genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12417221--12417576	120	3.0	120	87	1	491	24	21	27	26	1.99
12418843--12418962	56	2.1	56	96	0	222	45	9	22	22	1.80
12420421--12420908	47	10.3	47	91	2	707	32	9	30	27	1.89
12422892--12422961	35	2.0	35	88	0	104	38	10	24	27	1.87
12429164--12429539	85	4.4	85	80	6	224	21	32	30	15	1.94
12429242--12430695	43	34.2	43	79	5	1219	19	32	31	17	1.95
12429242--12430695	85	17.1	85	78	6	1116	19	32	31	17	1.95
12430444--12430738	85	3.5	84	75	10	249	21	33	26	18	1.96
12430885--12430946	24	2.6	24	75	14	65	22	29	37	11	1.89
12438218--12438294	32	2.4	32	84	0	100	45	6	23	24	1.76
12442727--12442803	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
12446602--12446722	58	2.1	59	90	1	190	23	19	23	33	1.97
12447396--12447426	5	6.2	5	92	0	53	22	22	38	16	1.92
12458310--12458512	43	4.8	42	78	7	124	22	32	29	16	1.95
12458389--12459204	43	19.2	43	76	6	662	19	31	30	18	1.96
12458389--12459201	85	9.6	86	76	6	610	19	31	30	18	1.96
12458351--12459204	213	4.0	212	78	6	681	20	31	30	18	1.96
12460499--12460674	46	3.8	46	74	10	169	23	19	28	28	1.98
12460496--12460666	93	1.8	93	91	0	279	23	20	28	28	1.99
12467601--12467640	16	2.5	16	100	0	80	45	7	20	27	1.78
12468093--12468268	46	3.8	45	74	12	169	22	19	28	28	1.98
12468090--12468260	93	1.8	93	89	0	270	22	20	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12469582--12469738	42	3.7	42	84	2	199	17	35	31	15	1.91
12470109--12470153	23	2.0	23	86	4	65	44	17	6	31	1.75
12470135--12470185	19	2.9	17	83	11	66	35	17	9	37	1.83
12470106--12470163	22	2.6	22	84	7	73	41	18	5	34	1.73
12475241--12475293	19	3.0	17	76	10	61	35	20	9	33	1.85
12475471--12475614	43	3.4	42	80	3	171	18	29	31	20	1.96
12475869--12476032	42	3.9	41	74	8	150	18	28	30	22	1.98
12476051--12477745	85	19.9	85	75	9	897	18	31	31	19	1.95
12476051--12477747	43	39.9	43	79	5	1522	18	31	31	19	1.95
12476110--12477750	725	2.3	721	81	5	1857	18	31	31	18	1.95
12476051--12477745	213	8.0	211	79	6	1570	18	31	31	19	1.95
12475893--12477772	256	7.4	252	77	7	1467	18	30	31	19	1.95
12478086--12478118	17	1.9	17	100	0	66	21	24	30	24	1.99
12491204--12491270	35	1.9	35	90	0	107	38	10	23	26	1.87
12491755--12494881	595	5.2	593	82	4	3060	17	32	31	18	1.94
12491824--12494789	681	4.4	684	83	4	3121	17	32	31	18	1.94
12491824--12494904	43	72.3	42	80	5	2728	17	32	32	18	1.94
12491867--12494926	85	35.9	85	78	6	1302	17	32	32	18	1.94
12491715--12494936	128	25.2	128	78	6	1997	17	32	31	18	1.94
12500563--12500611	23	2.1	23	100	0	98	18	32	40	8	1.80
12501130--12501243	58	1.9	59	85	1	158	36	21	17	24	1.94
12504262--12504432	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12504254--12504429	46	3.8	46	79	12	207	28	28	20	22	1.98
12510157--12510276	58	2.1	59	88	1	179	34	23	17	25	1.96
12516016--12516738	43	16.7	43	78	8	664	16	32	33	17	1.92
12516016--12516738	85	8.3	86	78	8	614	16	32	33	17	1.92
12516215--12516322	55	1.9	56	92	1	182	11	37	33	17	1.85
12516280--12516797	85	6.1	85	81	4	510	16	31	34	17	1.92
12516280--12516797	128	4.1	128	82	4	539	16	31	34	17	1.92
12516407--12516797	43	9.2	43	74	9	158	15	29	35	18	1.93
12528996--12529038	21	2.0	21	100	0	86	23	25	13	37	1.92
12539752--12539852	37	2.7	37	92	0	166	24	28	20	25	1.99
12539993--12540432	48	9.0	48	92	3	718	32	27	5	35	1.80
12539993--12540432	98	4.5	98	97	0	794	32	27	5	35	1.80
12544653--12544773	58	2.1	59	90	1	190	33	24	17	23	1.96
12545527--12546260	43	17.2	43	83	4	844	16	32	32	18	1.93
12545527--12546261	85	8.6	85	84	4	815	16	32	32	18	1.93
12546246--12546338	43	2.2	43	84	0	114	12	26	40	19	1.88
12551669--12551697	14	2.0	15	93	6	51	13	31	41	13	1.84
12557030--12557341	43	7.3	43	88	4	395	17	33	31	17	1.93
12557029--12557347	129	2.5	128	87	3	453	18	33	31	16	1.93
12558931--12559051	58	2.1	59	92	1	199	33	24	18	23	1.97
12559318--12559345	13	2.2	13	100	0	56	7	28	39	25	1.82
12563934--12564582	85	7.7	85	83	6	702	17	34	30	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12563933--12564582	43	15.5	43	82	6	742	17	34	30	17	1.93
12572188--12572308	58	2.1	59	90	1	190	30	23	21	24	1.99
12572704--12572757	24	2.2	24	93	0	90	9	40	35	14	1.78
12572919--12573535	85	7.2	85	79	5	541	15	32	32	18	1.93
12572919--12573597	43	16.0	43	81	4	576	16	31	32	18	1.93
12573016--12573494	128	3.7	127	82	5	536	15	34	32	17	1.92
12572969--12573622	85	7.7	85	77	8	326	16	31	33	18	1.93
12575782--12576709	42	21.9	42	82	4	881	15	32	33	18	1.93
12575782--12576709	85	11.0	85	82	4	916	15	32	33	18	1.93
12575782--12576709	127	7.3	127	82	3	928	15	32	33	18	1.93
12576383--12576452	23	3.2	23	64	15	67	22	31	27	18	1.97
12576395--12576464	23	3.2	23	64	15	67	21	31	31	15	1.95
12589640--12590292	41	16.7	41	80	15	587	15	33	33	17	1.91
12589640--12590178	268	2.0	279	82	12	688	15	34	33	16	1.90
12590024--12590202	42	4.6	39	79	13	160	15	31	35	17	1.91
12590063--12590319	42	6.4	41	79	13	216	15	28	36	19	1.93
12590207--12590350	42	3.5	41	76	11	132	15	25	39	20	1.91
12598076--12598196	58	2.1	59	90	1	190	33	23	18	24	1.97
12598903--12598985	43	1.9	43	80	9	98	20	31	30	18	1.96
12600358--12600422	25	2.6	25	95	0	112	20	35	10	33	1.87
12600860--12600885	10	2.6	10	100	0	52	7	11	19	61	1.53
12623665--12623827	75	2.2	77	84	4	215	28	30	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12638241--12638676	85	5.1	85	76	8	370	21	29	30	18	1.97
12638253--12638659	43	9.6	43	75	7	328	20	30	30	18	1.97
12638253--12638659	128	3.2	127	83	1	492	20	30	30	18	1.97
12638647--12638782	43	3.2	43	78	6	150	23	30	27	18	1.97
12642757--12642826	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
12642757--12642854	28	3.5	28	88	2	126	32	28	12	26	1.92
12663854--12664167	42	7.4	42	73	6	229	21	30	31	17	1.96
12663893--12663997	43	2.5	41	80	10	113	20	27	33	19	1.96
12663854--12664128	85	3.2	84	71	10	213	20	30	31	17	1.95
12666393--12666485	38	2.4	38	87	3	134	19	20	25	34	1.96
12667097--12667129	16	1.9	18	88	11	52	24	9	15	51	1.72
12667353--12667457	43	2.4	43	90	0	165	18	35	27	19	1.94
12673738--12674119	189	2.0	188	85	3	518	32	24	20	21	1.98
12679091--12679126	15	2.4	15	95	0	63	30	33	19	16	1.94
12682697--12682812	59	2.0	59	94	0	205	34	14	22	28	1.94
12690516--12690599	26	3.2	26	93	0	141	32	4	25	38	1.77
12692568--12692631	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
12692846--12693042	41	4.8	41	92	5	317	27	22	20	28	1.99
12693230--12693254	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
12700532--12700769	41	5.8	41	94	3	399	27	22	21	28	1.99
12702816--12702931	27	4.3	27	87	1	160	18	24	24	33	1.97
12702816--12702955	54	2.6	55	86	2	176	17	25	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12702814--12702955	27	5.3	27	84	9	137	17	24	23	34	1.96
12703017--12703056	19	2.0	21	85	14	57	15	2	47	35	1.58
12706474--12706509	18	2.0	18	88	0	54	44	8	13	33	1.74
12707917--12707941	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
12709077--12709180	55	1.9	55	84	4	138	18	33	25	23	1.96
12711641--12711959	47	6.8	46	73	13	240	28	20	30	21	1.98
12711639--12711959	94	3.4	92	78	11	368	28	19	30	21	1.98
12718467--12718491	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
12719202--12719605	47	8.6	47	72	12	294	29	20	27	22	1.98
12719202--12719748	94	5.8	94	82	6	603	29	19	28	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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