genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  2  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
342701--342765	22	3.0	21	82	10	76	29	1	6	63	1.28
342701--342765	23	2.9	22	84	11	78	29	1	6	63	1.28
342860--342932	33	2.2	33	95	2	130	54	8	15	21	1.66
357712--357749	19	2.1	19	85	9	53	68	5	18	7	1.34
360771--360840	34	2.1	34	100	0	140	54	14	0	31	1.40
372658--372713	10	5.6	10	80	0	67	39	16	1	42	1.58
372663--372713	20	2.5	20	90	0	84	39	15	1	43	1.58
381819--381863	18	2.5	19	74	25	53	66	0	0	33	0.92
381834--381892	30	1.9	32	89	6	95	72	1	1	23	1.02
391443--391802	69	5.2	69	77	2	184	22	17	19	40	1.91
391486--391749	138	1.9	138	80	0	312	22	16	20	40	1.91
419491--419536	19	2.4	19	92	0	74	47	10	10	30	1.73
422305--422367	24	2.6	24	78	9	65	44	22	15	17	1.86
424087--424150	28	2.3	28	100	0	128	39	26	12	21	1.89
425022--425080	16	3.6	17	82	11	63	33	1	3	61	1.23
424977--425064	23	3.9	23	73	22	71	29	2	3	64	1.22
425011--425086	7	10.9	7	71	10	57	34	2	3	59	1.30
425050--425096	14	2.8	17	75	24	55	36	4	0	59	1.17
434260--434429	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
440529--440712	87	2.1	89	83	8	225	31	18	22	27	1.97
440407--441186	220	3.6	219	91	2	1187	31	18	22	27	1.97
440743--440903	89	1.8	87	90	2	259	31	18	22	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
441473--441505	17	1.9	17	93	0	57	51	33	0	15	1.43
442019--442081	28	2.2	28	97	0	117	39	26	14	19	1.90
442030--442091	28	2.4	25	86	10	81	37	24	17	20	1.94
442908--442996	16	5.3	17	73	15	60	28	1	3	67	1.14
442908--442995	23	3.9	22	75	20	83	28	1	3	67	1.14
442960--443022	14	4.6	14	78	11	60	31	3	1	63	1.19
442966--443016	26	2.0	26	84	0	66	33	3	1	60	1.26
447344--447519	46	3.8	46	76	10	187	19	21	30	28	1.97
447340--447512	93	1.9	93	91	0	283	19	21	30	27	1.98
453471--453528	21	2.8	21	78	17	59	68	8	0	22	1.16
453741--453864	43	2.9	44	81	9	132	22	15	25	36	1.93
458382--458440	27	2.2	27	84	6	75	64	3	1	30	1.20
458382--458440	14	4.4	14	72	6	50	64	3	1	30	1.20
458734--458840	52	2.0	53	87	7	153	23	7	17	51	1.71
465740--465808	25	2.8	23	82	14	59	44	1	0	53	1.09
465751--465810	19	3.1	19	79	11	68	45	1	0	53	1.10
465785--465841	23	2.5	22	80	5	69	38	1	0	59	1.08
465976--466001	12	2.2	12	100	0	52	69	0	7	23	1.14
471919--471986	30	2.3	30	92	0	118	19	30	30	19	1.96
473690--473792	21	4.6	22	70	20	63	39	2	5	51	1.41
478534--478642	56	1.9	56	81	7	132	26	16	26	30	1.97
484245--484331	43	2.0	43	88	0	129	28	18	16	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
487155--487259	29	3.7	27	78	12	102	26	16	9	47	1.77
487154--487312	59	2.7	59	86	4	205	24	15	11	49	1.77
491328--491495	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
491363--491548	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
491365--491548	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
498861--499038	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
498882--499037	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
505710--505884	27	6.4	27	82	3	172	29	28	14	27	1.96
505728--505883	82	1.9	81	85	3	215	28	29	15	26	1.96
505732--505883	54	2.8	54	84	3	198	27	29	15	26	1.96
512963--513137	27	6.4	27	82	3	172	29	28	14	27	1.96
512981--513136	82	1.9	81	85	3	215	28	29	15	26	1.96
512985--513136	54	2.8	54	84	3	198	27	29	15	26	1.96
516697--516874	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
516718--516873	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
518767--518796	12	2.5	12	100	0	60	33	26	40	0	1.57
520383--520747	47	7.7	49	75	12	289	24	30	18	26	1.98
520380--520747	94	3.9	97	79	8	359	24	29	18	26	1.98
524595--524626	13	2.5	13	94	0	55	25	12	18	43	1.85
541658--541750	43	2.2	43	96	0	168	32	11	19	36	1.88
541755--541964	35	6.1	35	75	8	171	28	10	20	40	1.85
541830--541964	70	1.9	70	88	5	202	30	8	18	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
541831--541979	70	2.1	68	81	7	183	33	8	17	40	1.80
554930--554954	9	2.8	9	100	0	50	24	0	20	56	1.43
558230--558255	13	2.0	13	100	0	52	38	23	0	38	1.55
561518--561571	27	2.0	27	100	0	108	48	7	14	29	1.71
568291--568331	16	2.5	17	84	8	57	48	0	2	48	1.14
572828--572937	49	2.3	47	82	3	139	38	19	14	28	1.91
577567--577609	16	2.6	16	81	7	50	37	6	23	32	1.82
578391--578517	66	1.9	66	90	0	200	25	25	29	20	1.99
591177--591218	22	1.9	22	90	0	66	35	11	11	40	1.79
594767--594888	54	2.3	54	81	5	158	19	29	24	26	1.99
598031--598088	4	14.0	4	82	15	57	1	25	0	72	0.94
603155--603283	54	2.4	54	90	0	204	33	21	16	28	1.95
605850--606028	47	3.8	49	82	13	223	29	28	20	21	1.98
605858--606028	94	1.8	93	94	1	306	29	28	20	21	1.98
612388--612439	24	2.2	24	100	0	104	21	21	11	46	1.82
612442--612561	43	2.8	45	80	9	135	32	25	15	26	1.96
612422--612568	43	3.4	43	73	9	129	31	23	15	29	1.95
613119--613196	37	2.1	37	95	2	140	55	15	2	26	1.53
615708--615742	16	2.2	16	100	0	70	54	11	22	11	1.68
616141--616217	28	2.8	27	80	4	82	40	20	14	24	1.90
616345--616418	27	2.8	26	89	2	112	20	17	22	39	1.92
621438--621467	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
626302--626348	21	2.2	21	84	0	67	31	14	14	38	1.87
633369--633400	13	2.5	13	95	5	57	65	0	6	28	1.16
633458--633510	9	5.5	10	78	14	58	37	1	1	58	1.20
642036--642074	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
643854--643908	25	2.2	25	83	6	67	45	5	0	49	1.25
644131--644174	21	2.1	21	87	4	63	52	0	11	36	1.38
644130--644184	21	2.7	21	78	15	62	45	0	14	40	1.45
646716--646765	22	2.3	22	79	6	57	24	22	20	34	1.97
653001--653057	30	1.9	29	86	10	80	49	5	3	42	1.42
653294--653331	11	3.5	11	79	13	51	18	2	2	76	1.02
653729--653774	23	2.0	22	84	12	58	65	8	0	26	1.21
660551--660647	28	3.4	28	77	6	97	18	17	16	47	1.83
665497--665556	10	6.0	10	81	11	70	21	10	1	66	1.30
665497--665556	20	3.0	20	83	9	86	21	10	1	66	1.30
666278--666311	18	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
669247--669330	15	5.1	15	73	24	64	17	1	4	76	1.03
669249--669328	10	7.3	10	75	19	63	18	1	5	75	1.06
670075--670262	96	1.9	98	91	2	308	29	14	25	30	1.95
670278--670304	12	2.2	12	100	0	54	92	0	7	0	0.38
672343--672402	10	6.0	10	81	11	70	20	10	1	68	1.27
673112--673145	18	1.9	18	88	5	52	29	11	2	55	1.50
675833--675917	42	2.0	42	100	0	170	37	17	16	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
677230--677312	25	3.3	24	72	12	78	33	25	18	22	1.96
682215--682392	27	6.6	27	86	3	223	26	15	27	29	1.96
682214--682392	82	2.2	81	84	3	234	26	16	27	29	1.97
695293--695454	56	2.9	55	82	4	182	34	20	20	24	1.96
713650--713726	40	1.9	40	83	0	100	35	33	15	15	1.89
717579--717653	3	25.0	3	75	0	60	34	6	2	56	1.40
727279--727329	23	2.3	23	80	10	61	37	17	7	37	1.79
729874--729917	18	2.4	18	88	3	61	34	2	13	50	1.55
732307--732446	66	2.1	65	89	2	208	43	29	10	17	1.81
734816--734873	28	2.0	28	83	6	71	31	20	29	18	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259