genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22631962--22632121	29	5.5	28	76	9	142	33	18	6	41	1.77
22632044--22632090	14	3.3	14	72	16	51	31	10	6	51	1.62
22631963--22632104	29	4.9	28	77	9	151	31	20	7	40	1.79
22632484--22632527	3	14.7	3	83	9	54	70	0	27	2	0.99
22632521--22632559	10	4.0	9	81	18	51	84	0	15	0	0.62
22632518--22632551	13	2.5	14	85	9	52	82	0	17	0	0.67
22632522--22632559	13	2.9	13	84	7	51	84	0	15	0	0.63
22632487--22632558	21	3.3	22	83	12	78	76	0	22	1	0.86
22632783--22632877	21	4.6	21	75	16	81	80	0	17	2	0.82
22632801--22632882	13	6.8	13	72	20	63	81	0	15	2	0.79
22632791--22632884	8	11.8	8	78	10	95	80	0	17	2	0.80
22632792--22632861	34	2.1	32	87	10	97	81	0	15	2	0.81
22645152--22645928	159	4.9	159	87	5	1029	27	16	19	36	1.93
22645151--22645951	82	10.1	79	84	6	994	27	16	19	36	1.93
22648903--22649041	59	2.4	58	86	1	179	36	17	5	41	1.71
22648903--22649068	29	5.6	30	80	5	160	34	18	6	40	1.76
22649689--22649743	28	2.0	28	85	0	74	21	45	25	7	1.77
22649789--22649844	7	7.9	7	82	13	53	82	0	17	0	0.68
22649797--22649847	23	2.2	23	82	6	68	84	0	15	0	0.63
22649788--22649845	31	1.9	30	89	6	91	82	0	17	0	0.66
22650755--22650879	20	6.6	20	70	18	81	59	7	12	20	1.57
22650757--22650879	19	6.5	19	74	12	85	58	7	13	21	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22650755--22650949	19	10.1	18	70	15	81	55	7	16	20	1.64
22650877--22650948	20	3.7	19	75	5	63	51	6	23	18	1.70
22650953--22650998	21	2.2	22	85	14	62	54	4	17	23	1.61
22651093--22651125	16	2.1	16	94	0	57	51	0	21	27	1.48
22651128--22651352	20	10.9	20	69	17	90	57	7	16	19	1.61
22651034--22651206	58	2.9	57	80	8	141	55	5	18	20	1.63
22651217--22651252	18	2.1	18	89	5	56	58	8	19	13	1.61
22651244--22651356	24	5.2	22	77	18	112	58	7	14	19	1.60
22651217--22651350	20	6.4	21	76	16	93	56	6	17	19	1.62
22662129--22662184	21	2.7	21	94	0	94	28	33	8	28	1.87
22664573--22664730	49	3.2	48	85	6	203	24	29	14	31	1.94
22666848--22666993	41	3.6	41	89	1	204	30	20	29	19	1.97
22667894--22668108	49	4.4	49	84	0	268	24	23	17	34	1.96
22671929--22671972	12	3.8	12	87	3	54	70	2	4	22	1.17
22680166--22680207	17	2.6	17	81	7	52	23	30	26	19	1.98
22683624--22683712	27	3.3	27	85	0	115	23	17	15	42	1.88
22684384--22684484	49	2.0	50	92	1	168	21	22	19	35	1.96
22698611--22698644	16	2.1	17	94	5	61	58	0	14	26	1.36
22698612--22698644	17	1.9	17	93	0	57	60	0	12	27	1.32
22698801--22698846	22	2.0	22	91	4	74	52	2	2	43	1.25
22701988--22702035	20	2.5	19	83	10	62	70	6	10	12	1.32
22702648--22702759	36	3.0	37	77	7	111	48	9	22	19	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22702648--22702697	19	2.5	21	75	15	52	52	14	18	16	1.76
22702628--22702707	20	4.1	20	75	15	67	48	12	18	20	1.80
22702729--22702771	17	2.3	18	84	11	52	55	6	20	16	1.64
22702737--22702773	17	2.1	18	90	5	58	54	5	24	16	1.63
22702727--22702812	20	4.4	20	73	15	72	55	9	16	18	1.67
22702702--22702989	152	1.9	151	85	6	395	49	8	20	21	1.75
22702967--22703002	19	1.9	19	88	5	56	61	8	19	11	1.54
22702920--22703010	20	4.6	20	71	17	66	54	7	16	20	1.66
22703678--22703742	34	1.9	34	96	0	121	43	16	9	30	1.80
22703680--22703759	34	2.4	34	89	0	115	43	17	10	28	1.81
22704919--22705026	19	5.9	18	69	20	82	38	2	0	58	1.13
22704937--22705020	39	2.1	40	91	4	134	35	2	0	61	1.09
22704992--22705040	22	2.2	21	86	10	71	36	0	4	59	1.17
22705678--22705712	15	2.4	15	90	4	54	34	8	0	57	1.29
22706376--22706581	107	1.9	107	90	0	331	30	18	18	32	1.95
22707770--22707919	76	2.0	76	98	0	291	38	12	12	36	1.82
22734890--22734919	12	2.4	12	94	5	51	80	3	16	0	0.85
22747516--22747580	33	2.0	33	87	6	96	24	12	23	40	1.89
22750864--22750897	17	2.0	17	100	0	68	29	17	11	41	1.85
22758562--22758635	11	7.5	10	72	25	52	33	2	1	62	1.18
22758562--22758614	27	1.9	26	85	11	70	30	1	1	66	1.13
22760866--22761002	72	1.9	72	89	5	215	35	25	8	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22769748--22769914	34	4.8	35	87	3	212	17	14	31	35	1.91
22787425--22787476	24	2.2	24	85	0	68	48	9	5	36	1.60
22792431--22792473	19	2.3	19	83	0	50	60	23	4	11	1.50
22792602--22792683	41	2.0	41	97	0	155	48	15	12	23	1.79
22793408--22793456	26	1.9	25	83	4	62	46	10	8	34	1.67
22794240--22794298	24	2.5	23	81	10	66	32	13	15	38	1.86
22795098--22795139	20	2.0	21	90	4	68	16	0	26	57	1.40
22798168--22798266	23	4.3	22	82	5	90	34	23	19	23	1.97
22799618--22799703	45	1.9	45	92	0	145	33	23	17	25	1.96
22799711--22799898	50	3.8	49	77	8	182	31	27	17	23	1.96
22799709--22799898	100	1.9	100	87	3	283	31	27	16	23	1.96
22803511--22803606	45	2.1	46	80	5	106	25	18	14	41	1.88
22807552--22807594	22	2.0	22	81	9	52	46	27	11	13	1.78
22814886--22814948	18	3.3	19	77	18	60	69	1	0	28	0.97
22815494--22815580	21	3.8	21	75	20	77	56	2	0	41	1.12
22815496--22815560	27	2.3	28	81	10	78	56	3	0	40	1.15
22815525--22815566	20	2.1	20	86	0	57	52	2	0	45	1.13
22815495--22815589	48	1.9	50	83	10	124	56	2	1	40	1.18
22817237--22817303	25	2.8	23	84	6	98	31	0	1	67	1.00
22817237--22817323	25	3.6	23	80	9	93	33	3	2	60	1.26
22817548--22817595	23	2.1	23	84	0	60	16	6	12	64	1.46
22817587--22817645	24	2.4	25	82	5	66	28	10	5	55	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22821687--22821733	13	3.8	12	81	18	53	80	8	0	10	0.89
22821691--22821738	18	2.4	22	70	25	52	79	6	0	14	0.92
22821771--22821833	6	11.8	5	79	14	56	74	0	19	6	1.02
22821788--22821833	11	4.3	10	81	13	56	76	0	21	2	0.90
22821788--22821833	5	8.6	5	81	13	56	76	0	21	2	0.90
22822770--22822857	45	2.0	45	88	0	131	42	21	22	13	1.88
22824334--22824842	44	10.8	44	67	13	203	28	19	23	27	1.98
22824180--22825432	143	8.8	143	86	2	1586	30	19	22	28	1.98
22826901--22826987	24	3.6	23	83	6	93	32	4	1	62	1.23
22826918--22826965	14	3.6	14	75	16	57	31	0	0	68	0.90
22827209--22827256	23	2.1	23	88	0	69	16	8	12	62	1.53
22833332--22833374	14	3.1	14	96	0	77	32	20	32	13	1.92
22835311--22835336	6	4.3	6	100	0	52	19	0	0	80	0.71
22835395--22835540	30	4.9	31	74	9	133	32	22	3	41	1.71
22836005--22836039	14	2.6	14	90	4	54	77	0	22	0	0.78
22836006--22836052	22	2.1	23	88	4	69	74	0	25	0	0.82
22836461--22836498	19	2.1	18	90	5	58	31	0	0	68	0.90
22836744--22836849	16	6.2	16	76	11	95	28	12	13	46	1.79
22836723--22836870	35	4.2	36	76	10	128	31	13	10	44	1.78
22836739--22836861	53	2.4	51	83	5	158	27	11	13	47	1.76
22836743--22836870	18	7.3	18	75	7	113	29	12	12	45	1.79
22851471--22851543	10	7.5	10	88	10	107	89	9	1	0	0.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22851472--22851564	26	3.4	27	82	10	109	87	8	3	1	0.71
22851471--22851552	38	2.2	38	91	4	130	87	9	2	0	0.62
22851471--22851564	1	94.0	1	76	0	80	87	8	3	1	0.70
22851471--22851562	9	9.9	9	82	13	89	86	8	3	1	0.71
22851472--22851573	38	2.7	35	82	10	114	86	7	4	0	0.75
22852435--22853008	81	7.4	77	78	8	490	29	16	18	35	1.93
22852435--22853008	236	2.5	229	79	10	567	29	16	18	35	1.93
22852435--22853008	160	3.7	154	76	11	519	29	16	18	35	1.93
22853299--22853330	6	5.3	6	100	0	64	18	0	0	81	0.70
22853299--22853339	18	2.3	18	86	0	55	24	0	0	75	0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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