genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76268975--76269131	77	2.0	78	83	4	201	31	10	8	49	1.67
76269413--76269784	83	4.6	80	75	10	270	28	16	11	44	1.82
76269298--76269802	243	2.1	241	89	1	769	28	13	10	46	1.77
76269487--76269856	77	4.6	77	72	13	264	28	14	11	45	1.80
76269298--76269874	243	2.4	243	86	2	732	28	13	11	46	1.77
76269855--76269887	6	5.5	6	100	0	66	15	0	18	66	1.25
76269959--76269988	12	2.4	13	94	5	53	26	6	23	43	1.78
76272040--76272089	20	2.6	19	80	3	55	30	4	10	56	1.51
76272667--76272894	85	2.6	85	81	2	267	33	13	10	42	1.78
76272667--76272916	87	2.9	85	80	5	268	32	13	9	44	1.76
76272975--76273256	79	3.5	80	77	5	250	31	8	10	48	1.68
76279955--76280001	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
76302057--76302185	18	7.2	18	91	0	213	31	17	24	27	1.97
76304105--76304170	30	2.2	30	83	0	87	25	31	27	15	1.95
76306157--76306211	21	2.7	21	80	5	60	38	0	3	58	1.16
76306157--76306211	10	5.6	10	79	12	53	38	0	3	58	1.16
76319101--76319284	84	2.1	87	84	8	243	28	16	16	38	1.91
76319253--76319279	14	1.9	14	100	0	54	22	14	11	51	1.73
76319267--76319688	87	4.8	88	81	8	477	26	16	17	38	1.91
76319438--76319472	14	2.5	14	90	0	52	22	11	2	62	1.41
76319267--76319706	180	2.5	173	85	7	532	26	16	18	37	1.92
76321754--76321778	6	4.2	6	100	0	50	32	0	16	52	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76327241--76327394	77	2.0	77	100	0	308	14	20	32	32	1.93
76328721--76328765	21	2.2	21	88	11	67	64	0	4	31	1.13
76329273--76329326	26	2.0	28	85	7	76	24	5	3	66	1.29
76329447--76329480	15	2.1	17	89	10	54	32	0	0	67	0.91
76329729--76329759	16	1.9	16	93	0	53	45	0	0	54	0.99
76333053--76333201	31	4.8	31	89	0	208	28	19	25	26	1.99
76333219--76333342	47	2.7	46	82	2	149	29	15	26	29	1.96
76335092--76335121	13	2.3	13	100	0	60	23	0	6	70	1.11
76336680--76336724	23	2.0	23	86	0	63	66	0	6	26	1.16
76343509--76343549	21	1.9	22	90	5	66	36	2	2	58	1.24
76346033--76346059	7	3.9	7	100	0	54	59	0	11	29	1.32
76346100--76346139	21	2.0	19	85	9	53	37	0	0	62	0.95
76361328--76361378	26	2.0	25	88	3	75	50	3	0	45	1.20
76366715--76366753	12	3.4	11	85	7	51	69	2	0	28	1.02
76368504--76368534	15	2.1	15	100	0	62	38	25	12	22	1.90
76368543--76368584	20	2.1	20	90	0	66	30	16	11	40	1.85
76371952--76371986	18	1.9	18	88	0	52	20	20	28	31	1.97
76373228--76373258	15	2.1	15	100	0	62	38	25	12	22	1.90
76373267--76373308	20	2.1	20	90	0	66	30	16	11	40	1.85
76375393--76375432	5	8.0	5	100	0	80	40	0	0	60	0.97
76377532--76377571	17	2.4	17	95	0	71	47	0	2	50	1.14
76381070--76381148	41	1.9	41	94	0	140	40	13	11	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76381066--76381150	23	3.9	22	71	21	63	41	15	11	31	1.83
76382908--76382958	24	2.3	22	86	10	68	52	3	1	41	1.31
76383735--76383813	31	2.6	29	75	14	79	35	2	6	55	1.39
76383803--76383829	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
76384288--76384313	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
76384764--76384811	21	2.2	22	82	14	64	47	0	16	35	1.47
76385498--76385677	33	5.5	32	75	7	139	34	11	22	32	1.89
76385495--76385674	65	2.7	65	70	5	155	35	11	21	31	1.89
76385498--76385603	32	3.3	32	81	7	115	37	10	20	31	1.86
76385589--76385691	33	3.2	32	76	4	89	31	14	23	31	1.94
76387958--76388200	50	4.8	50	92	0	387	20	30	23	26	1.98
76388295--76388325	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
76388538--76388595	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
76395131--76395373	50	4.8	50	92	0	387	20	30	23	26	1.98
76395467--76395497	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
76395710--76395766	30	1.9	30	88	0	87	31	22	3	42	1.71
76402350--76402592	50	4.8	50	92	0	378	20	30	22	26	1.98
76402687--76402717	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
76402930--76402987	30	1.9	30	85	0	80	31	22	3	43	1.70
76409038--76409104	30	2.2	30	86	0	89	28	16	1	53	1.52
76409038--76409104	15	4.5	15	78	10	66	28	16	1	53	1.52
76412711--76412741	16	1.9	16	93	0	53	35	3	22	38	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76413843--76413876	14	2.6	14	90	9	54	73	0	0	26	0.83
76422921--76422971	25	2.1	25	82	10	61	54	0	3	41	1.19
76431149--76431189	22	1.9	21	90	5	64	34	0	0	65	0.93
76433978--76434022	21	2.1	21	100	0	90	28	17	20	33	1.95
76435137--76435171	17	2.1	16	89	5	52	51	0	0	48	1.00
76443169--76443223	27	2.0	28	82	10	69	27	1	1	69	1.09
76446559--76446590	16	1.9	17	93	6	57	50	0	0	50	1.00
76447970--76448026	29	1.9	30	85	3	80	29	3	14	52	1.58
76447947--76448026	31	2.7	29	80	5	79	32	5	13	48	1.64
76448184--76448262	29	2.6	31	76	7	74	41	17	6	34	1.75
76449013--76449066	22	2.5	22	75	0	54	11	14	11	62	1.53
76450023--76450057	13	2.7	13	95	0	61	20	45	5	28	1.73
76454605--76454653	16	2.9	16	74	11	53	46	0	0	53	1.00
76454979--76455008	16	1.9	16	93	6	53	40	0	3	56	1.16
76454995--76455030	19	1.9	18	88	5	54	55	0	2	41	1.14
76454998--76455064	22	3.2	22	74	15	63	52	0	1	46	1.09
76459829--76459918	45	2.0	45	97	0	171	24	12	26	36	1.91
76474210--76474266	28	2.0	30	86	6	82	49	1	3	45	1.29
76474229--76474296	26	2.5	27	76	11	68	50	0	2	47	1.16
76480219--76480272	28	1.9	28	88	7	83	42	0	0	57	0.98
76480210--76480273	28	2.2	31	81	13	82	37	0	1	60	1.06
76480208--76480286	29	2.6	28	77	16	79	37	1	2	58	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76489729--76489836	33	3.3	33	93	0	180	38	32	10	18	1.84
76492550--76492603	28	2.0	27	85	3	72	68	3	0	27	1.06
76494017--76494047	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
76498098--76498154	18	3.2	18	97	0	105	33	17	22	26	1.96
76498700--76498730	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
76509941--76509990	22	2.3	22	100	0	100	56	18	12	14	1.68
76511368--76511396	11	2.7	11	94	5	51	41	10	0	48	1.37
76511525--76511613	31	2.9	30	79	15	94	67	2	4	25	1.21
76511534--76511580	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
76511999--76512146	46	3.2	46	80	5	163	37	21	8	33	1.83
76511999--76512094	23	4.1	24	77	9	92	37	21	7	33	1.81
76512010--76512152	47	3.1	47	79	7	148	37	20	7	34	1.81
76512010--76512162	23	6.6	23	74	5	114	37	20	7	34	1.81
76512221--76512289	23	3.0	23	95	2	120	42	17	1	39	1.58
76515340--76515365	12	2.2	12	100	0	52	76	0	7	15	0.99
76516323--76516352	15	2.0	15	93	0	51	43	36	0	20	1.52
76518528--76518587	30	2.0	30	100	0	120	40	23	3	33	1.71
76518756--76518787	12	2.6	13	90	9	50	6	21	0	71	1.07
76520997--76521065	29	2.3	30	80	2	77	42	0	5	52	1.25
76526785--76528444	549	3.0	548	89	1	2432	20	26	15	38	1.92
76533882--76534164	117	2.5	116	85	4	376	21	29	15	33	1.94
76533901--76534217	117	2.8	115	82	2	316	22	27	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76534244--76534293	25	2.0	25	96	0	91	18	36	10	36	1.84
76546320--76546408	43	2.0	44	91	2	144	49	11	6	32	1.65
76546610--76546654	17	2.8	17	75	18	51	62	0	0	37	0.96
76551586--76551623	20	1.9	20	89	10	60	36	2	2	57	1.26
76553662--76553694	16	2.1	16	88	11	50	63	0	0	36	0.95
76554450--76554491	22	1.9	22	90	9	68	47	0	0	52	1.00
76554478--76554520	17	2.7	16	80	20	54	37	0	2	60	1.10
76562154--76562217	26	2.4	27	79	12	69	23	6	6	64	1.40
76563963--76564011	24	2.0	25	84	11	66	63	2	0	34	1.06
76566243--76566303	29	2.1	29	81	6	70	47	6	6	39	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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