genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565524--2565557	9	3.8	9	92	0	50	47	14	11	26	1.79
2565521--2565557	18	2.1	18	94	0	65	48	13	10	27	1.75
2566976--2567141	57	3.1	51	81	12	208	28	21	6	42	1.78
2573139--2573175	17	2.3	15	86	13	56	45	0	2	51	1.15
2578575--2578757	73	2.5	72	77	4	186	36	23	23	16	1.94
2578628--2578777	26	6.0	25	72	9	112	36	23	24	16	1.94
2583206--2583237	5	6.2	5	92	7	55	18	0	0	81	0.70
2584641--2584694	22	2.4	23	78	6	65	24	22	18	35	1.96
2584629--2584733	23	4.6	23	74	15	92	26	20	20	33	1.97
2586091--2586115	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2587775--2587855	41	2.0	41	100	0	162	28	14	17	39	1.89
2592859--2592897	12	3.3	12	85	3	53	33	0	0	66	0.92
2593017--2593078	30	2.1	30	87	3	90	61	9	3	25	1.42
2593108--2593150	22	2.0	22	85	0	59	60	9	11	18	1.57
2593115--2593155	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
2593116--2593165	22	2.3	22	86	6	66	60	6	16	18	1.55
2604222--2604401	88	2.0	88	95	0	324	31	20	15	33	1.93
2611075--2611128	25	2.2	25	100	0	108	33	14	24	27	1.94
2620496--2620550	30	1.9	29	82	10	69	56	7	10	25	1.59
2620651--2620699	24	2.1	24	85	11	66	61	0	0	38	0.96
2620651--2620699	12	4.2	12	82	15	50	61	0	0	38	0.96
2624102--2624151	24	2.1	24	85	7	66	26	12	22	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2628820--2628954	40	3.4	39	83	3	162	11	14	30	43	1.80
2630719--2630782	33	1.9	33	83	0	83	20	20	12	46	1.82
2631458--2631497	20	2.0	20	85	9	55	55	25	17	2	1.55
2632597--2632661	18	3.4	18	89	6	85	32	7	0	60	1.25
2632768--2632840	30	2.5	30	80	8	87	30	12	2	54	1.51
2634759--2634802	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
2638294--2638326	15	2.2	15	89	10	50	69	0	15	15	1.19
2639602--2639878	83	3.3	82	71	14	267	31	19	20	28	1.97
2639576--2640096	44	12.1	43	70	12	292	31	19	21	27	1.98
2639600--2639975	170	2.2	170	96	0	689	31	19	21	27	1.97
2639947--2640108	87	1.9	87	84	2	218	30	20	23	25	1.99
2639771--2640212	218	2.0	213	79	7	464	30	19	22	26	1.98
2640293--2640565	86	3.2	86	86	3	361	30	22	23	23	1.99
2640699--2640816	44	2.7	43	74	11	114	27	23	23	24	2.00
2640710--2640815	44	2.4	44	76	7	117	29	23	24	22	1.99
2641350--2641389	20	2.0	20	85	9	55	55	25	17	2	1.55
2642493--2642557	18	3.4	18	89	6	85	32	7	0	60	1.25
2642664--2642736	30	2.5	30	80	8	87	30	12	2	54	1.51
2647476--2647539	32	2.0	32	87	0	92	31	7	25	35	1.84
2648097--2648183	43	2.0	43	100	0	174	35	9	18	36	1.83
2652795--2652836	22	1.9	22	100	0	84	21	9	26	42	1.83
2655299--2655382	30	2.8	29	73	8	89	41	4	0	53	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2655392--2655455	24	2.9	23	70	29	59	39	1	0	59	1.07
2655396--2655427	14	2.1	16	88	11	50	37	0	0	62	0.95
2656383--2656486	43	2.5	43	92	7	173	58	1	5	33	1.33
2664038--2664091	20	2.6	21	82	8	67	38	1	3	55	1.28
2670472--2670553	43	1.9	43	85	5	112	20	20	20	37	1.94
2672093--2672139	19	2.5	20	83	10	55	51	8	19	21	1.73
2675653--2675697	21	2.1	21	84	8	56	26	8	4	60	1.46
2675683--2675710	10	2.8	10	100	0	56	46	0	0	53	1.00
2675684--2675853	9	18.6	9	71	11	80	35	2	1	59	1.23
2675624--2675754	58	2.3	59	81	9	155	32	6	2	58	1.35
2675684--2675806	56	2.2	53	81	8	131	37	3	0	58	1.20
2675684--2675817	28	4.9	26	76	12	92	38	2	0	57	1.19
2676809--2676836	14	2.0	14	100	0	56	28	21	14	35	1.92
2680943--2680984	16	2.5	18	81	14	54	64	0	33	2	1.07
2686766--2686836	34	2.1	34	94	0	124	33	11	4	50	1.57
2687187--2687251	25	2.7	23	73	19	62	40	4	1	53	1.31
2688354--2688412	24	2.5	23	78	10	66	62	0	1	35	1.05
2691157--2691367	115	1.8	115	90	0	341	42	13	12	31	1.82
2697766--2697878	54	2.1	54	83	3	138	39	22	22	15	1.91
2697766--2697878	27	4.2	26	83	5	118	39	22	22	15	1.91
2699489--2699623	26	5.2	26	94	1	218	36	22	5	34	1.79
2702614--2702643	16	1.9	15	93	6	51	26	3	10	60	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2703608--2703722	54	2.1	54	83	3	142	39	23	21	15	1.92
2703608--2703722	27	4.3	26	83	5	122	39	23	21	15	1.92
2705324--2705432	26	4.2	26	92	2	184	36	22	6	34	1.80
2705324--2705432	51	2.1	52	93	1	184	36	22	6	34	1.80
2713372--2713429	28	2.1	28	90	0	89	32	25	13	27	1.94
2714803--2714840	15	2.5	16	83	12	53	50	13	0	36	1.42
2724823--2724864	21	2.0	20	82	13	50	42	4	7	45	1.52
2724993--2725018	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2725270--2725323	19	2.8	20	88	5	76	59	0	1	38	1.08
2725270--2725330	19	3.1	21	79	11	67	59	0	3	37	1.14
2725561--2725599	10	3.9	10	82	0	51	23	7	0	69	1.14
2725561--2725620	20	3.0	20	85	4	68	28	5	0	66	1.12
2725584--2725630	10	4.7	10	94	5	78	36	2	0	61	1.08
2725626--2725792	90	1.9	88	81	8	203	38	7	16	36	1.78
2732793--2732848	28	2.0	28	82	6	69	55	0	3	41	1.17
2733095--2733184	20	4.4	21	73	12	62	34	1	3	61	1.20
2734690--2735822	252	4.5	251	80	4	1085	24	14	21	39	1.90
2735552--2735704	77	2.0	76	84	7	202	22	13	24	39	1.90
2734662--2735822	84	13.9	83	80	4	966	24	14	21	39	1.91
2741681--2741731	23	2.2	22	80	16	59	56	1	0	41	1.10
2742110--2742143	17	1.9	18	88	5	52	50	2	0	47	1.16
2746265--2746327	26	2.3	26	75	5	63	34	4	0	60	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2746338--2746374	19	1.9	19	89	10	58	29	2	2	64	1.21
2760569--2760775	27	7.6	27	91	3	315	26	14	28	30	1.95
2760569--2760775	55	3.8	55	96	0	360	26	14	28	30	1.95
2768656--2768862	27	7.6	27	91	3	315	26	14	28	30	1.95
2768656--2768862	55	3.8	55	96	0	360	26	14	28	30	1.95
2773778--2773913	48	2.8	50	82	4	168	22	19	24	33	1.97
2803276--2803491	105	2.1	105	99	0	423	37	13	21	27	1.91
2807112--2807148	19	1.9	19	89	10	58	24	0	0	75	0.80
2810857--2810900	13	3.5	12	81	9	52	70	0	0	29	0.88
2810857--2810900	7	6.9	7	78	19	51	70	0	0	29	0.88
2810857--2810900	19	2.3	19	96	0	79	70	0	0	29	0.88
2818866--2818943	12	6.2	12	81	14	86	0	41	3	55	1.18
2818866--2818943	6	13.0	6	93	0	75	0	41	3	55	1.18
2818866--2818943	18	4.2	18	78	15	86	0	41	3	55	1.18
2829575--2829601	6	4.5	6	100	0	54	18	0	0	81	0.69
2830524--2830553	3	10.0	3	92	0	51	0	3	63	33	1.11
2831639--2831688	19	2.6	20	78	9	59	30	2	10	58	1.42
2831637--2831687	20	2.6	19	75	12	50	31	1	9	56	1.43
2833118--2833149	12	2.7	12	100	0	64	28	6	15	50	1.68
2833973--2834008	18	2.0	18	88	0	54	27	0	2	69	1.02
2834061--2834127	30	2.4	26	85	12	80	61	1	0	37	1.05
2834690--2834746	28	2.0	28	96	0	105	66	1	0	31	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2835066--2835103	13	2.9	13	77	14	51	36	23	5	34	1.78
2835743--2835819	26	2.8	26	82	9	75	71	1	1	25	1.01
2848004--2848039	16	2.2	17	90	5	56	36	0	0	63	0.94
2850883--2850937	14	4.1	14	81	4	60	23	43	10	21	1.84
2850887--2850949	28	2.3	28	83	8	76	22	44	9	23	1.82
2854813--2854864	26	2.0	26	100	0	104	26	15	11	46	1.80
2859508--2859571	28	2.3	28	82	15	80	57	1	0	40	1.08
2862986--2863018	16	2.1	16	100	0	66	42	6	15	36	1.71
2865649--2865798	77	2.0	76	85	4	203	35	19	21	24	1.96
2866557--2866615	31	1.9	31	86	6	84	49	15	6	28	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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