genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76869095--76869152	15	3.8	15	83	2	80	50	13	0	36	1.42
76870476--76870504	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
76871934--76871995	23	2.7	23	80	9	65	41	14	6	37	1.72
76873932--76874014	35	2.4	35	100	0	166	30	19	2	48	1.62
76876135--76876186	18	2.9	18	88	0	77	30	17	34	17	1.93
76878969--76879080	51	2.2	51	93	0	188	31	16	24	28	1.96
76886761--76886790	7	4.3	7	100	0	60	40	0	30	30	1.57
76886717--76886831	51	2.3	51	90	0	176	33	13	23	29	1.93
76892445--76892488	23	2.0	21	82	8	52	52	6	0	40	1.28
76903739--76903789	7	6.2	8	85	14	61	0	13	0	86	0.58
76905819--76905952	67	2.0	67	98	0	259	14	15	22	47	1.82
76910911--76910937	5	5.4	5	100	0	54	18	0	59	22	1.38
76919751--76919790	16	2.5	16	88	8	55	45	5	0	50	1.23
76923646--76923698	14	4.0	13	78	11	54	56	1	1	39	1.21
76925646--76925674	14	2.0	15	93	6	51	72	0	0	27	0.85
76928864--76928905	15	2.8	15	82	7	50	50	0	0	50	1.00
76929595--76929664	11	6.4	11	79	0	50	67	10	5	17	1.39
76935248--76935320	36	2.0	36	91	0	119	34	24	10	30	1.90
76937771--76937820	18	2.8	18	81	3	57	34	0	0	66	0.92
76937769--76937820	25	2.0	26	85	10	72	36	0	0	63	0.95
76937778--76937823	17	2.6	18	82	3	58	36	0	0	63	0.95
76940805--76940831	14	1.9	14	100	0	54	33	7	22	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76940821--76940858	20	1.9	20	88	0	58	28	13	13	44	1.81
76940945--76941021	20	3.8	20	73	13	86	36	3	1	58	1.25
76941037--76941072	18	2.0	18	88	0	54	61	8	0	30	1.26
76943311--76943356	21	2.1	22	96	4	85	47	4	28	19	1.68
76943897--76943930	10	3.6	10	84	15	54	44	0	8	47	1.34
76948562--76948835	46	6.0	46	91	0	415	39	14	23	22	1.91
76949924--76949950	10	2.7	10	100	0	54	48	0	7	44	1.31
76955508--76955556	24	2.1	24	88	11	75	65	2	0	32	1.04
76955569--76955634	14	4.5	14	76	17	55	66	1	1	30	1.10
76965809--76965842	18	2.0	16	88	11	50	23	0	0	76	0.79
76966015--76966039	11	2.3	11	100	0	50	72	8	0	20	1.10
76972506--76972544	17	2.3	17	81	0	51	58	0	0	41	0.98
76972930--76972967	20	1.9	20	89	10	60	60	10	5	23	1.50
76973996--76974035	17	2.3	18	80	20	50	57	5	2	35	1.34
76983509--76983582	37	2.0	37	97	0	139	37	20	13	28	1.90
76983952--76984245	146	2.0	146	100	0	588	37	21	16	25	1.93
76988078--76988123	5	9.0	5	95	4	83	39	0	0	60	0.97
76989681--76989815	39	3.4	39	76	8	123	23	20	27	28	1.99
76994281--76994344	13	4.9	13	79	7	76	34	7	23	34	1.84
76998599--76998756	83	1.9	82	82	8	196	46	4	3	45	1.39
77005478--77005638	51	3.2	51	92	1	279	30	22	13	34	1.92
77010718--77010928	51	4.2	51	93	1	343	29	22	14	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77010715--77010928	101	2.1	102	92	0	358	29	22	14	33	1.93
77017699--77017782	42	2.0	42	100	0	168	26	4	23	45	1.73
77029995--77030077	31	2.7	30	81	7	105	54	2	1	42	1.21
77029995--77030073	30	2.6	28	82	13	86	54	2	1	41	1.22
77031605--77031722	29	3.9	29	71	14	80	61	2	3	33	1.26
77032293--77032336	18	2.4	18	85	11	54	31	0	4	63	1.14
77032289--77032361	10	8.1	9	76	11	62	35	1	4	58	1.25
77032293--77032344	18	2.8	18	77	13	52	32	0	5	61	1.20
77037034--77037074	20	2.1	20	86	4	57	43	4	9	41	1.59
77052216--77052280	29	2.4	26	78	14	76	47	3	1	47	1.27
77052222--77052279	29	2.0	29	89	0	89	46	3	1	48	1.29
77052371--77052419	16	3.0	16	82	5	62	51	0	0	48	1.00
77053954--77054132	47	3.8	50	78	15	184	29	27	20	22	1.98
77053962--77054132	94	1.8	93	89	3	272	29	27	20	22	1.99
77064727--77064769	12	3.5	13	84	9	54	4	18	0	76	0.95
77066651--77066692	17	2.5	17	80	7	50	23	2	0	73	0.94
77071595--77071741	37	4.0	37	92	1	235	25	22	15	36	1.93
77071704--77071920	52	4.2	52	84	8	293	27	23	14	35	1.93
77071703--77071926	98	2.3	98	94	0	394	28	23	14	34	1.93
77075051--77075254	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
77075135--77075253	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
77075144--77075234	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77076506--77076652	37	4.0	37	92	1	235	25	22	15	36	1.93
77076615--77076831	52	4.2	52	84	8	293	27	23	14	35	1.93
77076614--77076837	98	2.3	98	94	0	394	28	23	14	34	1.93
77079324--77079348	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
77081330--77081385	28	2.0	28	100	0	112	28	21	7	42	1.79
77091845--77092013	82	2.1	82	98	0	329	28	2	7	60	1.37
77092260--77092301	14	3.1	14	86	10	61	45	30	0	23	1.53
77112498--77112523	13	2.0	13	100	0	52	23	23	7	46	1.78
77113084--77113114	4	7.8	4	100	0	62	25	0	22	51	1.48
77116572--77116652	31	2.6	31	80	3	92	58	13	4	23	1.55
77117936--77117988	6	8.8	6	100	0	106	16	0	33	49	1.47
77135901--77135960	28	2.1	28	100	0	120	36	10	25	28	1.88
77136511--77136574	30	2.1	31	88	2	94	34	3	7	54	1.45
77137640--77137750	38	2.8	40	75	8	111	23	20	26	29	1.99
77137640--77137774	39	3.4	39	71	11	98	23	21	27	27	1.99
77143880--77143990	38	2.8	40	75	8	111	23	20	26	29	1.99
77143880--77144014	39	3.4	39	71	11	98	23	21	27	27	1.99
77145975--77146093	55	2.1	56	95	1	213	29	14	3	52	1.57
77147058--77147082	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
77150730--77150757	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
77151550--77151608	30	2.0	30	96	0	109	25	6	13	54	1.64
77152411--77152449	16	2.5	15	84	8	51	43	5	0	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77152419--77152450	16	2.0	16	93	0	55	46	3	0	50	1.17
77160003--77160075	35	2.1	35	100	0	146	35	30	10	23	1.89
77172921--77172972	25	2.1	25	96	0	95	53	17	15	13	1.72
77176142--77176186	23	2.0	23	86	0	63	44	4	0	51	1.21
77180647--77180680	4	8.5	4	93	0	59	26	20	23	29	1.99
77180854--77180944	44	2.1	44	97	0	173	40	8	14	36	1.77
77189432--77189499	25	2.7	25	79	6	66	66	0	0	33	0.92
77189446--77189494	15	3.1	17	75	19	52	65	0	0	34	0.93
77189618--77189680	30	2.1	30	82	2	74	44	6	6	42	1.55
77196480--77196549	32	2.2	32	80	10	81	41	10	11	37	1.75
77196492--77196564	31	2.3	32	85	2	94	38	13	10	36	1.80
77203688--77203816	50	2.5	51	89	2	206	34	16	23	25	1.95
77203792--77203940	31	4.8	31	87	0	217	28	18	26	27	1.98
77203958--77204130	47	3.7	46	85	3	193	27	15	27	30	1.96
77205775--77205805	5	6.2	5	92	0	53	77	3	0	19	0.90
77207195--77207244	23	2.1	24	82	10	59	48	4	8	40	1.51
77211844--77211869	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
77212025--77212081	15	3.9	15	83	2	80	36	0	10	52	1.36
77212453--77212539	21	4.0	23	79	10	83	16	21	24	37	1.93
77212465--77212516	21	2.4	22	93	6	88	11	25	28	34	1.91
77221173--77221215	21	2.0	22	86	4	61	37	18	16	27	1.92
77221487--77221512	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77230918--77230951	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
77235557--77235590	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
77240990--77241026	19	1.9	19	88	0	56	37	2	16	43	1.62
77241257--77241295	19	2.1	19	95	0	69	51	10	5	33	1.58
77241696--77241745	15	3.3	15	82	0	73	36	2	12	50	1.51
77242382--77242422	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
77246333--77246431	30	3.3	30	85	5	146	26	47	6	20	1.73
77246906--77247120	27	8.6	25	67	15	86	33	7	4	54	1.47
77246985--77247088	56	1.9	51	84	9	136	32	7	2	56	1.42
77246997--77247094	27	3.6	27	77	10	92	31	8	5	55	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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