genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14141889--14141929	8	4.9	8	88	11	64	2	9	2	85	0.78
14141889--14141929	18	2.4	16	92	8	64	2	9	2	85	0.78
14142875--14142949	23	3.2	22	75	11	60	80	5	5	9	1.03
14142877--14142942	29	2.3	28	82	12	80	78	6	4	10	1.06
14142874--14142930	17	3.5	15	75	17	51	80	5	3	10	0.98
14142906--14142949	19	2.3	19	88	11	63	79	4	9	6	1.04
14142872--14142944	33	2.2	33	80	9	87	78	6	4	10	1.08
14142874--14142959	20	4.7	19	75	16	76	77	6	4	10	1.10
14144140--14144225	9	10.2	8	67	18	50	74	1	5	18	1.08
14144161--14144228	22	3.4	19	77	18	66	72	0	5	22	1.06
14144141--14144222	26	3.2	24	80	11	83	74	1	6	18	1.09
14144179--14144231	13	4.2	13	88	11	74	71	0	3	24	1.02
14152258--14152290	16	2.1	16	94	0	57	54	12	21	12	1.69
14153816--14153897	29	2.9	28	73	23	73	59	0	2	37	1.11
14153890--14153955	19	3.4	19	75	4	60	60	3	7	28	1.39
14154188--14154218	16	1.9	16	100	0	62	25	6	0	67	1.14
14154167--14154237	35	2.0	35	83	2	88	36	2	1	59	1.21
14154231--14154285	28	2.0	28	86	6	78	36	0	0	63	0.95
14154255--14154301	18	2.5	19	86	6	69	34	0	0	65	0.93
14161981--14162017	18	2.1	18	90	10	58	54	0	0	45	1.00
14161981--14162012	9	3.4	10	87	12	50	46	0	0	53	1.00
14161981--14162018	19	2.1	18	90	5	58	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14162127--14162178	21	2.5	21	93	0	86	30	36	9	23	1.87
14167097--14167139	19	2.3	19	88	8	61	25	0	0	74	0.82
14167439--14167480	7	6.0	7	100	0	84	57	0	0	42	0.99
14167477--14167501	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
14168175--14168227	16	3.5	15	80	16	56	43	1	0	54	1.11
14168177--14168286	7	15.9	7	68	15	50	40	1	0	56	1.16
14168198--14168248	24	2.2	22	86	6	66	37	1	1	58	1.20
14180334--14180401	32	2.1	32	83	0	82	30	1	0	67	0.99
14183666--14183693	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
14183636--14183777	68	2.1	66	94	2	248	45	8	4	41	1.56
14183766--14183807	16	2.6	16	88	0	57	42	4	2	50	1.36
14183787--14183835	22	2.2	22	81	0	62	44	0	2	53	1.12
14186945--14187002	23	2.5	22	76	17	64	44	5	5	44	1.48
14193213--14193258	21	2.2	21	84	0	56	56	21	4	17	1.58
14194490--14194520	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
14197562--14197596	16	2.2	16	89	0	52	60	22	0	17	1.37
14197552--14197594	22	1.9	22	85	4	59	58	23	0	18	1.40
14197552--14197604	25	2.2	24	80	12	56	62	18	0	18	1.33
14202246--14202325	38	2.1	39	85	2	108	23	0	22	53	1.46
14202268--14202368	41	2.5	40	81	12	127	22	0	20	56	1.42
14202371--14202459	29	3.1	29	79	9	92	42	4	20	32	1.72
14208994--14209044	18	2.7	18	84	6	66	43	1	3	50	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14210214--14210252	18	2.2	17	95	4	69	28	0	5	66	1.12
14214979--14215219	50	4.7	49	72	12	150	22	27	21	27	1.99
14225567--14225627	6	10.7	6	78	15	58	45	0	0	54	1.00
14225621--14225652	7	4.6	7	92	0	55	53	0	0	46	1.00
14225895--14225997	29	3.5	29	75	10	102	38	13	19	28	1.90
14225922--14226026	31	3.5	30	74	7	106	41	15	19	23	1.89
14225915--14226007	28	3.2	27	72	18	80	46	12	17	23	1.82
14225895--14226026	59	2.2	60	86	8	189	40	13	19	26	1.89
14231677--14231719	18	2.4	18	96	0	77	37	20	11	30	1.89
14236134--14236158	13	1.9	13	100	0	50	40	16	40	4	1.67
14250888--14251409	44	11.9	44	90	0	731	29	19	23	27	1.98
14251925--14251962	20	1.9	19	89	5	58	5	2	10	81	0.94
14261254--14261311	29	2.0	30	86	3	82	36	1	5	56	1.32
14269947--14269984	19	2.0	19	94	0	67	39	5	13	42	1.66
14270008--14270087	41	2.0	41	87	4	119	37	5	10	47	1.59
14273775--14273813	19	2.1	19	95	0	69	38	5	12	43	1.65
14288450--14288504	28	2.0	28	85	7	76	56	0	5	38	1.23
14288864--14289052	51	3.7	51	91	5	328	42	15	10	31	1.80
14289027--14289078	26	2.0	26	100	0	104	34	15	15	34	1.89
14288976--14289124	77	1.9	77	100	0	298	40	17	10	30	1.84
14289092--14289201	33	3.3	33	72	15	102	41	16	9	32	1.80
14292251--14292337	28	3.1	28	69	17	74	43	1	2	52	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14292394--14292652	137	1.9	138	88	0	394	45	3	4	45	1.41
14292542--14292576	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14292555--14292596	16	2.7	15	85	14	50	50	2	0	47	1.14
14292427--14292843	137	2.9	138	80	10	380	46	6	3	43	1.47
14292710--14292750	15	2.7	15	88	3	55	46	0	2	51	1.14
14292524--14292843	154	2.1	156	93	1	545	46	7	3	42	1.47
14292966--14293001	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
14294311--14294362	25	2.1	25	96	0	95	46	9	3	40	1.55
14295770--14295806	14	2.6	14	100	0	74	16	5	59	18	1.55
14296291--14296317	5	5.4	5	100	0	54	0	44	55	0	0.99
14297885--14298091	114	1.8	113	89	1	324	28	20	23	27	1.99
14297997--14298169	73	2.4	73	89	2	260	29	20	23	26	1.99
14298070--14298284	115	1.9	112	89	5	333	26	22	25	25	2.00
14297885--14298471	187	3.1	186	88	3	867	27	22	24	25	2.00
14298183--14298357	73	2.4	74	89	0	262	26	22	24	26	2.00
14298257--14298715	229	2.0	230	90	2	733	26	21	26	25	1.99
14298257--14298719	114	4.0	114	88	2	703	26	21	26	25	1.99
14298946--14299015	15	4.8	15	75	15	58	17	0	34	48	1.47
14298956--14299015	8	8.3	7	83	10	68	16	0	36	46	1.47
14299272--14299312	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
14299318--14299364	22	2.1	22	84	0	58	29	0	34	36	1.58
14302544--14302590	4	11.8	4	100	0	94	25	0	23	51	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14303094--14303127	7	5.0	7	92	7	61	44	11	0	44	1.40
14303300--14303489	43	4.4	43	90	2	310	21	18	28	32	1.96
14303300--14303489	86	2.2	86	96	1	346	21	18	28	32	1.96
14310103--14310155	20	2.7	20	85	5	72	33	16	15	33	1.90
14311706--14311737	15	2.1	15	94	0	55	28	6	31	34	1.82
14314021--14314046	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
14323768--14323833	34	1.9	34	87	0	96	28	4	21	45	1.71
14327305--14327376	5	14.8	5	74	21	64	38	1	4	55	1.28
14327334--14327376	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
14327386--14327419	17	2.0	17	94	0	59	79	0	17	2	0.86
14327386--14327419	9	3.9	9	84	7	52	79	0	17	2	0.86
14328379--14328512	44	3.0	45	81	4	144	35	13	23	27	1.93
14333542--14333613	5	14.8	5	74	21	64	38	1	4	55	1.28
14333571--14333613	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
14333623--14333656	17	2.0	17	94	0	59	79	0	17	2	0.86
14333623--14333656	9	3.9	9	84	7	52	79	0	17	2	0.86
14334616--14334730	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
14334616--14334749	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
14348157--14348187	12	2.6	12	89	0	53	41	12	16	29	1.85
14349480--14349531	18	2.6	21	74	22	58	51	3	28	15	1.60
14349798--14349831	5	6.8	5	93	0	59	76	0	23	0	0.79
14349925--14349962	17	2.2	17	100	0	76	28	0	13	57	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14356535--14356573	20	2.0	20	85	5	53	33	2	17	46	1.62
14359972--14360081	44	2.6	42	78	7	105	20	20	28	30	1.97
14360019--14360114	42	2.3	42	82	7	115	25	17	26	31	1.97
14367083--14367135	26	2.0	26	100	0	106	45	0	15	39	1.46
14367083--14367145	26	2.4	26	92	5	92	44	0	15	39	1.47
14374361--14374420	9	6.7	9	78	0	57	6	30	1	61	1.31
14374819--14375000	48	3.8	48	90	1	267	21	22	19	36	1.95
14380444--14380471	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
14380441--14380484	14	3.6	12	82	14	54	22	15	2	59	1.48
14382642--14383025	198	1.9	199	91	0	626	26	26	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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