genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2090267--2090323	19	3.1	19	79	2	53	57	1	1	38	1.19
2095545--2095590	9	5.2	8	82	17	56	39	23	10	26	1.88
2099857--2099892	12	3.0	12	91	0	54	2	22	63	11	1.39
2104295--2104325	14	2.2	14	94	0	53	51	0	38	9	1.35
2105195--2105256	27	2.5	24	73	21	63	35	8	0	56	1.29
2110144--2110284	57	2.5	57	96	0	255	29	39	7	24	1.81
2110120--2110310	24	7.2	24	70	17	103	29	39	7	23	1.83
2116213--2116286	18	4.1	17	73	13	58	32	2	1	63	1.17
2116219--2116287	36	1.9	36	85	5	95	31	1	1	65	1.11
2119656--2119701	24	1.9	24	90	0	74	30	2	4	63	1.26
2119752--2119829	27	2.9	27	82	0	102	30	19	28	21	1.97
2119904--2119973	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
2119909--2119979	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
2120174--2120232	19	3.2	18	80	4	73	38	10	0	50	1.36
2120182--2120232	18	2.7	19	81	3	68	37	11	0	50	1.39
2120229--2120275	18	2.6	19	83	6	53	53	0	10	36	1.36
2120244--2120284	19	2.1	19	86	4	55	53	0	9	36	1.34
2120351--2120428	27	2.9	27	90	0	120	16	30	21	30	1.96
2120493--2120546	28	2.0	25	86	10	72	55	1	11	31	1.45
2124446--2124503	30	1.9	31	82	10	75	20	15	25	37	1.92
2133372--2133420	22	2.1	23	85	7	64	51	2	0	46	1.12
2133801--2133923	26	4.6	27	80	14	87	37	4	0	57	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133859--2133914	17	3.3	17	90	9	96	42	0	0	57	0.99
2133857--2133923	26	2.6	27	90	7	111	41	1	0	56	1.08
2133860--2133913	8	6.5	8	95	4	90	44	0	0	55	0.99
2133850--2133924	9	8.9	8	80	11	62	40	1	0	58	1.06
2137132--2137200	31	2.3	31	94	2	122	34	23	1	40	1.64
2142415--2142549	70	1.9	70	93	0	234	41	13	17	28	1.86
2154384--2154422	18	2.2	18	90	0	60	51	7	28	12	1.67
2154892--2154964	38	1.9	38	86	5	103	24	9	17	47	1.77
2164182--2164232	24	2.2	24	86	6	70	41	0	9	49	1.36
2167939--2168002	5	13.2	5	83	6	69	54	0	0	45	0.99
2167939--2168002	22	2.8	22	81	9	67	54	0	0	45	0.99
2187383--2187421	14	2.8	14	85	11	53	58	2	2	35	1.25
2188131--2188193	31	2.0	30	82	11	74	33	9	12	44	1.75
2188547--2188576	15	2.0	15	100	0	60	40	6	26	26	1.81
2194798--2194836	21	1.9	20	84	5	51	20	10	12	56	1.65
2196024--2196051	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
2201424--2201466	20	2.2	20	95	0	77	51	13	11	23	1.74
2207415--2207457	21	2.0	22	86	4	61	41	4	0	53	1.21
2223902--2223971	34	2.1	34	97	0	131	42	4	5	47	1.47
2226125--2226149	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2226869--2227163	135	2.2	135	95	0	518	35	15	23	25	1.94
2229279--2229334	29	1.9	29	85	0	76	33	17	8	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2243787--2243828	16	2.6	16	79	20	52	33	2	0	64	1.07
2244345--2244398	25	2.2	26	80	10	67	64	3	5	25	1.32
2246108--2246160	25	2.2	24	86	3	70	16	22	22	37	1.94
2274232--2274266	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
2275742--2275774	16	2.1	16	100	0	66	18	6	30	45	1.73
2279913--2279957	23	2.0	23	82	4	56	48	6	6	37	1.56
2281101--2281197	33	2.8	35	72	20	89	45	3	1	50	1.24
2281644--2281671	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
2284352--2284391	21	1.9	21	84	0	53	42	15	17	25	1.88
2284520--2284582	18	4.1	16	72	25	55	52	3	1	42	1.27
2284540--2284584	20	2.2	21	80	11	58	53	0	2	44	1.13
2285854--2285932	29	2.6	32	78	10	92	41	8	2	46	1.48
2289934--2289995	25	2.4	26	86	5	81	37	0	1	61	1.06
2289900--2289975	38	2.0	39	92	2	127	35	1	0	63	1.03
2294728--2294782	23	2.4	23	87	6	76	20	18	10	50	1.76
2299562--2299681	38	3.0	38	79	15	150	41	10	19	28	1.85
2299580--2299671	45	2.0	45	97	0	175	41	10	21	26	1.86
2304240--2304307	31	2.2	31	86	5	93	44	10	10	35	1.73
2310333--2310404	31	2.3	32	80	4	85	36	8	16	38	1.79
2313843--2313880	15	2.5	15	87	8	51	55	28	0	15	1.41
2314128--2314167	19	2.0	20	85	4	55	67	0	5	27	1.11
2315690--2315762	28	2.6	28	80	0	83	39	1	0	58	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2321223--2321256	17	2.0	17	88	0	50	52	0	0	47	1.00
2323293--2323367	26	2.9	26	80	4	80	22	26	28	22	1.99
2325304--2325410	51	2.1	51	81	6	119	35	13	9	42	1.76
2327640--2327680	21	2.0	21	85	0	55	43	12	4	39	1.63
2328303--2328330	13	2.2	13	100	0	56	32	0	21	46	1.52
2328312--2328362	26	2.0	26	84	0	66	39	0	19	41	1.52
2328548--2328667	64	1.9	64	85	0	168	22	20	21	35	1.96
2339201--2339264	30	2.1	30	85	0	83	51	9	21	17	1.73
2347183--2347219	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
2347959--2348020	27	2.3	26	84	10	81	64	3	1	30	1.19
2360575--2360719	72	2.0	72	93	0	245	37	19	15	27	1.91
2360934--2360958	6	4.2	6	100	0	50	80	0	20	0	0.72
2365261--2365308	20	2.4	20	86	6	62	58	0	2	39	1.10
2366069--2366097	3	9.7	3	100	0	58	34	34	0	31	1.58
2371200--2371229	5	6.0	5	92	0	51	63	0	0	36	0.95
2372607--2372662	22	2.6	22	81	10	71	48	1	1	48	1.22
2386562--2386660	31	3.2	31	69	12	78	43	8	10	38	1.68
2390653--2390699	24	1.9	25	86	4	69	72	0	0	27	0.85
2403838--2403871	14	2.3	15	90	5	52	38	2	2	55	1.30
2404201--2404246	21	2.2	21	84	3	58	34	41	10	13	1.79
2407195--2407664	154	3.0	153	89	3	685	20	7	22	50	1.73
2427605--2427663	21	2.7	23	79	10	70	35	1	16	45	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2427605--2427658	14	3.8	14	82	4	63	37	1	14	46	1.56
2438894--2438963	32	2.2	32	84	2	88	31	8	11	48	1.69
2449974--2450148	75	2.3	75	96	0	314	19	21	16	42	1.89
2454532--2454556	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2454601--2454650	16	3.1	16	79	0	55	38	0	4	58	1.17
2461027--2461095	32	2.1	33	97	2	131	40	8	8	42	1.67
2461767--2461829	8	7.8	8	79	10	74	36	0	1	61	1.05
2462859--2462933	19	4.0	19	70	20	68	36	1	26	36	1.65
2463181--2463280	41	2.6	37	73	6	92	22	20	30	28	1.98
2465667--2465794	54	2.3	56	89	6	190	22	12	3	61	1.45
2465961--2466027	19	3.5	19	71	18	66	26	4	2	65	1.26
2465952--2466032	39	2.1	39	97	0	153	25	3	2	67	1.19
2467909--2467966	27	2.2	25	81	6	62	25	0	5	68	1.10
2469749--2469773	12	2.1	12	100	0	50	92	0	8	0	0.40
2473195--2473223	11	2.5	12	88	11	51	37	0	0	62	0.96
2474227--2474257	16	2.0	16	93	6	55	70	3	0	25	1.02
2477533--2477581	24	2.0	24	96	0	89	32	36	8	22	1.84
2480154--2480194	18	2.2	19	87	12	59	21	0	7	70	1.11
2484526--2484575	20	2.5	20	87	12	68	36	0	8	56	1.29
2485040--2485110	31	2.3	32	80	9	85	43	21	12	22	1.86
2485139--2485179	21	2.0	21	90	0	64	26	19	26	26	1.99
2485784--2485980	98	2.0	98	96	0	367	37	23	9	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2487264--2487397	19	6.7	21	77	10	68	40	14	6	38	1.73
2487264--2487321	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
2487300--2487410	19	5.8	19	86	0	168	37	14	9	38	1.78
2487300--2487403	38	2.7	38	95	0	190	38	13	8	39	1.75
2487739--2487978	132	1.8	132	90	3	385	28	25	17	27	1.98
2493343--2493539	98	2.0	98	96	0	367	37	23	9	29	1.87
2494814--2494947	19	6.7	21	78	10	77	40	14	6	38	1.72
2494814--2494871	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
2494850--2494960	19	5.8	19	89	0	177	37	13	9	39	1.76
2494850--2494953	38	2.7	38	98	0	199	38	12	8	40	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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