genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15988202--15988272	13	5.5	13	86	0	106	50	2	7	39	1.44
15988201--15988272	26	2.8	26	100	0	144	50	2	6	40	1.44
15988244--15988387	40	3.5	40	87	7	216	46	2	9	40	1.51
15988361--15988558	17	10.6	17	71	23	132	41	1	12	44	1.51
15988317--15988441	57	2.1	57	88	5	178	42	1	12	44	1.51
15988378--15988484	40	2.7	40	94	2	189	43	1	11	42	1.51
15988277--15988538	97	2.6	99	95	3	458	43	1	11	43	1.51
15988418--15988567	57	2.6	57	95	2	266	42	1	11	44	1.48
15989900--15989939	11	3.7	11	93	3	64	27	27	10	35	1.89
15991137--15991337	84	2.4	83	93	2	330	29	17	19	32	1.95
15991721--15991746	12	2.2	12	100	0	52	19	34	7	38	1.80
15992358--15992615	111	2.3	112	91	1	410	27	27	18	25	1.98
15992584--15992647	32	2.0	32	100	0	128	31	31	18	18	1.95
15992473--15992759	144	2.0	143	97	0	547	27	29	19	23	1.98
15992616--15993072	111	4.1	112	97	0	864	26	29	19	24	1.99
15992360--15992870	255	2.0	256	93	1	882	27	28	19	24	1.98
15993037--15993153	40	2.9	40	92	0	189	20	29	15	34	1.93
15997651--15997822	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
15997653--15997875	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
15997651--15997875	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
15997807--15997884	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
16005539--16005710	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16005541--16005763	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
16005539--16005763	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
16005695--16005772	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
16009845--16009883	20	2.0	20	85	10	53	38	15	7	38	1.76
16019922--16019964	22	2.0	21	90	4	68	30	11	0	58	1.34
16020392--16020432	18	2.3	18	87	4	57	12	0	36	51	1.40
16020471--16020553	32	2.6	32	88	7	116	36	10	10	42	1.75
16022825--16022917	47	2.0	47	95	0	168	44	10	6	38	1.65
16025705--16025792	39	2.3	39	90	4	133	20	23	26	29	1.99
16027119--16027161	22	2.0	22	90	9	70	32	4	0	62	1.15
16035389--16035529	40	3.6	39	75	12	128	33	25	14	26	1.95
16035394--16035529	37	3.5	40	73	12	129	34	26	13	25	1.93
16036494--16036548	28	2.0	27	82	10	67	36	9	0	54	1.32
16042463--16042594	40	3.3	40	76	7	144	31	21	18	28	1.97
16043507--16043571	9	7.5	8	73	21	51	29	4	0	66	1.12
16043507--16043575	22	3.0	23	82	16	72	28	5	0	65	1.16
16043526--16043571	14	3.4	14	76	8	51	32	2	0	65	1.05
16043507--16043574	26	2.6	26	84	13	79	27	5	0	66	1.15
16043529--16043582	26	2.1	25	86	3	72	35	3	0	61	1.14
16043539--16043596	26	2.2	26	81	6	64	39	5	1	53	1.33
16044185--16044213	13	2.2	13	100	0	58	79	6	0	13	0.93
16044551--16044588	20	1.9	20	100	0	76	31	5	15	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16045952--16046012	32	1.9	32	89	0	95	50	13	3	32	1.57
16048247--16048279	3	11.0	3	100	0	66	33	0	33	33	1.58
16049641--16049669	14	2.1	14	100	0	58	24	34	0	41	1.55
16050122--16050179	22	2.6	23	86	8	84	46	3	43	6	1.47
16050511--16050542	9	3.4	10	87	12	50	56	0	0	43	0.99
16051886--16051927	22	2.0	21	95	4	75	61	0	0	38	0.96
16054335--16054379	24	1.9	23	82	13	56	48	24	6	20	1.73
16055423--16055473	24	2.1	24	88	0	75	27	23	1	47	1.63
16055479--16055639	33	4.8	32	69	8	106	29	24	14	31	1.95
16055467--16055712	101	2.4	101	91	2	386	29	24	14	31	1.95
16057599--16057667	30	2.3	30	83	14	81	59	4	0	36	1.17
16058588--16058625	16	2.2	18	86	9	53	18	13	7	60	1.56
16059539--16059577	13	3.2	12	89	7	53	30	0	2	66	1.05
16059694--16059734	19	2.2	19	86	8	57	56	0	2	41	1.13
16059872--16060018	48	3.1	48	66	18	124	44	2	4	48	1.38
16060059--16060092	13	2.6	13	82	17	52	82	0	2	14	0.79
16066877--16066934	19	3.0	19	82	7	55	39	1	12	46	1.51
16066892--16066934	19	2.3	19	88	4	61	39	0	11	48	1.40
16070906--16070962	26	2.2	26	96	3	107	33	10	7	49	1.64
16073769--16073877	54	2.0	54	100	0	218	29	15	14	40	1.87
16074367--16074431	32	2.0	32	82	11	80	50	3	12	33	1.55
16076344--16076385	21	2.0	21	100	0	84	38	4	19	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16080440--16080482	21	2.0	21	100	0	86	4	32	0	62	1.15
16080645--16080690	25	2.0	24	83	12	60	13	26	10	50	1.74
16081813--16081851	19	2.0	20	90	5	62	17	0	43	38	1.50
16083639--16083771	56	2.3	57	81	10	146	43	0	3	52	1.21
16083729--16083761	11	3.0	11	91	8	50	42	0	0	57	0.98
16083914--16083982	16	4.3	16	92	0	120	20	33	5	40	1.76
16084041--16084138	42	2.3	42	92	3	162	37	10	23	28	1.87
16084969--16085150	23	7.7	23	78	7	193	25	15	20	38	1.92
16084971--16085150	47	3.8	47	90	2	254	26	15	20	38	1.92
16085058--16085271	72	2.9	73	78	10	243	29	13	17	40	1.87
16085204--16085260	24	2.4	24	82	2	62	29	14	17	38	1.89
16085225--16085278	24	2.3	24	87	3	74	31	9	16	42	1.80
16088627--16088758	46	3.0	42	75	8	129	40	19	16	23	1.91
16089771--16089821	15	3.5	15	76	15	52	33	7	1	56	1.39
16100266--16100403	37	3.7	38	73	4	120	34	14	15	34	1.89
16101424--16101523	26	3.8	26	86	5	148	38	23	23	16	1.93
16101733--16101984	134	1.9	134	85	4	357	19	20	18	42	1.90
16101716--16101997	27	10.5	27	84	4	349	19	21	17	41	1.90
16109525--16109639	41	2.8	41	85	0	140	27	26	20	26	1.99
16114088--16114148	30	2.0	32	87	6	90	40	0	39	19	1.52
16115645--16115755	42	2.6	42	79	10	127	37	24	16	21	1.93
16115645--16115755	43	2.6	43	81	8	122	37	24	16	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16116800--16116833	15	2.3	15	94	0	59	38	0	0	61	0.96
16122917--16123018	41	2.5	41	88	3	143	28	19	25	26	1.99
16123315--16123368	27	2.0	27	100	0	108	48	3	14	33	1.62
16127284--16127379	49	2.0	49	83	4	122	35	18	11	34	1.87
16130384--16130416	13	2.3	15	85	15	52	3	18	0	78	0.87
16141055--16141112	25	2.3	25	90	0	98	13	37	31	17	1.89
16143018--16143084	25	2.7	24	80	17	75	23	29	19	26	1.98
16143077--16143155	24	3.3	23	76	13	63	18	26	18	35	1.95
16143165--16143251	25	3.5	24	75	10	77	22	27	20	28	1.99
16145168--16145216	18	2.6	19	83	6	64	20	20	2	57	1.51
16145190--16145277	43	2.1	42	87	6	124	20	22	2	54	1.56
16152867--16152915	20	2.5	19	81	15	55	42	2	0	55	1.11
16153097--16153132	6	5.7	6	90	9	54	27	0	5	66	1.13
16153097--16153132	13	2.8	12	91	8	54	27	0	5	66	1.13
16153091--16153137	13	3.8	12	81	13	51	23	0	8	68	1.17
16153258--16153339	14	5.6	14	72	11	65	23	52	7	17	1.69
16154858--16154887	13	2.3	13	100	0	60	43	0	6	50	1.28
16155369--16155403	3	11.3	3	93	6	61	68	0	31	0	0.90
16155346--16155428	9	7.3	12	80	16	58	69	0	28	1	0.96
16155582--16155710	60	2.2	60	94	0	231	31	0	13	55	1.39
16155620--16155711	27	3.2	27	67	21	78	29	0	17	53	1.44
16155905--16156192	98	2.9	101	82	11	358	29	1	17	52	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16157970--16158164	50	3.9	50	82	2	223	22	28	22	27	1.99
16157970--16158211	50	4.7	51	80	5	213	23	26	21	28	1.99
16162882--16163177	84	3.5	84	93	0	502	36	24	17	22	1.95
16162837--16163177	42	8.1	42	78	8	343	35	24	17	21	1.95
16163186--16163372	51	3.7	51	80	5	200	31	26	16	25	1.96
16167973--16168024	27	1.9	27	88	0	77	21	36	25	17	1.94
16173858--16174306	41	10.9	41	84	3	537	17	18	29	33	1.94
16174597--16175527	311	2.9	311	84	8	1116	29	2	27	41	1.67
16175366--16175396	15	2.1	15	100	0	62	19	0	45	35	1.51
16175836--16175884	19	2.5	19	83	3	62	73	4	2	20	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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