genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14385901--14385938	12	3.2	12	85	14	60	81	0	2	15	0.80
14389932--14389984	24	2.1	25	82	6	63	50	5	7	35	1.54
14399584--14399649	13	5.1	13	83	0	60	33	10	25	30	1.90
14399586--14399649	26	2.5	26	76	0	74	34	10	25	29	1.90
14400143--14400167	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
14405593--14405662	36	1.9	37	88	2	106	20	10	30	40	1.85
14405594--14405673	36	2.2	37	84	6	101	17	11	31	40	1.85
14406833--14407035	4	51.5	4	97	2	385	25	0	25	49	1.50
14409035--14409086	27	1.9	27	88	0	77	32	17	0	50	1.47
14409066--14409183	40	3.0	40	86	5	184	34	21	2	41	1.67
14409069--14409250	67	2.7	68	83	5	167	34	20	2	42	1.66
14409165--14409541	40	9.5	40	86	1	490	34	19	2	43	1.65
14409069--14409528	120	4.1	107	78	13	352	34	19	2	43	1.65
14409098--14409250	67	2.3	67	86	4	202	33	20	3	42	1.68
14409987--14410046	27	2.2	28	82	8	70	53	16	0	30	1.44
14412746--14412777	16	2.0	16	93	0	55	40	3	0	56	1.15
14418634--14418669	17	2.2	17	90	5	56	83	0	13	2	0.76
14419226--14419277	10	5.0	10	80	17	52	32	1	5	59	1.32
14420678--14420711	17	2.0	17	100	0	68	52	5	11	29	1.61
14422839--14422876	14	2.6	15	87	4	51	36	0	7	55	1.29
14428117--14428200	38	2.2	38	97	0	159	19	13	33	34	1.90
14428123--14428214	38	2.5	37	85	13	136	18	11	36	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14432586--14432690	31	3.4	31	68	7	97	34	2	8	54	1.46
14439983--14440033	23	2.2	23	96	0	93	37	29	11	21	1.89
14441239--14441276	16	2.4	16	90	0	58	31	42	2	23	1.68
14450840--14450923	36	2.3	37	85	2	107	34	5	17	41	1.74
14464137--14464265	22	5.5	22	72	19	109	44	0	27	27	1.54
14464113--14464267	73	2.1	73	92	1	258	45	0	27	27	1.59
14464250--14464282	10	3.0	11	86	13	50	45	0	36	18	1.49
14465499--14465563	32	2.0	32	94	5	114	23	18	3	55	1.56
14467604--14467673	34	2.0	35	83	8	90	17	7	18	57	1.62
14470305--14470796	174	2.8	174	90	3	738	42	17	12	27	1.85
14477325--14477383	6	9.8	6	100	0	118	33	0	0	66	0.92
14477745--14477784	17	2.3	18	91	4	64	45	2	5	47	1.38
14479810--14479848	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
14485544--14485637	26	3.5	27	76	9	77	42	1	1	55	1.14
14485573--14485631	26	2.3	25	85	8	82	42	0	0	57	0.98
14485612--14485658	23	2.0	24	84	15	64	40	2	4	53	1.32
14485496--14485732	120	2.0	119	90	3	381	43	1	3	51	1.30
14486253--14486302	21	2.6	18	81	15	55	46	18	6	30	1.73
14491456--14491518	21	3.1	20	70	20	51	61	3	3	31	1.27
14492863--14492893	7	4.4	7	100	0	62	25	0	29	45	1.54
14495301--14495373	4	18.2	4	72	16	53	17	2	5	73	1.14
14496274--14496345	21	3.4	21	76	3	74	4	36	18	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14501876--14502139	25	10.6	25	79	9	181	32	0	19	47	1.55
14501891--14502182	16	17.9	16	72	16	160	32	1	19	46	1.58
14501891--14502139	41	6.0	40	75	9	205	32	0	19	46	1.56
14502080--14502169	34	2.7	33	84	5	108	31	2	18	47	1.61
14502184--14502212	12	2.4	12	100	0	58	41	0	10	48	1.37
14502446--14502495	18	2.8	18	90	3	75	44	0	10	46	1.37
14502466--14502610	31	4.4	31	69	19	114	40	2	14	43	1.57
14502547--14502599	17	3.1	17	81	5	70	35	1	15	47	1.56
14502441--14502670	101	2.2	103	79	9	265	42	1	11	43	1.51
14505036--14505089	14	3.6	15	78	12	58	37	44	0	18	1.50
14506138--14506429	83	3.5	83	74	7	279	37	29	17	15	1.90
14506086--14506429	124	2.8	125	78	6	349	38	28	17	15	1.91
14506082--14506429	41	8.4	41	74	7	242	38	28	17	16	1.91
14507802--14507859	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
14521862--14522002	39	3.6	39	87	0	183	43	18	4	33	1.69
14525423--14525449	14	1.9	14	100	0	54	29	22	0	48	1.51
14527442--14527485	7	6.9	7	80	19	51	47	6	0	45	1.29
14527450--14527485	12	3.0	12	91	0	63	50	5	0	44	1.25
14532019--14532070	11	5.1	10	75	11	52	61	0	0	38	0.96
14532027--14532070	21	2.0	22	86	4	63	63	0	0	36	0.95
14535059--14535138	22	3.5	22	72	13	63	47	0	1	51	1.08
14535059--14535143	12	7.6	11	74	17	52	47	0	1	51	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14535252--14535308	24	2.3	24	81	3	69	52	3	8	35	1.50
14547544--14547573	15	2.0	15	93	0	51	40	23	0	36	1.55
14551975--14552079	51	2.1	51	100	0	210	41	0	22	35	1.54
14556661--14556952	46	6.5	46	91	4	452	28	22	15	33	1.95
14561362--14561430	29	2.3	30	87	5	104	47	13	8	30	1.72
14563053--14563274	43	5.2	43	76	9	202	29	26	19	24	1.98
14563088--14563167	42	1.9	42	97	0	151	35	31	21	12	1.90
14563053--14563274	85	2.6	85	77	8	209	29	26	19	24	1.98
14563642--14563692	21	2.4	21	86	0	66	5	47	13	33	1.67
14569129--14569540	9	48.4	9	65	19	145	36	2	17	43	1.63
14569134--14569216	25	3.3	25	83	6	98	37	0	16	45	1.48
14569142--14569505	16	22.0	16	65	17	115	35	2	17	44	1.62
14569173--14569228	25	2.2	25	87	0	76	37	1	17	42	1.60
14569222--14569384	24	6.5	25	75	13	120	37	3	16	42	1.64
14569163--14569333	67	2.5	66	84	3	225	35	2	18	43	1.65
14569222--14569406	25	7.4	24	77	8	131	37	3	16	43	1.64
14569296--14569533	25	9.6	25	77	9	141	36	1	17	44	1.59
14569350--14569426	41	1.9	40	89	2	118	40	3	12	42	1.62
14569418--14569563	49	2.9	51	82	10	153	34	1	21	43	1.61
14570819--14570843	10	2.5	10	100	0	50	44	20	8	28	1.79
14570785--14570887	45	2.3	44	83	11	120	42	18	7	31	1.78
14570829--14570868	19	2.1	18	90	9	62	47	20	5	27	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14575748--14575927	94	1.9	94	94	4	319	52	25	1	21	1.56
14578096--14578244	4	38.5	4	89	6	209	20	0	30	49	1.49
14578155--14578197	2	21.5	2	85	0	59	6	0	41	51	1.29
14597197--14597276	40	2.0	40	97	0	151	45	16	13	25	1.84
14599808--14599843	17	2.1	17	89	0	54	50	0	8	41	1.33
14601455--14601556	53	1.9	52	92	2	168	34	13	23	28	1.93
14606794--14606832	20	2.0	20	89	0	60	28	10	12	48	1.74
14606939--14606980	18	2.4	18	80	4	50	38	2	0	59	1.10
14613021--14613064	19	2.3	19	80	0	52	38	2	0	59	1.10
14618133--14618160	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
14625230--14625282	27	2.0	27	92	0	88	20	0	49	30	1.50
14629222--14629258	19	1.9	19	94	0	65	45	8	13	32	1.73
14632693--14632724	13	2.4	14	89	10	57	62	0	25	12	1.30
14645766--14645791	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
14645760--14645810	18	2.8	19	74	11	54	78	0	0	21	0.75
14646152--14646184	17	2.1	16	88	11	50	54	0	9	36	1.32
14647857--14647906	26	1.9	26	91	0	82	48	16	10	26	1.77
14654573--14654619	21	2.2	22	88	3	69	23	19	36	21	1.95
14674107--14674199	45	2.1	45	91	0	150	21	26	12	38	1.90
14678400--14678558	81	2.0	81	87	0	228	35	20	24	19	1.96
14679250--14679286	18	2.0	19	94	5	67	10	16	10	62	1.55
14681615--14681703	44	2.0	45	93	2	153	32	10	22	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14686316--14686366	21	2.4	22	83	3	59	54	7	1	35	1.40
14687503--14687528	9	2.9	9	100	0	52	23	11	19	46	1.82
14688540--14688632	47	2.0	47	87	4	134	30	5	26	37	1.79
14695048--14695373	46	7.6	45	84	9	377	35	13	21	29	1.91
14695084--14695192	36	3.0	36	91	0	182	37	11	19	31	1.88
14699715--14699813	41	2.4	41	89	1	155	39	11	25	24	1.88
14725255--14725337	31	2.7	30	77	3	85	28	7	18	45	1.75
14725452--14725559	43	2.5	43	90	1	171	27	16	24	31	1.96
14729287--14729345	29	2.0	29	100	0	118	25	13	23	37	1.92
14737812--14738046	41	5.8	40	89	4	289	23	20	27	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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