genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62538363--62538408	20	2.3	20	85	3	58	28	0	6	65	1.17
62541739--62541778	19	2.1	19	95	0	71	37	12	22	27	1.90
62559224--62559263	19	2.2	19	86	8	57	77	0	2	20	0.88
62566015--62566073	29	2.0	29	86	0	82	23	11	22	42	1.86
62566581--62566639	12	5.0	12	76	10	50	28	10	11	49	1.72
62566811--62566865	23	2.3	23	81	9	58	27	10	20	41	1.85
62579414--62579490	35	2.2	36	92	2	138	48	2	2	46	1.29
62591615--62591659	18	2.5	18	81	0	54	62	6	2	28	1.33
62591647--62591713	28	2.4	30	79	18	83	61	4	1	32	1.25
62598973--62599050	41	1.9	41	94	0	138	17	15	21	44	1.86
62605367--62605401	16	2.2	16	100	0	70	42	5	0	51	1.25
62618309--62618333	8	3.1	8	100	0	50	12	52	12	24	1.72
62618901--62618935	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
62619400--62619466	3	22.3	3	73	11	57	31	0	7	61	1.24
62619407--62619477	22	3.1	23	82	13	67	32	1	11	54	1.44
62619569--62619616	3	16.0	3	86	0	69	29	2	0	68	1.01
62619818--62619933	8	12.6	9	68	21	62	38	3	1	56	1.27
62619825--62619956	64	2.1	64	83	11	164	37	3	2	56	1.30
62619887--62619946	20	3.0	18	76	21	57	35	5	1	58	1.30
62620302--62620396	38	2.5	37	78	13	97	36	12	1	49	1.48
62622710--62622752	21	2.0	21	100	0	86	58	9	0	32	1.30
62656998--62657041	20	2.2	20	100	0	88	63	9	9	18	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62665194--62665269	10	8.0	10	75	8	61	59	2	2	35	1.25
62665214--62665256	9	5.0	8	78	15	50	67	2	2	27	1.15
62665180--62665256	18	4.3	17	74	16	57	63	2	3	29	1.25
62665476--62665506	16	1.9	16	93	0	53	22	6	3	67	1.28
62665454--62665524	35	2.0	35	83	5	90	33	4	1	60	1.25
62665618--62665841	88	2.6	88	86	0	288	29	8	21	39	1.84
62678948--62679002	23	2.3	24	84	3	76	47	3	3	45	1.38
62681237--62681279	18	2.3	19	80	15	54	62	2	0	34	1.08
62683619--62683656	17	2.4	17	86	8	53	42	5	23	28	1.76
62694348--62694374	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
62698291--62698334	16	2.8	16	86	6	63	79	0	18	2	0.83
62699139--62699175	15	2.3	17	81	13	51	75	0	10	13	1.04
62699140--62699175	8	4.6	8	86	6	56	75	0	11	13	1.06
62700370--62701842	88	16.7	88	93	0	2374	27	23	24	24	2.00
62701704--62701922	45	4.9	45	71	13	157	28	26	23	22	1.99
62701930--62702302	100	3.7	97	84	5	453	33	22	20	23	1.97
62701936--62702264	50	6.6	49	76	5	286	33	22	20	23	1.97
62702238--62702600	125	2.9	125	89	3	534	33	21	19	25	1.97
62702463--62702512	25	2.0	25	84	0	64	36	20	18	26	1.95
62702684--62702887	44	4.6	45	81	6	195	27	19	25	27	1.98
62704348--62704383	3	12.0	3	93	0	63	33	0	2	63	1.08
62710280--62710314	16	2.1	17	89	5	54	37	5	5	51	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62714581--62714626	24	2.0	23	82	4	56	36	10	4	47	1.58
62722997--62723176	42	4.5	42	78	12	216	33	28	16	22	1.95
62723085--62723209	33	3.5	33	75	17	124	35	28	16	20	1.94
62723040--62723214	75	2.3	75	93	0	287	32	28	17	22	1.96
62730167--62730217	23	2.3	23	87	12	72	41	0	0	58	0.98
62738818--62738870	23	2.3	23	84	9	65	37	3	0	58	1.16
62738978--62739017	19	2.1	19	86	9	55	60	10	0	30	1.30
62741690--62741750	9	7.0	8	77	18	52	67	3	4	24	1.26
62743815--62743876	19	3.1	19	70	20	63	17	17	17	46	1.84
62743799--62743876	41	1.9	41	94	0	138	17	16	20	44	1.86
62744262--62744335	39	1.9	38	89	8	114	33	22	22	20	1.97
62744395--62744650	76	3.2	79	81	8	288	22	19	25	33	1.97
62744394--62744657	117	2.2	121	85	5	358	23	18	25	32	1.97
62744395--62744663	41	6.7	41	82	5	309	23	19	24	32	1.98
62744760--62744810	26	2.0	26	84	0	66	60	3	9	25	1.45
62745071--62745104	14	2.3	15	90	5	52	35	0	29	35	1.58
62745135--62745161	14	1.9	14	100	0	54	22	0	48	29	1.51
62745173--62745352	87	2.0	89	88	2	265	26	2	28	42	1.69
62745360--62745385	7	3.7	7	100	0	52	0	0	57	42	0.98
62745793--62746045	43	5.9	43	89	0	371	18	17	33	30	1.94
62746138--62746180	22	2.0	22	90	0	68	44	27	18	9	1.80
62760008--62760052	24	1.9	23	81	4	54	37	11	4	46	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62762363--62762474	55	2.0	55	100	0	224	41	12	7	38	1.70
62766322--62766388	34	1.9	35	87	3	100	46	13	8	31	1.74
62767352--62767382	16	1.9	16	93	0	53	58	0	6	35	1.24
62768039--62768135	41	2.4	41	84	1	115	18	14	26	40	1.89
62773166--62773256	13	6.6	13	68	20	51	41	12	2	43	1.54
62773167--62773210	17	2.6	17	96	0	79	45	15	0	38	1.47
62773151--62773265	53	2.1	53	88	6	167	40	10	3	45	1.55
62773734--62774112	9	43.8	9	71	16	232	45	19	2	32	1.64
62773428--62773775	157	2.2	157	97	2	655	43	15	4	36	1.66
62773740--62774050	16	19.5	16	67	20	147	46	19	1	32	1.61
62773740--62774107	25	14.6	25	74	14	216	45	19	2	32	1.63
62773763--62774108	34	10.4	33	71	19	211	45	19	2	32	1.64
62773763--62774081	103	3.1	103	89	4	434	45	19	2	32	1.63
62777652--62777691	20	2.0	20	85	9	55	55	25	17	2	1.55
62778628--62778657	14	2.1	14	93	6	51	26	0	0	73	0.84
62780886--62780929	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
62785211--62785890	88	7.8	88	91	1	994	29	21	22	25	1.99
62786053--62786158	44	2.4	44	78	7	126	29	24	24	21	1.99
62787668--62787697	14	2.1	14	93	6	51	26	0	0	73	0.84
62791096--62791166	21	3.4	21	88	0	106	29	19	47	2	1.64
62791463--62791604	42	3.3	43	89	3	207	24	19	23	33	1.97
62792282--62792323	11	3.2	13	80	19	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62792271--62792323	26	2.1	25	86	10	72	45	1	1	50	1.23
62800370--62800433	28	2.2	28	75	8	67	65	7	4	21	1.37
62800637--62800680	20	2.2	20	84	15	56	34	4	2	59	1.30
62806028--62806077	20	2.5	20	76	0	55	42	16	0	42	1.47
62810458--62810526	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
62810458--62810526	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
62810507--62810597	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
62815320--62815509	97	2.0	97	82	8	235	27	16	8	47	1.76
62816395--62816882	46	10.7	46	85	4	659	25	15	24	34	1.95
62822849--62822889	21	1.9	21	85	5	55	7	17	9	65	1.44
62823325--62823376	23	2.3	23	81	15	72	36	0	0	63	0.95
62823325--62823376	22	2.4	22	84	12	72	36	0	0	63	0.95
62823338--62823385	23	2.1	23	84	7	62	39	2	2	56	1.23
62824188--62824252	28	2.2	28	76	12	69	36	1	3	58	1.23
62827737--62827843	40	2.7	41	75	4	110	23	19	17	39	1.92
62835193--62835240	21	2.2	22	85	3	62	33	27	27	12	1.92
62836674--62836752	34	2.4	33	82	6	88	43	0	6	50	1.27
62846120--62846249	45	3.0	44	81	10	160	26	5	14	53	1.62
62849926--62849951	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
62858299--62858546	43	5.8	43	85	2	275	26	29	17	26	1.98
62858299--62858520	85	2.6	86	86	3	297	26	29	18	26	1.98
62863102--62863142	21	2.0	21	95	0	73	29	43	0	26	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62863340--62863393	22	2.3	24	84	9	76	62	0	0	37	0.95
62863423--62863485	22	2.9	22	85	4	83	38	42	0	19	1.51
62863498--62863538	14	2.9	15	82	10	59	39	31	0	29	1.57
62863501--62863547	15	3.3	15	82	8	53	42	29	0	27	1.56
62863771--62863886	41	2.8	40	87	7	162	28	31	20	19	1.97
62863922--62864000	39	2.0	39	90	2	122	22	20	16	40	1.91
62863928--62864013	39	2.2	40	85	6	120	23	20	19	36	1.95
62883134--62883171	15	2.5	15	83	8	51	52	2	0	44	1.14
62883143--62883168	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
62883714--62883773	24	2.5	24	91	0	93	38	5	10	46	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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