genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33971841--33972001	81	2.0	81	85	2	216	42	5	19	31	1.75
33975200--33975239	20	2.1	19	95	4	71	27	17	0	55	1.43
33979361--33979460	39	2.5	40	86	1	130	25	25	28	22	1.99
33979361--33979511	40	3.8	39	83	4	160	24	22	28	24	1.99
33987442--33987590	39	3.8	38	82	12	169	22	24	29	22	1.99
33987442--33987590	78	1.9	79	83	9	198	22	24	29	22	1.99
33995475--33995612	38	3.8	38	81	12	148	21	21	30	26	1.99
33995749--33995815	1	67.0	1	80	0	71	4	0	5	89	0.59
33995749--33995815	26	2.6	25	88	2	89	4	0	5	89	0.59
33995749--33995815	28	2.4	28	89	0	98	4	0	5	89	0.59
34006177--34006435	29	8.9	29	78	5	191	22	25	13	37	1.92
34006177--34006415	87	2.7	87	80	4	275	23	25	13	37	1.92
34006279--34006444	87	1.9	88	83	6	221	22	24	15	37	1.92
34006938--34006992	28	1.9	29	82	10	69	47	20	1	30	1.60
34007804--34007861	29	2.0	29	100	0	116	31	17	10	41	1.83
34011405--34011450	20	2.3	21	81	11	60	45	2	15	36	1.58
34017058--34017175	41	2.8	42	78	3	123	24	17	26	31	1.97
34047546--34047662	40	2.9	41	84	3	166	25	27	23	23	2.00
34047553--34047694	40	3.6	40	85	2	135	26	28	22	23	1.99
34061173--34061234	30	2.1	30	84	0	79	29	24	3	43	1.70
34062480--34062535	27	2.1	27	82	0	67	21	23	21	33	1.97
34072394--34072435	20	2.1	20	100	0	84	33	4	9	52	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34072730--34072862	45	3.0	44	70	9	112	24	18	27	30	1.98
34075197--34075404	43	4.9	43	85	7	264	32	24	15	27	1.96
34077729--34077856	39	3.3	39	91	0	202	28	21	28	21	1.99
34077730--34077878	78	1.9	78	83	2	192	28	22	28	20	1.99
34079296--34079474	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
34081614--34082057	47	9.4	47	94	1	771	34	8	28	29	1.86
34081614--34082057	96	4.7	94	95	1	789	34	8	28	29	1.86
34081611--34082057	143	3.1	141	93	2	777	34	8	27	29	1.86
34083641--34083812	79	2.2	79	82	3	211	25	21	27	25	1.99
34083588--34083810	40	5.6	39	81	7	207	26	21	26	25	1.99
34083668--34083835	79	2.1	80	79	4	180	25	21	27	25	1.99
34090047--34090218	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
34090049--34090271	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
34090047--34090271	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
34090203--34090280	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
34094020--34094191	79	2.2	79	82	3	211	25	21	27	25	1.99
34093967--34094189	40	5.6	39	81	7	207	26	21	26	25	1.99
34094047--34094224	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
34097094--34097365	40	6.8	40	91	0	436	25	21	27	25	1.99
34097577--34097685	57	1.9	57	88	1	164	23	19	28	28	1.98
34101361--34101452	47	2.0	47	95	0	166	33	7	28	30	1.85
34101421--34101475	23	2.4	23	93	3	94	32	12	29	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34101374--34101522	70	2.1	70	95	1	264	32	10	29	28	1.89
34101443--34101880	47	9.2	47	92	2	714	32	8	29	28	1.87
34101443--34101880	96	4.6	95	94	0	718	32	8	29	28	1.87
34108427--34108461	2	17.5	2	87	0	52	48	0	2	48	1.16
34109639--34109718	39	2.1	39	100	0	160	30	20	27	22	1.98
34111072--34111249	27	6.6	27	80	7	155	28	29	15	26	1.96
34111097--34111248	54	2.8	53	84	6	189	26	30	16	26	1.97
34119129--34119305	27	6.5	27	79	3	113	28	31	15	24	1.96
34119129--34119305	54	3.3	55	80	7	191	28	31	15	24	1.96
34119150--34119305	82	1.9	81	82	3	197	27	30	16	25	1.96
34123866--34124049	40	4.6	40	80	8	187	24	22	28	23	1.99
34123917--34124082	79	2.1	79	80	6	185	25	21	28	24	1.99
34130423--34130466	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
34130561--34130589	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
34134167--34134273	37	2.9	37	92	0	169	27	30	17	24	1.97
34134484--34135411	47	19.1	47	85	7	1217	26	29	12	31	1.93
34134596--34134673	25	3.2	25	64	10	63	29	34	8	26	1.87
34134484--34135411	98	9.5	98	92	3	1439	26	29	12	31	1.93
34135162--34135238	24	3.2	24	63	23	63	24	32	12	29	1.93
34137585--34137763	85	2.1	85	97	0	340	26	27	8	36	1.86
34139208--34139318	57	1.9	58	88	1	170	28	27	18	25	1.98
34139530--34140000	40	11.8	40	91	1	757	25	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34141268--34141376	37	2.9	37	93	0	173	27	30	19	22	1.98
34141587--34142422	47	17.1	47	85	6	988	26	29	12	31	1.93
34141587--34142422	98	8.5	98	88	6	1192	26	29	12	31	1.93
34141869--34142423	145	3.8	142	81	11	667	26	29	13	30	1.94
34144612--34144790	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
34145803--34145835	18	1.9	17	88	11	50	36	12	21	30	1.90
34146539--34146640	51	2.0	51	98	0	195	27	16	9	46	1.79
34146919--34146945	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
34148196--34148238	22	2.0	21	81	9	50	41	11	6	39	1.68
34149200--34149228	10	2.9	10	100	0	58	17	31	20	31	1.96
34149809--34149972	42	3.9	42	76	4	159	29	25	15	30	1.95
34153668--34153778	46	2.4	45	83	8	136	30	18	25	25	1.98
34153851--34154121	49	5.6	48	78	8	271	27	19	28	23	1.99
34153716--34153974	142	1.9	135	82	7	322	28	18	28	24	1.98
34153849--34154119	98	2.8	98	85	1	375	27	19	28	24	1.99
34153856--34154120	147	1.8	146	82	5	347	27	19	28	23	1.98
34171770--34171867	49	2.0	49	97	0	187	40	9	10	39	1.71
34173234--34173554	46	7.0	46	89	2	430	38	14	25	22	1.92
34177056--34177228	46	3.7	46	73	13	174	23	20	26	30	1.98
34177053--34177223	93	1.8	93	91	2	281	22	20	27	29	1.99
34193662--34193728	34	2.0	34	85	5	91	28	23	22	25	1.99
34197642--34197689	25	1.9	25	91	0	78	31	25	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34197729--34197767	10	3.8	10	90	6	60	33	15	17	33	1.92
34197728--34197767	21	1.9	21	94	0	71	35	15	17	32	1.91
34197812--34197878	25	2.8	24	86	4	98	28	25	19	26	1.99
34197812--34197894	24	3.4	24	85	6	105	30	21	20	27	1.98
34202879--34202942	28	2.3	28	83	0	74	23	17	32	26	1.96
34203283--34203609	27	12.1	27	74	7	200	39	19	9	31	1.83
34203630--34203685	27	2.1	27	82	0	67	37	21	17	23	1.94
34205517--34206062	289	1.9	284	92	2	905	30	12	26	30	1.93
34207094--34207340	80	3.1	80	78	5	221	40	19	10	29	1.85
34207094--34207487	27	14.7	27	79	5	334	39	20	10	30	1.85
34207439--34207500	27	2.3	27	94	0	115	41	12	9	35	1.76
34207452--34207532	27	3.0	27	85	3	92	37	17	16	29	1.91
34210320--34210383	28	2.3	28	91	0	101	17	17	37	28	1.92
34210700--34211172	27	17.6	27	80	4	474	39	19	9	32	1.83
34211154--34211228	27	2.8	27	82	8	89	37	21	14	26	1.92
34211190--34211245	27	2.1	27	82	0	67	35	25	17	21	1.95
34213190--34213278	28	3.2	28	91	0	142	19	14	38	28	1.91
34213598--34213990	27	14.7	27	81	4	350	40	20	9	29	1.83
34213598--34213936	134	2.5	133	82	6	382	41	20	7	29	1.81
34213598--34213935	161	2.1	161	84	4	434	41	21	7	29	1.81
34213915--34214006	27	3.4	27	92	0	130	35	17	17	29	1.93
34214422--34214536	27	4.3	26	86	5	122	36	21	21	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34214422--34214536	54	2.1	53	85	6	151	36	21	21	20	1.95
34214640--34214725	26	3.2	26	81	6	73	31	8	22	38	1.83
34218074--34218188	27	4.3	27	77	7	108	38	20	21	19	1.94
34219567--34219801	50	4.7	51	78	8	180	26	18	25	29	1.98
34219563--34219750	101	1.9	101	86	2	270	26	19	25	28	1.98
34221815--34221847	17	2.0	17	94	5	59	63	0	24	12	1.28
34229211--34229258	22	2.2	22	96	3	89	43	0	8	47	1.33
34233800--34233850	25	2.0	25	81	7	59	29	19	19	31	1.97
34233894--34233938	10	4.4	10	86	5	63	37	15	15	31	1.89
34233995--34234053	25	2.4	25	82	2	66	30	23	16	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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