genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16692856--16693185	44	7.5	44	66	10	163	29	18	23	27	1.98
16692800--16693254	132	3.4	132	91	0	739	29	18	24	27	1.98
16693146--16693361	107	2.0	107	93	1	371	29	18	24	28	1.98
16695183--16695243	18	3.3	18	77	8	68	37	9	1	50	1.45
16695187--16695248	20	3.2	20	81	6	74	38	9	1	50	1.45
16707794--16707849	27	2.1	27	96	0	103	30	3	1	64	1.21
16707803--16707860	27	2.1	27	81	6	64	31	8	1	58	1.38
16709570--16709636	16	4.2	16	84	0	98	58	1	11	28	1.43
16709610--16709689	42	1.9	42	82	10	101	51	0	12	36	1.40
16709782--16709814	17	1.9	17	88	11	50	57	0	3	39	1.14
16711467--16711781	157	2.0	157	93	1	481	32	9	16	41	1.80
16720567--16720621	29	1.9	29	85	10	78	23	12	21	41	1.88
16720567--16720626	28	2.1	28	82	11	70	23	11	20	45	1.83
16722294--16722333	20	2.0	20	85	9	55	50	10	5	35	1.58
16723081--16723114	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
16723301--16723342	22	1.9	22	85	0	57	33	0	30	35	1.58
16723314--16723372	30	2.0	30	93	0	100	33	0	35	30	1.58
16723344--16723420	22	3.5	22	92	1	129	38	0	28	32	1.57
16726725--16726778	22	2.5	22	72	6	56	42	20	0	37	1.52
16732602--16732890	50	5.8	50	83	1	294	23	29	20	26	1.99
16733228--16733285	30	1.9	30	82	6	73	32	25	6	34	1.83
16734723--16734774	23	2.2	24	86	6	72	57	17	0	25	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16738652--16738685	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
16743432--16743465	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
16745945--16746145	99	2.0	100	90	2	316	46	3	2	47	1.33
16747064--16747113	26	2.0	24	84	7	64	40	4	6	50	1.46
16747543--16747594	10	5.4	10	76	17	56	67	1	3	26	1.18
16748079--16748125	23	2.0	23	84	8	60	59	2	0	38	1.09
16749821--16749907	31	3.0	31	65	23	80	54	2	16	27	1.54
16751238--16751296	26	2.2	28	76	17	70	47	30	0	22	1.51
16752257--16752300	14	3.2	14	81	15	56	2	11	6	79	1.01
16752461--16752508	24	2.1	21	88	11	69	43	2	0	54	1.12
16752461--16752499	12	3.4	11	80	13	51	46	2	0	51	1.14
16758116--16758164	10	4.9	10	100	0	98	0	59	30	10	1.31
16760694--16760777	42	2.0	42	85	0	114	19	33	23	23	1.97
16761365--16761439	31	2.4	31	90	0	123	52	12	18	17	1.75
16763998--16764037	21	1.9	21	89	0	62	50	7	10	32	1.64
16764581--16764626	24	1.9	24	81	0	56	45	2	2	50	1.26
16767795--16767837	21	2.0	21	90	0	68	27	0	6	65	1.18
16770477--16770519	20	2.2	20	100	0	86	44	23	11	20	1.84
16776773--16776808	17	2.1	17	100	0	72	36	0	36	27	1.57
16779642--16779697	23	2.5	22	82	2	67	51	1	10	35	1.47
16780931--16781004	31	2.3	32	84	6	89	51	1	14	32	1.51
16781287--16781354	9	7.3	9	70	6	55	25	4	2	67	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16782537--16782586	12	4.5	11	79	18	50	64	6	2	28	1.28
16782537--16782592	22	2.6	22	83	8	71	62	5	1	30	1.28
16787293--16787393	25	4.1	25	68	10	73	20	24	22	31	1.98
16788337--16788434	48	2.0	48	98	0	187	36	4	33	25	1.75
16796087--16796250	63	2.6	63	79	1	159	28	25	19	26	1.99
16798122--16798169	15	3.1	15	77	14	53	41	0	2	56	1.11
16798122--16798183	30	2.0	31	81	9	74	46	0	1	51	1.10
16798196--16798335	67	2.1	69	94	2	248	60	3	3	32	1.31
16799770--16799806	14	2.9	14	84	15	53	40	0	0	59	0.97
16799770--16799819	12	4.1	13	85	15	63	42	0	0	58	0.98
16799775--16799821	22	2.0	22	92	8	76	42	0	0	57	0.98
16799782--16799836	23	2.4	22	84	6	65	43	3	1	50	1.30
16799869--16799937	15	4.3	15	71	22	52	49	4	1	44	1.31
16800448--16800489	17	2.3	19	80	16	61	11	30	0	57	1.35
16800453--16800493	17	2.4	17	95	0	73	9	34	0	56	1.32
16803220--16803277	30	1.9	30	100	0	116	44	6	6	41	1.58
16816395--16816481	44	2.0	44	88	0	129	20	22	20	35	1.96
16820668--16820725	19	3.2	18	79	15	66	55	0	6	37	1.27
16820712--16820835	10	11.9	10	70	10	61	58	2	2	37	1.25
16820741--16820847	22	5.1	20	74	15	83	57	1	2	37	1.24
16820712--16820849	21	6.5	21	74	10	95	56	2	2	38	1.26
16820765--16820836	10	6.9	10	73	9	63	58	2	2	36	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16821838--16821876	19	2.0	19	85	5	51	64	5	0	30	1.15
16823098--16823144	12	3.8	12	81	13	51	76	17	0	6	0.98
16824406--16824449	19	2.4	17	85	14	61	29	2	0	68	1.02
16824637--16824684	3	15.3	3	91	8	78	31	0	2	66	1.03
16830267--16830316	25	2.0	25	100	0	100	32	16	16	36	1.90
16834998--16835025	7	4.0	7	100	0	56	14	14	14	57	1.66
16843580--16843655	34	2.2	34	81	4	82	42	17	11	28	1.84
16843601--16843677	34	2.3	34	84	8	95	42	16	11	28	1.84
16843969--16844018	26	1.9	27	92	8	86	56	0	22	22	1.43
16844002--16844093	29	3.1	29	80	9	105	57	4	13	25	1.54
16844021--16844100	28	2.8	28	84	5	97	56	5	13	25	1.58
16845409--16845453	23	2.0	23	82	8	56	35	4	0	60	1.17
16849610--16850040	67	6.5	67	80	5	349	23	23	16	36	1.94
16849610--16850040	134	3.3	133	76	6	410	23	23	16	36	1.94
16855175--16855420	50	4.8	50	84	3	276	26	19	30	23	1.98
16855180--16855471	50	5.7	50	83	3	201	26	20	28	24	1.99
16860371--16860594	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
16860513--16860664	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
16868283--16868369	24	3.7	24	85	1	122	44	4	29	20	1.71
16871521--16871573	24	2.2	24	89	0	79	18	28	18	33	1.95
16871536--16871600	24	2.7	24	86	11	80	18	24	21	35	1.96
16879854--16879928	33	2.2	35	83	6	102	48	5	21	25	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16881097--16881162	26	2.6	25	85	7	80	27	19	21	31	1.97
16882100--16882184	40	2.1	40	97	0	161	47	8	4	40	1.54
16884651--16884759	57	1.9	58	83	9	145	31	19	6	43	1.76
16884652--16884770	58	2.1	55	81	7	132	31	18	5	43	1.74
16890543--16890689	18	9.1	16	68	19	99	34	8	4	53	1.49
16890591--16890644	15	3.1	18	76	17	69	29	7	0	62	1.22
16890577--16890641	34	1.9	33	90	3	103	29	9	1	60	1.37
16890540--16890704	82	2.0	82	100	0	330	33	8	3	54	1.48
16891313--16895375	944	4.3	943	94	0	7114	28	16	14	39	1.89
16896769--16896832	25	2.7	23	78	7	65	56	4	3	35	1.36
16900673--16900724	21	2.5	21	83	0	68	32	28	5	32	1.81
16903666--16903839	87	2.0	87	98	0	339	20	30	9	40	1.83
16904825--16904880	15	3.7	15	79	13	53	8	12	1	76	1.08
16904828--16904880	14	3.5	15	84	7	63	7	11	1	79	1.01
16906140--16906217	42	2.0	42	82	10	101	29	5	12	52	1.61
16909593--16909685	41	2.3	41	96	0	168	25	23	27	22	2.00
16912603--16912686	41	2.0	41	97	0	159	45	0	7	47	1.30
16914125--16914179	24	2.4	22	80	14	74	41	9	5	43	1.59
16914127--16914178	25	2.1	24	89	3	77	38	9	5	46	1.61
16923238--16923342	37	2.8	38	74	20	105	41	2	2	52	1.31
16923239--16923313	11	6.7	11	70	22	50	40	2	2	54	1.28
16923324--16923440	62	1.9	59	86	5	162	43	1	4	50	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16930778--16930823	21	2.2	21	100	0	92	47	4	0	47	1.21
16931783--16931826	14	2.9	16	83	13	65	15	0	9	75	1.05
16931783--16931826	15	2.9	15	86	10	63	15	0	9	75	1.05
16937699--16937758	29	2.1	29	87	6	86	30	10	16	43	1.81
16939445--16939469	12	2.1	12	100	0	50	24	24	24	28	2.00
16939640--16939686	20	2.3	20	92	0	76	42	29	6	21	1.77
16939648--16939691	11	4.2	11	82	11	56	50	27	4	18	1.66
16942093--16942124	15	2.2	15	94	5	57	65	0	12	21	1.25
16953484--16953523	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
16953456--16953508	22	2.4	22	87	0	70	52	1	1	43	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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