genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16126102--16126179	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
16133894--16134065	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
16133896--16134118	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
16133894--16134118	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
16134050--16134127	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
16136771--16137031	39	6.6	39	86	6	311	25	21	27	24	1.99
16136771--16137031	77	3.3	78	85	8	311	25	21	27	24	1.99
16136823--16137064	77	3.1	79	85	7	255	26	21	27	24	1.99
16140914--16142164	467	2.7	467	97	0	2355	35	11	11	41	1.77
16146492--16146552	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
16146492--16146552	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
16146687--16147203	258	2.0	258	98	0	1007	30	24	12	33	1.92
16147560--16147626	27	2.5	27	90	0	98	17	26	20	34	1.96
16147679--16147776	27	3.6	27	75	15	92	32	10	18	38	1.84
16147744--16147865	27	4.5	27	78	11	108	29	7	19	43	1.78
16147767--16147869	27	3.8	27	78	8	111	30	8	20	40	1.82
16147763--16147905	27	5.3	26	73	12	94	30	11	20	37	1.88
16147897--16148042	27	5.4	27	91	1	213	41	7	21	28	1.80
16147886--16148067	81	2.2	80	81	8	215	39	8	21	30	1.84
16150440--16150500	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
16150440--16150500	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
16151198--16151276	27	2.9	28	83	10	94	20	24	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16151219--16151285	27	2.5	27	87	0	89	16	26	22	34	1.95
16151342--16151469	27	4.7	27	75	12	109	31	8	17	42	1.80
16151403--16151562	26	6.1	25	75	9	108	29	10	20	39	1.86
16151427--16151562	52	2.6	53	79	6	152	29	11	22	37	1.88
16151427--16151553	26	4.8	26	76	4	121	29	11	20	38	1.87
16151552--16151694	27	5.3	27	84	5	173	43	11	18	25	1.85
16174543--16174726	40	4.6	40	85	8	223	26	27	22	23	2.00
16182718--16182901	40	4.6	40	86	5	246	25	27	23	23	2.00
16186366--16186408	21	2.0	21	100	0	86	27	32	6	32	1.84
16189788--16189959	87	2.0	87	98	0	335	38	8	15	38	1.77
16200602--16200635	9	3.7	9	88	7	50	52	8	2	35	1.47
16203820--16203997	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
16203841--16203996	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
16211978--16212192	108	2.0	108	99	0	421	28	12	18	40	1.86
16216484--16216517	17	2.0	17	100	0	68	11	0	5	82	0.83
16216486--16216524	17	2.2	17	90	4	60	15	0	5	79	0.90
16219167--16219206	21	1.9	21	89	0	62	25	7	17	50	1.72
16220637--16220691	22	2.6	21	76	2	56	18	38	27	16	1.92
16230200--16230384	40	4.7	40	83	6	216	23	22	28	25	1.99
16234429--16234467	20	2.0	20	90	10	62	51	30	5	12	1.62
16248022--16248284	40	6.6	40	87	3	316	26	27	20	25	1.99
16255971--16256232	40	6.6	40	87	3	316	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16255971--16256232	119	2.2	119	83	4	323	27	27	20	24	1.99
16255971--16256232	79	3.3	79	85	4	316	27	27	20	24	1.99
16265402--16265476	38	2.0	38	86	0	105	29	10	32	28	1.90
16265631--16265709	37	2.1	37	81	9	90	26	16	29	27	1.97
16274394--16274436	21	2.2	19	83	8	50	13	9	4	72	1.26
16274398--16274451	26	2.1	26	89	0	81	11	11	3	74	1.20
16277168--16277323	82	1.9	81	82	3	197	25	16	30	27	1.96
16277168--16277344	54	3.3	54	80	6	189	24	15	31	28	1.96
16277168--16277323	27	5.7	27	81	4	170	25	16	30	27	1.96
16277168--16277344	27	6.5	27	80	3	149	24	15	31	28	1.96
16277160--16277344	82	2.3	81	76	2	192	25	15	30	28	1.96
16280776--16281169	29	13.5	29	81	3	326	38	12	24	23	1.90
16280776--16281155	87	4.3	87	78	3	361	39	12	25	23	1.89
16282971--16283035	34	1.9	34	90	0	103	21	12	20	46	1.83
16284155--16284213	25	2.5	24	81	13	68	44	5	11	38	1.63
16287334--16287509	46	3.8	46	76	12	198	22	20	27	29	1.98
16287331--16287501	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
16289054--16289093	18	2.4	16	87	8	53	37	5	2	55	1.35
16289054--16289098	16	2.6	18	86	6	58	37	6	2	53	1.40
16290664--16291092	27	15.9	27	84	3	236	34	20	8	35	1.84
16290683--16290894	54	3.9	54	93	0	334	29	22	8	40	1.82
16290664--16290974	54	5.8	54	85	3	270	33	21	8	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16290683--16290894	81	2.6	81	90	0	325	29	22	8	40	1.82
16290670--16291011	81	4.2	81	82	3	267	34	21	8	35	1.84
16291084--16291270	27	6.9	27	89	1	250	34	18	20	27	1.95
16291422--16291491	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
16291447--16291518	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
16293945--16294059	31	3.7	31	96	1	205	26	26	17	28	1.98
16294083--16294174	42	2.2	42	84	0	112	33	20	15	30	1.93
16294307--16294442	26	5.3	26	86	3	181	27	22	21	28	1.99
16294307--16294442	52	2.7	51	92	5	215	27	22	21	28	1.99
16294493--16294578	20	4.3	20	91	2	129	29	18	10	41	1.84
16294493--16294567	11	7.4	11	67	17	54	28	18	10	42	1.83
16294493--16294585	9	9.4	10	68	17	52	30	18	9	41	1.82
16295287--16295350	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
16295389--16295593	54	3.8	54	75	8	150	31	9	18	40	1.83
16295389--16295560	27	6.4	27	74	11	140	31	8	19	41	1.80
16295466--16295602	53	2.6	52	80	6	150	29	10	21	37	1.88
16295592--16295735	27	5.3	27	79	3	155	40	6	23	29	1.79
16295592--16295723	54	2.4	54	88	0	201	40	6	22	31	1.78
16297434--16297749	54	5.9	54	83	3	350	31	20	8	39	1.83
16297459--16297733	27	10.2	27	90	0	381	29	20	9	41	1.83
16297737--16297923	54	3.5	53	78	5	171	39	20	9	31	1.84
16297737--16297892	27	5.8	27	81	3	161	40	20	8	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16297770--16297950	27	6.8	26	78	11	127	38	20	11	29	1.87
16297746--16297906	81	2.0	81	84	4	209	38	20	9	31	1.84
16297908--16297990	27	3.1	27	92	0	130	32	16	22	27	1.96
16298194--16298263	25	2.8	25	84	0	86	25	25	24	24	2.00
16300938--16300978	19	2.2	19	86	8	57	19	21	12	46	1.82
16304732--16304774	16	2.7	16	100	0	86	48	16	23	11	1.78
16304732--16304774	8	5.4	8	77	0	50	48	16	23	11	1.78
16304987--16305076	29	3.1	28	81	7	110	28	15	26	28	1.96
16305358--16305408	27	1.9	27	84	4	68	47	21	15	15	1.83
16305431--16305460	11	2.7	11	94	0	51	30	23	16	30	1.96
16308959--16309147	64	3.0	64	97	0	351	29	16	16	37	1.91
16309443--16309939	173	2.8	173	84	7	549	28	19	23	29	1.98
16309400--16309939	177	3.1	175	83	5	635	28	19	23	29	1.98
16309840--16309948	44	2.4	45	79	11	109	27	17	23	31	1.97
16311851--16312060	39	5.3	39	93	2	325	24	27	22	25	2.00
16311851--16312112	78	3.3	78	87	7	311	24	27	22	25	2.00
16331355--16331600	40	6.2	40	88	4	340	26	27	21	24	2.00
16331378--16331604	79	2.9	80	89	2	343	25	27	21	25	1.99
16331355--16331600	119	2.1	119	87	5	347	26	27	21	24	2.00
16332319--16332368	1	50.0	1	89	0	64	92	2	4	2	0.52
16332618--16332744	52	2.5	51	93	3	220	16	22	10	51	1.74
16349537--16349661	48	2.7	46	84	7	148	28	17	29	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16349579--16349705	48	2.6	48	81	7	141	29	18	29	23	1.97
16350903--16350942	21	2.0	20	95	5	71	10	35	30	25	1.88
16361094--16361191	51	1.9	51	83	4	126	28	27	16	27	1.97
16361107--16361240	51	2.6	51	83	2	144	27	26	19	26	1.99
16365689--16365745	25	2.3	25	96	0	105	50	22	7	19	1.71
16369229--16369307	25	3.3	25	69	16	85	35	3	29	31	1.75
16369204--16369357	47	3.3	47	92	0	263	33	7	29	29	1.84
16371356--16371439	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
16371308--16371545	49	4.8	49	87	2	314	26	17	26	29	1.98
16371301--16371545	99	2.5	100	85	2	332	25	17	27	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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