genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6956247--6956324	31	2.5	31	83	4	95	41	25	6	26	1.79
6961503--6961648	41	3.5	41	86	0	202	24	28	18	28	1.98
6961996--6962763	112	6.8	112	97	1	1437	41	14	3	40	1.63
6962172--6962204	12	2.8	12	90	4	50	51	9	3	36	1.49
6962286--6962318	12	2.8	12	90	4	50	51	9	3	36	1.49
6961996--6962763	226	3.4	225	97	1	1441	41	14	3	40	1.63
6962398--6962430	12	2.8	12	90	4	50	51	9	3	36	1.49
6962510--6962542	12	2.8	12	90	4	50	51	9	3	36	1.49
6975871--6975896	11	2.4	11	100	0	52	7	15	0	76	0.99
6975869--6975897	11	2.5	12	88	11	51	6	17	0	75	1.01
6979254--6979442	59	3.2	59	73	11	204	42	1	2	53	1.22
6979313--6979498	61	3.1	60	72	12	200	43	2	3	50	1.32
6979253--6979498	120	2.0	120	96	0	456	43	1	3	51	1.27
6979290--6979473	59	3.1	59	72	12	203	41	1	4	52	1.31
6987561--6987628	33	2.1	33	94	0	118	41	0	29	29	1.57
6997615--6997644	6	5.2	6	92	8	53	53	0	16	30	1.44
6997615--6997644	11	2.6	12	94	5	53	53	0	16	30	1.44
6999344--6999397	27	2.0	28	92	3	92	22	24	27	25	2.00
6999242--6999574	102	3.3	102	93	0	549	20	21	27	30	1.98
7004166--7005253	149	7.2	149	86	6	1340	51	6	9	31	1.61
7004166--7005281	154	7.3	153	86	5	1457	52	6	9	31	1.61
7005565--7005609	23	2.0	23	87	12	67	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7013126--7013156	6	5.3	6	92	7	55	64	0	0	35	0.94
7013128--7013152	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
7031255--7031299	23	2.0	23	86	8	65	46	2	2	48	1.26
7031831--7032120	105	2.8	105	88	1	420	37	8	11	43	1.71
7041274--7041313	19	2.1	19	85	0	53	42	22	5	30	1.75
7043256--7043297	22	1.9	22	90	9	68	47	33	2	16	1.60
7043276--7043337	31	2.0	31	87	0	88	51	24	1	22	1.57
7044662--7044717	29	1.9	29	85	0	76	35	5	8	50	1.57
7054607--7054636	11	2.7	11	89	0	51	0	50	0	50	1.00
7055462--7055505	22	2.0	22	86	4	63	38	2	6	52	1.41
7072392--7072462	35	2.0	35	100	0	142	29	19	14	36	1.91
7074282--7074333	25	2.0	26	85	3	70	25	3	21	50	1.65
7075646--7075677	16	2.0	16	100	0	64	56	6	12	25	1.59
7077009--7077102	47	2.0	47	89	0	143	29	14	22	32	1.94
7077594--7077999	9	44.6	9	69	21	86	47	14	0	38	1.47
7077633--7077665	16	2.1	16	94	0	57	45	21	0	33	1.52
7077652--7078004	31	11.6	31	78	14	187	47	14	0	38	1.47
7077640--7078005	134	2.7	136	92	2	612	46	15	0	37	1.48
7077790--7078005	103	2.0	109	81	14	222	47	15	0	36	1.46
7077945--7078119	94	1.9	92	85	9	246	45	12	2	39	1.57
7083658--7083708	21	2.4	21	86	0	66	35	15	43	5	1.71
7083607--7083774	87	1.9	87	89	4	259	40	16	30	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7083669--7083709	21	2.0	21	95	0	73	34	14	43	7	1.73
7083758--7083797	21	1.9	21	89	0	62	37	12	42	7	1.71
7084119--7084378	43	6.1	43	87	3	334	21	21	25	31	1.98
7084120--7084371	83	3.0	85	84	5	314	22	21	25	31	1.98
7090464--7091013	47	11.6	47	95	2	922	33	8	29	29	1.86
7099132--7099165	16	2.1	16	100	0	68	17	0	11	70	1.16
7099382--7099423	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
7101219--7101265	3	15.7	3	78	8	51	65	2	2	29	1.15
7113674--7113730	26	2.2	26	84	9	73	43	12	5	38	1.65
7116216--7116292	24	3.2	24	78	14	86	51	10	7	29	1.64
7116223--7116305	24	3.4	23	78	8	67	50	8	9	31	1.65
7117794--7118461	89	7.5	88	83	4	628	30	24	15	30	1.95
7117792--7118432	133	4.8	134	83	2	718	30	24	14	30	1.95
7117822--7118461	45	14.4	44	80	5	624	30	23	15	30	1.95
7119753--7119785	6	5.5	6	92	0	57	0	18	0	81	0.68
7120399--7120441	18	2.4	18	88	0	59	62	6	18	11	1.50
7122332--7122377	19	2.4	20	85	7	60	43	8	19	28	1.80
7122405--7122431	14	1.9	14	100	0	54	48	14	7	29	1.71
7122824--7122857	16	2.1	16	100	0	68	41	23	17	17	1.90
7133618--7133676	22	2.6	23	81	5	75	44	3	10	42	1.55
7142593--7142682	17	5.2	17	70	12	67	23	16	28	31	1.96
7142563--7142682	52	2.3	51	83	7	136	23	18	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7143431--7143508	23	3.3	23	71	16	70	14	10	8	66	1.44
7147868--7147963	31	3.1	31	92	3	165	31	9	12	46	1.73
7159655--7159701	14	3.4	14	88	5	69	53	8	23	14	1.69
7159655--7159709	13	4.1	13	90	6	74	49	10	23	16	1.77
7159948--7160044	33	2.8	35	72	20	89	45	3	1	50	1.24
7161914--7161952	3	13.0	3	100	0	78	0	33	0	66	0.92
7164809--7164860	28	1.9	26	84	7	68	32	1	0	65	1.04
7169082--7169131	6	8.2	6	78	12	57	54	0	0	46	1.00
7169094--7169140	25	1.9	24	95	4	85	59	0	0	40	0.97
7170628--7170689	24	2.6	24	84	5	72	17	32	17	32	1.94
7170791--7170946	73	2.1	75	81	5	176	17	25	23	33	1.96
7170772--7170958	24	7.6	24	68	14	69	17	25	22	34	1.96
7177511--7177702	21	9.1	21	66	6	93	43	16	21	18	1.88
7177511--7177698	42	4.5	42	75	5	164	42	16	21	19	1.89
7177511--7177707	84	2.3	84	80	8	220	43	16	21	18	1.88
7178310--7178340	16	1.9	16	93	0	53	54	9	0	35	1.33
7179703--7179741	20	2.0	20	100	0	78	41	17	5	35	1.72
7181208--7181275	21	3.3	21	74	12	61	42	2	5	48	1.42
7186926--7186976	2	25.5	2	100	0	102	0	49	0	50	1.00
7196487--7196530	20	2.1	21	87	8	63	52	2	0	45	1.13
7201086--7201151	34	1.9	34	81	6	80	40	6	13	39	1.69
7201422--7201566	41	3.5	41	93	1	238	28	20	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7204600--7204630	16	2.0	15	93	6	53	0	29	0	70	0.87
7204835--7204891	30	1.9	29	86	10	80	49	5	0	45	1.24
7205762--7205796	18	1.9	18	88	0	52	51	5	17	25	1.67
7205807--7205841	17	2.1	17	88	0	52	77	0	5	17	0.96
7206076--7206151	3	25.3	3	75	10	66	64	6	2	26	1.31
7210371--7210450	34	2.3	35	78	2	99	55	3	7	33	1.46
7210692--7210716	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
7211274--7211317	21	2.2	20	87	4	61	75	0	11	13	1.06
7212219--7212895	44	15.2	44	72	11	479	28	22	16	32	1.96
7212257--7212777	89	5.8	89	92	0	862	27	23	17	31	1.96
7212219--7212895	133	5.1	133	78	9	639	28	22	16	32	1.96
7212219--7212867	178	3.6	177	86	4	810	28	22	16	32	1.96
7214191--7214237	14	3.4	14	77	16	53	12	14	0	72	1.13
7214198--7214237	7	5.7	7	88	11	64	12	15	0	72	1.12
7215159--7215199	19	2.2	19	90	0	64	68	7	12	12	1.39
7217088--7217133	24	1.9	24	82	8	58	41	6	21	30	1.78
7217577--7217610	16	2.1	16	94	0	59	44	23	14	17	1.86
7219063--7219142	34	2.3	35	78	2	99	55	3	7	33	1.46
7219385--7219409	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
7219968--7220011	21	2.2	20	87	4	61	75	0	11	13	1.06
7223780--7223859	39	2.0	40	85	7	110	37	2	7	52	1.43
7228434--7228477	22	1.9	23	90	9	72	27	2	4	65	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7232830--7232885	7	8.1	7	82	6	62	80	1	14	3	0.93
7232830--7232885	19	2.8	20	86	8	69	80	1	14	3	0.93
7233748--7233803	24	2.3	24	90	6	87	32	12	25	30	1.92
7234133--7235038	44	20.2	45	71	11	412	30	19	21	27	1.98
7234133--7235020	133	6.6	135	73	11	486	30	19	22	27	1.97
7236390--7236489	26	3.8	26	75	10	96	33	5	3	59	1.34
7236533--7236582	8	6.1	8	78	15	50	24	0	2	74	0.93
7238923--7238968	22	2.1	22	87	0	65	30	34	10	23	1.89
7238933--7238976	22	2.0	22	86	0	61	31	31	6	29	1.84
7238955--7239204	46	5.5	46	66	11	120	31	29	10	28	1.91

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