genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6065612--6065636	5	5.0	5	100	0	50	20	60	20	0	1.37
6070780--6070827	3	16.3	3	95	4	89	66	0	0	33	0.92
6070886--6070931	3	15.7	3	79	20	53	63	2	0	34	1.07
6075282--6075320	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
6090898--6090958	29	2.1	29	87	6	88	44	14	3	37	1.62
6097104--6097163	25	2.4	25	85	2	75	65	3	0	31	1.09
6097095--6097139	22	2.1	21	84	15	58	55	4	0	40	1.20
6097114--6097170	25	2.2	26	90	6	89	66	0	0	33	0.92
6098041--6098079	9	3.9	11	78	21	50	48	0	0	51	1.00
6098785--6098859	30	2.5	29	78	10	71	49	5	5	40	1.48
6102326--6102365	18	2.2	18	100	0	80	17	5	25	52	1.64
6108621--6108693	36	2.0	36	83	0	92	60	2	9	27	1.42
6110267--6110302	17	2.1	18	90	10	58	50	0	8	41	1.33
6110307--6110399	45	2.1	45	87	0	132	40	8	18	32	1.81
6112927--6112982	21	2.7	21	85	0	76	17	25	14	42	1.87
6117027--6117176	77	1.9	77	89	5	232	40	8	20	30	1.82
6118434--6118514	33	2.8	27	83	14	92	16	20	30	32	1.95
6118462--6118694	33	6.5	33	74	17	196	21	19	26	32	1.97
6118462--6118694	108	2.1	109	92	0	378	21	19	26	32	1.97
6123255--6123677	140	3.0	141	97	0	794	36	15	17	30	1.91
6125827--6125950	62	2.0	62	100	0	248	41	20	8	29	1.81
6126378--6126406	6	4.8	6	100	0	58	48	0	17	34	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6139242--6139288	22	2.1	22	100	0	94	23	38	14	23	1.92
6140829--6140886	22	2.6	23	77	2	73	41	5	1	51	1.34
6140906--6141174	87	3.1	88	81	5	285	37	18	10	32	1.86
6141335--6141379	19	2.3	19	84	3	63	64	2	11	22	1.36
6141380--6141418	19	2.1	19	90	9	62	64	5	2	28	1.28
6141590--6141699	18	5.9	18	71	18	73	30	4	4	60	1.36
6141588--6141699	9	12.0	9	70	17	61	30	4	4	60	1.36
6141880--6142042	88	1.8	89	84	5	222	29	11	20	39	1.87
6142377--6142414	20	1.9	20	89	10	60	39	2	13	44	1.57
6148276--6148318	15	2.7	16	75	13	52	65	0	4	30	1.13
6153426--6153459	8	4.0	8	85	14	50	58	2	0	38	1.13
6154156--6154202	12	3.6	14	75	21	57	72	6	2	19	1.17
6154517--6154541	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
6162557--6162582	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
6165065--6165103	6	6.7	6	94	2	53	71	10	12	5	1.28
6168893--6168946	27	2.0	27	96	0	99	42	11	5	40	1.64
6169833--6169875	11	3.8	11	80	17	52	30	2	4	62	1.28
6169836--6169879	23	1.9	23	90	0	70	31	2	6	59	1.36
6171967--6172031	32	2.1	32	91	2	105	30	10	10	47	1.73
6172571--6172632	9	7.1	9	78	14	51	77	11	8	3	1.09
6172571--6172673	23	4.2	24	74	17	77	76	9	11	1	1.09
6175815--6175879	32	2.1	32	94	2	114	30	10	12	46	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6179516--6179551	18	2.1	18	89	5	56	38	22	2	36	1.69
6181851--6182098	124	2.0	124	100	0	496	41	11	11	36	1.77
6193290--6193314	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
6195749--6195781	17	1.9	17	93	0	57	48	0	15	36	1.45
6200678--6200752	33	2.3	33	83	0	105	16	46	18	18	1.84
6201875--6201914	6	6.7	6	97	0	71	12	0	55	32	1.38
6202471--6202522	19	2.9	18	75	13	54	61	1	0	36	1.07
6202640--6202705	34	1.9	34	87	0	96	30	10	3	56	1.49
6210146--6210205	24	2.6	22	80	10	66	30	1	3	65	1.19
6210139--6210196	24	2.4	24	82	5	64	32	1	3	62	1.22
6210153--6210199	24	2.0	24	91	0	76	29	2	2	65	1.15
6210574--6210608	15	2.3	15	95	0	61	22	0	14	62	1.31
6210582--6210615	15	2.3	15	89	0	50	23	2	11	61	1.43
6222307--6222933	131	4.8	131	91	2	1017	27	15	25	30	1.96
6222307--6222933	263	2.4	262	92	2	1035	27	15	25	30	1.96
6223310--6223581	44	6.2	44	68	14	143	30	19	22	27	1.98
6223206--6223511	44	7.0	44	67	14	141	31	18	21	28	1.97
6223529--6223642	45	2.5	45	80	8	124	30	26	19	23	1.98
6225133--6225179	24	2.0	24	86	0	67	27	4	2	65	1.22
6225559--6225600	15	2.8	15	92	0	66	23	0	14	61	1.32
6229049--6229074	13	2.0	13	100	0	52	46	0	23	30	1.53
6234027--6234062	5	7.2	5	93	6	56	22	0	0	77	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6234027--6234070	16	2.9	15	86	6	54	20	0	2	77	0.88
6239303--6239327	11	2.3	11	100	0	50	16	0	8	76	1.02
6246312--6246359	19	2.5	20	80	16	57	52	39	4	4	1.40
6247483--6247525	22	2.0	22	90	0	68	34	6	0	58	1.25
6247818--6247857	17	2.4	17	82	0	53	40	0	2	57	1.12
6249770--6249816	19	2.5	19	86	6	60	25	19	10	44	1.82
6250986--6251020	15	2.2	16	90	5	54	82	5	2	8	0.91
6251001--6251039	20	2.0	20	90	10	62	84	5	0	10	0.76
6251906--6251959	12	4.8	12	78	17	55	74	0	14	11	1.08
6251915--6251963	21	2.4	21	93	3	82	75	0	14	10	1.04
6251906--6251963	21	2.6	22	84	13	75	75	0	13	10	1.04
6251915--6251971	20	2.9	20	87	10	82	75	0	14	10	1.05
6251906--6251979	20	3.6	21	81	5	71	74	0	13	12	1.08
6253156--6253715	175	3.2	175	91	0	868	30	19	22	27	1.98
6253555--6253844	129	2.2	129	93	0	490	30	17	22	29	1.97
6253732--6254015	85	3.3	84	72	10	259	29	19	22	28	1.98
6253684--6254019	175	1.9	175	91	0	555	29	19	22	28	1.98
6253855--6254115	129	2.0	129	93	0	441	30	19	22	27	1.98
6253160--6254108	44	21.7	43	67	12	330	30	18	22	28	1.97
6253860--6254155	129	2.3	129	89	1	414	30	18	22	28	1.98
6253376--6254111	304	2.4	304	93	0	1240	30	18	22	28	1.97
6254636--6254683	19	2.5	20	80	16	57	52	39	4	4	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6255813--6255901	3	29.3	3	93	2	151	32	1	1	65	1.08
6256206--6256245	17	2.4	17	82	0	53	40	0	2	57	1.12
6269494--6269534	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
6273750--6273935	73	2.5	73	98	0	354	41	24	5	27	1.78
6290710--6290764	26	2.1	26	89	0	83	38	23	18	20	1.93
6301475--6301586	45	2.5	46	82	4	138	26	20	21	31	1.98
6301503--6301603	46	2.2	44	78	13	116	26	14	20	37	1.92
6301639--6303042	352	4.0	352	99	0	2783	29	14	19	35	1.92
6301639--6303042	703	2.0	704	99	0	2783	29	14	19	35	1.92
6303534--6303569	18	2.0	18	94	0	63	38	30	11	19	1.86
6306220--6306359	43	3.3	43	82	2	174	32	33	13	20	1.91
6307348--6307401	24	2.3	24	80	3	65	46	18	14	20	1.84
6311670--6311828	41	3.9	41	85	0	219	30	25	22	22	1.99
6311670--6311826	82	1.9	82	90	0	251	30	25	22	21	1.99
6312807--6312846	21	1.9	21	85	10	55	47	0	30	22	1.52
6312964--6312994	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
6313064--6313275	41	5.1	41	88	1	282	29	25	22	22	1.99
6313315--6313450	40	3.4	40	74	7	125	19	18	22	39	1.92
6313796--6313838	22	2.0	22	81	9	52	39	13	4	41	1.66
6314060--6314089	15	2.0	15	93	0	51	50	3	0	46	1.18
6314361--6314402	19	2.2	19	82	0	57	52	2	0	45	1.13
6323026--6323164	40	3.5	39	81	6	156	30	25	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6323323--6323369	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
6326281--6326336	10	5.5	10	75	12	60	41	3	0	55	1.17
6326282--6326341	21	2.9	20	82	7	75	41	3	0	55	1.16
6326398--6326437	16	2.4	17	87	4	55	32	5	0	62	1.17
6337099--6337130	16	1.9	17	93	6	57	56	6	6	31	1.49
6347964--6348145	4	44.5	4	96	3	328	49	24	0	26	1.50
6348132--6348431	128	2.3	128	93	1	503	41	16	7	34	1.77
6354964--6355103	42	3.3	42	83	2	183	36	12	20	30	1.90
6355188--6355286	38	2.6	37	79	4	101	35	21	14	29	1.92
6356877--6357098	91	2.5	88	78	10	211	32	16	20	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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