genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16176712--16176766	24	2.3	24	87	3	85	30	40	0	29	1.57
16177139--16177163	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
16178226--16178367	69	2.1	69	94	0	248	45	4	2	47	1.39
16178523--16178568	8	6.2	8	80	19	64	58	15	0	26	1.37
16178531--16178647	20	5.7	20	85	8	130	52	15	1	30	1.53
16178512--16178642	12	11.7	12	65	30	60	51	15	1	31	1.52
16178544--16178623	23	3.7	23	85	8	98	50	15	2	32	1.57
16178578--16178837	9	30.7	9	69	21	145	46	18	1	33	1.58
16178607--16178833	16	13.9	16	73	20	168	47	18	0	33	1.54
16180436--16180605	66	2.6	65	85	3	207	38	17	29	14	1.89
16180947--16181086	43	3.3	43	86	0	208	28	19	30	22	1.98
16181642--16181686	19	2.4	19	84	0	63	64	0	0	35	0.94
16183226--16183299	21	3.5	21	75	12	71	39	1	0	59	1.06
16190369--16190681	69	4.5	68	80	2	320	28	25	19	26	1.99
16190402--16190668	138	1.9	138	85	3	367	28	25	19	26	1.99
16190692--16190790	37	2.7	37	81	4	112	27	22	19	31	1.98
16191123--16191156	3	11.7	3	93	6	61	0	32	0	67	0.91
16192565--16192820	48	5.3	49	84	3	304	43	14	14	26	1.84
16192600--16192820	99	2.3	96	84	3	282	44	15	14	25	1.84
16192694--16192773	23	3.4	23	74	6	79	40	17	15	27	1.89
16192718--16192793	25	3.1	25	73	7	93	42	17	15	25	1.88
16193362--16193481	42	2.8	43	84	2	154	32	22	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16196759--16196822	34	1.9	33	87	3	92	26	9	1	62	1.35
16198395--16198471	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
16198411--16198450	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
16198399--16198465	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
16199270--16199359	3	30.3	3	97	2	173	66	0	33	0	0.92
16201863--16201916	3	18.7	3	77	7	58	59	0	3	37	1.15
16202686--16202722	15	2.5	16	83	16	53	78	0	5	16	0.93
16204941--16205004	32	2.0	32	100	0	128	31	9	12	46	1.73
16208224--16208351	19	6.7	19	90	0	211	38	15	8	37	1.78
16208224--16208351	38	3.4	38	97	0	238	38	15	8	37	1.78
16209699--16209780	25	3.3	25	66	6	58	23	23	19	34	1.97
16232613--16232685	38	1.9	38	91	0	119	16	13	20	49	1.79
16233789--16233834	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
16234064--16234094	16	1.9	16	93	0	53	25	9	6	58	1.54
16234776--16234820	22	2.0	23	86	4	65	44	6	0	48	1.29
16237442--16237488	24	1.9	24	86	4	67	48	12	4	34	1.61
16240552--16240619	21	3.3	21	77	16	63	66	2	4	26	1.25
16240712--16240758	10	4.5	11	82	12	64	72	0	6	21	1.07
16240712--16240757	20	2.3	20	96	0	83	71	0	6	21	1.08
16240754--16240813	13	4.5	13	78	12	68	58	0	0	41	0.98
16240769--16240820	27	1.9	27	92	0	86	57	1	0	40	1.10
16241082--16241133	26	1.9	26	84	7	68	30	0	5	63	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16241093--16241148	24	2.2	26	81	12	64	30	1	7	60	1.33
16244173--16244229	27	2.1	27	100	0	114	28	24	22	24	2.00
16244090--16244312	110	2.0	110	96	0	410	26	18	22	31	1.97
16244539--16244607	23	2.8	25	84	13	97	42	2	0	55	1.15
16245195--16245225	15	2.1	15	100	0	62	32	19	6	41	1.77
16245619--16245674	16	3.4	16	80	4	58	39	28	3	28	1.73
16245699--16245743	16	2.8	16	82	3	63	40	24	4	31	1.75
16245926--16245958	7	4.7	7	96	0	57	15	0	15	69	1.19
16246540--16246608	33	2.1	33	89	5	104	23	0	53	23	1.46
16249711--16249741	16	1.9	16	93	0	53	29	0	38	32	1.57
16250899--16250944	16	2.8	17	87	6	60	26	6	30	36	1.82
16256583--16256623	19	2.2	19	86	0	55	31	0	19	48	1.49
16258515--16258556	22	1.9	22	95	0	75	52	16	23	7	1.68
16270087--16270166	4	20.0	4	74	14	58	70	2	26	1	1.08
16270828--16270874	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
16271033--16271172	40	3.5	40	74	8	126	27	19	22	30	1.98
16275310--16275378	26	2.5	26	73	15	68	28	4	2	63	1.28
16278795--16278993	105	2.0	98	86	8	274	33	17	10	38	1.84
16281629--16281841	114	1.9	114	94	0	381	36	23	13	26	1.92
16289434--16289577	41	3.5	41	92	0	225	28	22	22	26	1.99
16289445--16289618	82	2.1	82	80	4	190	28	22	23	25	1.99
16296717--16296745	15	1.9	15	100	0	58	13	13	27	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16299751--16299829	39	2.0	39	97	0	149	45	5	26	22	1.73
16304112--16304225	56	2.0	56	96	0	210	44	5	12	37	1.64
16310532--16310563	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
16315292--16315377	42	2.0	42	97	0	163	45	17	20	16	1.86
16316608--16316737	49	2.6	49	77	6	129	23	26	20	30	1.98
16316608--16316843	50	4.6	50	75	5	152	24	27	20	27	1.99
16319376--16319439	31	2.1	31	100	0	128	21	12	39	26	1.89
16320510--16320553	14	2.9	15	90	6	63	15	4	0	79	0.89
16328025--16328074	21	2.3	22	75	25	61	42	18	8	32	1.79
16330943--16331975	44	23.4	44	84	4	1272	30	24	14	31	1.95
16330915--16331975	133	8.0	132	87	3	1174	29	24	14	31	1.95
16330943--16331970	221	4.6	220	85	4	1229	30	24	14	30	1.95
16333281--16333310	13	2.3	13	94	0	51	16	20	0	63	1.31
16336618--16336648	16	1.9	16	93	0	53	32	22	19	25	1.97
16342124--16342358	115	2.0	118	95	4	431	41	11	12	34	1.79
16343330--16343376	24	2.0	24	91	0	76	27	21	40	10	1.86
16344726--16344750	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
16345847--16345877	13	2.5	12	94	5	53	70	0	6	22	1.09
16345847--16345909	25	2.5	25	82	12	67	66	0	7	25	1.18
16346271--16346303	16	2.0	17	88	5	50	66	0	6	27	1.15
16347923--16348210	129	2.2	128	87	4	418	26	20	21	30	1.98
16348000--16348198	44	4.6	42	71	15	131	27	20	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16347947--16348188	44	5.7	40	71	15	128	28	22	20	28	1.99
16348205--16349113	131	6.9	131	91	0	1451	26	25	18	28	1.98
16349947--16349984	20	1.9	20	84	10	51	0	15	5	78	0.91
16350395--16350430	16	2.2	16	90	0	54	5	0	8	86	0.72
16355278--16355308	13	2.5	12	94	5	53	70	0	6	22	1.09
16355278--16355340	25	2.5	25	82	12	67	66	0	7	25	1.18
16355590--16355620	12	2.6	12	89	0	53	41	6	12	38	1.69
16359345--16359493	63	2.4	63	82	0	181	25	8	30	35	1.85
16361076--16361180	52	2.0	52	90	0	165	51	7	0	40	1.37
16364760--16364817	17	3.3	17	83	7	71	63	3	1	31	1.21
16364761--16364850	10	9.6	9	73	13	67	64	3	1	31	1.17
16370449--16370502	16	3.4	16	86	0	72	40	3	29	25	1.73
16370750--16371019	37	6.8	37	64	19	125	51	4	1	42	1.29
16370711--16371031	120	2.7	120	96	0	579	51	5	1	41	1.32
16374812--16374845	16	2.1	16	88	0	50	11	32	0	55	1.36
16375605--16376261	205	3.2	202	85	6	844	29	12	17	40	1.87
16376490--16376591	52	2.0	51	83	9	127	31	9	23	35	1.87
16376675--16376757	40	2.1	40	86	0	112	53	8	22	15	1.69
16377263--16377487	74	3.0	72	86	6	317	12	25	7	54	1.64
16386788--16386820	12	2.8	12	95	0	57	30	6	36	27	1.81
16386788--16386829	15	2.8	15	81	0	57	30	9	35	23	1.87
16390698--16390897	68	3.2	59	77	16	206	50	6	3	40	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16394019--16394152	56	2.4	55	81	12	148	35	19	11	32	1.88
16395336--16395403	24	2.8	24	68	16	68	39	22	10	27	1.86
16397795--16397819	13	1.9	13	100	0	50	32	28	32	8	1.86
16405520--16405568	24	2.0	24	100	0	98	38	0	20	40	1.53
16405940--16405990	13	3.6	13	76	19	57	19	35	35	9	1.85
16405928--16405996	30	2.3	30	100	0	138	14	31	37	15	1.88
16408745--16408799	26	2.1	26	86	10	76	20	12	12	54	1.70
16409646--16409708	33	1.9	33	90	0	99	38	19	17	25	1.93
16409646--16409717	33	2.2	33	84	0	90	38	16	18	26	1.91
16416611--16416665	26	2.1	27	83	10	69	21	9	12	56	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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