genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69999221--69999270	21	2.4	22	80	10	59	24	18	0	58	1.40
70010278--70010307	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
70010419--70010453	16	2.1	17	89	10	54	37	0	0	62	0.95
70016401--70016515	60	1.9	60	90	0	185	50	2	11	35	1.52
70017705--70017768	18	3.6	18	80	14	78	17	4	21	56	1.59
70018819--70018924	37	2.8	38	77	16	105	50	0	13	34	1.47
70020660--70021077	82	5.1	82	93	0	694	23	18	24	33	1.97
70021184--70021518	46	7.4	46	65	17	189	31	23	19	25	1.98
70021070--70021585	136	3.8	136	94	0	894	30	22	19	27	1.98
70021576--70021971	44	9.0	45	72	11	288	29	26	15	28	1.96
70021575--70021941	131	2.8	132	91	0	619	29	26	15	28	1.96
70031987--70032030	18	2.6	16	83	13	61	52	0	0	47	1.00
70031992--70032031	18	2.2	18	100	0	80	50	0	0	50	1.00
70032122--70032187	28	2.4	28	84	5	80	39	15	4	40	1.67
70032122--70032175	14	3.9	14	90	0	81	38	18	1	40	1.61
70033912--70033990	27	2.8	27	75	17	72	31	13	0	54	1.40
70050487--70050608	31	3.9	31	82	4	138	29	17	24	28	1.97
70050828--70050855	10	2.8	10	100	0	56	32	10	21	35	1.88
70052811--70052855	21	2.1	22	83	4	56	60	0	13	26	1.34
70053051--70053253	94	2.2	94	85	1	273	37	13	16	32	1.88
70063610--70063665	19	2.9	19	77	15	62	76	8	7	7	1.15
70063610--70063664	18	2.9	18	77	17	51	76	9	7	7	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70063805--70063891	9	10.3	9	67	18	53	60	0	37	1	1.04
70063804--70063869	23	2.9	22	81	4	78	66	0	31	1	1.01
70064342--70064393	15	3.5	15	76	7	61	73	3	1	21	1.10
70065172--70065231	13	4.5	13	73	15	52	66	3	3	26	1.23
70065469--70065504	13	2.8	13	87	4	56	75	2	0	22	0.94
70064426--70066431	151	13.5	149	87	4	2861	56	7	7	29	1.53
70064433--70066431	301	6.7	298	94	2	3352	56	7	7	28	1.53
70066070--70066106	13	2.9	13	96	4	67	70	0	0	29	0.88
70068983--70069021	17	2.3	17	91	8	62	46	10	10	33	1.72
70072844--70072905	26	2.5	25	85	10	83	46	9	8	35	1.66
70073000--70073045	17	2.4	19	86	13	60	0	36	0	63	0.95
70073003--70073036	15	2.4	14	86	13	52	0	35	0	64	0.94
70073000--70073050	21	2.7	19	85	11	61	0	39	0	60	0.97
70073184--70073227	17	2.4	18	88	7	63	6	13	4	75	1.17
70081020--70081054	17	2.0	18	88	5	54	54	5	2	37	1.39
70081318--70081378	31	2.0	31	87	3	88	26	22	6	44	1.77
70083144--70083208	32	2.0	32	96	0	121	30	9	15	44	1.78
70083458--70083595	68	2.0	68	97	0	258	29	15	15	39	1.88
70087317--70087384	33	2.1	33	100	0	136	23	55	8	11	1.63
70087334--70087391	16	3.6	16	67	4	53	25	50	6	17	1.71
70088307--70088356	18	2.7	18	78	3	55	38	2	2	58	1.21
70091633--70091673	21	2.0	21	85	0	55	19	31	19	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70096807--70097217	115	3.6	115	93	1	707	26	20	21	31	1.98
70097150--70097251	40	2.6	40	90	1	152	26	20	21	31	1.98
70096921--70097530	269	2.3	269	88	2	904	28	20	20	31	1.97
70097036--70097373	155	2.2	155	91	1	545	26	20	20	31	1.98
70097189--70097469	116	2.4	115	88	2	411	27	20	20	31	1.97
70097915--70097946	11	2.9	11	95	0	55	21	0	40	37	1.54
70098003--70098050	14	3.4	14	77	13	53	25	0	33	41	1.55
70098144--70098188	14	3.2	14	87	6	65	24	0	24	51	1.49
70098150--70098217	28	2.4	29	80	7	68	26	1	23	48	1.59
70098814--70098861	22	2.2	22	92	3	80	72	2	0	25	0.95
70098850--70098874	8	3.1	8	100	0	50	76	12	0	12	1.04
70098814--70098861	7	6.7	7	92	4	78	72	2	0	25	0.95
70099007--70099108	41	2.5	41	86	0	132	42	14	19	23	1.88
70099018--70099131	41	2.8	41	85	2	131	38	15	19	26	1.92
70103365--70103613	23	10.9	23	82	4	256	32	4	22	40	1.75
70103850--70103896	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
70104160--70104259	43	2.3	43	89	0	155	23	21	30	26	1.99
70110368--70110399	11	2.8	12	90	9	50	43	0	56	0	0.99
70117382--70117636	46	5.5	46	90	0	384	21	22	14	40	1.90
70117338--70117636	92	3.2	92	88	2	393	21	22	14	41	1.89
70117366--70117636	138	2.0	138	90	1	427	21	22	14	41	1.89
70117607--70117664	28	2.1	27	93	3	98	22	18	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70119759--70119793	18	2.0	18	88	5	54	0	28	0	71	0.86
70128279--70128339	18	3.4	18	86	0	86	37	13	16	32	1.87
70138621--70138874	126	2.0	127	90	2	402	33	25	18	22	1.97
70149049--70149107	31	1.9	31	89	0	91	22	5	0	72	1.03
70149456--70149494	17	2.3	17	86	8	53	61	2	0	35	1.10
70151681--70151723	21	2.0	21	86	8	61	30	0	25	44	1.55
70153924--70153973	20	2.4	21	83	10	66	68	14	2	16	1.31
70159786--70159887	30	3.4	31	83	5	113	28	21	3	46	1.69
70160276--70160327	14	3.7	14	79	5	61	80	0	19	0	0.71
70160433--70160486	23	2.3	24	93	6	101	64	9	25	0	1.23
70160508--70160546	9	4.4	9	87	6	62	20	48	30	0	1.50
70160508--70160546	17	2.2	17	90	4	60	20	48	30	0	1.50
70160627--70160673	8	5.8	8	76	14	51	82	2	14	0	0.75
70160614--70160658	18	2.6	18	85	3	65	82	0	17	0	0.68
70160625--70160662	14	2.7	14	80	11	51	84	0	15	0	0.63
70160612--70160673	10	5.8	10	78	19	63	82	1	16	0	0.75
70160612--70160671	15	4.1	15	75	16	54	81	1	16	0	0.77
70160849--70160873	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
70161039--70161080	21	2.0	20	90	4	66	35	14	9	40	1.78
70161039--70161080	20	2.1	19	86	8	57	35	14	9	40	1.78
70161186--70161273	38	2.4	36	85	10	117	30	11	6	51	1.64
70161185--70161579	35	11.1	34	70	15	156	31	12	7	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70161185--70161656	17	26.4	18	67	18	166	32	13	7	46	1.71
70161449--70161507	16	3.5	16	76	15	57	33	15	8	42	1.77
70161185--70161579	53	7.4	53	73	12	226	31	12	7	48	1.69
70161724--70161795	19	3.7	20	85	10	96	40	8	11	40	1.71
70161775--70161896	16	7.1	16	65	17	57	30	10	13	45	1.77
70161773--70161896	17	7.1	17	64	20	60	31	10	12	45	1.77
70179187--70179225	20	2.1	19	90	9	62	56	5	5	33	1.43
70179663--70179717	3	18.3	3	81	7	67	61	1	5	30	1.29
70181600--70181830	46	4.9	47	88	6	292	20	22	14	41	1.89
70181648--70181830	46	4.0	46	93	0	294	21	22	14	40	1.90
70188230--70188274	18	2.3	20	82	17	51	40	4	2	53	1.33
70188367--70188426	26	2.2	28	85	8	79	38	0	1	60	1.07
70188408--70188453	24	2.0	24	83	8	60	34	2	4	58	1.30
70188603--70188682	31	2.7	29	71	26	78	31	2	1	65	1.14
70188634--70188699	20	3.3	20	78	6	80	30	0	3	66	1.06
70188891--70188945	24	2.4	22	81	6	56	34	5	7	52	1.52
70189158--70189199	18	2.3	18	92	8	68	40	2	0	57	1.12
70189170--70189206	18	2.1	18	89	0	56	35	5	0	59	1.20
70189420--70189479	28	2.1	28	85	11	79	30	6	3	60	1.39
70202644--70202686	22	2.0	22	100	0	86	41	2	9	46	1.48
70203653--70203677	7	3.6	7	100	0	50	32	12	28	28	1.92
70208629--70208778	33	4.5	32	80	5	138	29	23	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70208629--70208781	66	2.3	65	78	3	171	29	23	15	32	1.95
70209456--70209498	20	2.2	20	82	0	50	32	18	2	46	1.62
70222074--70222128	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
70222206--70222247	22	1.9	22	85	0	57	59	9	2	28	1.41
70222262--70222391	23	5.6	25	74	10	89	55	3	6	35	1.40
70222147--70222298	78	1.9	79	81	6	184	56	5	7	30	1.49
70222871--70222969	30	3.3	30	92	0	171	17	6	49	27	1.70
70223658--70224080	90	4.7	90	80	8	418	36	17	17	28	1.93
70223649--70224188	87	6.0	88	80	7	513	37	17	17	27	1.92
70224101--70225658	73	20.9	73	72	12	1007	33	20	16	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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