genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62938439--62938478	19	2.2	18	90	4	62	15	27	5	52	1.63
62942263--62942333	31	2.3	31	82	4	81	38	8	11	42	1.71
62943447--62943532	42	2.0	42	86	4	120	31	13	17	37	1.89
62948041--62948066	9	2.9	9	100	0	52	46	11	23	19	1.82
62961074--62961115	17	2.5	17	80	0	57	30	0	19	50	1.48
62963174--62963217	20	2.4	18	88	11	63	2	31	0	65	1.05
62963231--62963266	9	3.9	9	85	7	54	0	11	2	86	0.68
62963230--62963266	19	1.9	19	94	0	65	0	13	2	83	0.74
62972469--62972508	11	3.6	12	80	12	50	7	0	30	62	1.23
62973036--62973062	5	5.4	5	100	0	54	40	40	0	18	1.51
62976048--62976109	31	2.0	31	96	0	115	40	9	3	46	1.53
62976452--62976535	40	2.1	40	100	0	168	23	20	23	32	1.98
62981136--62981187	10	5.3	10	79	2	61	73	1	0	25	0.94
62981136--62981202	20	3.3	21	81	8	77	70	1	0	28	0.96
62981136--62981213	21	3.8	21	78	11	74	69	1	1	28	1.04
62981221--62981269	25	2.0	24	92	4	80	57	2	0	40	1.10
62985982--62986018	18	2.1	18	94	0	65	59	5	8	27	1.48
62989083--62989120	20	1.9	20	88	0	58	26	21	15	36	1.93
62989763--62989802	21	2.0	20	85	5	53	32	0	25	42	1.55
62995108--62995191	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
63001741--63001800	31	1.9	31	96	0	111	33	21	11	33	1.90
63016635--63016675	21	1.9	22	90	5	66	58	4	7	29	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63018393--63018444	25	2.0	26	85	3	70	44	3	0	51	1.19
63019811--63019843	16	2.0	17	88	5	50	0	0	18	81	0.68
63019847--63019871	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
63020242--63020289	25	1.9	25	95	0	87	47	2	10	39	1.49
63023048--63023119	3	23.7	3	97	2	135	33	33	0	33	1.58
63026406--63026462	27	2.0	29	83	6	73	24	8	3	63	1.39
63047738--63047849	27	4.2	26	83	7	134	37	22	23	16	1.94
63047738--63047849	54	2.1	54	86	3	154	37	22	23	16	1.94
63053169--63053630	130	3.6	129	82	5	511	27	17	18	36	1.93
63056176--63056246	31	2.3	31	80	0	79	36	2	1	59	1.21
63057692--63057749	13	4.5	13	82	0	71	25	8	25	39	1.84
63061397--63061459	24	2.6	24	80	9	67	25	4	6	63	1.38
63061418--63061474	24	2.4	24	81	0	69	26	3	8	61	1.42
63061682--63061741	24	2.7	23	80	14	74	35	0	5	60	1.19
63074254--63074680	43	10.2	44	83	11	542	29	16	31	22	1.96
63074262--63074639	204	1.9	202	86	7	541	27	16	32	23	1.96
63076094--63076150	24	2.4	24	81	0	69	26	3	8	61	1.42
63076327--63076404	34	2.3	34	84	4	95	34	1	6	57	1.32
63076336--63076407	11	6.1	12	74	19	62	34	1	2	61	1.19
63076569--63076625	3	19.0	3	82	13	73	31	5	0	63	1.17
63095833--63096271	44	10.2	44	84	5	551	29	16	31	22	1.96
63095833--63096261	128	3.4	125	86	5	563	29	16	31	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63095833--63096271	84	5.1	84	86	3	572	29	16	31	22	1.96
63097716--63097778	24	2.6	24	80	9	67	25	4	6	63	1.38
63097737--63097793	24	2.4	24	81	0	69	26	3	8	61	1.42
63097983--63098047	21	3.0	21	79	14	71	36	1	4	56	1.29
63097983--63098070	14	6.4	14	69	18	60	35	1	4	59	1.25
63097974--63098062	19	4.5	21	74	13	73	33	1	6	58	1.32
63097985--63098070	23	3.7	23	68	12	59	34	1	4	59	1.26
63098242--63098312	3	23.0	3	77	11	72	30	7	1	60	1.32
63101219--63101304	3	28.7	3	68	9	50	56	5	0	37	1.23
63101199--63101299	33	3.2	32	89	8	140	53	6	0	39	1.28
63101226--63101299	11	6.7	11	69	10	53	55	6	0	37	1.27
63103230--63103380	48	3.2	48	72	3	162	40	19	15	23	1.91
63103206--63103382	94	1.9	94	89	0	273	41	19	15	23	1.90
63105242--63105793	205	2.7	202	89	5	839	38	15	13	31	1.87
63110521--63110555	10	3.4	10	92	7	61	51	8	20	20	1.73
63110523--63110555	11	3.1	11	91	8	59	54	9	18	18	1.69
63126862--63126894	15	2.2	15	89	10	50	63	0	0	36	0.95
63135878--63135907	15	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
63140261--63140410	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
63140285--63140468	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
63148731--63148778	25	1.9	25	86	0	69	45	6	6	41	1.54
63155568--63155612	6	7.5	6	94	0	81	51	15	15	17	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63157363--63157483	39	3.1	39	92	0	206	24	31	23	20	1.98
63160057--63160098	13	2.9	15	79	17	52	52	7	0	40	1.29
63166719--63166744	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
63169903--63169980	4	19.5	4	94	0	138	50	26	0	23	1.50
63171811--63171869	24	2.4	24	94	5	100	45	5	3	45	1.42
63172917--63172968	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
63173000--63173035	15	2.3	16	85	9	56	38	0	0	61	0.96
63173022--63173065	19	2.4	17	88	11	61	56	0	0	43	0.99
63174455--63174562	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
63181216--63181270	11	5.1	11	77	4	58	65	21	7	5	1.38
63184975--63185083	24	4.4	25	70	16	75	38	20	21	20	1.94
63184987--63185094	24	4.3	24	75	10	92	35	19	24	21	1.96
63185220--63185281	24	2.6	24	81	0	61	29	20	25	24	1.99
63189488--63190096	131	4.6	131	79	4	475	28	19	17	34	1.95
63189449--63190098	263	2.5	261	74	7	602	29	19	17	34	1.95
63192038--63192082	23	2.0	23	81	0	54	37	6	8	46	1.61
63204362--63205520	132	8.8	132	93	0	1906	27	19	25	27	1.99
63205902--63205950	25	1.9	26	87	4	73	75	20	2	2	1.00
63208391--63208875	131	3.7	131	80	5	421	28	19	16	35	1.94
63208528--63209007	263	1.8	263	81	7	598	27	19	17	35	1.94
63212972--63213134	39	4.2	39	96	3	285	38	22	25	13	1.91
63226106--63226299	100	2.0	97	92	3	325	52	12	13	21	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63233121--63233261	51	2.9	47	76	18	135	33	5	4	56	1.42
63233133--63233188	26	2.3	25	79	17	64	32	5	1	60	1.29
63233122--63233196	25	2.9	27	75	15	79	33	5	1	60	1.28
63233122--63233223	51	2.0	49	85	12	136	32	5	1	59	1.32
63233132--63233323	24	7.7	23	70	19	81	31	7	4	56	1.46
63233239--63233391	24	6.3	24	72	13	91	30	8	2	58	1.41
63233343--63233390	25	2.0	24	91	0	69	35	6	0	58	1.23
63233599--63233665	18	3.8	17	71	15	55	26	1	2	68	1.12
63233699--63233758	24	2.5	24	83	8	77	26	3	8	61	1.40
63236962--63237119	57	2.9	56	80	13	152	42	1	3	52	1.27
63237282--63237336	16	3.4	16	84	0	74	30	27	5	36	1.79
63244791--63244817	13	2.1	13	100	0	54	22	29	11	37	1.89
63244742--63244867	63	2.0	63	95	0	225	32	19	19	29	1.96
63244804--63244909	50	2.1	50	91	1	167	33	17	23	25	1.97
63244885--63245033	31	4.8	31	86	3	210	27	21	26	24	1.99
63245133--63245238	49	2.2	48	86	3	140	28	16	26	29	1.96
63245194--63245308	42	2.7	42	85	4	142	31	13	26	28	1.94
63247973--63248002	12	2.5	12	100	0	60	26	26	6	40	1.81
63256248--63256422	71	2.5	70	86	1	235	28	13	23	34	1.93
63256425--63256585	71	2.3	71	89	4	243	22	15	21	40	1.91
63256518--63257144	140	4.5	140	94	1	1114	25	16	20	37	1.93
63256700--63256724	13	1.9	13	100	0	50	24	12	0	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63256982--63257015	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
63257064--63257287	72	3.0	72	85	9	290	29	16	19	34	1.94
63257054--63257558	271	1.9	270	85	4	712	30	16	18	35	1.93
63257169--63257407	120	2.0	121	91	2	392	31	15	18	34	1.93
63257334--63257558	77	3.0	76	83	7	271	30	14	18	36	1.91
63257290--63257640	74	4.7	74	82	7	363	30	16	19	34	1.94
63257562--63257733	93	1.8	93	83	4	231	27	20	19	32	1.97
63257634--63258015	79	4.7	77	77	11	354	28	17	18	35	1.94
63257412--63258017	243	2.5	239	82	7	720	29	17	19	34	1.94
63257814--63257973	87	1.8	87	83	2	214	26	18	18	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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