genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25459375--25459668	131	2.2	131	84	1	365	31	15	13	38	1.87
25465949--25465990	18	2.3	18	95	0	75	69	0	0	30	0.89
25467896--25468212	104	3.0	104	88	1	436	29	4	26	39	1.76
25470404--25470468	33	2.0	33	96	0	121	36	10	20	32	1.87
25471490--25471562	32	2.5	27	76	19	83	24	2	20	52	1.60
25471503--25471563	32	1.9	32	93	0	104	26	3	19	50	1.63
25475568--25475631	19	3.3	20	86	6	87	50	9	9	31	1.66
25476684--25477104	104	4.0	105	82	4	492	29	24	12	33	1.92
25484451--25484514	22	3.2	22	60	32	52	42	12	15	29	1.84
25490007--25490046	19	2.1	19	86	9	55	55	7	17	20	1.66
25497872--25497901	12	2.5	12	94	0	51	6	20	40	33	1.78
25503867--25504013	28	5.2	28	75	15	142	31	22	9	36	1.86
25503837--25504030	56	3.5	56	88	4	284	29	22	11	35	1.90
25514830--25515001	39	4.4	39	85	1	220	16	19	28	34	1.94
25514957--25515124	78	2.2	78	84	4	214	17	19	27	35	1.94
25515019--25515052	16	2.1	16	100	0	68	20	26	29	23	1.99
25515074--25515157	39	2.2	39	89	8	127	15	19	32	33	1.93
25523451--25523520	25	2.8	25	85	6	72	64	4	1	30	1.21
25523461--25523520	25	2.4	25	89	8	95	65	0	1	33	1.03
25525131--25525163	7	4.7	7	100	0	66	57	15	0	27	1.38
25526315--25526426	11	9.5	11	75	15	91	43	2	30	23	1.67
25527182--25527494	153	2.0	155	90	2	495	43	5	5	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25527428--25527469	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25527437--25527478	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
25527426--25527723	120	2.5	121	93	3	503	48	4	2	43	1.36
25527547--25527598	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
25527764--25527811	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
25527719--25527947	92	2.5	92	83	8	236	47	3	3	44	1.38
25529361--25529394	12	2.8	12	100	0	68	61	20	8	8	1.52
25530339--25530499	77	2.1	77	96	0	295	41	14	8	34	1.77
25537418--25537477	10	6.4	9	73	19	52	33	1	1	63	1.14
25538160--25538206	24	2.0	24	84	16	62	34	2	2	61	1.20
25538161--25538213	25	2.2	24	80	16	56	35	1	1	60	1.19
25539770--25539794	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
25539971--25540019	24	2.0	24	100	0	98	57	0	4	38	1.18
25540137--25540192	21	2.7	21	86	5	78	28	33	8	28	1.87
25542448--25542489	14	2.9	15	78	7	50	50	7	2	40	1.43
25543259--25543299	17	2.3	18	87	8	57	56	2	0	41	1.13
25543333--25543373	15	2.7	15	78	14	57	31	2	0	65	1.05
25543564--25543605	17	2.3	19	84	12	61	59	2	2	35	1.23
25546509--25546628	40	2.9	42	81	14	119	20	30	27	21	1.98
25546632--25546700	29	2.4	29	83	9	88	40	18	15	24	1.90
25554580--25554746	56	2.8	58	82	10	189	53	3	1	41	1.26
25555816--25556068	28	9.1	27	70	14	115	22	17	6	52	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25555815--25555919	55	1.9	54	84	5	140	24	17	4	53	1.63
25555815--25555972	56	2.9	56	79	11	168	22	17	6	54	1.65
25555930--25556062	55	2.4	55	80	1	140	21	15	7	54	1.66
25556505--25556753	133	1.9	133	84	1	338	28	18	14	39	1.89
25556971--25557477	253	2.0	253	98	0	987	27	14	14	43	1.85
25559317--25559393	27	3.0	26	76	12	86	42	9	12	35	1.75
25561497--25561549	20	2.7	19	77	5	61	64	11	5	18	1.46
25561541--25561613	22	3.3	22	73	17	71	61	8	16	13	1.55
25565035--25565066	15	2.3	15	89	10	50	40	3	0	56	1.15
25566416--25566475	22	2.7	22	94	0	102	16	21	15	46	1.83
25569043--25569097	9	6.1	9	91	0	83	47	14	9	29	1.75
25584660--25584706	20	2.2	22	85	7	62	10	25	27	36	1.89
25592011--25592060	24	2.1	24	100	0	100	44	4	8	44	1.52
25596475--25596518	21	2.1	21	95	0	79	13	40	20	25	1.89
25598081--25598495	207	2.0	207	91	2	683	33	19	17	30	1.95
25602820--25602864	22	2.0	23	83	12	58	73	4	6	15	1.21
25611493--25611552	18	3.2	19	75	11	70	23	28	8	40	1.83
25616176--25616396	51	4.4	50	78	8	207	30	13	24	31	1.94
25616175--25616359	51	3.7	49	80	7	219	29	14	24	31	1.95
25625543--25625831	153	1.9	153	91	0	479	36	12	20	30	1.89
25626137--25626178	21	2.0	21	85	4	57	42	21	2	33	1.66
25626716--25626804	25	3.1	30	74	21	91	26	24	5	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25637374--25637416	21	1.9	24	86	13	65	46	2	11	39	1.53
25637562--25637612	20	2.5	21	84	9	70	25	15	15	43	1.86
25641664--25641804	40	3.5	40	90	0	221	10	14	29	45	1.78
25643306--25643353	20	2.4	20	89	6	71	29	14	14	41	1.85
25645299--25645324	7	3.7	7	100	0	52	57	30	0	11	1.34
25648377--25648407	15	2.1	15	100	0	62	19	0	38	41	1.51
25650472--25650523	14	3.4	15	76	17	54	46	5	3	44	1.45
25651977--25652008	15	2.1	15	100	0	64	0	25	6	68	1.12
25652587--25652618	16	2.0	16	93	0	55	34	9	0	56	1.32
25654578--25654624	18	2.6	18	93	0	76	48	17	0	34	1.47
25654578--25654627	10	5.2	10	88	9	68	48	18	0	34	1.48
25656419--25656475	27	2.0	29	90	6	91	45	7	24	22	1.77
25656526--25656562	13	2.9	13	84	15	51	21	0	8	70	1.13
25657000--25657045	19	2.5	19	76	16	51	15	17	6	60	1.55
25657697--25657736	19	2.2	19	86	8	57	22	12	7	57	1.60
25657697--25657730	18	1.9	17	88	5	50	23	14	5	55	1.61
25657706--25657744	19	2.0	20	85	5	53	20	20	5	53	1.64
25659849--25659967	40	3.0	40	76	5	114	31	19	26	22	1.98
25660486--25660580	21	4.5	20	75	9	82	22	2	27	48	1.62
25660919--25660946	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25661993--25662022	11	2.9	10	90	9	51	30	0	30	40	1.57
25662020--25662106	36	2.4	36	98	0	165	22	14	17	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25664140--25664356	36	5.2	45	74	20	218	35	13	20	29	1.91
25664140--25664356	82	2.7	81	94	0	371	35	13	20	29	1.91
25665856--25665899	20	2.1	22	87	8	65	40	9	0	50	1.34
25666332--25666378	20	2.3	21	88	3	69	42	8	0	48	1.33
25665829--25666710	120	7.3	120	90	2	1360	40	8	3	47	1.51
25665840--25666710	242	3.6	242	94	1	1493	40	8	3	47	1.51
25666574--25666620	20	2.3	21	88	3	69	42	8	0	48	1.33
25666650--25666722	34	2.2	33	78	11	76	39	5	0	54	1.23
25666664--25666728	34	1.9	34	93	0	112	36	3	0	60	1.13
25666699--25666769	21	3.0	22	80	14	72	43	4	0	52	1.20
25666696--25666749	27	2.0	27	92	3	92	42	3	0	53	1.18
25666729--25666779	19	2.5	20	84	6	59	49	3	1	45	1.32
25666927--25667207	52	5.2	52	81	13	338	46	19	0	33	1.53
25666852--25667126	70	4.4	64	76	18	217	46	20	0	32	1.54
25667051--25667207	47	3.2	48	87	9	205	47	18	0	34	1.49
25666852--25667212	9	40.1	9	73	11	224	46	19	0	33	1.55
25672635--25672691	21	2.8	21	81	5	73	38	15	42	3	1.65
25673015--25673128	43	2.6	43	86	4	149	26	18	21	33	1.96
25673058--25673197	70	2.0	70	88	0	208	24	18	22	35	1.96
25673128--25673312	43	4.3	43	70	6	160	25	20	22	32	1.98
25677271--25677359	42	2.1	42	95	0	160	6	28	16	48	1.72
25677895--25678052	26	6.1	26	85	2	192	39	17	17	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25677895--25678042	78	1.9	78	87	0	215	39	17	15	27	1.90
25678281--25678330	26	1.9	26	91	0	82	22	20	20	38	1.94
25678818--25678862	18	2.4	18	85	10	56	40	20	6	33	1.78
25688513--25688554	12	3.4	13	81	18	54	57	0	26	16	1.40
25688513--25688554	18	2.3	19	84	12	52	57	0	26	16	1.40
25690164--25690200	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
25698203--25698274	26	2.7	26	86	2	90	26	25	18	30	1.98
25698341--25698430	27	3.3	27	79	3	110	23	18	17	40	1.92
25701802--25701974	54	3.2	53	79	4	204	43	19	16	19	1.88
25701802--25701975	27	6.4	27	76	9	158	43	19	16	20	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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