genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19467744--19467778	15	2.3	15	90	0	52	54	0	8	37	1.31
19470332--19470404	10	7.3	10	76	16	62	30	1	2	65	1.15
19470461--19470529	8	8.0	8	73	17	50	33	1	2	62	1.19
19470475--19470540	8	7.5	8	71	18	51	28	1	1	68	1.08
19470444--19470579	46	3.0	44	71	24	120	36	0	2	60	1.14
19470479--19470535	19	3.0	20	80	12	57	33	1	1	63	1.15
19470475--19470549	27	2.7	29	84	10	86	32	1	1	65	1.09
19470501--19470542	9	4.7	9	82	8	50	26	0	0	73	0.83
19470461--19470540	17	4.5	17	74	12	63	31	1	2	65	1.14
19470569--19470627	30	2.0	29	83	6	75	33	3	0	62	1.12
19470592--19470648	19	2.9	19	78	17	55	26	7	3	63	1.36
19470861--19470906	23	2.0	23	83	8	58	45	0	2	52	1.13
19471246--19471284	21	1.9	20	85	15	53	56	2	5	35	1.35
19471817--19471887	29	2.6	26	77	18	72	43	1	1	53	1.18
19471835--19471884	13	3.2	16	70	18	52	48	0	0	52	1.00
19471827--19471884	29	2.0	30	83	10	75	44	1	1	51	1.21
19478782--19478826	16	2.8	16	82	3	54	42	20	6	31	1.77
19482169--19482305	33	4.2	32	72	12	116	27	2	45	24	1.65
19497492--19497522	11	2.8	11	95	0	53	83	3	12	0	0.75
19500073--19500121	24	2.0	24	96	0	89	44	4	4	46	1.41
19502996--19503039	21	2.1	21	91	0	70	31	13	13	40	1.84
19503368--19503398	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19503672--19503774	41	2.5	41	85	0	134	29	17	26	27	1.98
19503996--19504065	35	2.0	36	83	8	90	31	7	21	40	1.80
19504901--19504957	12	5.4	11	72	19	50	59	0	3	36	1.14
19504893--19504966	31	2.4	31	97	2	141	63	0	2	33	1.09
19504974--19504999	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
19504930--19505013	41	2.1	40	91	6	134	65	0	3	30	1.10
19506191--19506233	12	3.6	12	81	6	52	39	18	13	27	1.89
19512589--19512614	6	4.3	6	100	0	52	15	0	15	69	1.20
19513188--19513306	61	2.0	61	94	0	211	47	2	9	41	1.49
19516784--19516809	7	3.7	7	100	0	52	30	0	46	23	1.53
19520803--19520870	17	3.8	17	71	16	57	48	1	5	44	1.36
19520927--19522286	45	30.6	45	76	15	627	25	0	25	48	1.55
19521003--19522308	68	19.6	66	75	14	718	25	0	25	48	1.55
19520927--19522331	23	63.2	23	71	19	750	25	0	25	48	1.55
19521914--19522044	61	2.1	61	87	2	183	23	1	24	50	1.58
19521891--19522055	84	2.0	83	84	1	213	26	1	23	49	1.57
19522021--19522329	22	13.8	22	69	17	183	24	0	25	49	1.53
19521973--19522235	113	2.3	112	88	2	384	24	0	24	49	1.55
19522110--19522308	90	2.2	90	88	0	308	23	0	25	50	1.53
19522364--19522411	25	1.9	25	95	0	87	39	12	0	47	1.41
19523723--19523761	20	2.0	20	85	10	53	53	7	2	35	1.43
19525051--19525081	11	2.8	11	90	0	53	51	6	22	19	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19528075--19528256	25	7.4	25	69	13	81	32	19	27	20	1.97
19528189--19528274	25	3.6	23	71	14	66	29	20	31	18	1.97
19532885--19532922	20	1.9	19	89	5	58	60	0	5	34	1.19
19534668--19534720	27	2.0	27	81	7	63	24	13	5	56	1.58
19535396--19535431	18	2.0	18	94	0	63	27	19	22	30	1.98
19537526--19537612	34	2.5	35	92	3	149	36	8	2	52	1.43
19537670--19537712	18	2.4	18	78	21	54	55	0	4	39	1.20
19537589--19537764	89	2.0	89	86	2	246	44	2	3	48	1.33
19537731--19537769	17	2.3	17	86	0	60	38	2	0	58	1.12
19537949--19538081	9	15.2	9	67	14	55	40	1	1	56	1.18
19537910--19538045	69	2.0	68	94	1	236	43	2	2	51	1.29
19537895--19538063	42	3.9	43	71	16	118	41	1	2	54	1.24
19537828--19538090	17	14.5	17	67	20	108	44	1	2	50	1.25
19538104--19538163	30	2.0	30	83	6	77	53	0	1	45	1.10
19546002--19546052	16	2.8	19	74	17	54	39	3	0	56	1.18
19546012--19546057	16	2.9	16	86	0	56	41	2	0	56	1.11
19554390--19554435	21	2.1	23	84	15	62	19	4	4	71	1.20
19563530--19563568	11	3.5	11	82	0	51	61	0	2	35	1.10
19563525--19563568	22	2.0	21	86	4	61	59	0	4	36	1.18
19563719--19563757	12	3.3	12	82	3	53	64	0	2	33	1.08
19563719--19563763	23	2.0	24	86	8	67	64	0	2	33	1.06
19568128--19568172	21	2.2	20	84	4	54	35	2	4	57	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19570023--19570090	19	3.6	18	73	16	57	55	0	1	42	1.08
19569987--19570090	39	2.7	38	79	10	102	58	1	0	38	1.16
19570006--19570090	10	8.8	9	72	18	64	55	0	1	43	1.07
19570004--19570073	28	2.4	28	81	11	88	54	0	1	44	1.09
19570176--19570280	10	10.9	9	68	18	52	56	0	1	40	1.17
19570177--19570257	20	4.2	20	75	19	82	55	0	1	43	1.07
19570201--19570258	17	3.2	17	80	17	64	56	0	0	43	0.99
19579664--19580217	106	5.1	106	87	5	727	40	14	15	29	1.87
19579675--19580217	219	2.5	215	88	6	778	39	14	15	30	1.87
19581175--19581336	55	3.0	54	90	3	245	24	19	1	54	1.52
19581175--19581336	54	3.0	53	90	5	243	24	19	1	54	1.52
19584347--19584962	107	5.9	102	82	9	615	30	16	15	38	1.89
19584966--19584996	16	1.9	16	93	0	53	0	12	3	83	0.75
19584965--19584998	17	2.0	17	88	0	50	0	14	2	82	0.79
19590486--19590518	16	2.1	16	100	0	66	18	0	12	69	1.18
19590589--19590629	20	2.0	20	85	0	55	21	4	4	68	1.28
19590680--19590710	13	2.3	14	94	5	55	19	0	12	67	1.22
19590695--19590760	19	3.4	19	85	4	87	21	6	6	66	1.35
19590676--19590760	20	4.3	20	81	11	97	21	4	7	67	1.34
19590676--19590760	39	2.2	38	85	8	109	21	4	7	67	1.34
19590989--19591023	16	2.3	15	90	5	52	57	5	0	37	1.23
19591093--19591134	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19591678--19591713	14	2.6	14	90	0	54	66	8	2	22	1.31
19598338--19598406	22	3.1	23	83	8	81	43	15	21	18	1.88
19607198--19607304	43	2.5	43	89	3	153	26	26	17	29	1.98
19612669--19612715	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
19622815--19622915	21	4.8	21	74	4	87	43	18	22	14	1.87
19622818--19622969	42	3.6	41	81	3	169	43	17	22	16	1.88
19622820--19622977	84	1.9	84	85	2	219	44	18	20	16	1.87
19625451--19625527	25	3.1	24	76	12	84	20	28	18	32	1.96
19627728--19627770	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
19627731--19627774	23	1.9	23	90	0	70	31	2	4	61	1.28
19631475--19631610	41	3.3	41	85	2	166	19	21	25	33	1.97
19634924--19635050	63	2.0	63	95	0	227	39	6	15	38	1.73
19644304--19644350	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
19647115--19647368	127	2.0	127	99	0	499	33	16	16	32	1.92
19653847--19653903	31	1.9	30	85	7	80	49	15	7	28	1.71
19656772--19656814	18	2.4	18	100	0	86	41	4	13	39	1.66
19656781--19656825	18	2.4	18	85	7	54	53	4	11	31	1.56
19656854--19656889	18	1.9	18	88	5	54	44	0	2	52	1.15
19664418--19664481	31	2.1	31	88	5	94	37	9	15	37	1.80
19669534--19669584	26	2.0	26	84	7	68	31	3	3	60	1.33
19673193--19673258	34	1.9	34	100	0	132	33	22	3	40	1.69
19673858--19674008	38	3.9	39	73	15	125	74	5	11	8	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19673877--19673917	21	2.0	21	90	0	64	75	4	7	12	1.16
19673874--19673940	32	2.1	30	81	13	73	74	7	5	11	1.20
19673858--19673957	31	3.0	31	74	21	87	76	7	8	9	1.17
19673979--19674013	14	2.5	14	86	13	54	77	0	22	0	0.78
19676048--19676393	128	2.7	128	89	0	539	31	19	24	24	1.98
19678009--19678059	26	2.0	26	84	7	68	31	3	3	60	1.33
19683222--19683256	18	2.1	18	89	10	56	62	5	0	31	1.18
19683558--19683604	19	2.5	19	86	6	60	63	2	0	34	1.06
19689155--19689212	29	2.0	29	89	0	89	36	0	24	39	1.55
19689230--19689296	28	2.4	28	85	7	82	40	23	0	35	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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