genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1220512--1220574	30	2.1	30	93	0	108	57	14	3	25	1.52
1222593--1222659	31	2.3	27	83	14	89	40	13	10	35	1.79
1241942--1241998	30	1.9	30	86	13	82	68	1	1	28	1.09
1246450--1246597	75	2.0	75	98	0	287	50	6	4	39	1.46
1247352--1247412	29	2.1	29	81	9	70	62	9	1	26	1.36
1248822--1249734	228	4.0	229	84	1	1010	20	24	26	28	1.99
1265497--1265556	29	2.1	29	87	9	88	35	3	0	61	1.12
1265517--1265556	13	2.7	16	85	14	59	35	0	0	65	0.93
1268498--1268522	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
1273512--1273548	18	2.1	18	100	0	74	16	5	0	78	0.93
1273515--1273556	17	2.4	18	92	4	68	21	4	0	73	1.01
1280591--1280629	14	2.8	14	76	0	51	23	0	0	76	0.78
1286940--1286997	20	2.9	20	82	10	57	50	5	0	44	1.24
1287358--1287386	4	7.2	4	100	0	58	48	27	0	24	1.51
1291113--1291162	23	2.1	25	85	7	68	26	10	8	56	1.60
1300464--1300490	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
1305616--1305708	18	5.2	18	85	0	132	32	15	23	29	1.95
1305616--1305708	36	2.6	36	89	0	150	32	15	23	29	1.95
1308871--1308930	30	2.0	31	90	3	95	21	20	10	48	1.78
1309407--1309521	59	2.0	60	85	3	162	42	13	20	24	1.87
1319389--1319415	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
1320488--1320512	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1320672--1320725	9	5.9	9	81	12	65	40	29	9	20	1.83
1320870--1320899	13	2.3	13	100	0	60	16	0	43	40	1.48
1326953--1327391	47	9.1	49	90	4	655	32	8	29	28	1.87
1326953--1327380	143	2.9	143	91	2	676	32	9	29	28	1.88
1327510--1327588	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
1329453--1329555	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
1329537--1329610	29	2.6	29	84	4	96	27	16	31	25	1.96
1330000--1330276	40	6.9	40	93	0	419	24	22	27	25	1.99
1329921--1330276	80	4.4	80	85	4	382	25	21	27	25	2.00
1333733--1334173	47	9.1	49	90	4	650	32	8	29	29	1.87
1333733--1334162	143	2.9	143	91	3	671	32	9	29	29	1.88
1334292--1334370	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
1343892--1343931	21	1.9	21	84	0	53	25	27	10	37	1.88
1344988--1345014	8	3.4	8	100	0	54	55	0	0	44	0.99
1350080--1350172	18	5.2	18	85	0	123	34	16	21	27	1.95
1350080--1350172	36	2.6	36	87	0	141	34	16	21	27	1.95
1353114--1353152	21	1.9	20	84	5	51	38	0	17	43	1.50
1364665--1364725	29	2.1	28	81	3	68	26	14	16	42	1.87
1364731--1364820	42	2.2	41	78	7	94	26	28	23	21	1.99
1368126--1368164	18	2.1	19	85	4	53	61	2	0	35	1.10
1371051--1371106	21	2.7	21	88	0	85	25	7	37	30	1.82
1371517--1371561	17	2.6	17	78	0	63	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1372203--1372237	15	2.3	15	100	0	70	11	34	20	34	1.88
1372909--1372933	13	1.9	13	100	0	50	48	0	32	20	1.50
1375500--1375675	97	1.8	95	95	2	316	28	20	20	30	1.98
1377758--1377852	38	2.5	38	78	13	99	35	11	1	51	1.45
1393879--1393919	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1400579--1400634	19	2.9	19	78	7	60	3	19	8	67	1.32
1406386--1406426	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1410164--1410205	18	2.2	20	83	8	52	57	9	0	33	1.31
1410232--1410258	13	2.1	13	100	0	54	70	0	7	22	1.12
1410232--1410265	12	2.8	12	90	4	50	64	2	5	26	1.30
1410320--1410358	17	2.3	18	82	13	55	48	2	0	48	1.15
1410328--1410368	17	2.4	17	95	4	73	41	4	2	51	1.36
1417003--1417040	19	2.0	20	85	15	53	57	13	10	18	1.63
1419545--1419691	79	1.9	80	82	4	190	42	5	4	46	1.47
1419663--1419727	17	3.6	17	75	17	60	43	1	3	52	1.26
1424234--1424274	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1428880--1428919	20	2.0	21	85	5	55	57	0	5	37	1.21
1429016--1429139	65	1.9	64	91	3	205	52	3	2	41	1.30
1429066--1429103	19	2.0	20	89	5	60	57	0	0	42	0.98
1429128--1429198	18	3.4	21	68	26	60	42	2	1	53	1.24
1429259--1429405	79	1.9	80	87	7	219	51	5	4	39	1.44
1429320--1429367	17	2.7	18	83	6	53	56	4	0	39	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1432389--1432449	17	3.5	17	71	13	52	31	0	3	65	1.09
1432401--1432448	18	2.8	16	77	20	51	27	0	4	68	1.07
1433273--1433314	22	1.9	22	85	0	57	30	14	4	50	1.63
1436187--1436251	29	2.2	30	81	13	73	32	7	9	50	1.63
1447403--1447449	15	3.2	14	75	19	51	23	0	6	70	1.10
1448729--1448768	19	2.1	19	90	0	62	52	10	0	37	1.35
1458556--1458648	18	5.2	18	88	0	141	32	16	23	27	1.96
1458556--1458648	36	2.6	36	92	0	159	32	16	23	27	1.96
1466009--1466043	18	1.9	18	100	0	70	28	5	11	54	1.59
1469502--1469676	44	4.0	44	79	4	199	24	18	17	40	1.91
1469496--1469688	89	2.2	89	83	3	253	23	18	16	41	1.90
1472724--1472912	50	3.8	50	87	0	261	26	22	29	21	1.99
1475139--1475247	56	1.9	56	92	0	182	33	15	20	31	1.94
1476380--1476405	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
1479746--1479832	21	4.1	21	81	7	104	35	24	22	17	1.95
1479746--1479832	44	2.0	41	84	6	111	35	24	22	17	1.95
1480022--1480112	36	2.5	36	82	10	105	30	19	1	48	1.56
1480159--1480198	16	2.5	16	88	11	64	25	25	0	50	1.50
1481264--1481302	21	1.9	20	84	5	51	41	7	2	48	1.45
1481362--1481421	27	2.1	27	84	9	75	43	0	1	55	1.10
1481387--1481423	16	2.3	17	81	13	51	48	0	0	51	1.00
1483419--1483464	21	2.2	21	96	3	85	63	0	26	10	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1493869--1493901	17	2.1	17	88	11	52	21	27	6	45	1.75
1498213--1498268	28	2.0	28	100	0	112	32	10	28	28	1.90
1506553--1506581	8	3.8	8	95	4	51	44	13	0	41	1.44
1506778--1506983	58	3.5	57	79	10	216	23	17	16	41	1.90
1506781--1506967	62	3.1	60	81	9	211	22	17	17	43	1.88
1509957--1510012	3	18.7	3	100	0	112	33	0	0	66	0.92
1510475--1510528	22	2.4	23	75	3	56	31	9	7	51	1.61
1522738--1523337	93	6.4	96	91	6	954	33	25	20	20	1.97
1534228--1534283	3	18.7	3	96	0	76	33	7	0	58	1.25
1534720--1534773	22	2.4	23	75	3	56	31	9	7	51	1.61
1539161--1539202	16	2.5	17	76	11	50	71	0	11	16	1.14
1548155--1548211	31	2.0	30	86	13	84	43	0	1	54	1.10
1548253--1548278	9	2.9	9	100	0	52	88	0	11	0	0.52
1574342--1574415	34	2.3	32	84	11	89	35	8	14	41	1.76
1577527--1577565	18	2.2	18	85	0	51	51	10	10	28	1.68
1587955--1587993	20	1.9	20	89	5	60	38	2	5	53	1.37
1588708--1588757	2	25.0	2	100	0	100	0	50	0	50	1.00
1594113--1594137	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1597482--1597530	26	1.9	26	88	12	75	55	2	6	36	1.37
1601032--1601178	37	4.0	37	93	1	253	24	23	16	36	1.94
1601141--1601357	52	4.2	52	85	8	302	27	23	14	35	1.94
1601140--1601363	98	2.3	98	93	0	385	27	23	14	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1604487--1604690	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
1604571--1604689	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
1604580--1604670	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
1605942--1606087	37	4.0	37	93	1	251	24	22	16	36	1.94
1606051--1606319	52	5.2	52	87	6	388	27	22	14	35	1.93
1606051--1606325	98	2.7	98	90	3	415	28	22	14	34	1.93
1609236--1609362	64	2.0	64	82	0	155	23	20	18	37	1.95
1612547--1612574	8	3.5	8	100	0	56	60	0	0	39	0.97
1623001--1623028	11	2.5	11	100	0	56	57	0	10	32	1.33
1623487--1623511	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00

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