	53	0	23	0	76	0.78
11400063--11400139	14	5.1	14	72	19	57	2	24	1	71	1.06
11408673--11408790	59	2.0	59	96	0	218	42	16	7	33	1.77
11422558--11422611	25	2.2	25	100	0	108	42	16	18	22	1.89
11435390--11435462	26	2.9	26	85	4	96	53	9	0	36	1.34
11435359--11435457	50	1.9	51	84	11	132	52	8	0	39	1.31
11435643--11435679	11	3.5	11	88	7	58	70	0	29	0	0.88
11435706--11435744	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
11435817--11435842	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
11436004--11436103	36	3.1	36	68	27	112	37	0	12	51	1.39
11436027--11436079	26	2.0	26	96	0	97	43	0	7	49	1.31
11436085--11436115	12	2.6	12	94	0	53	19	0	19	61	1.35
11438818--11438968	27	5.4	29	69	22	74	0	31	0	68	0.89
11438848--11439042	40	4.8	41	75	18	178	0	32	0	67	0.91
11438852--11439033	4	45.8	4	72	17	123	0	31	0	68	0.90
11438849--11438954	11	9.7	11	74	15	64	0	29	0	70	0.87
11438852--11439033	45	4.1	45	77	13	146	0	31	0	68	0.90
11438944--11439036	18	5.1	17	68	23	55	0	35	0	64	0.94
11438861--11439036	74	2.3	74	83	10	185	0	32	0	67	0.91
11439077--11439152	27	2.8	27	89	0	116	14	27	28	28	1.95
11439198--11439269	26	2.7	27	95	4	128	48	0	9	41	1.36
11440744--11440800	19	3.2	19	82	9	66	33	0	1	64	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11451165--11451190	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
11456944--11456982	14	2.9	13	85	7	51	71	0	0	28	0.86
11461021--11461063	23	2.0	21	81	9	50	37	2	2	58	1.24
11462113--11462138	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
11465456--11465501	17	2.6	17	80	19	58	50	0	0	50	1.00
11465547--11465612	30	2.2	29	86	7	89	56	9	1	33	1.40
11476001--11476043	20	2.2	20	91	0	68	34	16	6	41	1.75
11477193--11477259	9	7.4	9	96	0	107	40	23	10	25	1.86
11477258--11477332	37	2.0	37	89	0	114	44	16	5	34	1.70
11477458--11477564	39	2.8	38	92	2	178	17	1	27	53	1.54
11477555--11477592	17	2.2	18	95	4	69	15	0	42	42	1.47
11480025--11480297	36	7.0	36	77	15	276	36	14	20	28	1.92
11479989--11480367	82	4.6	82	85	6	502	35	14	20	29	1.92
11480107--11480343	118	2.0	118	94	0	420	36	14	21	27	1.93
11480261--11480386	46	2.8	46	91	3	195	32	15	23	27	1.95
11482239--11482274	16	2.2	16	100	0	72	38	5	33	22	1.77
11482254--11482350	44	2.2	44	88	5	142	30	5	29	34	1.79
11482505--11482541	16	2.2	17	86	13	51	59	0	0	40	0.97
11482498--11482537	14	2.9	15	82	14	50	52	0	0	47	1.00
11482525--11482744	102	2.2	102	96	0	404	51	3	1	43	1.27
11482685--11482876	59	3.3	59	69	24	156	54	3	1	41	1.23
11482627--11482935	117	2.6	119	95	2	543	51	4	1	42	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11482755--11482932	56	3.1	56	67	21	159	51	4	1	42	1.32
11482910--11482950	21	2.0	21	100	0	82	56	9	0	34	1.32
11487191--11487246	21	2.7	21	88	0	85	25	7	37	30	1.82
11487460--11487515	15	4.0	15	73	17	57	55	0	0	44	0.99
11487470--11487532	26	2.5	25	82	10	83	58	1	0	39	1.07
11487465--11487663	59	3.3	59	71	14	201	54	3	1	40	1.27
11487443--11487682	120	2.0	120	97	0	453	51	4	2	42	1.33
11500374--11500453	23	3.5	23	71	17	76	55	0	1	43	1.08
11500392--11500422	10	3.0	10	95	4	53	48	0	0	51	1.00
11500683--11500721	17	2.3	17	90	0	60	53	7	2	35	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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