genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22853388--22853533	30	4.9	31	74	9	133	32	21	4	41	1.72
22854001--22854030	14	2.1	14	93	0	51	76	0	23	0	0.78
22853999--22854042	21	2.1	21	87	8	63	75	0	25	0	0.81
22854150--22854192	12	3.4	12	87	6	50	79	0	13	6	0.93
22854450--22854488	19	2.1	19	90	0	60	25	2	0	71	0.98
22855006--22855055	17	2.9	17	87	0	82	24	14	10	52	1.71
22855121--22855661	17	30.6	17	65	18	89	30	14	11	43	1.80
22855076--22855206	52	2.5	51	79	4	138	33	12	10	43	1.77
22855215--22855360	53	2.8	52	73	18	133	33	16	10	39	1.82
22855074--22855662	18	33.3	18	65	19	113	32	14	10	42	1.80
22855538--22855642	16	6.2	16	77	10	102	28	12	13	45	1.79
22857240--22857342	9	11.4	9	89	0	143	43	25	8	22	1.81
22859800--22859832	12	2.8	12	95	0	57	15	21	39	24	1.91
22864138--22864173	17	2.1	17	100	0	72	47	27	8	16	1.75
22866137--22866695	77	7.3	75	85	5	647	29	16	19	34	1.94
22866137--22866660	234	2.3	228	85	4	685	29	15	19	34	1.93
22866940--22867040	30	3.4	29	86	5	132	36	23	2	36	1.70
22867218--22867265	24	2.0	25	87	4	71	72	8	14	4	1.23
22867252--22867294	12	3.7	11	78	9	50	67	0	30	2	1.03
22872053--22872092	3	13.3	3	94	0	71	65	0	2	32	1.06
22872670--22872701	15	2.3	15	89	10	50	56	0	0	43	0.99
22873090--22873133	21	2.1	21	91	0	70	34	0	34	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22873120--22873214	45	2.1	44	86	1	127	35	5	26	32	1.79
22873376--22873410	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
22873334--22873406	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
22873295--22873566	144	1.9	147	92	3	460	46	2	3	46	1.35
22873520--22873554	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
22886865--22886900	3	12.0	3	100	0	72	33	0	33	33	1.58
22886899--22886943	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
22887011--22887063	18	2.9	17	72	10	52	62	0	11	26	1.29
22888384--22888429	24	1.9	24	82	8	58	8	0	39	52	1.33
22888625--22889107	239	2.0	242	90	4	760	32	21	14	32	1.93
22889279--22889344	11	6.4	10	77	8	53	6	15	0	78	0.93
22889295--22889340	10	4.5	10	89	5	65	8	15	0	76	1.02
22889295--22889339	21	2.1	21	91	0	72	8	13	0	77	0.98
22889284--22889342	10	5.9	9	83	14	55	6	15	0	77	0.96
22889284--22889346	21	3.0	21	77	13	67	7	14	0	77	0.97
22896034--22896963	44	20.6	44	74	7	662	28	20	17	32	1.96
22896060--22896963	272	3.3	271	79	3	755	28	20	17	33	1.96
22896035--22896963	412	2.3	404	81	2	1027	28	20	17	32	1.96
22899920--22899962	23	2.0	23	86	9	63	27	16	11	44	1.82
22900379--22900504	43	3.0	42	85	2	180	25	16	15	42	1.88
22907317--22907376	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
22907591--22907625	18	1.9	18	94	0	61	22	11	17	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22915973--22916120	41	3.6	41	85	5	183	50	8	21	19	1.73
22923135--22923194	29	2.1	29	100	0	120	33	10	20	36	1.86
22939141--22939189	14	3.5	14	89	8	73	26	12	0	61	1.31
22939150--22939194	14	3.2	14	87	0	63	24	11	0	64	1.26
22942896--22942931	15	2.5	15	90	4	56	22	0	2	75	0.94
22943249--22943284	3	12.3	3	88	5	56	30	0	2	66	1.06
22943251--22943284	17	2.0	17	94	0	59	29	0	2	67	1.05
22944459--22944522	6	9.8	6	77	15	56	15	0	6	78	0.95
22944444--22944521	26	2.9	25	73	17	68	14	2	6	76	1.08
22951770--22951800	8	4.0	8	91	8	55	38	0	0	61	0.96
22951770--22951798	15	1.9	15	100	0	58	37	0	0	62	0.96
22958232--22958265	18	1.9	17	88	5	50	76	2	0	20	0.92
22964715--22964774	32	1.9	31	83	6	77	55	0	0	45	0.99
22965672--22965705	15	2.2	16	89	5	52	44	2	0	52	1.16
22976509--22976545	18	2.0	20	89	10	60	56	2	5	35	1.36
22981619--22981662	18	2.4	18	88	0	70	47	20	4	27	1.69
22988743--22988775	16	2.1	16	100	0	66	45	6	18	30	1.73
22990978--22991120	19	7.4	19	77	5	117	19	20	25	33	1.97
22990978--22991119	58	2.5	57	82	4	151	19	21	26	33	1.96
22990962--22991136	77	2.3	77	79	0	179	20	22	25	32	1.97
22992280--22992336	27	2.1	27	96	0	105	31	15	31	21	1.94
22994310--22994353	11	3.8	11	80	11	52	34	0	2	63	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22994503--22994529	13	2.1	13	100	0	54	37	40	7	14	1.74
22994812--22994874	21	3.2	20	74	24	55	42	19	1	36	1.61
22994884--22994921	15	2.3	18	82	17	55	34	15	7	42	1.76
22995036--22995173	50	2.7	50	78	5	154	31	27	18	23	1.97
22999273--22999310	12	3.1	13	81	11	53	15	23	0	60	1.35
22999311--22999400	45	2.0	46	86	2	128	31	16	6	45	1.73
23002285--23002325	20	2.0	20	100	0	82	43	4	26	24	1.74
23003581--23003622	18	2.4	18	84	4	50	26	0	7	66	1.17
23004175--23004214	20	1.9	22	90	10	66	47	0	2	50	1.14
23004312--23004351	20	2.0	20	90	0	62	50	5	5	40	1.46
23010026--23010172	44	3.5	41	82	9	161	32	20	18	28	1.96
23010065--23010212	44	3.4	44	85	1	190	31	22	18	27	1.98
23025704--23025760	28	2.1	27	90	3	87	29	29	19	21	1.97
23040548--23040665	59	2.0	59	89	1	182	37	14	8	39	1.76
23043561--23043636	38	2.0	38	86	0	107	32	21	22	23	1.98
23054405--23054433	12	2.3	13	94	5	51	20	10	0	68	1.18
23064471--23064501	15	2.1	15	100	0	62	38	6	12	41	1.69
23070007--23070249	99	2.5	99	87	4	339	23	21	23	32	1.98
23070100--23070413	166	1.9	165	89	3	488	23	20	24	31	1.98
23070277--23071542	96	13.0	96	86	4	1633	20	19	25	34	1.96
23070264--23071542	295	4.4	293	90	2	1749	21	19	25	34	1.97
23085549--23085584	15	2.5	15	90	4	56	0	11	41	47	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23085957--23086009	23	2.5	20	78	9	52	45	3	5	45	1.45
23086304--23086333	13	2.3	13	94	0	51	50	0	0	50	1.00
23086456--23086532	10	7.5	10	70	21	52	63	1	2	32	1.16
23091266--23091292	9	3.0	9	100	0	54	11	0	22	66	1.22
23091731--23091830	46	2.2	46	81	10	109	25	22	18	35	1.96
23093997--23094035	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
23094253--23094328	23	3.3	23	75	14	75	26	21	22	30	1.99
23101414--23101452	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
23101671--23101746	23	3.3	23	81	0	107	22	17	28	31	1.96
23103457--23103532	23	3.3	23	88	5	109	31	26	18	23	1.97
23106338--23106378	16	2.6	16	85	11	50	24	4	0	70	1.06
23118685--23118860	87	2.0	87	95	0	316	38	18	18	25	1.93
23118957--23118996	16	2.5	16	84	11	55	17	5	20	57	1.58
23127123--23127152	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
23145474--23145561	46	1.9	45	82	17	110	34	2	3	60	1.26
23146419--23146474	28	2.0	28	82	6	69	51	0	3	44	1.18
23146490--23146518	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
23147268--23147314	24	2.0	24	84	16	62	31	2	17	48	1.58
23147856--23147923	31	2.1	33	83	5	86	36	2	22	38	1.69
23149063--23149115	26	2.0	26	96	0	97	32	3	35	28	1.75
23149635--23149667	6	5.5	6	89	10	50	87	0	12	0	0.53
23149767--23149836	20	3.4	21	86	5	99	20	12	14	52	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23160682--23160743	30	2.1	30	100	0	124	38	9	29	22	1.86
23165407--23165448	14	3.1	13	86	10	57	14	0	4	80	0.86
23167143--23167299	48	3.3	48	87	3	219	26	17	14	41	1.88
23167143--23167271	23	5.4	23	66	14	82	24	17	16	41	1.90
23170427--23170459	17	2.0	17	88	5	50	36	21	0	42	1.53
23180553--23180594	3	14.0	3	84	0	57	0	26	33	40	1.56
23180553--23180594	12	3.5	12	90	0	66	0	26	33	40	1.56
23185541--23185584	6	7.3	6	100	0	88	34	50	0	15	1.45
23191202--23191238	15	2.3	17	86	9	51	78	8	0	13	0.96
23191333--23191379	22	2.1	22	84	7	60	0	53	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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