genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  249  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78080823--78080877	17	3.1	17	75	17	58	36	0	1	61	1.06
78080823--78080871	9	5.3	10	80	11	52	36	0	2	61	1.08
78080843--78080919	39	2.0	39	82	10	95	40	0	3	55	1.18
78081403--78081492	40	2.2	40	88	5	137	51	5	1	42	1.32
78082033--78082059	14	1.9	14	100	0	54	70	14	0	14	1.17
78088970--78089018	25	2.0	25	84	4	64	40	2	18	38	1.62
78089772--78089819	20	2.5	20	89	3	71	37	0	6	56	1.25
78089809--78089853	3	15.7	3	78	17	51	28	2	0	68	1.01
78089809--78089847	11	3.5	11	92	0	69	28	2	0	69	1.02
78091984--78092055	21	3.2	21	64	21	56	38	9	25	26	1.86
78091983--78092469	46	10.6	46	88	2	703	40	14	23	22	1.90
78091993--78092469	137	3.5	137	90	1	733	40	14	23	22	1.90
78093830--78093863	5	6.8	5	100	0	68	20	0	0	79	0.73
78099832--78099877	21	2.2	21	92	0	74	32	28	13	26	1.93
78103876--78104010	71	1.9	71	85	0	189	46	17	14	22	1.83
78113651--78113957	52	6.1	51	87	7	400	34	14	22	28	1.93
78113637--78113957	98	3.3	97	84	10	436	34	14	22	29	1.93
78113921--78114030	37	3.0	37	94	1	195	37	16	21	24	1.93
78115285--78115477	49	3.9	49	94	0	323	23	16	30	30	1.96
78118614--78118920	52	6.1	51	86	7	391	35	14	22	28	1.93
78118600--78118920	98	3.3	97	83	10	427	34	14	22	28	1.93
78118884--78118993	37	3.0	37	94	1	195	37	16	21	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78121143--78121222	37	2.2	37	97	0	151	43	12	11	32	1.78
78124099--78124167	29	2.4	30	86	9	92	34	1	4	59	1.26
78124561--78124622	27	2.3	27	83	2	72	32	1	3	62	1.20
78124629--78124670	20	2.2	19	86	4	57	35	4	2	57	1.33
78131668--78131726	15	3.9	15	84	8	84	54	13	15	16	1.72
78131667--78131725	30	2.0	30	93	0	100	54	13	15	16	1.72
78142280--78142317	9	4.4	9	80	12	53	28	0	2	68	1.03
78145783--78145820	20	1.9	20	88	0	58	13	23	26	36	1.91
78154509--78154560	9	5.7	9	76	13	52	36	1	0	61	1.07
78161002--78161048	21	2.2	21	80	0	58	46	31	2	19	1.61
78162254--78162309	29	2.0	28	89	3	85	44	3	1	50	1.29
78190469--78190631	35	4.7	35	84	1	211	30	11	25	32	1.91
78191989--78192076	35	2.5	35	83	7	133	28	25	18	28	1.98
78194041--78194084	21	2.1	21	87	8	63	34	9	4	52	1.54
78195854--78195903	25	2.0	25	92	7	84	38	20	28	14	1.91
78206616--78206670	27	2.0	27	92	0	92	45	14	0	40	1.45
78206702--78206779	31	2.5	31	87	4	104	38	6	5	50	1.50
78209504--78209549	6	7.5	6	90	4	65	78	4	0	17	0.91
78209504--78209549	19	2.5	18	79	6	65	78	4	0	17	0.91
78209569--78209627	9	6.6	9	84	0	64	27	8	15	49	1.73
78213201--78213240	19	2.0	19	85	9	53	60	2	0	37	1.11
78220235--78220263	14	2.0	15	93	6	51	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78220259--78220314	18	3.0	19	84	10	71	39	0	5	55	1.23
78220264--78220314	19	2.6	19	87	9	68	37	0	5	56	1.23
78224787--78224934	60	2.4	62	84	4	192	43	14	18	23	1.87
78226092--78226117	6	4.3	6	100	0	52	15	0	53	30	1.42
78233736--78233772	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
78243674--78243730	18	3.2	18	92	0	96	26	24	17	31	1.97
78252211--78252257	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
78254215--78254278	31	2.0	32	88	8	96	43	1	10	43	1.49
78254888--78254980	42	2.2	45	75	16	108	62	0	1	36	1.03
78265255--78265347	18	5.2	18	92	0	150	26	23	17	32	1.96
78265255--78265347	36	2.6	36	96	0	168	26	23	17	32	1.96
78274328--78274360	17	2.0	16	94	5	57	48	0	0	51	1.00
78277909--78277941	17	1.9	17	93	0	57	33	21	9	36	1.85
78278278--78278316	17	2.4	17	87	12	55	61	0	5	33	1.18
78279278--78279389	48	2.3	47	83	8	136	38	8	3	49	1.52
78279278--78279406	48	2.7	46	78	15	129	34	9	4	51	1.55
78280377--78280409	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
78281003--78281041	18	2.2	18	95	0	69	23	25	7	43	1.80
78284882--78285136	126	2.0	126	88	1	377	29	18	16	34	1.94
78285208--78285245	19	2.0	20	85	15	53	55	7	0	36	1.29
78286169--78286212	6	7.3	6	92	0	70	0	20	36	43	1.52
78297307--78297369	30	2.1	30	90	0	99	22	1	15	60	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78297493--78297524	11	2.8	12	86	13	50	68	0	0	31	0.90
78298421--78298458	17	2.4	16	83	12	51	47	2	5	44	1.39
78299572--78299600	15	1.9	15	100	0	58	34	0	0	65	0.93
78320364--78320395	10	3.0	11	90	9	57	46	0	15	37	1.46
78320639--78320753	38	3.0	38	98	0	221	26	15	20	37	1.92
78327786--78327831	24	1.9	24	100	0	92	43	6	10	39	1.66
78328615--78328661	24	2.0	24	91	0	76	31	0	19	48	1.49
78332376--78332486	47	2.4	47	80	6	127	36	21	15	27	1.93
78333854--78333917	31	2.1	31	100	0	128	31	15	15	37	1.89
78335582--78335623	22	1.9	22	90	0	66	38	7	16	38	1.76
78344005--78344039	17	2.1	17	100	0	70	54	11	28	5	1.59
78346737--78346782	23	2.0	23	100	0	92	52	26	4	17	1.63
78351076--78351139	30	2.1	31	82	2	76	37	0	10	51	1.37
78351135--78351187	15	3.5	15	76	5	52	35	0	0	64	0.94
78360991--78361036	21	2.2	22	100	0	78	13	23	0	63	1.30
78361896--78362035	69	2.0	69	84	2	183	20	1	54	23	1.53
78361952--78362887	48	19.2	48	76	7	561	21	2	49	26	1.63
78362384--78362464	21	3.6	21	76	23	92	13	2	54	29	1.52
78362262--78362495	27	9.6	25	66	19	120	20	1	49	28	1.59
78362541--78362565	6	4.2	6	100	0	50	32	0	52	16	1.44
78362754--78362842	27	3.5	27	63	17	73	25	2	46	25	1.65
78362883--78363028	36	4.2	36	74	11	135	21	8	42	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78364176--78364262	27	3.4	27	71	18	78	24	2	48	25	1.63
78364176--78364969	96	8.3	96	79	3	596	22	3	49	24	1.66
78364266--78364327	27	2.4	27	81	7	76	17	6	50	25	1.70
78364176--78364972	144	5.5	144	82	2	697	22	3	49	24	1.65
78364611--78364738	27	5.2	26	69	21	87	26	1	50	21	1.58
78364630--78364714	21	3.8	21	74	17	71	25	1	55	17	1.49
78364747--78364834	27	3.5	27	64	17	62	22	5	51	20	1.68
78364209--78364972	48	15.9	48	79	5	490	22	3	49	24	1.65
78364995--78365130	48	2.8	48	82	0	173	25	6	45	22	1.76
78366970--78366999	14	2.1	15	93	6	53	43	0	0	56	0.99
78366956--78366999	20	2.1	21	88	12	65	40	0	0	59	0.98
78369256--78369298	21	2.0	22	81	4	52	6	32	4	55	1.47
78369933--78370011	39	2.0	39	85	9	108	67	2	15	15	1.35
78371292--78371340	25	1.9	26	84	12	66	38	10	0	51	1.36
78373557--78373593	18	2.1	19	85	10	51	54	27	5	13	1.61
78377135--78377173	20	2.0	20	89	0	60	43	10	0	46	1.37
78391016--78391049	16	2.1	17	88	5	52	32	0	11	55	1.36
78394975--78395183	43	4.9	43	90	0	310	31	27	18	22	1.97
78399549--78399588	16	2.6	16	88	7	57	45	0	35	20	1.51
78399908--78400006	47	2.1	48	96	1	182	46	0	7	46	1.30
78399992--78400044	25	2.1	26	82	3	63	18	3	5	71	1.21
78399991--78400044	19	2.8	18	78	10	54	20	3	5	70	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78400362--78400416	7	7.7	7	75	4	56	32	45	0	21	1.52
78400361--78400441	21	3.8	21	72	8	65	33	41	0	24	1.55
78400695--78400748	26	2.1	26	85	0	72	31	44	0	24	1.54
78400694--78400760	14	4.9	14	78	7	66	34	41	0	23	1.55
78400711--78400760	7	7.4	7	80	8	50	36	42	0	22	1.54
78400783--78400815	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
78401381--78402028	291	2.3	279	92	5	1066	24	17	15	42	1.87
78401381--78402028	145	4.5	145	94	3	1134	24	17	15	42	1.87
78402024--78402192	73	2.3	72	83	2	203	25	23	24	26	2.00
78403604--78403824	93	2.4	91	88	2	307	20	25	14	38	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259