genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78403604--78403827	46	4.8	46	88	3	299	20	25	14	39	1.91
78407603--78407672	12	5.8	12	88	9	106	75	5	7	11	1.17
78407604--78407672	13	5.5	13	81	10	90	76	5	5	11	1.13
78407603--78407672	25	2.8	25	95	2	124	75	5	7	11	1.17
78408584--78408651	21	3.2	20	80	12	66	76	4	17	1	1.03
78408595--78408651	5	11.0	5	77	17	55	77	3	17	1	1.00
78408595--78408651	16	3.7	14	80	17	60	77	3	17	1	1.00
78413344--78413411	30	2.3	30	82	5	75	27	20	5	45	1.74
78420074--78420514	217	2.0	218	91	1	706	28	17	14	39	1.89
78445565--78445646	30	2.8	27	73	14	74	39	3	9	47	1.54
78450557--78450599	18	2.3	18	80	4	50	41	4	0	53	1.21
78452586--78452621	14	2.6	14	86	0	54	44	0	0	55	0.99
78454753--78454829	28	2.8	27	74	12	75	31	6	0	62	1.21
78454872--78454913	19	2.2	20	86	4	59	16	2	9	71	1.23
78454895--78454944	18	2.8	18	82	8	59	18	0	8	74	1.06
78454905--78454949	17	2.7	16	83	10	54	20	0	4	75	0.97
78457639--78457763	62	2.0	62	100	0	250	40	17	4	36	1.71
78458213--78458240	12	2.3	12	100	0	56	46	0	39	14	1.44
78467239--78467278	19	2.2	18	90	4	62	30	0	2	67	1.04
78467239--78467278	9	4.3	10	78	15	50	30	0	2	67	1.04
78467270--78467326	29	1.9	30	85	3	80	47	7	0	45	1.30
78469362--78469409	5	9.4	5	93	6	71	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78469364--78469410	2	26.0	2	80	20	59	44	0	0	55	0.99
78470676--78470706	10	3.1	10	100	0	62	58	0	29	12	1.35
78473132--78473187	5	11.4	5	96	3	105	41	0	0	58	0.98
78474777--78474807	6	5.2	6	96	0	53	16	29	19	35	1.93
78474720--78474841	57	2.1	57	87	0	172	20	22	18	38	1.93
78475017--78475312	18	16.1	18	70	12	172	34	11	15	38	1.83
78475017--78475312	54	5.4	54	72	12	215	34	11	15	38	1.83
78477339--78477401	5	12.6	5	100	0	126	60	0	0	39	0.97
78477494--78477546	21	2.5	22	78	9	65	58	3	0	37	1.16
78493168--78493203	6	6.0	6	100	0	72	50	0	0	50	1.00
78493326--78493359	18	1.9	18	88	5	52	38	0	5	55	1.24
78493556--78493619	31	2.1	30	88	2	92	53	0	4	42	1.22
78504718--78504944	113	2.0	113	100	0	454	26	29	12	31	1.93
78505552--78505592	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
78513458--78513490	16	1.9	18	88	11	52	30	0	18	51	1.46
78530377--78530507	57	2.3	57	86	1	199	34	22	12	29	1.92
78530474--78530603	32	4.1	32	98	0	251	37	19	10	33	1.85
78530538--78530751	90	2.4	90	95	0	383	35	22	10	32	1.88
78530628--78530693	32	2.1	32	91	0	105	39	18	9	33	1.82
78530660--78530970	58	5.5	58	82	5	397	33	23	11	31	1.90
78530836--78530991	50	3.0	49	73	14	134	38	19	8	32	1.83
78530903--78531045	75	1.9	74	95	1	259	32	23	10	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78530977--78531095	58	2.1	58	88	0	175	29	23	11	35	1.90
78541278--78541329	16	3.1	17	80	8	61	51	0	1	46	1.12
78541637--78541702	26	2.4	28	80	16	75	33	6	0	60	1.21
78543983--78544052	31	2.3	31	85	5	88	35	10	17	37	1.83
78547946--78548790	422	2.0	422	99	0	1672	42	16	17	23	1.89
78549734--78549813	41	1.9	42	94	2	144	22	15	15	47	1.82
78550406--78550451	21	2.1	23	84	15	62	34	4	0	60	1.16
78558065--78558124	28	2.2	27	84	3	75	35	18	18	28	1.94
78562604--78562677	22	3.1	22	65	20	58	25	10	2	60	1.43
78562577--78562677	50	2.0	50	100	0	202	25	11	3	58	1.51
78562577--78562660	28	3.2	28	67	19	90	26	11	4	57	1.54
78572182--78572215	16	2.1	17	88	5	52	41	5	23	29	1.78
78582785--78582818	16	2.1	17	88	5	52	29	23	5	41	1.78
78584221--78584271	25	2.2	23	83	13	61	66	0	0	33	0.92
78584227--78584303	27	2.8	26	76	5	73	61	1	1	36	1.13
78584339--78584382	19	2.3	20	80	11	56	65	11	0	22	1.24
78587652--78587717	30	2.2	31	91	2	107	40	1	7	50	1.40
78588466--78588522	29	2.0	29	85	0	78	49	0	3	47	1.18
78590330--78590361	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
78590996--78591047	22	2.4	22	96	0	95	26	3	15	53	1.59
78597940--78598028	18	4.9	18	84	0	124	34	14	21	29	1.93
78600764--78600832	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78600764--78600832	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
78600813--78600903	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
78601068--78601104	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
78601146--78601331	59	3.1	58	69	19	157	51	3	2	42	1.34
78601048--78601337	120	2.4	120	89	3	456	49	4	2	43	1.35
78605020--78605114	45	2.1	45	82	3	120	37	6	9	46	1.62
78606068--78606114	24	1.9	25	82	4	60	42	2	2	53	1.25
78607125--78607181	28	2.0	28	86	0	78	38	3	19	38	1.69
78612221--78612285	33	2.0	33	100	0	130	40	0	16	43	1.49
78614606--78614640	8	4.5	8	89	3	54	37	0	2	60	1.12
78618586--78618626	20	2.0	21	86	13	59	68	0	2	29	1.03
78619115--78619301	43	4.3	43	80	4	182	28	28	15	27	1.96
78620274--78620364	45	2.0	45	97	0	173	30	29	14	25	1.95
78625256--78625283	11	2.5	11	100	0	56	50	21	10	17	1.77
78625751--78625796	23	2.0	22	88	12	67	36	4	10	47	1.58
78632678--78632705	11	2.5	11	100	0	56	50	21	10	17	1.77
78634111--78634280	46	3.7	45	73	10	155	30	28	18	22	1.97
78639090--78639258	46	3.7	45	75	15	175	30	28	20	20	1.98
78642532--78642571	17	2.4	17	100	0	80	32	27	7	32	1.85
78642979--78643012	7	4.7	7	88	3	50	32	0	2	64	1.08
78642965--78643019	22	2.5	22	84	3	65	38	0	1	60	1.08
78642972--78643012	14	2.8	15	88	3	57	36	0	2	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78643890--78643945	29	1.9	29	89	7	87	17	0	32	50	1.47
78646674--78646936	46	5.7	46	92	0	384	39	15	23	21	1.92
78646625--78646936	138	2.3	130	87	5	419	38	15	24	21	1.92
78647198--78647243	23	1.9	25	82	8	60	54	0	15	30	1.41
78647665--78647793	41	3.1	41	91	2	188	18	17	25	38	1.92
78650528--78650552	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
78653930--78653956	13	2.1	13	100	0	54	33	0	22	44	1.53
78654049--78654142	30	3.2	30	76	7	86	58	5	1	35	1.28
78654367--78654438	29	2.4	29	86	4	90	25	12	13	48	1.78
78659094--78659146	10	5.7	9	77	14	54	30	0	1	67	1.01
78659085--78659128	19	2.2	20	84	4	54	31	2	2	63	1.19
78659102--78659146	19	2.4	18	85	7	54	31	0	2	66	1.04
78661128--78661160	16	2.0	17	88	5	50	36	3	9	51	1.49
78663244--78663280	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
78663837--78664012	46	3.8	46	76	12	189	21	18	29	30	1.97
78663834--78664004	93	1.8	93	91	0	279	21	19	29	29	1.97
78669154--78669194	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
78678181--78678979	44	18.2	44	86	1	1055	27	29	14	28	1.95
78690486--78690997	131	3.9	130	78	4	451	34	18	18	28	1.94
78691507--78691542	16	2.2	16	90	9	56	63	2	5	27	1.30
78691501--78691556	14	3.8	15	75	11	53	62	7	5	25	1.42
78693994--78694098	41	2.6	41	87	0	147	20	18	18	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78695047--78695081	16	2.1	18	89	10	56	54	0	5	40	1.24
78695478--78695540	30	2.1	30	88	5	92	60	9	3	26	1.43
78700572--78700644	36	2.0	36	100	0	146	13	21	21	42	1.88
78710853--78710937	21	4.0	21	80	4	80	38	25	21	14	1.91
78710851--78710925	21	3.5	22	83	7	91	38	26	21	13	1.90
78711308--78711365	15	3.8	15	86	2	80	51	10	0	37	1.36
78711311--78711369	30	2.0	28	93	6	100	55	10	0	33	1.33
78725607--78725662	27	2.0	29	82	6	71	44	1	5	48	1.36
78725743--78725792	21	2.3	20	83	16	57	54	0	2	44	1.11
78725868--78725907	17	2.2	18	86	13	55	45	7	5	42	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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