genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14765080--14765108	3	9.7	3	100	0	58	34	0	34	31	1.58
14793805--14793844	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
14795082--14795129	14	3.4	14	82	0	51	18	29	6	45	1.74
14796198--14796259	31	2.0	32	87	3	90	27	3	0	69	1.04
14796183--14796259	31	2.4	33	82	6	86	28	2	0	68	1.02
14796325--14796349	10	2.5	10	100	0	50	64	0	8	28	1.22
14796977--14797051	37	2.0	37	97	0	141	25	24	34	16	1.95
14797225--14797272	3	16.3	3	86	4	71	68	0	31	0	0.90
14797430--14797557	59	2.2	59	91	2	204	32	0	11	55	1.36
14797606--14797704	31	3.3	31	68	21	100	28	0	14	57	1.37
14797625--14797725	33	3.2	33	68	21	99	29	0	15	54	1.42
14797606--14797723	60	2.0	60	96	0	218	29	0	15	55	1.41
14800018--14800146	66	2.0	66	85	3	179	15	45	10	28	1.78
14800020--14800148	33	3.9	33	82	2	143	15	45	10	27	1.79
14806431--14806468	15	2.6	15	87	4	51	44	2	0	52	1.14
14811402--14811439	10	3.8	10	86	10	51	47	0	10	42	1.38
14811398--14811439	19	2.2	19	87	8	59	47	0	9	42	1.36
14823272--14823330	30	1.9	32	83	13	79	28	8	3	59	1.43
14823469--14823515	9	5.3	9	79	5	51	55	12	10	21	1.67
14823475--14823516	18	2.4	17	84	7	57	54	14	9	21	1.68
14824659--14824710	21	2.5	22	78	9	63	67	3	11	17	1.36
14827531--14827561	16	2.0	16	93	6	55	80	6	0	12	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14841258--14841514	129	2.0	129	94	0	451	28	24	17	29	1.97
14868407--14868472	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
14868424--14868576	19	8.2	19	90	7	242	35	16	9	38	1.80
14868424--14868576	36	4.1	37	88	8	222	35	16	9	38	1.80
14868424--14868576	55	2.7	55	94	2	270	35	16	9	38	1.80
14874191--14874688	47	10.6	47	94	1	845	29	29	8	33	1.86
14878045--14878078	16	2.1	17	88	5	52	26	23	5	44	1.76
14902513--14902752	50	4.8	50	80	2	248	30	25	17	25	1.97
14909431--14909550	60	2.0	62	83	6	156	27	22	20	30	1.98
14911029--14911083	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
14914038--14914167	41	3.2	41	76	2	145	22	22	18	36	1.95
14916485--14916578	43	2.2	43	84	3	118	30	25	15	27	1.96
14916701--14916750	26	1.9	26	95	0	91	56	8	2	34	1.40
14926911--14927105	61	3.0	68	72	15	201	40	3	6	50	1.44
14928739--14928775	18	2.0	19	89	5	58	27	18	10	43	1.83
14940486--14940650	40	4.2	40	80	9	142	27	27	20	24	1.99
14940520--14940650	40	3.3	39	86	4	181	28	27	20	23	1.99
14940518--14940701	80	2.3	78	80	10	194	28	27	20	23	1.99
14948064--14948232	39	4.3	39	89	4	236	25	27	21	25	2.00
14948100--14948284	78	2.4	78	84	8	225	24	28	21	25	1.99
14948064--14948284	117	1.9	118	81	11	276	25	27	21	25	2.00
14955096--14955166	28	2.6	28	95	2	126	42	18	19	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14955205--14955281	27	2.9	27	86	0	109	24	15	22	37	1.93
14955718--14955797	34	2.3	35	80	8	101	25	21	23	30	1.99
14957413--14957504	31	2.9	31	86	1	130	34	22	16	26	1.95
14957867--14957990	27	4.7	26	79	10	99	29	15	21	33	1.94
14973965--14974004	18	2.2	18	100	0	80	15	10	20	55	1.68
14979118--14979235	39	3.0	39	74	0	119	27	6	25	40	1.80
14983544--14983582	10	3.8	10	86	3	51	71	7	7	12	1.29
14984619--14984653	12	2.8	12	91	4	52	68	0	20	11	1.20
14984612--14984667	18	3.1	18	78	2	58	71	0	21	7	1.09
14986106--14986202	30	3.2	31	75	5	110	27	29	14	27	1.95
14987688--14987712	10	2.5	10	100	0	50	88	0	12	0	0.53
14988826--14988880	11	5.3	10	74	21	51	78	1	16	3	0.98
14988815--14988864	21	2.4	20	83	12	57	78	4	18	0	0.91
14988826--14988880	5	10.6	5	76	18	51	78	1	16	3	0.98
14988826--14988880	16	3.6	14	83	14	56	78	1	16	3	0.98
14988951--14988987	12	3.1	12	92	0	65	72	0	16	10	1.10
14988951--14989012	18	3.5	18	80	2	63	69	1	19	9	1.25
14988961--14989044	30	2.8	31	80	5	100	61	1	22	14	1.39
14991157--14991253	30	3.2	31	73	5	101	27	29	13	28	1.94
14993110--14993156	20	2.3	20	81	0	67	21	21	19	38	1.94
14995701--14995731	15	2.1	15	93	0	53	12	29	35	22	1.91
15008957--15009053	30	3.2	30	73	2	88	28	13	27	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15011158--15011240	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
15011191--15011246	18	3.1	18	76	5	51	7	19	1	71	1.18
15011216--15011240	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
15011309--15011365	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
15011309--15011365	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
15011309--15011376	21	3.2	21	76	15	61	2	17	2	76	1.04
15013939--15014035	30	3.2	30	73	2	88	28	13	27	29	1.94
15018657--15018743	19	4.5	19	70	21	65	4	22	1	71	1.11
15018688--15018712	13	1.9	13	100	0	50	8	20	0	72	1.10
15033025--15033101	38	2.0	40	92	5	131	20	24	27	27	1.99
15033474--15033535	31	2.0	31	100	0	124	32	12	16	38	1.86
15034394--15034541	48	3.1	48	92	0	242	29	24	8	37	1.84
15036843--15036886	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
15036955--15037123	38	4.4	38	84	3	203	24	20	24	30	1.99
15037115--15037246	45	3.0	45	83	7	157	25	21	28	25	1.99
15040841--15041011	43	4.0	43	79	7	152	25	29	19	25	1.98
15046453--15046484	13	2.6	12	95	5	55	78	6	3	12	1.06
15046525--15046581	13	4.0	13	75	20	60	77	1	14	7	1.06
15046528--15046599	31	2.3	31	88	7	110	76	2	11	9	1.12
15047487--15047545	21	2.8	21	87	5	75	71	0	22	6	1.09
15047498--15047545	15	3.3	14	82	5	60	77	0	18	4	0.93
15049385--15049420	9	3.9	9	89	7	54	22	30	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15051544--15051639	48	2.0	48	95	0	174	33	14	18	33	1.91
15056212--15056259	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
15056982--15057026	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
15060668--15060728	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
15060669--15060729	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
15062800--15062834	18	1.9	18	88	11	54	22	22	0	54	1.45
15063710--15063800	12	6.8	13	70	21	55	6	13	4	75	1.14
15063754--15063799	12	3.9	12	80	5	58	4	8	4	82	0.93
15063756--15063798	11	3.8	11	84	6	59	4	6	4	83	0.89
15063707--15063800	43	2.3	40	79	12	104	7	13	4	74	1.18
15063740--15063826	28	3.2	27	80	12	72	10	10	4	74	1.20
15063805--15063837	10	3.0	11	91	8	50	15	3	9	72	1.21
15065191--15065245	10	5.4	10	80	2	56	32	14	23	29	1.94
15065186--15065245	20	3.0	20	82	2	75	36	13	21	28	1.91
15065623--15065705	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
15065656--15065711	18	3.1	18	76	5	51	7	19	1	71	1.18
15065681--15065705	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
15065708--15065738	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
15065786--15065848	5	12.0	5	80	15	58	4	17	3	74	1.12
15070296--15070378	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
15070329--15070384	18	3.1	18	76	5	51	8	19	1	69	1.24
15070354--15070378	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15070449--15070500	21	2.4	21	87	3	77	3	15	0	80	0.85
15070460--15070504	6	8.2	6	79	18	53	2	17	0	80	0.82
15070449--15070492	15	2.9	15	89	3	61	4	15	0	79	0.89
15070447--15070511	15	4.2	14	76	16	58	3	16	1	78	0.96
15070449--15070515	21	3.1	21	85	8	73	2	16	1	79	0.94
15073184--15073280	30	3.2	30	73	2	88	28	13	27	29	1.94
15074752--15074791	14	2.9	14	88	0	53	50	7	32	10	1.64
15081289--15081338	11	4.6	11	85	2	66	16	4	6	74	1.17
15081289--15081338	22	2.3	21	93	3	82	16	4	6	74	1.17
15083235--15083487	27	9.4	27	86	0	326	36	17	19	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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