genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  29  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8282220--8282281	10	6.1	10	83	12	74	24	8	1	66	1.28
8286769--8286894	24	5.3	23	82	9	110	21	12	29	36	1.90
8286781--8286889	48	2.3	48	88	0	155	20	12	28	38	1.89
8293098--8293128	14	2.3	13	94	5	53	77	0	0	22	0.77
8293518--8293609	24	3.8	23	79	13	96	21	11	28	38	1.89
8297334--8297395	5	12.6	5	76	10	65	17	0	6	75	1.00
8297617--8297646	15	2.0	15	100	0	60	0	26	33	40	1.57
8298983--8299044	10	6.1	10	75	9	54	24	4	1	69	1.17
8298961--8299030	20	3.6	19	68	12	52	27	2	4	65	1.25
8299000--8299042	20	2.2	20	87	8	61	23	4	2	69	1.18
8300488--8300602	44	2.6	44	83	2	140	35	14	22	26	1.93
8300488--8300621	46	3.0	45	80	4	135	35	14	23	26	1.94
8307053--8307079	14	1.9	14	100	0	54	25	22	14	37	1.93
8310295--8310333	20	2.0	20	94	0	69	23	12	30	33	1.92
8311454--8311491	20	1.9	20	94	0	67	36	28	10	23	1.88
8313437--8313484	24	2.0	24	100	0	96	45	20	8	25	1.79
8319603--8319640	20	1.9	20	88	0	58	18	0	23	57	1.40
8327756--8327807	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
8327694--8327923	120	1.9	120	100	0	460	41	1	6	49	1.40
8327704--8327891	61	3.1	61	70	14	208	42	1	7	48	1.40
8327885--8327926	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
8327876--8327917	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8328142--8328209	16	4.2	16	94	0	118	35	36	0	27	1.58
8328975--8329065	45	2.0	45	97	0	173	31	14	15	38	1.87
8339518--8339556	16	2.5	15	87	8	51	28	7	5	58	1.47
8342962--8343003	22	1.9	22	85	9	59	38	0	19	42	1.51
8343582--8343764	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
8343583--8343766	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
8343635--8343799	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
8351607--8351789	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
8351608--8351791	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
8351660--8351824	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
8354604--8354646	22	2.0	22	86	9	61	53	4	11	30	1.57
8363392--8363437	23	2.0	23	82	0	56	39	4	0	56	1.19
8369072--8369140	32	2.2	32	85	14	92	49	10	15	24	1.76
8371080--8371175	39	2.5	38	75	3	102	35	5	3	56	1.38
8371161--8371226	20	3.3	20	74	14	64	34	3	1	60	1.21
8382627--8383161	69	7.7	69	77	4	416	33	24	21	20	1.97
8386350--8386409	22	2.7	22	84	0	75	38	8	25	28	1.84
8387107--8387163	28	1.9	31	82	10	75	57	5	1	35	1.31
8389838--8389922	39	2.2	40	86	2	118	34	7	8	50	1.59
8406064--8406096	10	3.3	10	87	12	50	69	0	0	30	0.88
8406058--8406096	20	2.0	20	90	10	62	69	0	0	30	0.89
8406056--8406111	28	2.0	28	82	6	69	66	1	1	30	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8408769--8408798	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
8413179--8413211	12	2.7	12	95	4	57	90	0	0	9	0.44
8420233--8420277	22	2.0	22	86	0	63	48	13	2	35	1.54
8424013--8424057	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
8425697--8425723	14	1.9	14	100	0	54	88	0	11	0	0.50
8428161--8428201	21	1.9	22	90	5	66	56	2	0	41	1.13
8428210--8428273	17	3.8	16	76	17	58	64	0	3	32	1.10
8428180--8428247	24	2.8	25	81	4	84	58	1	2	36	1.22
8428337--8428377	22	2.0	22	85	9	59	53	0	9	36	1.34
8431168--8431245	40	2.0	40	89	0	120	33	34	14	17	1.90
8434752--8434792	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
8435013--8435045	11	2.9	11	95	4	57	69	0	0	30	0.88
8441783--8441899	62	1.9	61	82	5	148	48	5	5	39	1.52
8441910--8441980	37	1.9	37	85	5	99	57	2	1	38	1.22
8448240--8448320	26	3.2	26	75	13	80	22	19	17	40	1.91
8452216--8452261	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
8452223--8452267	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
8454247--8454281	18	1.9	18	94	0	61	42	0	5	51	1.25
8455294--8455323	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
8457506--8457536	10	3.1	10	100	0	62	58	0	29	12	1.35
8458194--8458303	55	2.0	55	85	0	148	19	32	13	34	1.91
8461126--8461176	25	2.0	25	100	0	102	23	15	25	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8465812--8465919	26	4.2	26	87	2	155	35	22	8	34	1.84
8465812--8465919	52	2.1	52	91	0	171	35	22	8	34	1.84
8472860--8472967	26	4.2	26	91	2	173	36	23	7	33	1.83
8487172--8487352	93	1.9	93	81	4	213	35	13	23	27	1.93
8504317--8504360	22	2.0	22	100	0	88	27	22	13	36	1.92
8506430--8506521	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
8506669--8506738	25	2.8	25	82	8	72	24	25	25	24	2.00
8507658--8507714	27	2.1	27	83	6	71	36	12	12	38	1.80
8507734--8507847	27	4.2	26	75	9	88	28	9	20	42	1.83
8507851--8507942	27	3.4	27	82	5	123	41	7	22	28	1.81
8507831--8507969	54	2.6	53	76	10	147	35	8	23	32	1.85
8510141--8510234	42	2.2	42	94	0	161	35	21	13	29	1.92
8510382--8510451	25	2.8	25	89	4	97	22	22	28	25	1.99
8511369--8511420	27	1.9	27	88	0	77	36	13	11	38	1.81
8511427--8511478	27	1.9	27	92	7	88	28	3	23	44	1.71
8511565--8511629	27	2.4	27	89	5	105	40	3	26	30	1.71
8517681--8517720	13	3.2	13	85	3	55	57	2	25	15	1.50
8519095--8519119	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
8521715--8521743	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
8537515--8537565	24	2.1	24	88	0	75	27	41	29	1	1.67
8537515--8537565	12	4.2	12	84	0	66	27	41	29	1	1.67
8541189--8541418	40	5.8	40	80	8	245	31	14	19	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8541186--8541418	79	2.9	79	82	3	254	31	15	19	33	1.92
8543873--8543915	20	2.2	20	100	0	86	18	9	20	51	1.74
8547762--8547796	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
8556969--8557041	11	6.8	11	79	7	71	56	1	2	39	1.22
8563483--8563518	18	2.0	18	88	0	54	30	0	8	61	1.26
8563558--8563592	18	1.9	18	100	0	70	45	0	2	51	1.16
8563557--8563599	18	2.4	18	88	0	68	48	0	4	46	1.22
8563675--8563712	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
8563943--8563989	23	2.1	22	84	4	58	25	4	2	68	1.19
8564256--8564288	13	2.6	13	90	4	50	24	39	15	21	1.91
8565279--8565568	76	3.8	76	82	2	323	32	24	14	28	1.94
8565456--8565568	25	4.5	25	69	10	68	29	23	16	30	1.97
8569591--8569743	33	4.6	33	87	0	207	16	7	33	41	1.78
8576319--8576522	102	2.0	102	97	0	381	42	15	10	31	1.80
8577577--8577652	23	3.3	23	77	0	80	46	18	18	17	1.85
8579922--8579947	12	2.2	12	100	0	52	26	0	0	73	0.84
8581682--8581894	76	2.8	76	82	0	237	33	25	14	26	1.94
8581785--8581897	25	4.5	25	69	14	70	31	27	14	26	1.94
8585099--8585187	45	2.0	46	84	2	117	33	22	4	39	1.74
8596219--8596248	16	1.9	16	93	6	53	40	0	3	56	1.16
8596588--8596621	9	3.8	9	88	0	50	44	14	11	29	1.81
8596670--8596754	30	2.8	30	96	0	152	21	42	0	36	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8599123--8599153	16	1.9	16	93	0	53	48	6	19	25	1.72
8600855--8601116	46	5.7	46	90	0	364	21	22	13	42	1.88
8603243--8603287	11	3.9	11	83	11	63	62	0	0	37	0.96
8603237--8603292	24	2.3	24	90	3	85	58	1	0	39	1.08
8609549--8609590	22	2.0	20	86	9	57	73	0	16	9	1.08
8621694--8621735	20	2.0	21	86	4	59	73	0	2	23	0.94
8622573--8622599	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
8625713--8625776	32	2.0	32	100	0	128	31	3	12	53	1.54
8636469--8636499	16	1.9	16	93	0	53	45	29	0	25	1.54
8641666--8641795	61	2.1	61	100	0	260	36	6	6	51	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259