genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17501993--17502037	23	1.9	24	90	4	74	22	20	11	46	1.81
17502175--17502360	55	3.4	54	82	10	236	22	25	17	34	1.95
17513177--17513207	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
17513174--17513213	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
17513286--17513330	23	1.9	24	90	4	74	22	20	11	46	1.81
17513398--17513652	55	4.8	54	81	8	258	22	26	16	34	1.95
17513445--17513645	108	1.8	110	87	4	300	23	26	16	32	1.96
17516073--17516155	44	1.9	43	85	7	114	32	24	15	27	1.95
17552205--17552342	40	3.6	38	78	9	136	22	25	25	26	2.00
17552240--17552342	40	2.6	40	89	1	154	20	26	27	26	1.99
17560243--17560468	40	5.6	40	82	2	274	23	26	24	25	2.00
17560207--17560468	80	3.3	80	83	1	303	23	25	24	25	2.00
17563808--17563853	21	2.2	21	96	0	83	17	23	34	23	1.96
17566420--17566477	27	2.2	26	84	3	71	24	24	17	34	1.96
17575032--17575209	46	3.8	46	78	10	209	21	20	28	29	1.98
17575034--17575204	93	1.8	93	91	0	279	20	21	29	29	1.98
17575434--17575471	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
17582406--17582581	46	3.8	47	76	11	166	22	19	26	30	1.98
17582406--17582576	93	1.8	93	83	5	229	22	19	27	30	1.98
17582806--17582843	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
17588521--17588581	30	2.1	29	90	3	95	37	24	14	22	1.92
17594190--17594332	48	3.0	48	89	0	214	20	17	28	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17602666--17602905	47	5.1	47	91	1	365	34	11	28	25	1.90
17602713--17602790	25	3.2	25	63	23	67	35	10	26	26	1.89
17602666--17602905	93	2.6	93	90	2	356	34	11	28	25	1.90
17603112--17603220	37	2.9	37	93	0	182	23	19	30	26	1.98
17604491--17604802	40	7.8	40	93	0	509	25	22	27	25	2.00
17608778--17609018	47	5.1	47	92	0	365	34	11	28	25	1.90
17608825--17608902	25	3.2	25	63	23	67	35	10	26	26	1.89
17609225--17609333	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
17611991--17612029	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
17611991--17612037	21	2.3	21	85	10	62	31	2	21	44	1.64
17614056--17614094	20	2.0	20	89	0	60	33	0	20	46	1.51
17614254--17614281	10	2.8	10	100	0	56	28	0	21	50	1.49
17616611--17616642	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
17618033--17618082	18	2.8	18	84	6	57	62	2	2	34	1.18
17618069--17618120	20	2.6	21	75	9	54	61	1	5	30	1.30
17618576--17618661	32	2.6	32	78	10	86	63	1	4	30	1.21
17624378--17624405	13	2.2	13	100	0	56	50	14	7	28	1.69
17632607--17632692	38	2.3	38	79	4	102	29	26	24	19	1.99
17635258--17635539	50	5.6	50	77	3	235	25	17	25	31	1.97
17635310--17635498	101	1.9	101	89	0	297	26	19	23	29	1.98
17635751--17635780	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
17637473--17637680	40	5.2	40	85	1	265	32	18	27	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17643415--17643590	46	3.8	46	76	12	198	21	20	28	29	1.98
17643412--17643583	93	1.8	93	94	0	308	21	20	29	28	1.98
17652480--17652587	42	2.5	42	79	5	128	34	24	14	26	1.94
17652470--17652582	43	2.6	42	79	6	120	32	25	15	25	1.96
17656163--17656285	43	2.9	43	83	2	149	22	14	28	34	1.94
17656163--17656325	86	1.9	84	80	6	184	26	14	26	33	1.94
17656703--17656880	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
17656703--17656892	82	2.3	83	77	12	212	30	27	14	26	1.95
17668915--17669082	40	4.2	40	81	1	149	25	26	23	24	2.00
17668938--17669082	40	3.6	39	85	4	164	24	25	24	26	2.00
17677885--17678074	40	4.8	40	79	10	187	25	22	26	25	2.00
17682039--17682209	46	3.7	46	78	4	191	28	27	21	22	1.99
17682040--17682210	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	22	1.99
17682630--17682689	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
17684355--17684413	26	2.1	29	84	9	79	33	33	22	10	1.87
17685771--17685817	11	4.4	11	78	5	51	34	19	17	29	1.94
17685938--17686069	48	2.8	48	89	0	192	19	18	30	31	1.96
17685940--17686096	48	3.3	48	83	5	158	19	18	29	32	1.96
17685895--17686118	96	2.3	97	78	6	222	20	18	29	32	1.96
17694753--17694788	17	2.1	17	89	0	54	72	0	2	25	0.98
17696196--17696260	24	2.7	24	72	9	60	36	3	32	27	1.72
17697591--17697786	54	3.6	54	78	6	166	40	18	8	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17697591--17697815	27	8.4	27	76	6	138	40	19	8	31	1.82
17697605--17697789	80	2.3	82	79	4	180	40	18	8	32	1.80
17697770--17697827	27	2.1	27	83	0	71	41	18	12	27	1.86
17708406--17708628	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
17708560--17708637	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
17710487--17710571	27	3.2	26	79	3	71	23	21	16	38	1.92
17710851--17710910	27	2.2	27	78	0	66	23	20	26	30	1.98
17722121--17722231	43	2.6	42	76	12	109	24	18	21	35	1.96
17724314--17724396	43	1.9	43	90	0	130	36	25	10	27	1.89
17730660--17731022	47	7.6	49	90	5	541	32	8	29	29	1.86
17730660--17731022	96	3.8	96	91	4	565	32	8	29	29	1.86
17733704--17733859	43	3.6	43	82	7	174	32	26	17	23	1.97
17733704--17733859	42	3.6	42	77	12	147	32	26	17	23	1.97
17738464--17738620	43	3.7	43	74	7	140	26	17	26	29	1.98
17743040--17743150	58	1.9	58	83	1	143	27	30	15	26	1.96
17743049--17743150	29	3.6	29	85	4	118	28	30	15	25	1.96
17751298--17751454	43	3.7	43	74	10	133	26	17	25	30	1.97
17756180--17756404	40	5.7	40	86	5	287	24	21	28	25	1.99
17756180--17756437	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	25	1.99
17764456--17764680	40	5.7	40	85	5	287	24	22	27	25	2.00
17764456--17764713	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	25	2.00
17768056--17768363	38	8.1	38	90	2	476	16	20	25	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17775220--17775370	27	5.6	27	85	3	160	27	15	28	28	1.96
17775219--17775370	55	2.8	54	83	4	171	27	15	28	28	1.96
17775220--17775370	82	1.8	82	81	2	187	27	15	28	28	1.96
17779743--17779796	27	2.0	27	100	0	108	22	14	14	48	1.81
17784481--17784609	50	2.6	50	85	6	174	26	31	17	24	1.97
17784477--17784793	46	6.7	47	76	11	219	24	29	18	27	1.98
17784477--17784793	94	3.4	97	78	9	291	24	29	18	27	1.98
17784532--17784790	140	1.8	140	81	8	321	23	28	18	28	1.98
17789580--17789805	49	4.6	49	81	3	272	28	26	19	25	1.98
17791968--17792028	30	2.0	30	83	0	77	40	4	22	31	1.75
17792689--17792941	68	3.9	63	76	11	201	30	16	28	24	1.97
17797022--17797118	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
17799296--17799326	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
17799374--17799440	5	13.0	5	79	14	66	2	19	1	76	1.00
17799374--17799446	26	2.8	25	81	6	92	2	19	2	75	1.05
17799376--17799451	16	4.8	16	72	16	52	2	18	2	76	1.02
17802090--17802186	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
17804804--17805035	49	4.7	49	79	3	257	31	25	17	25	1.97
17807463--17807707	49	4.9	50	79	2	251	28	17	25	28	1.98
17813419--17813608	50	3.9	47	80	8	184	27	17	25	29	1.98
17827629--17827704	38	2.0	38	94	0	134	26	31	13	28	1.93
17831475--17831587	27	4.1	27	82	10	124	37	22	23	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17831482--17831587	28	3.9	26	82	13	108	36	20	23	18	1.95
17831475--17831587	55	2.1	54	85	8	149	37	22	23	17	1.94
17836237--17836358	51	2.4	52	80	10	135	26	20	11	41	1.86
17836834--17836876	23	1.9	22	86	13	61	2	13	4	79	1.00
17836851--17836875	13	1.9	13	100	0	50	0	12	8	80	0.92
17837529--17837557	13	2.1	14	93	6	51	44	3	0	51	1.18
17846463--17846503	13	3.2	13	89	0	64	19	31	31	17	1.95
17848777--17848835	24	2.5	24	86	5	75	33	28	15	22	1.94
17852951--17852990	20	2.0	20	95	0	71	25	7	15	52	1.68
17856313--17856350	18	2.2	17	90	4	58	13	5	2	78	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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