genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13171--13200	7	4.3	7	100	0	60	60	13	0	26	1.34
24208--24427	117	1.9	117	88	3	336	16	18	31	33	1.93
24208--24427	39	5.6	39	83	4	282	16	18	31	33	1.93
42125--42203	24	3.3	24	81	12	99	5	35	35	24	1.77
42208--43271	43	24.9	43	77	5	926	17	30	33	18	1.94
42208--43294	85	12.7	84	78	6	633	17	30	33	18	1.94
42207--43098	171	5.2	171	77	6	521	17	30	33	18	1.94
42279--43271	256	3.9	253	82	4	1016	17	30	33	18	1.94
42269--43271	299	3.4	296	83	4	1013	17	30	33	18	1.94
47204--47495	42	6.9	42	79	7	283	18	28	32	19	1.96
47704--47776	24	3.0	24	88	4	103	6	36	34	21	1.81
47786--48635	43	19.9	43	78	5	776	16	31	33	18	1.94
47786--48547	85	8.9	85	82	3	632	16	31	33	18	1.94
47847--48547	299	2.3	297	90	1	1080	17	31	32	18	1.94
48113--48660	256	2.1	256	95	1	972	17	31	32	18	1.94
47926--48655	85	8.5	84	81	6	616	16	31	33	18	1.93
48662--49601	43	22.0	43	77	8	789	18	32	31	17	1.95
48662--49601	85	11.0	84	79	6	743	18	32	31	17	1.95
48662--49530	299	2.9	299	93	0	1456	18	31	31	18	1.95
48709--49461	214	3.5	211	81	5	779	18	32	31	17	1.94
49615--49661	24	2.0	24	86	0	67	19	36	34	10	1.86
49624--49677	24	2.2	24	86	0	72	20	37	35	7	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52627--53950	43	31.0	42	74	6	838	18	33	30	16	1.94
52613--53956	85	15.7	85	80	4	1371	18	33	30	16	1.94
52615--53956	256	5.2	256	89	2	1876	18	33	30	16	1.94
53967--54032	24	2.8	24	90	0	96	18	34	37	9	1.82
55845--56135	42	6.9	42	76	9	263	20	32	27	18	1.97
60624--61000	42	9.2	41	74	13	113	18	32	31	18	1.95
60693--61155	43	11.0	41	79	9	336	15	30	35	18	1.92
60653--61155	84	6.0	83	79	9	413	16	30	34	18	1.93
60943--61135	85	2.3	85	84	2	244	13	32	35	17	1.90
68003--69498	267	5.6	267	99	0	2974	39	20	13	26	1.89
74852--74890	6	6.5	6	87	0	60	51	15	30	2	1.57
79974--80067	13	7.0	13	73	11	73	42	31	1	24	1.62
79973--80067	7	14.0	7	72	10	63	42	32	1	24	1.62
79974--80061	34	2.6	35	73	21	98	42	32	1	23	1.62
80079--80108	14	2.1	14	93	0	51	30	46	16	6	1.73
80132--80166	14	2.5	14	90	0	52	45	25	0	28	1.54
83082--83122	5	8.2	5	94	0	73	2	19	0	78	0.87
90286--90333	19	2.5	19	77	9	53	33	2	16	47	1.58
90502--90546	20	2.3	20	85	7	58	33	2	17	46	1.61
92380--92492	20	5.7	20	78	8	113	13	26	18	41	1.87
92380--92492	40	2.8	39	82	5	136	13	26	18	41	1.87
92601--92902	150	2.0	150	99	0	595	34	20	14	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93715--93834	48	2.5	48	98	0	231	38	20	0	41	1.52
95423--95473	5	9.8	5	93	6	84	58	0	0	41	0.98
102955--102997	5	8.6	5	100	0	86	60	0	0	39	0.97
106932--106967	16	2.2	17	90	5	56	13	16	0	69	1.19
109896--110051	82	1.9	81	83	8	201	25	17	16	40	1.90
122636--122669	17	2.0	17	88	0	50	35	5	11	47	1.65
124773--124881	42	2.6	42	82	0	128	31	11	25	31	1.92
126512--126685	46	3.8	46	77	10	183	21	20	28	29	1.98
126508--126679	93	1.8	93	89	0	272	20	20	30	28	1.98
138509--138538	16	1.9	15	93	6	51	23	0	16	60	1.36
139230--139255	11	2.4	11	100	0	52	30	26	7	34	1.85
139974--140085	51	2.2	51	90	0	170	27	22	10	39	1.87
143097--143270	96	1.8	96	91	2	287	44	1	13	40	1.52
143379--143912	127	4.2	127	87	1	734	35	15	19	29	1.93
149338--149405	20	3.3	20	86	8	100	42	1	29	26	1.64
149344--149406	11	5.9	11	88	7	103	44	0	26	28	1.55
149354--149418	31	2.1	31	88	5	96	44	0	24	30	1.54
152089--152177	30	2.9	30	75	9	81	39	13	5	41	1.68
159910--159959	23	2.2	22	82	10	57	40	14	8	38	1.75
166336--166571	50	4.5	51	86	8	332	36	15	22	26	1.93
166429--166459	13	2.3	14	94	5	55	45	0	29	25	1.54
166429--166459	7	4.6	7	92	8	55	45	0	29	25	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166388--166549	57	2.9	57	86	9	230	36	14	21	27	1.92
166338--166537	107	1.9	107	96	0	373	35	14	22	28	1.93
166551--166609	31	1.9	31	100	0	118	28	20	25	25	1.99
166564--166655	46	2.0	46	86	0	130	27	22	22	27	1.99
166610--166679	31	2.3	31	76	0	77	27	20	24	28	1.99
170901--170945	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
174755--174802	26	1.9	24	87	8	69	64	4	0	31	1.12
174773--174818	22	2.2	20	84	7	56	69	4	0	26	1.07
174878--174910	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
176187--176318	42	3.1	42	73	6	106	25	24	25	24	2.00
177026--177058	17	1.9	17	100	0	66	24	6	12	57	1.57
177883--177943	19	3.1	19	81	9	70	47	1	0	50	1.10
178177--178211	13	2.7	13	86	0	52	37	25	8	28	1.85
194348--194402	20	2.8	20	77	0	65	25	25	16	32	1.96
194689--194907	45	4.9	45	95	0	384	38	15	20	25	1.92
195528--195655	65	2.0	65	96	0	238	49	15	21	14	1.79
198132--198186	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
198473--198781	45	6.9	45	95	0	546	38	15	20	25	1.92
208219--208267	23	2.1	23	85	7	64	16	2	8	73	1.16
210348--210386	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
210367--210412	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
214545--214590	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214552--214596	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
215906--216077	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
215899--216074	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
230478--230517	16	2.4	17	84	16	57	42	22	7	27	1.80
238262--238311	22	2.4	21	83	12	59	20	22	10	48	1.79
240187--240253	21	3.1	21	91	6	100	13	26	26	32	1.94
245387--245413	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
248290--248333	21	2.1	21	100	0	88	43	4	25	27	1.74
257218--257280	28	2.2	28	88	0	90	31	6	28	33	1.82
262346--262401	28	2.0	28	89	0	85	33	7	26	32	1.84
265087--265125	11	3.6	11	93	3	62	10	43	35	10	1.73
265433--265468	11	3.2	11	88	7	54	69	0	0	30	0.89
265430--265468	12	3.3	12	89	7	62	66	0	0	33	0.92
265680--265730	24	2.2	22	86	6	66	76	9	1	11	1.10
265680--265730	11	4.5	11	85	9	66	76	9	1	11	1.10
266032--266070	20	2.0	20	85	10	53	46	0	2	51	1.14
267228--267274	19	2.3	21	82	10	53	51	0	21	27	1.48
270186--270323	51	2.7	51	80	0	177	38	5	13	43	1.65
273707--273910	41	5.0	39	84	9	205	28	19	24	27	1.99
280830--281026	41	4.8	41	82	6	188	27	19	25	26	1.99
287953--288150	41	4.8	41	82	7	190	27	20	25	26	1.99
295567--295615	25	2.0	25	95	0	89	20	14	26	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295574--295628	25	2.2	25	86	0	74	25	16	21	36	1.94
298015--298073	29	2.0	30	93	3	102	27	0	6	66	1.17
309784--309840	29	1.9	30	86	10	82	12	29	38	19	1.88
312095--312158	32	2.1	31	88	5	94	37	4	10	46	1.60
312651--312689	17	2.4	17	91	4	62	43	0	7	48	1.31
312756--312826	34	2.1	33	85	12	92	49	1	1	47	1.18
320820--320869	25	2.0	25	88	7	75	40	6	12	42	1.67
321007--321098	37	2.5	37	79	13	100	54	5	3	36	1.40
333997--334076	35	2.3	35	84	4	99	21	23	26	28	1.99
337343--337470	63	2.0	63	98	0	247	32	10	15	40	1.82

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