genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58654209--58654256	25	1.9	25	83	8	62	54	2	0	43	1.12
58654219--58654259	20	2.0	22	90	9	68	51	0	0	48	1.00
58654398--58654450	20	2.6	21	74	17	65	45	20	0	33	1.52
58654769--58654800	16	2.0	16	100	0	64	62	12	6	18	1.50
58656331--58656359	14	2.1	14	100	0	58	37	6	20	34	1.80
58657869--58657911	22	2.0	22	100	0	86	23	18	6	51	1.70
58659407--58659437	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
58659424--58659492	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
58664517--58664576	18	3.2	18	75	13	50	55	0	1	43	1.10
58664536--58664584	20	2.5	20	86	0	71	51	0	4	44	1.20
58666437--58666479	18	2.5	17	81	7	50	37	9	11	41	1.74
58666442--58666479	18	2.1	18	90	0	58	34	7	13	44	1.72
58688189--58688228	14	2.9	14	96	3	73	5	15	20	60	1.53
58709298--58709355	26	2.2	26	90	0	89	36	5	22	36	1.77
58731783--58731839	28	2.0	28	96	0	105	49	17	19	14	1.80
58737233--58737271	20	2.0	20	84	0	51	71	5	12	10	1.28
58754242--58754282	21	2.0	21	95	0	73	43	19	7	29	1.78
58755668--58755861	18	10.8	18	84	0	217	34	15	11	38	1.84
58755672--58755861	54	3.5	54	91	0	299	34	15	11	38	1.83
58756236--58756275	20	2.0	20	85	9	55	30	12	5	52	1.60
58757103--58757144	8	5.0	8	81	18	50	0	33	0	66	0.92
58757107--58757143	19	1.9	19	100	0	74	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58759627--58759651	13	1.9	13	100	0	50	44	8	16	32	1.76
58759129--58759922	392	2.0	391	94	1	1378	33	18	22	25	1.97
58762147--58762187	20	2.0	21	90	4	66	29	7	17	46	1.74
58782607--58782645	18	2.3	16	86	8	51	71	10	10	7	1.30
58782779--58782830	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
58782717--58782946	120	1.9	120	100	0	460	41	1	6	49	1.40
58782727--58782914	61	3.1	61	70	14	208	42	1	7	48	1.40
58782908--58782949	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
58782899--58782940	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
58783075--58783184	45	2.6	43	79	11	120	32	29	5	32	1.80
58783165--58783232	16	4.2	16	94	0	118	35	36	0	27	1.58
58783803--58783829	12	2.2	12	100	0	54	25	7	11	55	1.61
58784218--58784266	13	3.8	13	76	10	55	36	4	20	38	1.72
58785842--58785896	24	2.4	23	81	6	67	54	7	1	36	1.39
58785929--58785973	21	2.3	18	85	11	54	51	6	0	42	1.28
58786480--58786549	3	24.0	3	83	11	92	65	2	1	30	1.15
58788663--58788693	14	2.2	14	94	0	53	67	3	6	22	1.28
58788524--58788742	84	2.5	83	85	4	228	35	21	16	26	1.94
58788832--58788858	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
58788712--58788862	82	1.8	82	81	5	189	40	15	15	28	1.88
58788524--58788923	87	4.6	88	75	10	387	36	19	16	28	1.93
58792460--58792490	11	2.7	12	90	10	55	25	0	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58794632--58794951	46	7.0	46	86	3	412	41	15	23	20	1.89
58794679--58794750	21	3.2	21	67	27	58	41	11	22	25	1.86
58805737--58805788	16	3.3	15	76	10	50	51	0	0	48	1.00
58818802--58818835	12	2.9	12	95	4	61	35	0	0	64	0.94
58818837--58818873	17	2.2	17	90	4	58	67	13	0	18	1.23
58818962--58819024	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
58819062--58819111	22	2.3	22	82	6	57	60	8	14	18	1.58
58819666--58819701	15	2.4	15	85	0	54	69	0	0	30	0.89
58822094--58822128	17	1.9	19	88	11	56	22	8	2	65	1.34
58824591--58824644	22	2.5	20	79	8	63	64	0	1	33	1.04
58824586--58824642	20	2.8	20	75	17	55	59	0	3	36	1.14
58826671--58826741	33	2.0	34	81	10	81	11	12	2	73	1.21
58826985--58827021	15	2.5	15	100	0	74	54	13	13	18	1.71
58830183--58830220	18	2.1	19	90	5	60	42	5	7	44	1.56
58830400--58830485	20	4.2	20	73	16	59	40	0	4	54	1.21
58830153--58830923	240	3.2	238	78	9	745	38	9	6	45	1.64
58830656--58830693	16	2.4	17	82	13	53	44	5	7	42	1.56
58830458--58830922	242	1.9	248	82	6	597	37	11	6	44	1.67
58830904--58830982	30	2.8	28	81	12	90	36	1	7	54	1.37
58836135--58836180	15	2.9	16	83	9	58	67	6	21	4	1.32
58837853--58837877	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
58837994--58838169	18	9.7	18	72	11	126	33	13	15	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58837982--58838090	54	2.0	53	82	5	130	36	12	14	35	1.85
58838188--58838238	22	2.3	22	82	0	57	41	7	15	35	1.76
58842036--58842077	22	1.9	22	85	0	57	61	0	2	35	1.09
58849245--58849282	16	2.2	17	86	13	51	84	0	7	7	0.79
58849251--58849277	11	2.5	11	100	0	54	85	0	7	7	0.75
58852496--58852584	44	2.0	43	85	12	117	37	4	21	37	1.74
58852691--58852754	16	3.5	18	75	21	62	53	4	0	42	1.22
58854091--58854216	63	2.0	63	93	0	216	35	13	16	34	1.88
58856448--58856498	23	2.3	22	83	6	59	45	15	5	33	1.71
58859678--58859739	24	2.7	24	80	11	67	6	16	3	74	1.16
58865411--58865543	41	3.2	41	78	7	135	42	15	20	21	1.88
58865687--58865732	22	2.1	22	87	0	65	13	0	30	56	1.37
58865919--58865971	21	2.5	21	84	0	61	26	3	22	47	1.68
58865926--58865971	21	2.2	21	88	0	65	26	4	23	45	1.71
58866351--58866576	112	2.0	117	87	4	336	34	12	19	34	1.89
58868876--58869070	9	21.9	9	74	7	139	43	19	1	35	1.60
58868876--58869035	70	2.3	70	85	4	214	44	20	1	34	1.59
58870759--58870794	12	3.0	12	95	0	63	38	8	19	33	1.82
58871525--58871563	21	1.9	20	89	5	60	58	7	5	28	1.47
58871724--58871795	14	5.7	12	72	18	65	62	1	2	33	1.18
58871702--58871803	37	2.7	37	86	7	127	58	2	4	33	1.34
58871943--58872106	3	54.7	3	66	14	56	58	3	6	31	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58871943--58872008	24	2.6	24	76	13	62	66	1	4	27	1.20
58872982--58873022	21	1.9	22	85	5	57	24	2	36	36	1.69
58877127--58877296	43	4.0	43	85	0	205	26	17	25	30	1.97
58878124--58878173	22	2.2	22	82	13	57	8	18	0	74	1.06
58878132--58878173	22	1.9	22	85	9	59	9	16	0	73	1.08
58878900--58878957	30	2.0	30	93	3	100	46	6	0	46	1.29
58883195--58883245	15	3.3	15	71	13	50	25	19	7	47	1.76
58883183--58883297	30	3.8	30	94	1	194	25	22	6	45	1.77
58887883--58887934	17	3.2	17	73	15	56	28	19	5	46	1.73
58887867--58887990	30	4.1	30	88	3	167	26	20	6	45	1.75
58887876--58887954	15	5.2	15	69	14	63	27	21	7	43	1.80
58888026--58888066	18	2.4	18	88	8	59	26	0	2	70	0.99
58889225--58889268	18	2.4	18	85	7	54	52	2	2	43	1.26
58891003--58891091	46	2.0	45	91	4	144	28	25	13	32	1.94
58898365--58898472	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
58900401--58900561	47	3.4	47	79	0	187	33	18	22	26	1.96
58913406--58913453	24	2.0	24	84	8	62	68	4	2	25	1.18
58913933--58914003	13	5.5	13	73	9	65	53	4	4	38	1.40
58913932--58914004	25	2.8	26	86	10	114	54	4	4	36	1.38
58914584--58914617	11	3.1	11	95	0	59	50	0	50	0	1.00
58915023--58915131	26	4.2	26	91	0	182	33	6	23	36	1.81
58916916--58917475	137	4.1	137	96	0	1023	25	18	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58919405--58919439	18	1.9	18	94	0	61	40	14	14	31	1.86
58919409--58919455	18	2.6	18	80	6	51	40	19	12	27	1.88
58933409--58933434	12	2.2	12	100	0	52	30	0	7	61	1.24
58933391--58933446	20	2.7	22	80	17	59	32	0	5	62	1.18
58933484--58933512	12	2.4	12	100	0	58	44	0	0	55	0.99
58935830--58935869	21	1.9	21	89	0	62	45	7	10	37	1.66
58938049--58938103	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
58938129--58938315	77	2.3	81	78	8	195	56	4	6	32	1.45
58938169--58938377	25	8.6	25	71	15	107	55	4	6	33	1.45
58938305--58938377	23	3.2	22	74	14	60	57	2	4	35	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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