genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71097360--71097779	186	2.3	182	89	1	624	34	6	15	44	1.71
71100192--71100237	19	2.3	20	92	3	76	26	10	15	47	1.78
71100318--71100355	18	2.1	18	100	0	76	55	0	0	44	0.99
71100318--71100360	18	2.6	16	82	13	59	53	0	0	46	1.00
71105053--71105077	6	4.2	6	100	0	50	36	0	64	0	0.94
71106114--71106186	26	2.8	26	83	12	87	35	4	2	57	1.32
71106120--71106205	28	3.2	25	79	12	84	31	3	2	62	1.24
71106351--71106396	24	2.0	24	86	4	67	30	8	4	56	1.49
71106560--71106614	27	2.0	27	83	13	69	23	3	5	67	1.28
71110208--71110233	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
71113288--71113335	24	2.0	24	95	0	87	29	18	25	27	1.98
71114236--71114422	101	1.8	102	83	3	252	23	19	18	37	1.94
71120755--71120810	15	3.9	15	79	13	64	16	39	8	35	1.80
71127099--71127124	6	4.3	6	100	0	52	65	0	0	34	0.93
71133934--71133959	13	2.0	13	100	0	52	15	7	38	38	1.76
71138522--71138560	20	1.9	20	89	5	60	33	2	2	61	1.23
71143744--71143807	28	2.2	28	97	2	119	39	10	12	37	1.78
71145221--71145596	66	5.7	66	70	2	207	13	26	18	41	1.88
71145221--71145638	132	3.2	131	81	3	469	13	26	18	41	1.88
71145419--71145864	198	2.3	199	90	3	643	15	24	20	39	1.91
71145422--71145864	66	6.7	65	67	10	247	15	24	20	39	1.91
71147277--71147341	29	2.3	29	82	12	82	21	1	4	72	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71147287--71147341	22	2.5	22	85	8	69	23	0	5	70	1.07
71147358--71147397	17	2.3	18	83	12	57	40	2	0	57	1.12
71147687--71147732	20	2.1	23	88	11	71	67	0	2	30	1.03
71165113--71165181	33	2.1	33	97	0	129	28	1	23	46	1.61
71166523--71166586	31	2.1	31	90	0	101	37	23	14	25	1.92
71180231--71180311	31	2.6	32	84	9	105	71	0	1	27	0.93
71190455--71190577	46	2.6	47	83	6	142	24	30	17	27	1.97
71192150--71192182	7	4.7	7	100	0	66	45	24	0	30	1.53
71201109--71201158	10	5.2	10	80	9	59	0	44	0	56	0.99
71201109--71201154	4	11.5	4	85	0	56	0	45	0	54	0.99
71209390--71209441	20	2.5	20	78	3	59	38	0	3	57	1.17
71214327--71214422	35	2.8	35	90	1	149	29	14	22	33	1.94
71220729--71220769	21	1.9	21	85	5	55	63	14	7	14	1.50
71226746--71226822	30	2.6	30	82	0	91	42	22	7	27	1.80
71229983--71230153	88	1.9	88	84	4	229	29	16	22	30	1.96
71229980--71230143	44	3.7	44	75	6	170	30	17	21	30	1.96
71229983--71230185	88	2.3	88	80	8	209	30	18	21	30	1.97
71231530--71231631	4	25.5	4	74	7	73	20	8	3	66	1.35
71231542--71231603	20	3.3	20	78	17	87	24	8	3	64	1.36
71231530--71231603	36	2.1	36	97	0	139	22	9	2	64	1.36
71231533--71231623	36	2.5	36	89	0	128	20	9	4	64	1.41
71231716--71231762	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71231870--71231908	4	9.5	4	83	5	51	25	5	2	66	1.25
71231920--71231959	6	6.7	6	97	0	71	17	12	2	67	1.33
71232009--71232067	25	2.4	25	100	0	118	33	11	3	50	1.56
71233677--71233939	46	5.7	46	93	0	402	22	23	13	40	1.89
71235445--71235501	27	2.1	27	86	0	78	49	1	10	38	1.48
71235897--71236004	31	3.3	32	74	21	89	58	8	2	30	1.42
71236021--71236054	18	1.9	17	94	5	59	64	5	0	29	1.17
71238329--71238503	57	3.1	56	90	3	273	36	16	15	32	1.90
71238440--71238758	167	1.9	167	86	3	451	37	17	16	28	1.92
71238442--71238700	81	3.1	83	69	11	213	39	15	16	28	1.89
71238463--71238772	86	3.7	85	73	10	260	37	18	16	28	1.92
71238718--71238825	54	2.0	54	94	0	189	40	19	12	26	1.88
71238611--71239054	140	3.1	140	87	5	617	38	19	14	27	1.91
71238913--71239140	87	2.6	88	88	6	334	37	18	16	27	1.93
71251186--71251246	27	2.3	27	85	2	79	50	1	11	36	1.48
71251772--71251805	18	1.9	17	94	5	59	64	5	0	29	1.17
71254921--71254973	27	2.0	26	85	3	70	54	1	0	43	1.11
71255512--71255565	25	2.2	25	93	0	90	42	25	5	25	1.77
71255716--71255760	23	2.0	23	82	8	56	48	17	0	33	1.48
71265490--71265540	22	2.4	22	83	9	61	39	0	5	54	1.24
71265550--71265616	31	2.3	30	82	12	77	47	2	1	47	1.26
71267675--71267714	20	2.0	20	90	0	62	47	2	2	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71268832--71268871	12	3.3	12	89	0	62	42	15	25	17	1.88
71268822--71268871	6	8.2	6	80	4	55	44	14	22	20	1.86
71268851--71268958	45	2.4	45	85	3	146	40	18	19	21	1.91
71268845--71268967	45	2.5	51	72	20	127	42	17	18	21	1.90
71269172--71269257	40	2.2	40	84	0	109	40	12	10	36	1.78
71270358--71270414	20	2.8	20	79	15	62	52	1	3	42	1.28
71270380--71270429	16	3.2	17	78	13	54	58	0	6	36	1.23
71270543--71270634	25	3.5	26	73	21	77	48	2	1	47	1.20
71270562--71270618	24	2.3	25	85	8	73	49	1	0	49	1.11
71273726--71273775	25	2.0	25	88	0	73	54	4	36	6	1.44
71274013--71274042	14	2.1	14	93	0	51	43	16	13	26	1.85
71274110--71274177	24	2.8	24	75	20	70	47	0	1	51	1.09
71274125--71274177	22	2.4	21	78	12	61	49	0	0	50	1.00
71275314--71275495	20	8.9	20	69	23	96	42	1	2	53	1.23
71278914--71278958	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
71278957--71278981	13	1.9	13	100	0	50	80	4	8	8	1.03
71281657--71281707	13	3.7	13	76	20	50	52	0	0	47	1.00
71281774--71281857	31	2.8	30	85	5	107	64	4	1	29	1.22
71281846--71281894	16	3.2	16	72	19	50	61	2	0	36	1.08
71281702--71281912	41	5.3	40	63	25	106	59	4	1	34	1.27
71281943--71282060	21	6.0	21	73	21	78	55	0	0	44	0.99
71281987--71282059	23	3.1	23	80	9	85	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71282005--71282069	21	3.0	21	82	8	85	47	1	1	49	1.20
71282071--71282156	4	21.0	4	72	21	63	70	3	2	23	1.14
71283090--71283114	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
71283568--71283614	21	2.2	23	77	14	55	51	0	17	31	1.46
71283574--71283614	20	2.0	22	85	9	59	51	0	19	29	1.47
71285002--71285048	21	2.2	23	77	14	55	51	0	17	31	1.46
71285008--71285048	20	2.0	22	85	9	59	51	0	19	29	1.47
71291320--71291404	44	1.9	44	90	0	134	30	29	18	21	1.97
71294893--71295035	3	49.3	3	67	20	65	29	4	2	62	1.30
71294995--71295033	20	2.0	20	90	10	62	25	2	2	69	1.14
71294896--71295035	14	11.9	11	71	19	56	29	5	2	62	1.30
71296184--71296228	24	1.9	23	81	4	54	26	22	6	44	1.77
71299604--71299632	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
71299637--71299818	73	2.5	73	97	0	337	29	6	23	41	1.78
71304036--71304073	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
71304074--71304259	73	2.5	73	99	0	363	27	6	24	40	1.80
71308393--71308426	7	4.7	7	96	3	59	14	0	0	85	0.60
71310508--71310559	20	2.4	21	81	12	61	69	3	0	26	1.06
71310518--71310567	13	4.2	13	75	19	54	66	4	0	30	1.10
71315901--71315950	11	4.6	10	79	18	55	84	2	8	6	0.86
71315907--71315951	23	2.0	23	91	8	74	80	4	8	6	1.03
71316379--71316417	21	1.9	21	89	5	62	82	2	10	5	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71316381--71316432	27	1.9	28	88	7	81	80	1	13	3	0.93
71317390--71317824	86	5.1	86	92	1	658	26	22	23	27	1.99
71317444--71317577	42	3.1	42	62	19	105	26	26	23	23	2.00
71317390--71317824	171	2.5	172	89	1	685	26	22	23	27	1.99
71317772--71318047	134	2.1	134	95	1	491	27	19	23	29	1.98
71317983--71318140	45	3.4	45	68	17	133	28	18	24	29	1.98
71317929--71318149	95	2.4	88	83	11	300	28	19	23	28	1.99
71317949--71318142	95	2.0	95	96	0	361	29	19	22	28	1.98
71317815--71318505	229	3.0	229	97	0	1301	27	20	23	28	1.99
71318178--71318734	95	6.0	95	70	12	349	28	20	22	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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