genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24095990--24096447	242	1.9	242	85	2	643	36	7	28	26	1.84
24100064--24100120	5	11.2	5	75	17	55	22	3	0	73	0.98
24101768--24101801	12	2.8	12	81	0	50	17	5	0	76	0.98
24107779--24107803	12	2.1	12	100	0	50	24	28	24	24	2.00
24107963--24108019	9	6.4	9	81	4	62	43	26	7	22	1.78
24108122--24108170	18	2.7	18	83	0	62	18	2	40	38	1.62
24109445--24109478	14	2.4	14	90	0	50	38	8	23	29	1.85
24110058--24110093	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
24117497--24117534	14	2.8	13	88	7	58	60	0	0	39	0.97
24119984--24120013	3	10.0	3	100	0	60	66	33	0	0	0.92
24120708--24120962	125	2.0	126	88	0	377	24	21	19	34	1.96
24122131--24122526	47	8.5	47	91	2	620	40	14	12	31	1.84
24122780--24122814	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
24125337--24125458	30	4.1	30	86	7	176	36	9	16	36	1.82
24125331--24125451	59	2.0	60	96	1	226	38	10	14	35	1.82
24130049--24130170	30	4.1	30	86	7	176	36	10	16	36	1.83
24130043--24130163	59	2.0	60	96	1	226	38	11	14	35	1.83
24131236--24131347	24	4.6	24	80	13	131	29	22	24	24	1.99
24140755--24140800	22	2.0	23	84	12	60	13	0	36	50	1.41
24140852--24140985	34	3.9	34	81	4	135	41	0	14	43	1.50
24144550--24144592	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
24146366--24146426	17	3.4	17	70	12	59	52	14	3	29	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24146357--24146427	37	1.9	37	100	0	142	49	15	5	29	1.67
24146357--24146448	37	2.5	37	89	7	125	47	15	5	31	1.68
24146561--24146667	39	2.8	38	91	2	178	19	2	25	52	1.60
24146582--24146679	39	2.3	43	76	15	132	19	2	28	50	1.59
24148291--24148341	23	2.5	19	84	15	66	62	0	0	37	0.95
24148291--24148350	20	3.0	20	78	21	63	58	0	0	41	0.98
24153197--24153714	179	2.9	179	79	7	550	35	23	14	25	1.93
24155999--24156041	22	1.9	22	85	4	59	30	9	0	60	1.28
24157472--24157509	12	3.1	12	79	20	51	36	0	0	63	0.95
24157456--24157509	25	2.2	24	90	6	83	33	1	0	64	1.04
24157466--24157506	13	3.2	13	77	19	50	36	2	0	60	1.10
24160166--24160211	5	9.2	5	84	15	60	41	0	0	58	0.98
24160167--24160213	19	2.6	17	90	10	67	42	0	0	57	0.98
24161705--24161809	45	2.3	45	90	3	158	20	15	19	44	1.86
24161789--24161830	6	6.8	6	86	2	57	16	21	16	45	1.86
24167501--24167556	27	2.1	27	96	0	103	28	14	23	33	1.94
24172412--24172523	56	2.0	56	87	3	163	46	8	27	17	1.76
24173747--24173804	28	2.0	30	83	6	75	39	1	31	27	1.67
24177049--24177115	23	2.8	25	82	13	79	19	4	5	70	1.26
24177159--24177239	21	3.8	21	83	8	92	40	0	1	58	1.06
24177145--24177233	42	2.1	40	78	11	97	41	0	2	56	1.12
24177638--24177696	21	2.8	21	78	2	73	61	0	3	35	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24181414--24181570	43	3.7	43	77	7	149	24	19	27	29	1.98
24183959--24184095	30	4.6	29	81	5	132	25	25	22	26	2.00
24183959--24184090	60	2.2	60	83	5	160	25	25	22	27	2.00
24186304--24187031	363	2.0	363	97	0	1384	25	26	17	29	1.98
24188077--24188133	20	2.8	21	81	10	73	64	0	0	35	0.93
24189615--24189780	41	4.1	41	91	3	255	34	1	0	63	1.05
24189672--24189759	30	2.9	32	80	12	89	36	0	0	63	0.95
24189645--24189748	10	10.2	10	74	15	54	34	0	0	65	0.93
24189735--24189796	32	2.0	31	93	3	106	40	1	0	58	1.08
24189903--24189931	10	2.7	11	94	5	51	10	62	27	0	1.28
24190985--24191049	27	2.4	27	78	0	85	27	33	30	7	1.85
24191125--24191186	3	21.3	3	77	12	67	66	0	33	0	0.92
24191125--24191186	20	3.3	20	76	17	71	66	0	33	0	0.92
24191213--24191260	21	2.3	20	85	3	60	68	0	29	2	1.01
24191474--24191681	76	2.7	75	77	9	222	34	5	9	50	1.58
24191656--24191785	6	21.7	6	96	0	170	33	7	0	59	1.26
24195429--24195487	25	2.3	25	82	8	66	59	10	6	23	1.54
24197517--24198335	160	5.1	160	93	2	1407	27	8	8	54	1.60
24197491--24198335	321	2.7	317	93	4	1404	28	8	8	54	1.61
24198478--24198605	30	4.4	30	75	15	133	62	7	6	24	1.44
24198501--24198543	19	2.2	20	95	4	79	69	4	0	25	1.07
24198597--24198671	39	1.9	39	84	7	100	60	2	6	30	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24198865--24198973	3	36.3	3	69	14	55	1	36	1	59	1.19
24198924--24198973	11	4.5	11	80	14	59	4	34	0	62	1.14
24199497--24199530	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
24200226--24200302	31	2.6	29	81	6	91	53	6	2	37	1.41
24202272--24202308	7	5.3	7	90	0	56	27	29	5	37	1.79
24202222--24202448	51	4.4	50	86	8	292	31	23	12	32	1.92
24203503--24203590	30	2.9	30	82	1	104	31	10	19	38	1.85
24203564--24203777	105	2.0	105	90	0	338	28	7	26	37	1.84
24214609--24214690	33	2.5	33	94	5	141	36	13	13	36	1.84
24217588--24217632	23	2.0	23	86	4	65	53	2	6	37	1.40
24217813--24217882	3	23.3	3	76	5	70	61	4	4	30	1.34
24217830--24217908	18	4.5	17	75	13	54	60	1	7	30	1.32
24224363--24224584	41	5.4	41	86	0	309	29	24	22	22	1.99
24224622--24224756	40	3.4	38	73	11	103	19	23	22	34	1.96
24227991--24228019	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
24245615--24245700	38	2.2	40	84	14	108	50	0	11	38	1.39
24245726--24245755	15	1.9	16	93	6	53	40	0	13	46	1.43
24252229--24252263	18	1.9	18	88	0	52	45	0	2	51	1.16
24270385--24270410	6	4.3	6	100	0	52	50	0	15	34	1.45
24277613--24277690	38	2.1	38	97	0	147	30	25	14	29	1.94
24293100--24293180	39	2.1	39	100	0	162	19	14	9	55	1.67
24293493--24293834	29	11.2	29	91	6	513	38	9	0	51	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24293493--24293834	60	5.6	59	91	6	526	38	9	0	51	1.40
24293493--24293834	89	3.7	90	91	5	544	38	9	0	51	1.40
24296983--24297067	21	4.0	22	81	6	93	52	16	29	1	1.51
24298204--24298390	17	10.4	17	76	11	167	43	10	13	32	1.78
24298928--24298972	11	3.8	11	80	13	54	0	17	0	82	0.68
24298928--24298972	12	3.8	12	85	11	65	0	17	0	82	0.68
24299185--24299237	20	2.7	20	77	16	56	0	39	0	60	0.97
24299469--24299633	30	5.6	30	84	5	194	44	5	18	31	1.72
24299469--24299633	59	2.8	60	82	6	178	44	5	18	31	1.72
24299816--24301448	78	20.9	78	83	7	1831	35	18	16	28	1.93
24302198--24302273	35	2.2	35	88	2	109	26	31	11	30	1.92
24307989--24308013	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
24308523--24308565	3	14.3	3	81	18	54	34	0	0	65	0.93
24308523--24308570	9	5.0	10	79	20	50	35	0	0	64	0.94
24308523--24308570	24	2.0	24	88	8	71	35	0	0	64	0.94
24308819--24308851	10	3.4	10	91	4	50	12	3	0	84	0.72
24310632--24310882	35	7.1	34	78	10	227	45	10	12	32	1.76
24310635--24310883	17	13.9	18	74	11	199	45	10	12	32	1.75
24311235--24311277	9	4.6	9	83	11	59	0	13	0	86	0.58
24311235--24311291	20	2.8	19	89	7	78	0	19	0	80	0.71
24311450--24311503	13	4.2	13	83	11	58	5	9	0	85	0.75
24311872--24312037	29	5.6	30	77	8	144	42	5	20	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24311872--24312035	59	2.8	59	78	7	172	42	5	20	31	1.75
24316592--24316647	21	2.7	21	82	0	76	26	5	35	32	1.79
24316853--24316920	33	2.0	34	86	8	95	54	1	0	44	1.09
24317571--24317599	14	2.1	14	100	0	58	58	6	6	27	1.50
24319696--24319729	17	2.0	17	88	0	50	52	11	8	26	1.67
24326127--24326210	25	3.4	25	76	3	80	20	27	19	33	1.96
24328658--24328691	17	2.1	16	88	5	50	26	8	5	58	1.51
24328707--24328738	12	2.6	13	90	9	50	37	0	0	62	0.95
24329458--24329497	20	2.1	18	86	9	53	30	2	2	65	1.19
24329578--24329612	15	2.2	17	90	10	56	37	2	0	60	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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