genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13074849--13074878	14	2.1	14	93	0	51	20	0	3	76	0.92
13080038--13080064	7	3.9	7	100	0	54	0	14	11	74	1.08
13082532--13082575	21	2.1	21	95	0	79	43	22	4	29	1.73
13086469--13086535	34	1.9	35	93	3	118	46	11	8	32	1.72
13090447--13090761	106	3.0	105	83	1	396	30	17	19	32	1.95
13092336--13092655	106	3.0	104	83	3	406	32	19	17	30	1.95
13096729--13096766	18	2.1	18	85	9	51	5	5	7	81	0.98
13097438--13097502	29	2.3	28	81	2	76	18	15	9	56	1.65
13097513--13097584	3	24.3	3	75	8	67	31	2	4	61	1.29
13110240--13110333	44	2.1	44	82	7	109	30	19	21	28	1.97
13110271--13110467	44	4.6	43	69	7	139	27	19	21	30	1.97
13110263--13110598	129	2.6	129	86	1	449	28	18	21	30	1.97
13110521--13110608	46	1.9	46	88	0	131	29	17	22	30	1.96
13111998--13112063	29	2.3	28	81	2	78	18	15	9	57	1.63
13112073--13112150	3	26.3	3	76	7	79	32	2	3	61	1.27
13115181--13115205	4	6.2	4	100	0	50	48	24	0	28	1.52
13115555--13115870	106	3.0	105	83	2	398	30	18	19	32	1.95
13117449--13117768	106	3.0	105	85	2	433	32	19	17	30	1.95
13120021--13120206	73	2.5	73	97	0	354	40	24	6	28	1.79
13124450--13124708	73	3.5	73	97	0	482	40	23	6	28	1.79
13129399--13129446	24	2.0	24	88	8	71	31	10	2	56	1.45
13141149--13141811	44	15.1	44	77	5	578	28	16	25	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13141175--13141811	132	4.8	132	94	0	1064	28	16	26	28	1.97
13143897--13143943	24	2.0	24	88	12	71	31	10	2	55	1.46
13145593--13145908	106	3.0	105	82	2	398	30	18	18	32	1.95
13147486--13147805	106	3.0	105	84	3	426	33	18	17	30	1.94
13151859--13151897	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
13152123--13152220	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
13152125--13152213	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
13155747--13155771	4	6.2	4	100	0	50	48	24	0	28	1.52
13156122--13156437	106	3.0	105	83	2	398	29	18	19	32	1.96
13158016--13158335	106	3.0	105	85	3	435	33	18	17	30	1.94
13160992--13161035	22	2.0	22	86	0	61	13	15	22	47	1.81
13161101--13161369	43	6.3	43	86	0	358	29	29	17	23	1.97
13164844--13164915	24	3.0	24	79	2	81	80	15	2	1	0.89
13165352--13165385	18	1.9	17	88	5	50	76	2	17	2	1.04
13165351--13165403	24	2.3	23	86	3	70	77	3	16	1	1.01
13166301--13166360	24	2.5	24	80	0	75	38	10	21	30	1.86
13166649--13167317	100	6.7	100	87	3	895	31	22	21	24	1.98
13166649--13167317	199	3.4	199	86	3	927	31	22	21	24	1.98
13166649--13167317	299	2.2	296	87	2	946	31	22	21	24	1.98
13167331--13167814	40	11.8	40	80	9	535	30	23	21	24	1.99
13167323--13167819	82	6.0	82	86	6	707	31	23	21	23	1.98
13167334--13167995	122	5.3	128	84	6	659	32	22	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13168242--13168275	17	1.9	18	88	5	52	47	11	29	11	1.76
13170363--13170678	106	3.0	105	83	2	416	29	18	19	32	1.96
13172233--13172269	19	1.9	19	100	0	74	32	21	5	40	1.76
13185022--13185165	21	6.9	21	70	3	65	42	17	22	17	1.89
13185017--13185165	42	3.5	42	83	3	165	42	17	22	16	1.88
13191494--13191543	26	1.9	26	95	0	91	50	12	14	24	1.76
13202202--13202249	19	2.5	19	96	0	87	50	4	6	39	1.47
13206386--13206548	63	2.6	63	95	0	281	36	16	16	30	1.91
13207847--13207927	42	1.9	42	97	0	153	28	27	20	23	1.99
13211167--13211227	29	2.3	27	76	20	65	11	16	1	70	1.24
13211509--13211542	16	2.1	16	89	10	52	29	0	0	70	0.87
13213972--13214077	21	5.0	21	78	4	97	16	22	16	43	1.88
13223455--13223553	23	4.3	23	87	5	155	30	25	20	24	1.99
13225451--13225475	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
13227605--13227646	21	1.9	23	81	18	54	45	11	7	35	1.69
13228797--13228829	18	1.9	18	88	11	52	33	0	12	54	1.37
13229961--13229997	19	1.9	19	94	0	65	62	0	2	35	1.10
13231585--13231622	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
13231835--13231876	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
13231844--13231885	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
13231992--13232233	47	5.3	46	69	17	148	47	3	3	45	1.35
13232051--13232123	28	2.6	28	85	8	87	52	2	1	43	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13232017--13232233	91	2.4	89	86	6	299	47	3	3	45	1.36
13232051--13232193	44	3.2	43	68	16	119	48	2	2	46	1.28
13239909--13239956	17	2.8	17	90	6	71	35	6	2	56	1.36
13240253--13240293	21	2.0	21	90	0	64	36	26	9	26	1.88
13249624--13249709	43	2.0	43	97	0	163	20	26	0	52	1.47
13249624--13249682	15	4.1	15	70	14	52	20	27	0	52	1.47
13249614--13249694	18	4.1	18	70	26	65	22	27	0	50	1.49
13250364--13250402	19	2.1	18	85	4	51	33	17	0	48	1.48
13251326--13251367	3	14.0	3	100	0	84	0	33	0	66	0.92
13254473--13254520	18	2.7	18	96	0	87	35	12	12	39	1.81
13254929--13255168	72	3.3	72	91	2	376	23	5	15	55	1.60
13257177--13257215	13	2.9	14	81	11	55	33	23	7	35	1.83
13257796--13257823	13	2.2	13	100	0	56	60	0	0	39	0.97
13258630--13258698	30	2.3	30	87	5	95	31	10	27	30	1.90
13266448--13267762	133	9.9	133	89	2	1518	29	19	23	28	1.98
13267510--13267700	44	4.3	44	66	5	116	31	19	21	27	1.97
13267576--13267757	44	4.2	45	67	9	108	31	19	22	25	1.98
13290820--13291575	379	2.0	379	99	0	1485	34	19	14	31	1.92
13300261--13300308	18	2.6	18	78	15	53	29	6	0	64	1.18
13301294--13301395	49	2.1	49	84	0	132	22	26	6	44	1.78
13301969--13302005	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
13302505--13302551	17	2.8	17	79	20	62	36	2	6	55	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13303000--13303025	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
13306775--13306908	66	2.0	66	91	2	216	30	23	11	35	1.90
13312322--13312364	20	2.1	21	86	4	61	48	6	18	25	1.73
13312327--13312369	20	2.2	20	83	8	52	53	6	16	23	1.67
13314051--13314142	36	2.5	36	79	8	105	10	25	4	59	1.49
13318779--13319043	139	1.9	140	91	2	435	47	14	23	14	1.81
13319219--13319537	159	2.0	159	96	0	584	29	13	12	44	1.81
13326132--13326171	19	2.0	20	85	4	55	27	0	2	70	1.01
13338533--13338571	14	3.0	13	82	10	53	43	0	0	56	0.99
13338537--13338568	15	2.2	14	94	5	55	34	0	0	65	0.93
13340167--13340262	25	3.8	25	70	10	79	40	18	9	31	1.83
13343610--13343721	55	2.0	55	100	0	224	34	16	16	33	1.91
13351069--13351106	20	1.9	20	88	0	58	28	2	21	47	1.64
13351379--13351680	41	7.4	40	83	3	325	22	19	26	30	1.98
13351378--13351674	82	3.6	82	85	1	364	22	19	27	29	1.98
13351378--13351680	123	2.5	123	83	2	358	22	19	26	30	1.98
13352094--13352126	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
13352206--13352378	83	2.1	84	84	5	228	26	0	30	42	1.60
13352345--13352389	14	3.2	14	87	0	63	20	0	44	35	1.51
13352345--13352382	7	5.4	7	87	0	58	18	0	47	34	1.49
13352345--13352389	21	2.1	21	83	0	54	20	0	44	35	1.51
13357607--13357672	34	1.9	35	84	9	91	39	1	3	56	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13357607--13357675	35	2.0	35	83	11	88	39	1	2	56	1.23
13357794--13357970	43	4.2	42	79	5	196	26	16	27	29	1.97
13357802--13357970	84	2.0	84	83	2	214	27	16	26	28	1.97
13360727--13360757	6	5.2	6	92	0	53	0	48	19	32	1.49
13377314--13377342	14	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
13379362--13379722	179	2.0	179	99	0	713	29	17	19	32	1.95
13388548--13388723	45	3.9	44	75	8	131	42	15	19	22	1.88
13388553--13388723	90	1.9	90	84	2	227	42	15	19	22	1.89
13388938--13389011	27	2.7	27	85	6	114	37	16	27	18	1.92
13392947--13392988	22	2.0	22	90	9	70	42	4	19	33	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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