genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57161246--57161281	18	1.9	19	88	5	56	36	0	8	55	1.30
57161240--57161333	19	5.0	19	74	13	79	31	3	5	59	1.35
57161301--57161344	18	2.5	19	82	14	58	29	2	0	68	1.02
57164974--57165039	6	11.0	6	90	0	105	16	16	18	48	1.82
57172159--57172198	16	2.5	16	95	0	71	35	35	5	25	1.78
57172918--57173008	9	9.7	9	79	9	74	25	6	27	40	1.80
57172924--57172971	20	2.4	20	92	0	78	25	4	27	43	1.72
57172941--57173007	18	3.6	18	87	4	89	22	8	31	37	1.85
57173344--57173407	26	2.6	24	77	18	60	60	4	4	29	1.37
57174915--57174949	19	1.9	17	88	11	52	22	11	0	65	1.24
57176784--57176836	17	2.8	18	80	13	63	62	0	0	37	0.96
57181279--57181574	43	6.9	43	78	3	292	27	24	19	28	1.99
57181290--57181574	86	3.3	86	85	0	329	27	23	19	29	1.98
57181867--57181923	21	2.7	21	86	0	87	1	42	17	38	1.60
57187422--57187831	9	43.9	9	66	17	124	35	1	16	46	1.56
57187422--57187641	47	4.4	47	75	17	201	33	0	19	47	1.53
57187452--57187679	55	4.1	56	80	14	251	33	0	17	47	1.54
57187424--57187676	109	2.4	103	84	8	339	34	0	18	46	1.55
57189403--57189539	63	2.2	63	85	0	175	23	22	29	24	1.99
57192398--57192446	17	2.7	17	84	9	53	32	0	8	59	1.27
57192419--57192459	19	2.2	19	86	8	57	29	2	2	65	1.18
57192527--57192574	18	2.7	18	83	6	53	29	4	0	66	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57192898--57192924	12	2.2	12	100	0	54	22	0	7	70	1.12
57200770--57200819	25	2.0	25	88	7	75	22	32	18	28	1.97
57205269--57205318	25	2.0	25	88	7	75	22	32	18	28	1.97
57206966--57207011	17	2.8	16	74	6	56	32	15	8	43	1.77
57207798--57207878	32	2.5	32	80	11	85	13	38	25	22	1.91
57210202--57210351	27	5.5	27	93	3	237	31	28	13	26	1.94
57210202--57210376	55	3.2	55	90	0	260	32	29	13	25	1.93
57218074--57218221	27	5.6	27	92	4	221	30	29	13	26	1.94
57218074--57218246	54	3.2	54	86	5	226	31	30	13	25	1.93
57218074--57218221	79	1.8	78	88	5	224	30	29	13	26	1.94
57228812--57228893	32	2.6	32	82	5	87	30	12	7	50	1.67
57228830--57228897	16	4.5	15	77	16	70	29	10	7	52	1.62
57228920--57228948	13	2.3	13	94	5	51	41	0	6	51	1.28
57240642--57240959	122	2.6	122	91	3	503	27	14	21	36	1.92
57240943--57240976	16	2.1	17	88	5	52	17	11	5	64	1.45
57240960--57241374	72	5.7	73	93	1	647	30	16	19	34	1.94
57240959--57241374	145	2.9	145	90	2	647	30	16	18	34	1.94
57240973--57241374	217	1.8	218	92	1	682	30	16	19	33	1.94
57241323--57241912	54	11.0	54	91	5	934	28	15	17	38	1.90
57241323--57241912	265	2.2	266	95	2	1051	28	15	17	38	1.90
57242182--57242238	31	1.9	30	85	7	80	31	21	3	43	1.69
57242179--57242252	29	2.5	31	76	12	82	36	17	2	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57242592--57242646	3	17.0	3	89	10	74	63	0	36	0	0.95
57242592--57242650	19	3.2	19	88	9	86	64	0	35	0	0.94
57242704--57242746	18	2.3	18	84	4	50	30	51	16	2	1.57
57242934--57243001	8	7.7	10	76	18	55	77	0	22	0	0.76
57242945--57242990	7	6.0	7	83	16	56	82	0	17	0	0.67
57242933--57242999	17	3.9	18	83	16	97	80	0	19	0	0.71
57242928--57242990	24	2.7	24	85	11	78	80	0	19	0	0.70
57243551--57243593	22	2.0	22	86	8	63	53	16	4	25	1.62
57243589--57243751	17	9.4	17	78	9	159	30	12	10	47	1.74
57243589--57243751	35	4.7	34	79	8	168	30	12	10	47	1.74
57243712--57243840	35	3.4	37	75	13	120	36	9	12	41	1.75
57246638--57246730	18	5.2	18	88	0	132	30	22	13	33	1.93
57249811--57249844	8	4.2	8	100	0	68	50	0	23	26	1.50
57251564--57251998	144	3.0	144	78	7	522	33	16	20	29	1.95
57252917--57253139	111	2.0	111	93	0	383	30	12	11	45	1.77
57262753--57262827	37	2.0	37	100	0	150	34	13	28	24	1.93
57273785--57273833	14	3.3	14	76	15	53	63	2	0	34	1.06
57273785--57273838	16	3.4	17	72	15	51	62	1	0	35	1.06
57273852--57273910	26	2.2	28	84	6	77	62	10	0	27	1.27
57273847--57274113	9	29.3	9	69	16	126	61	4	1	32	1.25
57273949--57274070	44	2.7	45	80	9	126	63	3	0	31	1.16
57275381--57275427	20	2.2	22	85	7	62	72	4	4	19	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57276157--57276455	85	3.5	85	74	6	296	27	19	22	31	1.97
57276218--57276803	44	13.5	44	71	10	204	26	19	21	32	1.97
57276264--57276628	129	2.8	128	81	6	412	26	18	21	33	1.97
57276166--57276714	173	3.2	173	81	4	510	26	19	21	32	1.97
57276437--57276803	174	2.1	174	91	0	599	26	19	21	32	1.97
57276558--57276805	130	1.9	129	85	5	340	25	21	21	31	1.98
57287645--57287707	31	2.0	31	100	0	126	47	20	9	22	1.78
57288900--57288947	17	2.9	17	84	3	62	54	4	8	33	1.50
57289086--57289133	3	15.7	3	82	4	60	62	2	2	33	1.18
57289753--57289799	20	2.2	22	85	7	62	72	4	4	19	1.18
57290333--57290622	9	31.4	9	69	15	148	62	3	1	32	1.22
57290455--57290519	17	3.7	17	76	15	53	64	3	1	30	1.18
57290353--57290622	19	14.7	18	69	17	144	62	3	0	32	1.18
57290508--57290580	10	6.5	11	69	19	53	63	2	0	34	1.09
57290455--57290577	44	2.7	45	79	10	119	64	3	0	31	1.15
57290481--57290622	28	5.1	29	76	12	129	64	2	0	31	1.13
57291172--57291200	13	2.1	14	93	6	51	34	27	10	27	1.89
57291377--57291432	25	2.2	26	78	15	64	32	3	1	62	1.23
57293350--57293980	114	5.6	114	88	4	733	30	18	24	26	1.98
57293985--57294076	17	5.5	17	92	2	152	33	0	10	55	1.35
57293985--57294094	17	6.3	17	68	24	52	33	0	10	56	1.33
57295674--57295713	20	2.0	20	85	9	55	22	40	10	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57297169--57297517	9	40.2	9	71	16	247	46	20	1	31	1.59
57297169--57297517	52	6.5	51	73	14	204	46	20	1	31	1.59
57297173--57297470	79	3.7	79	84	10	356	46	20	1	31	1.58
57297323--57297465	26	5.5	26	80	15	145	46	20	0	31	1.56
57299242--57299281	18	2.2	18	100	0	80	37	0	5	57	1.21
57306597--57306640	23	1.9	23	81	9	54	52	0	4	43	1.22
57307489--57307519	15	2.1	15	100	0	62	32	19	6	41	1.77
57308903--57308973	33	2.1	33	84	5	88	56	1	8	33	1.38
57309031--57309113	39	2.1	39	84	4	105	54	6	7	32	1.52
57309184--57309213	12	2.5	12	94	0	51	43	0	16	40	1.48
57310669--57310752	43	2.0	43	87	0	123	29	26	14	29	1.95
57310695--57310901	115	1.8	115	81	2	263	22	24	19	33	1.97
57311059--57311559	89	5.6	89	85	0	617	23	21	23	30	1.99
57312674--57312776	42	2.5	42	83	0	125	29	24	12	33	1.92
57312858--57312883	8	3.2	8	100	0	52	0	23	0	76	0.78
57312994--57313026	14	2.3	15	89	5	50	24	33	15	27	1.95
57315398--57315502	51	2.0	52	89	5	160	20	16	33	29	1.95
57318053--57318135	39	2.1	39	84	4	105	54	6	7	32	1.52
57318302--57318353	27	1.9	27	84	0	68	50	7	9	32	1.64
57324348--57324384	19	1.9	19	88	0	56	35	5	0	59	1.20
57327810--57327912	39	2.6	39	87	6	145	29	19	22	29	1.98
57327745--57327912	39	4.3	39	76	8	144	29	19	23	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57327746--57327912	79	2.1	78	82	5	194	29	19	23	27	1.98
57327889--57328108	116	1.9	115	83	2	289	28	20	22	29	1.98
57328415--57328595	7	25.7	7	69	7	62	18	2	34	44	1.64
57328534--57328590	22	2.6	21	78	8	60	21	7	36	35	1.80
57328998--57329075	23	3.3	22	69	23	59	15	41	3	39	1.65
57330251--57330345	34	2.9	32	89	7	138	31	16	11	40	1.85
57330481--57330593	28	3.7	29	71	22	86	38	2	8	49	1.48
57330436--57330608	66	2.6	66	89	0	258	36	2	8	52	1.47
57331003--57331518	9	57.9	9	71	14	227	46	16	0	35	1.54
57330996--57331210	54	3.9	54	89	7	292	49	14	0	35	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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