genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59575652--59575758	51	2.1	51	84	3	135	30	8	16	43	1.78
59578922--59578970	9	5.4	9	83	9	64	28	12	18	40	1.86
59579624--59579916	43	6.8	43	80	5	263	26	31	17	23	1.97
59579625--59579923	86	3.5	86	82	3	309	28	31	17	23	1.97
59579625--59579918	129	2.3	129	81	4	344	27	31	17	23	1.97
59584799--59584870	30	2.4	28	78	17	74	44	6	1	47	1.38
59586127--59586230	41	2.5	41	95	0	181	29	25	24	21	1.99
59586280--59586430	40	3.9	39	79	9	132	19	21	21	37	1.95
59586304--59586430	40	3.2	40	79	12	140	18	23	22	35	1.96
59590445--59590524	24	3.5	23	70	13	65	37	17	17	27	1.92
59590463--59590572	24	4.7	23	78	10	109	39	20	17	23	1.92
59590456--59590544	46	1.9	46	88	4	135	39	19	15	25	1.91
59591262--59591397	41	3.4	39	78	9	139	33	24	15	27	1.95
59592348--59592377	14	2.2	13	94	5	51	6	6	3	83	0.90
59593680--59593713	12	2.8	12	86	0	50	38	2	0	58	1.13
59597279--59597348	28	2.5	28	83	2	79	32	11	7	48	1.66
59597365--59597423	5	11.8	5	100	0	118	59	0	0	40	0.97
59597728--59597809	36	2.3	36	82	4	94	29	8	19	42	1.81
59597754--59597818	18	3.6	18	76	0	67	29	12	20	38	1.89
59598347--59598392	23	2.0	23	100	0	92	26	13	30	30	1.93
59598465--59598572	51	2.1	51	86	3	146	28	11	17	42	1.83
59598465--59598572	17	6.4	17	69	4	74	28	11	17	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59601213--59601494	123	2.3	125	90	4	437	30	14	20	33	1.93
59602698--59602729	15	2.1	15	100	0	64	28	28	18	25	1.98
59604583--59604689	23	4.2	23	72	21	88	32	0	20	46	1.51
59604582--59604829	29	8.8	29	87	9	354	29	0	24	45	1.54
59605352--59605386	18	1.9	18	88	0	52	31	11	31	25	1.91
59606037--59606068	7	4.6	7	96	0	55	62	12	0	25	1.30
59607150--59607216	31	2.2	31	91	0	107	64	0	0	35	0.94
59607250--59607299	22	2.3	22	93	6	84	36	0	34	30	1.58
59607482--59607547	29	2.3	28	76	5	69	46	15	13	24	1.81
59616280--59616317	20	1.9	20	94	0	67	39	0	26	34	1.57
59622019--59622058	21	1.9	21	84	0	53	30	2	15	52	1.55
59624542--59624572	4	7.8	4	92	0	53	48	3	0	48	1.17
59625467--59625592	61	2.1	61	86	3	173	26	25	26	21	1.99
59627222--59627563	170	2.0	170	98	1	659	25	19	28	26	1.98
59640051--59640098	19	2.6	18	86	6	60	58	8	0	33	1.28
59642127--59642171	17	2.6	17	82	0	54	46	13	11	28	1.77
59643006--59643183	24	7.6	23	83	8	189	21	14	31	32	1.93
59645844--59645918	36	2.1	36	82	0	87	25	13	10	50	1.73
59646713--59646759	24	1.9	24	82	4	58	6	10	2	80	0.96
59651244--59651291	19	2.6	18	86	6	60	58	8	0	33	1.28
59663058--59663106	20	2.3	21	79	13	55	67	6	2	24	1.24
59664000--59664043	22	2.0	22	95	0	79	68	2	9	20	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59664005--59664042	11	3.5	11	79	13	51	71	2	7	18	1.23
59664001--59664043	7	6.0	7	81	5	50	69	2	9	18	1.26
59665569--59665603	14	2.4	15	90	4	54	68	2	0	28	1.04
59665599--59665700	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
59666088--59666159	3	24.0	3	78	16	62	69	0	30	0	0.89
59666091--59666119	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
59666088--59666133	13	3.7	13	81	18	62	63	0	36	0	0.95
59666236--59666275	15	2.7	14	84	7	53	85	12	2	0	0.71
59666249--59666292	21	2.1	21	86	0	61	79	13	6	0	0.92
59666425--59666491	11	6.0	11	82	3	71	80	0	19	0	0.71
59666425--59666493	22	3.1	22	78	12	79	79	0	20	0	0.73
59666818--59667334	17	29.8	18	70	13	243	33	11	11	43	1.78
59666828--59666881	16	3.2	16	75	14	56	35	14	9	40	1.78
59666874--59667049	74	2.4	74	81	6	187	37	12	9	40	1.75
59667112--59667283	95	1.8	95	84	5	240	36	8	10	44	1.70
59667352--59667388	17	2.3	17	81	9	51	37	13	13	35	1.84
59667313--59667363	19	2.6	19	79	14	68	43	9	7	39	1.67
59682430--59682484	29	1.9	28	85	3	74	40	3	3	52	1.36
59683686--59683727	20	2.0	21	86	4	59	40	0	2	57	1.12
59688195--59688391	98	2.0	98	95	0	358	38	24	8	27	1.85
59688916--59688971	21	2.6	21	74	2	58	57	0	10	32	1.33
59689031--59689098	20	3.3	20	85	2	73	54	2	7	35	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59689060--59689102	21	2.0	21	100	0	86	51	9	11	27	1.69
59694001--59694178	23	7.8	23	85	7	247	38	16	12	31	1.87
59694871--59695030	41	3.9	41	81	6	137	31	25	16	26	1.96
59694960--59695051	40	2.3	40	88	3	132	34	28	15	21	1.94
59698260--59698372	19	5.8	19	85	4	163	38	10	15	34	1.83
59698261--59698367	40	2.7	40	92	2	173	39	11	14	34	1.82
59699660--59699856	98	2.0	98	94	0	349	28	9	24	37	1.87
59704539--59704594	14	4.1	13	76	19	51	78	0	19	1	0.84
59704550--59704594	20	2.2	20	92	0	72	77	0	20	2	0.87
59704552--59704595	6	7.0	6	82	10	52	77	0	20	2	0.88
59705812--59706260	44	10.2	44	64	14	174	31	20	23	24	1.98
59705800--59706414	132	4.7	131	94	1	993	31	19	24	24	1.98
59706428--59706633	84	2.4	85	81	10	231	30	19	22	27	1.98
59706407--59707286	217	4.1	217	92	1	1408	30	20	22	26	1.98
59706428--59707285	44	19.8	44	71	13	378	30	20	22	27	1.98
59707488--59707600	19	5.8	19	85	4	163	38	10	15	34	1.83
59707489--59707595	40	2.7	40	92	2	173	39	11	14	34	1.82
59708849--59709045	98	2.0	98	94	0	349	27	9	25	37	1.87
59717536--59717578	20	2.3	19	84	8	52	39	2	4	53	1.34
59722580--59722656	38	2.0	38	90	5	120	38	11	14	35	1.82
59728914--59728965	24	2.2	24	86	6	70	40	3	7	48	1.50
59730083--59730204	43	2.8	43	79	4	122	28	25	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59732216--59732259	21	2.1	21	83	8	54	36	2	15	45	1.59
59732203--59732316	59	1.9	60	84	8	153	35	2	14	47	1.59
59732368--59732397	15	2.0	15	93	0	51	63	0	3	33	1.11
59732399--59732444	24	2.0	22	83	8	56	45	0	8	45	1.34
59733792--59734227	237	1.8	239	90	5	702	39	17	14	27	1.89
59734896--59734969	29	2.7	27	76	17	71	36	37	1	24	1.64
59734950--59734995	7	6.6	7	84	0	65	34	50	0	15	1.44
59734852--59735117	146	1.8	146	89	1	417	40	30	1	27	1.64
59735562--59735757	41	4.8	40	78	9	173	33	27	16	22	1.95
59735559--59735758	82	2.4	81	82	4	242	33	26	17	22	1.96
59739605--59739666	31	2.0	31	96	0	115	41	14	9	33	1.79
59755848--59755912	20	3.1	21	75	18	64	60	4	15	20	1.53
59755858--59755912	22	2.6	21	78	16	60	60	5	14	20	1.54
59755974--59756014	21	1.9	22	85	5	57	48	2	2	46	1.28
59755965--59756036	23	3.1	22	74	9	56	47	1	2	48	1.25
59755951--59756018	19	3.6	18	72	20	50	42	1	2	52	1.25
59756091--59756136	21	2.4	19	82	13	58	54	15	6	23	1.64
59756451--59756556	38	2.7	40	82	8	112	59	2	1	35	1.23
59756455--59756564	19	5.7	19	72	12	82	60	2	1	34	1.21
59756506--59756558	10	5.7	9	76	14	54	60	3	0	35	1.15
59760297--59760333	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
59764594--59764868	27	10.2	27	80	8	294	42	20	17	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59765237--59765376	28	5.0	28	86	4	178	25	23	22	28	1.99
59765252--59765376	55	2.3	55	87	6	173	25	25	21	27	1.99
59770811--59770849	20	2.0	20	94	0	69	7	41	5	46	1.55
59772533--59772565	17	1.9	17	93	0	57	36	3	9	51	1.49
59772574--59772612	16	2.5	16	83	4	53	46	0	7	46	1.31
59772544--59772693	61	2.5	61	80	4	178	41	4	8	46	1.52
59772916--59772961	7	6.6	7	78	16	51	60	10	0	28	1.30
59772837--59773041	95	2.2	95	88	3	297	47	13	3	34	1.61
59772916--59772961	15	3.3	15	82	11	62	60	10	0	28	1.30
59772957--59773088	21	6.4	20	71	17	76	42	15	3	38	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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