genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80042567--80042772	30	6.9	30	82	7	195	24	53	7	14	1.66
80042474--80042619	72	2.0	72	79	0	157	18	50	8	23	1.74
80042563--80042772	90	2.3	90	81	6	230	23	53	7	15	1.67
80042722--80042822	30	3.4	30	87	0	112	22	60	4	11	1.51
80042775--80042880	6	17.2	6	70	5	50	27	57	4	10	1.52
80042781--80042863	30	2.8	30	84	0	103	28	56	4	9	1.52
80042768--80042845	18	4.3	18	79	6	86	25	57	6	10	1.55
80042841--80042910	15	4.5	15	70	5	50	34	58	1	5	1.31
80050331--80050363	15	2.2	15	94	0	57	0	27	0	72	0.85
80054949--80054982	6	5.7	6	100	0	68	32	0	67	0	0.91
80063396--80063438	19	2.3	18	88	4	59	53	2	0	44	1.13
80064283--80064342	28	2.1	28	84	6	75	50	5	20	25	1.68
80067935--80067972	20	1.9	20	88	0	58	47	0	0	52	1.00
80068415--80068477	25	3.0	20	73	22	65	39	6	9	44	1.62
80072940--80073004	31	2.1	31	82	2	78	40	7	12	40	1.71
80074447--80074517	32	2.2	31	80	11	81	56	2	2	38	1.29
80074447--80074527	20	4.4	18	71	26	55	56	3	2	37	1.30
80074760--80074810	20	2.6	19	82	11	59	23	0	3	72	1.01
80074760--80074810	19	2.7	18	82	11	57	23	0	3	72	1.01
80075570--80075617	24	2.0	24	88	4	71	37	12	4	45	1.61
80077885--80077932	25	2.0	24	84	12	62	70	2	14	12	1.25
80082595--80082620	12	2.2	12	100	0	52	42	7	0	50	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80084503--80084534	6	5.7	6	85	14	50	31	0	18	50	1.48
80095220--80095269	16	3.1	17	80	8	59	38	8	4	50	1.51
80095318--80095348	16	1.9	16	93	0	53	58	3	0	38	1.15
80096811--80096853	21	2.0	21	86	0	59	46	4	2	46	1.36
80096991--80097047	28	2.0	29	83	10	73	50	5	0	43	1.24
80098302--80098341	13	3.1	14	86	13	59	60	0	0	40	0.97
80106083--80106151	29	2.4	28	74	9	68	47	14	8	28	1.74
80111553--80111595	22	2.0	23	81	9	54	53	0	4	41	1.21
80119795--80119828	5	6.8	5	100	0	68	58	0	0	41	0.98
80120308--80120337	15	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
80120307--80120347	15	2.7	15	79	20	50	31	0	0	68	0.90
80122518--80122550	16	2.0	17	94	5	59	33	0	0	66	0.92
80125581--80125631	24	2.1	24	92	0	84	33	21	17	27	1.96
80127613--80127809	101	2.0	99	81	2	232	41	13	7	37	1.73
80128489--80128586	46	2.1	47	98	1	189	42	2	6	48	1.39
80128495--80128558	16	4.1	16	69	15	53	43	1	6	48	1.37
80134039--80134098	31	1.9	30	83	12	77	43	11	6	38	1.68
80142638--80142671	16	2.1	16	100	0	68	44	5	29	20	1.75
80147683--80147713	16	1.9	16	93	0	53	9	0	6	83	0.79
80149387--80149429	18	2.6	16	82	10	50	41	2	2	53	1.26
80152176--80152222	20	2.3	21	85	3	69	36	0	0	63	0.94
80152321--80152349	13	2.2	13	100	0	58	51	17	0	31	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80155541--80155580	21	1.9	21	89	0	62	60	0	12	27	1.33
80157046--80157100	11	5.0	11	76	14	51	60	3	0	36	1.15
80165152--80165596	105	4.2	104	84	5	479	27	23	15	32	1.95
80165159--80165596	210	2.1	210	84	2	567	27	23	15	33	1.95
80173090--80173192	46	2.2	48	85	3	138	34	14	23	27	1.94
80193893--80193956	27	2.3	29	82	12	80	54	4	4	35	1.42
80198268--80198327	32	1.9	31	82	3	75	33	1	5	60	1.29
80204742--80204769	14	2.0	14	100	0	56	21	7	21	50	1.72
80210998--80211068	23	3.0	23	77	6	72	54	0	0	45	0.99
80212659--80212706	11	4.2	12	79	17	50	52	2	2	43	1.24
80220562--80220720	81	2.0	81	86	2	221	39	14	8	37	1.77
80228029--80228143	59	1.9	59	81	6	135	46	1	2	49	1.26
80230372--80230443	35	2.1	35	100	0	144	37	8	16	37	1.79
80239808--80239839	15	2.1	15	100	0	64	40	6	21	31	1.78
80240421--80240447	13	2.1	13	100	0	54	48	7	14	29	1.71
80248633--80248751	59	2.0	60	96	1	222	41	18	25	15	1.89
80248748--80248832	42	2.0	42	90	0	134	40	14	10	35	1.80
80250630--80250685	27	2.2	26	80	6	60	25	8	21	44	1.81
80250644--80250699	27	2.1	27	100	0	112	23	12	25	39	1.89
80252726--80252883	83	1.9	83	92	5	266	41	16	10	31	1.82
80254662--80254784	62	2.0	62	84	6	160	37	22	3	36	1.71
80265728--80266131	195	2.0	195	84	7	512	48	16	11	23	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80266995--80267060	31	2.0	34	88	8	102	54	10	4	30	1.54
80267793--80267833	19	2.3	19	84	12	52	60	0	2	36	1.10
80273190--80273246	21	2.7	21	86	7	80	33	31	5	29	1.80
80274035--80274095	31	2.0	31	96	0	113	36	19	18	26	1.94
80279036--80279194	87	1.8	86	91	1	264	36	4	10	49	1.57
80288162--80288206	19	2.4	20	78	14	51	60	11	2	26	1.42
80296757--80296799	21	2.1	21	91	4	70	34	13	0	51	1.42
80299218--80299259	20	2.1	20	100	0	84	9	14	9	66	1.44
80302047--80302076	6	5.2	6	96	4	53	46	0	0	53	1.00
80303739--80303765	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
80315171--80316273	282	4.0	271	81	12	1175	45	18	11	23	1.83
80315530--80316273	264	2.8	258	83	12	901	45	19	11	23	1.83
80315264--80316273	546	1.9	535	86	5	1427	45	19	11	23	1.83
80321384--80321436	24	2.3	23	84	9	72	30	0	15	54	1.41
80322252--80322299	5	9.0	5	91	8	69	77	4	0	18	0.93
80329094--80329155	31	2.0	31	84	6	81	37	14	9	38	1.79
80330516--80330553	17	2.3	17	90	4	60	68	0	0	31	0.90
80330607--80330648	15	2.6	16	85	14	59	64	0	0	35	0.94
80335926--80335969	23	1.9	23	100	0	88	29	9	11	50	1.69
80352937--80352984	22	2.2	21	92	7	87	41	29	18	10	1.84
80358040--80358507	138	3.4	136	78	9	477	27	14	21	35	1.93
80373560--80373683	33	3.8	33	95	0	221	30	41	9	17	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80376456--80376505	25	2.0	25	100	0	100	40	20	20	20	1.92
80384986--80385032	24	2.0	24	91	0	76	65	0	0	34	0.93
80396849--80396951	47	2.2	46	81	6	127	38	20	14	26	1.91
80397723--80397763	4	10.2	4	100	0	82	0	24	0	75	0.80
80405171--80405266	35	2.7	35	81	0	111	30	7	19	42	1.78
80412094--80412159	29	2.3	28	78	2	78	60	4	0	34	1.17
80415810--80415846	18	2.1	18	90	5	58	35	0	0	64	0.94
80419797--80419824	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
80443394--80443489	35	2.7	35	81	0	111	30	7	19	42	1.78
80450324--80450389	29	2.3	28	78	2	78	60	4	0	34	1.17
80454057--80454089	17	1.9	17	88	11	50	33	0	0	66	0.92
80458071--80458098	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
80466409--80466439	16	1.9	16	93	0	53	32	0	9	58	1.31
80471139--80471189	24	2.1	24	82	13	61	35	0	13	50	1.42
80475868--80476041	87	2.0	87	100	0	348	50	11	8	29	1.67
80477779--80477826	16	3.0	16	82	11	62	54	8	2	35	1.42
80488523--80488580	27	2.1	29	84	9	77	53	5	6	34	1.50
80489172--80489230	23	2.6	22	78	19	59	37	1	3	57	1.25
80490217--80490254	14	2.6	15	83	8	51	31	0	2	65	1.06
80490713--80490928	107	2.0	106	82	0	261	43	11	11	34	1.76
80491790--80491836	24	2.0	24	86	0	67	12	55	8	23	1.64
80491797--80491874	24	3.2	24	76	8	61	21	56	7	14	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80494166--80494205	21	1.9	21	89	0	62	22	62	0	15	1.32
80494180--80494268	24	3.5	24	64	16	61	19	59	4	16	1.54
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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