genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2866762--2866791	10	3.1	10	95	4	53	53	0	0	46	1.00
2870679--2870740	27	2.3	27	97	0	115	51	6	30	11	1.63
2871117--2871171	29	1.9	29	82	10	69	29	18	9	43	1.80
2871902--2871938	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
2881026--2881069	21	2.2	20	84	11	56	13	15	9	61	1.56
2882957--2883112	25	6.3	25	75	3	120	37	16	23	22	1.93
2882982--2883147	73	2.3	74	87	3	237	36	15	24	23	1.94
2883232--2883282	26	2.0	26	88	0	75	35	21	23	19	1.96
2884199--2884231	16	2.1	16	88	11	50	15	15	0	69	1.19
2885585--2885703	34	3.5	34	79	3	114	31	9	13	45	1.75
2893683--2893748	15	4.3	15	73	17	55	43	1	1	53	1.19
2893767--2893803	16	2.3	16	86	13	58	40	2	0	56	1.13
2895399--2895423	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2897684--2897719	6	6.0	6	96	0	54	33	5	16	44	1.71
2898378--2898410	7	4.7	7	100	0	66	42	15	30	12	1.83
2898616--2898685	34	2.1	34	97	0	131	40	11	18	30	1.86
2898687--2898729	6	7.2	6	100	0	86	51	32	0	16	1.45
2902047--2902107	21	2.8	21	77	5	68	26	21	22	29	1.99
2906349--2906692	168	2.0	168	95	0	616	24	22	27	25	2.00
2907640--2907694	11	5.1	11	84	4	67	56	29	12	1	1.47
2907640--2907703	22	3.0	22	86	4	85	59	28	10	1	1.40
2907640--2907702	11	5.9	10	83	5	63	58	28	11	1	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2908569--2908619	26	2.0	26	96	0	93	33	9	25	31	1.88
2910105--2910157	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
2913861--2913898	19	2.0	20	89	5	60	47	0	2	50	1.15
2913987--2914013	13	2.1	13	100	0	54	59	14	7	18	1.58
2917161--2917520	3	121.0	3	67	15	113	31	9	2	56	1.43
2917160--2917193	11	2.8	13	86	13	54	32	8	0	58	1.29
2917360--2917433	20	3.7	20	76	8	78	31	10	1	56	1.42
2917375--2917439	23	2.8	23	79	9	69	29	12	0	58	1.34
2917400--2917459	26	2.3	26	80	5	68	28	8	0	63	1.23
2917850--2917887	14	2.8	14	84	4	51	36	0	10	52	1.36
2917944--2917979	3	11.7	3	88	5	54	36	2	0	61	1.11
2917820--2918404	139	4.1	139	83	8	652	30	5	5	58	1.43
2919404--2919462	11	5.5	11	79	4	57	18	13	6	61	1.54
2925606--2925638	14	2.4	14	85	14	50	57	0	0	42	0.98
2926674--2926699	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
2927390--2927428	20	1.9	21	84	5	53	28	5	5	61	1.39
2927603--2927676	22	3.3	21	82	14	71	33	4	6	55	1.45
2928029--2928080	20	2.7	20	81	3	70	28	3	3	63	1.30
2933967--2934026	20	3.1	19	85	9	68	43	1	3	51	1.28
2934563--2934591	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
2934804--2934833	4	7.5	4	92	0	51	3	0	20	76	0.92
2934804--2934836	12	2.8	12	90	0	57	6	0	18	75	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2938101--2938165	23	2.9	23	68	19	55	41	0	4	53	1.21
2957462--2957545	26	3.2	26	94	0	141	36	25	5	32	1.80
2964070--2964293	79	2.8	79	85	7	269	25	26	21	25	1.99
2964070--2964295	40	5.7	42	82	11	246	26	26	21	26	1.99
2971992--2972255	40	6.7	40	87	5	342	26	26	21	25	2.00
2974406--2974489	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
2980057--2980095	14	2.8	14	88	7	53	46	7	12	33	1.71
2983380--2983418	19	2.1	19	85	0	51	51	0	2	46	1.14
2983425--2983478	21	2.8	20	76	23	62	42	0	1	55	1.10
2986362--2986521	24	6.7	24	71	7	119	32	30	14	23	1.94
2987856--2987939	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
2989424--2989476	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
2990644--2990674	16	1.9	16	93	0	53	61	9	3	25	1.42
2999666--2999730	3	23.0	3	73	14	50	29	4	1	64	1.22
3005526--3005578	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
3007059--3007142	26	3.2	25	93	3	132	35	25	4	34	1.77
3008280--3008304	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
3009374--3009416	5	9.0	5	90	10	72	60	0	0	39	0.97
3010535--3010616	26	3.2	26	96	0	146	31	4	25	37	1.77
3012096--3012148	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
3012824--3012892	34	2.0	34	100	0	138	37	13	17	31	1.88
3012831--3012888	17	3.2	20	65	34	58	41	10	15	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3016334--3016565	118	2.0	119	89	0	358	28	29	17	24	1.97
3017508--3017570	7	9.1	7	81	15	53	77	0	0	22	0.76
3017511--3017570	10	5.7	10	78	21	61	78	0	0	21	0.75
3024001--3024062	27	2.3	26	76	13	63	48	11	3	37	1.55
3024446--3024577	47	2.8	48	87	2	185	35	27	14	22	1.93
3025578--3025653	40	1.9	40	84	10	102	28	19	21	30	1.97
3026275--3026330	21	2.6	22	80	5	60	17	0	39	42	1.50
3026320--3026379	29	2.1	29	81	6	68	18	1	33	46	1.59
3026502--3026577	29	2.7	29	81	2	82	19	1	28	50	1.56
3026536--3026583	22	2.2	21	77	3	51	22	0	31	45	1.53
3028736--3028807	25	2.9	25	82	0	90	13	40	16	29	1.87
3029391--3029415	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
3029497--3029541	23	2.0	23	90	0	72	42	2	11	44	1.52
3030246--3030534	9	32.6	9	77	6	232	46	15	1	36	1.55
3030242--3030521	71	3.9	71	84	3	350	46	15	1	36	1.55
3030237--3030480	106	2.3	106	90	4	359	47	14	1	36	1.55
3030242--3030534	26	11.0	26	78	7	128	46	15	1	36	1.54
3033557--3033640	26	3.2	26	94	0	141	35	25	5	33	1.80
3039644--3039691	25	2.0	24	83	4	60	18	4	4	72	1.17
3040639--3041101	131	3.6	131	87	1	648	26	17	20	35	1.94
3041941--3041972	13	2.4	14	94	5	57	37	0	9	53	1.34
3042617--3042695	31	2.5	33	81	8	99	12	6	17	63	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3042631--3042700	31	2.3	31	87	0	104	15	7	18	58	1.59
3051534--3051599	29	2.3	29	83	0	78	24	12	22	40	1.88
3054071--3054116	24	1.9	24	81	0	56	36	4	8	50	1.53
3057455--3057529	39	1.9	39	94	0	132	34	16	18	30	1.93
3058159--3058204	18	2.6	18	89	0	65	26	26	28	19	1.99
3059989--3060033	21	2.2	20	88	4	63	31	6	0	62	1.21
3060335--3060392	3	19.7	3	78	16	59	63	5	31	0	1.16
3060862--3060905	14	3.0	15	76	6	54	52	4	0	43	1.22
3061434--3061498	30	2.2	29	86	8	87	46	21	9	23	1.80
3062303--3062375	30	2.4	31	88	2	103	24	5	17	52	1.66
3065057--3065111	27	2.0	27	96	0	101	23	29	5	41	1.76
3068364--3068391	10	2.8	10	100	0	56	10	10	7	71	1.31
3073361--3073390	15	2.0	15	93	0	51	13	10	6	70	1.34
3074981--3075040	29	2.1	29	90	0	93	36	5	3	55	1.38
3076607--3076664	30	1.9	30	82	6	73	18	29	29	22	1.98
3081735--3081816	26	3.2	26	91	0	137	35	25	7	31	1.84
3083458--3083633	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
3083455--3083626	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
3089145--3089208	28	2.2	29	94	5	121	18	17	21	42	1.89
3090051--3090226	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
3090048--3090219	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
3094788--3094812	10	2.5	10	100	0	50	84	8	0	8	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3094807--3094835	11	2.7	11	94	5	51	82	0	10	6	0.83
3100038--3100075	6	6.3	6	100	0	76	34	0	15	50	1.45
3107339--3107392	21	2.5	22	74	17	58	40	12	9	37	1.76
3107984--3108059	37	2.1	37	100	0	152	34	13	2	50	1.55
3110260--3110326	22	3.0	22	77	18	75	41	17	23	16	1.89
3111486--3111574	7	13.3	7	73	17	64	49	1	1	48	1.16
3111495--3111537	20	2.2	20	86	0	59	51	0	2	46	1.13
3113550--3113594	18	2.3	19	81	14	56	26	22	8	42	1.83
3116411--3116442	16	2.0	16	100	0	64	25	6	31	37	1.81
3123456--3123505	24	2.1	25	85	7	68	44	2	2	52	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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