genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  28  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7861591--7861649	17	3.4	17	73	11	57	37	0	1	61	1.07
7880004--7880191	49	3.8	49	82	4	243	28	26	18	26	1.98
7880009--7880196	100	1.9	100	95	2	342	28	26	19	25	1.98
7884103--7884132	6	4.8	6	95	4	51	16	30	0	53	1.44
7886907--7887165	142	1.8	138	81	6	315	28	17	28	25	1.98
7888428--7888490	29	2.2	30	78	18	73	39	4	23	31	1.76
7888966--7889111	43	3.4	43	76	7	129	27	20	25	26	1.99
7888961--7889116	85	1.8	85	82	5	199	26	20	26	26	1.99
7902897--7902935	5	7.8	5	83	11	53	79	2	0	17	0.84
7902891--7902935	15	3.1	14	84	9	54	77	2	2	17	0.97
7917000--7917062	31	2.0	31	96	0	117	30	14	17	38	1.89
7925023--7925062	19	2.1	19	86	9	55	55	0	2	42	1.13
7925468--7925514	20	2.3	21	81	7	60	21	14	12	51	1.76
7926083--7926162	12	6.5	12	67	24	51	43	3	1	51	1.27
7933881--7933920	19	2.1	19	86	9	55	32	2	5	60	1.32
7939232--7939309	32	2.4	31	77	8	84	42	2	3	51	1.34
7939536--7939585	19	2.7	19	76	11	59	50	0	0	50	1.00
7950858--7950914	30	1.9	30	85	0	78	14	15	14	56	1.68
7951941--7951977	14	2.8	14	84	8	51	35	0	0	64	0.94
7954832--7954872	19	2.2	19	100	0	82	39	26	14	19	1.90
7960449--7960482	17	2.0	18	88	11	54	55	0	0	44	0.99
7960449--7960482	16	2.1	17	88	5	52	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7962203--7962245	11	3.9	11	78	9	52	30	0	4	65	1.13
7962625--7962684	30	2.0	30	86	0	84	58	11	1	28	1.43
7965362--7965469	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
7972189--7972214	11	2.4	11	100	0	52	26	0	34	38	1.57
7972878--7972926	17	2.9	17	84	0	53	44	2	2	51	1.24
7983954--7984045	34	2.7	34	96	0	166	29	27	19	23	1.98
7995291--7995335	10	3.6	13	74	20	51	80	2	0	17	0.82
7999009--7999050	16	2.6	16	78	14	50	33	4	2	59	1.31
7999009--7999047	18	2.2	18	85	0	51	35	2	2	58	1.25
8002300--8002338	17	2.2	18	90	4	62	69	0	5	25	1.09
8017760--8017785	12	2.2	12	100	0	52	30	7	19	42	1.79
8018715--8018749	6	5.8	6	93	0	61	14	0	14	71	1.15
8019051--8019103	26	2.0	26	92	0	88	24	7	3	64	1.37
8021106--8021200	35	2.7	35	77	11	95	42	1	4	52	1.27
8021396--8021448	21	2.5	21	87	0	79	30	32	9	28	1.88
8023062--8023115	25	2.2	25	96	0	99	50	3	12	33	1.59
8025855--8025886	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
8028805--8028882	5	15.2	5	84	14	90	20	2	0	76	0.90
8028805--8028882	27	2.9	27	83	9	104	20	2	0	76	0.90
8028805--8028882	22	3.5	22	81	16	90	20	2	0	76	0.90
8028803--8028880	33	2.3	32	89	6	111	20	2	0	76	0.90
8028803--8028880	6	12.8	6	81	10	63	20	2	0	76	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8036408--8036455	25	1.9	25	91	0	78	20	22	18	37	1.94
8036408--8036471	25	2.6	25	85	5	76	21	21	20	35	1.96
8037330--8037387	30	1.9	30	85	0	80	41	6	20	31	1.79
8038071--8038242	67	2.6	65	82	7	177	33	16	27	22	1.95
8038095--8038251	67	2.4	65	82	4	201	30	15	29	23	1.96
8040187--8040224	18	2.1	19	85	5	51	28	10	15	44	1.80
8044683--8044712	15	1.9	16	93	6	53	53	6	13	26	1.64
8060661--8060693	6	5.5	6	96	0	57	15	3	0	81	0.80
8060661--8060700	18	2.2	18	86	0	53	17	5	0	77	0.94
8063579--8063618	13	2.6	16	74	25	50	30	0	12	57	1.36
8067420--8067481	32	1.9	32	96	0	115	32	17	12	37	1.88
8070422--8070457	15	2.6	15	83	16	51	47	5	0	47	1.25
8070533--8070597	32	2.0	32	93	0	112	33	15	3	47	1.61
8072440--8072469	15	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
8073220--8073283	32	2.0	33	87	9	96	14	0	43	42	1.45
8073254--8073302	22	2.2	22	88	0	71	14	0	34	51	1.43
8073275--8073314	17	2.4	17	83	8	55	17	0	32	50	1.47
8073314--8073381	26	2.6	26	97	0	127	44	0	13	42	1.43
8073511--8073900	126	3.1	125	81	4	426	36	16	17	28	1.92
8077458--8077492	18	1.9	18	94	0	61	40	2	28	28	1.71
8078111--8078157	7	6.7	7	92	0	67	57	8	2	31	1.41
8079094--8079206	48	2.3	51	81	9	142	61	2	4	31	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8079361--8079408	10	4.6	10	80	10	60	41	0	25	33	1.55
8087238--8087441	10	21.6	9	67	16	65	60	3	3	31	1.31
8087385--8087441	19	3.1	18	73	17	55	70	1	1	26	1.07
8087352--8087406	28	1.9	29	85	3	76	56	0	5	38	1.23
8087376--8087460	35	2.4	37	76	9	95	62	2	2	32	1.21
8087403--8087464	27	2.3	27	88	0	88	62	3	1	32	1.20
8089225--8089293	31	2.3	31	82	7	79	33	11	11	43	1.77
8090314--8090369	25	2.2	26	81	12	71	30	21	10	37	1.87
8096775--8096811	16	2.2	17	90	4	58	70	0	0	29	0.88
8099305--8099331	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
8099345--8099370	10	2.6	10	100	0	52	26	11	0	61	1.30
8100980--8101020	21	2.0	21	100	0	82	39	2	14	43	1.59
8108735--8108775	21	2.0	21	100	0	82	39	2	14	43	1.59
8113146--8113193	7	7.6	7	80	15	52	22	2	0	75	0.91
8113148--8113200	21	2.5	21	80	20	65	20	1	0	77	0.87
8114290--8114490	99	2.0	99	88	1	296	28	12	24	34	1.92
8114913--8114946	17	1.9	18	88	5	52	52	5	20	20	1.67
8117037--8117096	28	2.1	28	81	0	66	30	6	13	50	1.67
8117638--8117713	22	3.6	21	79	13	75	42	1	32	23	1.63
8118085--8118126	20	2.0	21	86	4	59	30	0	0	69	0.89
8123296--8123334	20	1.9	21	89	5	62	30	5	10	53	1.56
8145104--8145163	8	7.1	8	74	23	52	25	1	3	70	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8145104--8145154	18	2.9	17	78	18	59	23	1	3	70	1.14
8147525--8147567	20	2.2	20	95	0	77	25	13	11	48	1.77
8149349--8149396	3	16.0	3	82	0	60	58	6	0	35	1.23
8149350--8149398	18	2.7	18	93	0	80	55	8	0	36	1.30
8149349--8149396	12	4.0	12	91	0	69	58	6	0	35	1.23
8150442--8150484	21	2.0	21	81	0	50	58	6	0	34	1.25
8158224--8158249	12	2.2	12	100	0	52	15	0	7	76	0.99
8158210--8158252	19	2.3	18	81	14	52	16	0	6	76	0.99
8158242--8158291	24	2.0	26	88	7	77	30	0	2	68	1.01
8164921--8165006	40	2.2	40	89	0	136	43	20	5	30	1.76
8170282--8170357	18	4.2	18	89	0	116	31	17	23	27	1.97
8170282--8170357	36	2.1	36	95	0	134	31	17	23	27	1.97
8172092--8172133	16	2.6	16	88	0	57	59	2	0	38	1.10
8180684--8180957	46	6.0	46	88	0	361	39	14	23	22	1.91
8183014--8183136	50	2.4	51	89	2	185	36	16	21	25	1.94
8183118--8183267	31	4.8	31	83	4	176	30	20	24	25	1.99
8187118--8187437	46	7.0	46	89	0	444	38	15	24	22	1.92
8188140--8188190	21	2.4	21	96	0	93	13	17	21	47	1.82
8188203--8188281	39	2.0	39	100	0	158	15	25	21	37	1.92
8206634--8206674	21	2.0	20	90	4	64	7	19	0	73	1.07
8206640--8206674	10	3.4	10	88	4	52	5	22	0	71	1.07
8212654--8212703	26	1.9	26	83	0	64	34	14	10	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8215906--8216077	43	4.0	43	76	13	192	31	26	18	23	1.97
8215906--8216063	86	1.8	85	84	9	214	31	27	18	23	1.97
8218987--8219040	28	1.9	28	88	0	81	31	29	12	25	1.93
8219027--8219123	40	2.4	40	87	0	131	32	27	16	22	1.96
8230890--8230914	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
8231756--8231797	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
8240877--8241450	300	1.9	299	85	3	796	26	19	15	37	1.92
8256438--8256503	32	2.1	32	100	0	132	53	6	15	25	1.65
8263294--8263343	25	2.0	25	92	0	82	40	4	16	40	1.67
8266221--8266245	13	1.9	13	100	0	50	72	8	4	16	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259