genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14737812--14738047	82	2.9	81	86	3	325	24	20	27	27	1.99
14737807--14738047	123	2.0	121	88	4	360	24	20	27	27	1.99
14739576--14739623	24	2.0	25	83	4	62	35	4	2	58	1.29
14739842--14739928	41	2.1	41	93	0	147	27	14	17	40	1.89
14743626--14743810	43	4.3	43	83	3	203	20	17	31	29	1.96
14743613--14743810	86	2.3	86	87	2	274	21	16	31	30	1.95
14743833--14743878	23	2.0	23	100	0	92	21	30	21	26	1.99
14745569--14745610	14	3.2	13	86	13	59	59	9	2	28	1.41
14748779--14748804	13	2.0	13	100	0	52	15	15	23	46	1.83
14751815--14751840	11	2.4	11	100	0	52	73	0	0	26	0.84
14752470--14752508	15	2.6	15	84	8	53	23	46	5	25	1.73
14757780--14757821	20	2.2	20	86	4	59	26	0	7	66	1.17
14760411--14760444	17	1.9	17	88	5	50	35	17	14	32	1.91
14769115--14769157	22	2.0	22	85	0	59	18	18	9	53	1.70
14769301--14769342	18	2.3	18	80	8	50	26	0	9	64	1.24
14775683--14775796	58	1.9	58	81	15	137	50	6	3	40	1.45
14779522--14779610	28	3.2	28	88	0	133	30	25	15	28	1.96
14779973--14780025	20	2.6	21	76	8	56	32	16	15	35	1.90
14781105--14781150	22	2.1	22	88	8	67	36	17	28	17	1.92
14782858--14782893	15	2.4	15	95	0	63	41	13	8	36	1.75
14785903--14785942	20	2.0	20	85	9	55	45	2	15	37	1.59
14796710--14797152	27	16.4	27	85	0	483	19	17	21	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14802167--14802221	26	2.1	26	93	0	92	32	20	25	21	1.97
14805870--14805935	29	2.3	29	89	0	96	30	22	9	37	1.85
14806889--14806941	21	2.5	21	90	0	88	41	15	11	32	1.82
14813094--14813278	40	4.6	39	82	6	196	25	21	27	25	2.00
14813147--14813311	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
14815088--14815170	30	2.8	29	89	3	130	21	27	13	37	1.91
14815150--14815219	29	2.4	29	87	0	104	24	21	12	41	1.88
14815077--14815219	59	2.4	59	80	5	157	23	23	14	38	1.92
14820143--14820172	10	3.0	10	90	0	51	30	13	0	56	1.37
14824018--14824073	21	2.6	23	81	10	66	32	19	17	30	1.95
14827148--14827197	24	2.1	24	100	0	100	20	16	14	50	1.78
14827225--14827250	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
14827942--14827976	6	5.7	6	93	6	61	14	0	0	85	0.59
14834082--14834118	19	2.1	18	85	14	51	54	2	0	43	1.14
14835030--14835070	20	2.0	20	85	0	55	48	2	7	41	1.44
14836317--14836389	30	2.5	29	86	4	101	26	9	13	50	1.72
14837207--14837236	15	2.0	15	93	0	51	76	0	0	23	0.78
14841450--14841526	32	2.5	31	85	8	95	15	38	27	18	1.91
14841450--14841526	31	2.5	32	85	8	97	15	38	27	18	1.91
14847215--14847494	103	2.6	104	82	10	321	37	15	16	31	1.90
14847273--14847552	117	2.4	113	83	5	346	36	13	14	36	1.85
14847553--14848044	115	4.4	114	83	10	595	34	15	13	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14850464--14850530	19	3.5	19	74	10	55	61	2	2	32	1.26
14857917--14857946	12	2.5	12	94	0	51	23	26	46	3	1.68
14864392--14864434	15	2.9	15	76	13	52	27	0	20	51	1.48
14865756--14865809	22	2.5	22	96	0	99	29	29	24	16	1.97
14866387--14866431	23	2.0	24	83	16	60	62	4	2	31	1.27
14867062--14867095	16	2.2	16	90	10	54	41	0	0	58	0.98
14868499--14868557	31	1.9	31	96	0	109	16	22	30	30	1.96
14882568--14882605	20	2.0	19	85	10	51	34	5	5	55	1.45
14883877--14883919	20	2.2	19	87	4	59	48	0	2	48	1.14
14886661--14886727	34	1.9	35	87	3	100	32	8	13	44	1.75
14888474--14888510	20	1.9	18	89	10	56	51	2	8	37	1.46
14890650--14890733	29	2.9	29	87	0	114	36	23	17	21	1.94
14890697--14890786	29	3.1	29	74	6	74	42	18	15	23	1.89
14895039--14895134	48	2.0	48	89	0	147	36	4	19	39	1.71
14903697--14903739	16	2.6	17	78	10	54	48	2	0	48	1.14
14906448--14906509	31	2.1	30	82	17	76	29	17	8	45	1.77
14909150--14909220	32	2.2	32	87	2	99	19	39	21	19	1.93
14910642--14910683	13	3.4	12	81	12	50	47	0	2	50	1.14
14911525--14911600	37	2.1	37	92	0	125	23	31	2	42	1.68
14928318--14928357	19	2.2	18	86	8	55	65	5	20	10	1.42
14947152--14947218	25	2.8	24	77	6	82	41	1	0	56	1.08
14947186--14947225	12	3.5	11	83	10	53	45	0	2	52	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14948044--14948119	37	2.1	37	92	0	125	23	31	2	42	1.68
14964846--14964885	19	2.2	18	86	8	55	65	5	20	10	1.42
14976526--14976559	7	4.9	7	92	0	59	41	2	0	55	1.15
14977644--14977712	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
14977644--14977712	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
14977693--14977783	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
14977948--14977982	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14977931--14979869	120	16.2	120	98	0	3697	47	6	2	43	1.40
14978188--14978222	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14977931--14979869	359	5.4	360	98	0	3697	47	6	2	43	1.40
14977931--14979869	479	4.0	480	98	0	3697	47	6	2	43	1.40
14984184--14984234	26	2.0	26	96	0	93	47	23	11	17	1.81
14985173--14985218	23	2.0	23	83	8	58	52	2	8	36	1.45
14990432--14990499	16	4.2	16	94	0	118	38	33	0	27	1.57
14990662--14990696	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
14999044--14999129	43	2.0	43	93	0	145	53	0	23	23	1.46
14999049--14999114	16	4.4	16	70	24	54	56	0	24	19	1.43
14999646--14999699	23	2.2	25	84	12	69	18	9	22	50	1.75
15000378--15000474	49	2.0	49	89	0	149	45	6	23	24	1.76
15004204--15004236	12	2.8	12	86	4	50	39	3	0	57	1.14
15004668--15004702	18	1.9	18	88	11	54	34	0	8	57	1.29
15009820--15009929	24	4.5	25	78	6	100	18	30	22	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15009835--15009950	24	4.8	24	82	7	135	16	28	24	31	1.96
15009818--15009929	49	2.3	50	90	3	174	18	29	22	29	1.97
15009818--15009950	49	2.7	49	85	6	164	18	28	22	30	1.98
15012129--15012236	42	2.6	42	85	5	130	41	17	25	15	1.89
15012171--15012238	21	3.2	21	65	8	57	45	19	22	13	1.84
15017547--15017921	191	2.0	191	91	0	615	29	25	15	28	1.96
15018776--15018846	35	2.0	35	100	0	142	40	19	2	36	1.67
15025553--15025605	20	2.7	19	77	8	52	66	5	1	26	1.25
15025582--15025628	18	2.7	17	77	6	58	72	6	0	21	1.07
15030106--15030145	20	2.0	20	100	0	80	30	20	10	40	1.85
15030289--15030421	40	3.4	41	71	9	132	34	22	15	27	1.94
15033569--15033688	31	4.1	29	76	17	99	1	21	3	73	1.07
15033617--15033670	25	2.1	26	86	3	74	0	20	5	74	1.02
15033573--15033688	56	2.1	55	79	10	121	1	21	3	73	1.07
15034412--15034453	18	2.3	18	87	0	66	23	2	4	69	1.20
15035987--15036318	78	4.3	78	92	0	515	37	4	17	40	1.69
15036474--15036564	40	2.2	41	94	1	157	26	17	20	35	1.95
15036714--15036820	35	3.2	35	68	24	102	28	8	17	45	1.77
15036719--15036963	31	7.6	31	68	18	124	26	8	20	44	1.79
15036704--15037014	66	4.8	66	88	3	425	28	7	19	44	1.77
15036707--15036996	130	2.2	130	88	2	438	28	7	20	44	1.78
15040013--15040083	27	2.6	27	82	4	81	23	22	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15044188--15044229	21	2.0	21	85	0	57	76	0	16	7	1.00
15050219--15050288	35	2.0	35	100	0	140	28	5	14	51	1.65
15050677--15050712	18	1.9	19	88	5	56	63	0	0	36	0.94
15068798--15068839	11	3.8	11	87	9	59	26	26	0	47	1.52
15070673--15070715	18	2.4	18	92	0	68	16	27	9	46	1.77
15074305--15074716	125	3.3	125	93	0	689	29	19	17	33	1.95
15078153--15078189	3	12.3	3	94	0	56	59	0	40	0	0.97
15080210--15080260	23	2.3	23	96	3	95	27	9	21	41	1.84
15081374--15081512	43	3.2	43	78	1	161	30	22	18	28	1.97
15081882--15081930	21	2.3	21	89	0	71	2	40	20	36	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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