genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23014410--23014671	18	14.3	18	79	7	215	38	1	12	47	1.50
23014386--23014617	114	2.0	114	85	3	306	38	0	12	47	1.47
23014776--23014831	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
23018826--23019057	40	5.8	40	85	3	315	25	28	21	24	1.99
23018826--23019057	80	2.9	80	90	1	358	25	28	21	24	1.99
23018797--23019056	120	2.2	120	85	2	353	26	28	21	24	1.99
23029480--23029657	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23029501--23029656	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23032249--23032299	12	4.3	11	79	16	57	39	1	0	58	1.09
23032288--23032319	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
23033331--23033549	41	5.4	41	93	0	359	17	24	25	32	1.96
23033331--23033590	82	3.2	81	88	2	362	17	24	24	34	1.96
23033331--23033613	41	6.9	40	87	5	295	17	24	24	34	1.96
23033331--23033590	123	2.1	122	86	3	353	17	24	24	34	1.96
23033893--23033931	19	2.1	18	85	4	51	71	0	2	25	0.98
23036406--23036483	39	2.0	39	94	0	138	43	2	23	30	1.67
23039376--23039450	28	2.7	28	85	0	105	32	20	18	29	1.96
23052917--23053219	168	1.8	168	88	1	473	42	5	6	45	1.52
23054651--23054730	42	1.9	42	86	0	115	28	26	11	33	1.91
23057299--23057367	34	2.0	34	91	5	113	36	21	8	33	1.84
23057315--23057367	16	3.2	16	70	19	54	33	20	9	35	1.85
23057553--23057653	11	8.9	11	68	8	51	69	0	6	22	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23057554--23057619	24	2.9	23	76	8	64	69	1	4	24	1.15
23057605--23057664	28	2.1	29	81	3	68	65	5	8	21	1.40
23070196--23070410	39	5.6	40	80	8	232	25	21	26	26	2.00
23072654--23072696	22	1.9	23	81	13	54	46	9	30	13	1.75
23078280--23078463	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	25	2.00
23078280--23078463	80	2.3	80	88	3	264	25	23	26	25	2.00
23087892--23088191	47	6.4	47	90	0	447	28	31	8	32	1.86
23087892--23088191	94	3.2	94	94	0	501	28	31	8	32	1.86
23091744--23091852	37	2.9	37	93	0	182	27	31	18	22	1.97
23092002--23092486	50	9.8	50	92	3	788	32	24	5	36	1.79
23092002--23092486	98	4.9	98	92	3	803	32	24	5	36	1.79
23097005--23097043	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
23097005--23097051	21	2.3	21	85	10	62	31	2	21	44	1.64
23122971--23123094	61	2.0	61	100	0	248	24	9	20	45	1.80
23125635--23125806	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
23125582--23125804	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
23125662--23125839	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
23130197--23130233	5	7.6	5	82	17	51	43	0	0	56	0.99
23130200--23130240	19	2.2	19	100	0	82	41	0	0	58	0.98
23135460--23135489	14	2.1	15	93	6	53	56	13	10	20	1.65
23137813--23137898	41	2.1	41	100	0	172	33	22	13	30	1.93
23140930--23140962	6	5.5	6	96	0	57	81	0	3	15	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23148485--23148546	26	2.4	26	86	10	83	37	11	16	35	1.84
23154534--23154628	25	3.8	25	83	5	129	27	24	24	24	2.00
23154534--23154628	50	1.9	50	91	0	154	27	24	24	24	2.00
23155926--23155966	22	1.9	22	85	14	59	56	19	12	12	1.67
23161354--23161448	25	3.8	25	95	0	172	26	21	26	26	1.99
23161497--23161543	20	2.3	21	92	3	78	34	19	10	36	1.86
23164677--23164763	30	2.9	30	84	0	102	22	33	27	16	1.95
23165055--23165297	41	6.0	41	90	1	319	33	21	23	21	1.97
23166320--23166350	15	2.1	15	93	0	53	58	0	9	32	1.31
23166337--23166388	10	4.8	10	76	17	50	53	0	0	46	1.00
23177306--23177353	21	2.3	21	96	0	87	22	16	58	2	1.49
23177644--23177884	43	5.6	43	84	5	308	28	18	22	30	1.97
23177644--23177879	87	2.7	88	84	5	302	28	17	22	31	1.96
23177645--23177884	85	2.8	85	86	3	313	28	18	22	30	1.97
23182150--23182287	55	2.5	55	85	2	179	27	26	31	13	1.94
23196167--23196219	26	2.0	26	92	0	88	45	5	13	35	1.67
23202537--23202838	40	7.6	40	89	4	380	24	19	28	27	1.99
23202537--23202873	79	4.2	80	85	4	357	25	19	28	26	1.99
23210469--23210807	40	8.6	40	88	4	440	24	20	27	27	1.99
23210469--23210807	116	2.9	119	87	4	463	24	20	27	27	1.99
23213057--23213131	27	2.8	28	76	10	75	42	13	20	24	1.87
23219160--23219265	27	3.9	27	79	9	117	36	21	23	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23219159--23219262	54	1.9	54	86	3	147	37	20	24	18	1.94
23226001--23226031	16	1.9	16	93	0	53	25	9	12	51	1.70
23226508--23226614	27	3.9	27	79	9	119	34	21	24	19	1.96
23227828--23227860	17	1.9	17	93	0	57	78	0	21	0	0.75
23228565--23228659	50	1.9	50	88	0	145	30	27	17	24	1.97
23231075--23231316	50	4.9	50	85	1	308	24	28	19	28	1.98
23233349--23233397	20	2.6	19	80	6	55	51	2	2	44	1.24
23233349--23233397	19	2.6	19	81	12	57	51	2	2	44	1.24
23236129--23236230	28	3.6	28	80	5	116	27	16	32	23	1.96
23236129--23236259	56	2.4	56	88	1	183	29	18	29	22	1.97
23236160--23236255	28	3.4	28	74	5	95	30	19	27	22	1.98
23236333--23236425	32	2.9	32	90	0	105	34	10	25	29	1.90
23238274--23238307	17	2.0	17	100	0	68	23	29	0	47	1.52
23249960--23250249	101	2.9	101	87	1	420	28	14	23	32	1.94
23249960--23250316	101	3.6	100	83	3	396	29	15	24	30	1.95
23252320--23252350	16	1.9	16	93	0	53	22	32	29	16	1.95
23252529--23252655	27	4.7	27	85	1	175	39	22	8	29	1.84
23252611--23252831	27	8.3	27	83	3	225	35	19	18	26	1.95
23253234--23253307	6	12.0	6	72	16	62	18	16	16	48	1.81
23253237--23253322	25	3.2	25	83	9	82	19	18	15	46	1.84
23253244--23253301	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
23253234--23253304	31	2.3	31	100	0	142	19	15	15	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23259946--23260200	55	4.8	54	81	7	265	21	25	18	35	1.95
23259993--23260190	108	1.8	110	89	4	312	22	25	17	33	1.96
23261543--23261714	47	3.6	47	76	13	158	22	29	20	27	1.98
23267925--23267965	21	2.0	20	90	4	64	21	26	39	12	1.89
23271320--23271380	28	2.2	28	84	0	77	31	24	9	34	1.88
23285104--23285256	40	3.7	42	72	11	125	28	13	26	31	1.94
23299785--23299844	30	2.0	30	83	0	75	40	5	25	30	1.77
23306419--23306443	11	2.3	11	100	0	50	32	0	20	48	1.50
23331601--23331731	45	3.0	44	82	4	156	28	28	19	23	1.99
23335162--23335304	71	2.0	71	97	0	268	21	12	32	33	1.91
23336103--23336367	27	9.8	27	91	0	395	28	21	9	40	1.84
23336365--23336588	27	8.0	27	81	8	216	36	18	20	24	1.95
23336389--23336465	35	2.2	35	90	0	118	41	20	16	20	1.90
23336365--23336492	62	2.1	62	90	0	202	37	21	19	21	1.94
23336424--23336592	81	2.1	81	93	0	293	36	18	20	24	1.95
23336927--23336986	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
23337105--23337278	6	28.3	6	71	15	124	19	16	14	49	1.80
23337105--23337214	31	3.5	31	77	14	136	20	16	13	49	1.80
23337128--23337218	37	2.5	37	85	0	119	20	15	15	48	1.81
23337106--23337227	62	2.0	61	90	4	192	19	15	14	50	1.79
23337159--23337270	43	2.6	43	86	0	152	17	17	15	49	1.80
23337159--23337257	37	2.7	36	83	9	121	17	18	16	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23337108--23337245	62	2.2	61	86	7	181	18	17	15	48	1.81
23341511--23341594	33	2.5	33	79	7	89	22	26	11	39	1.89
23349190--23349358	26	6.8	26	71	13	99	38	21	21	18	1.94
23360942--23360993	24	2.2	24	86	3	70	34	25	25	15	1.95
23361007--23361057	25	2.1	23	82	7	57	47	19	17	15	1.83
23361127--23361175	25	2.0	25	84	8	64	34	16	22	26	1.95
23368574--23368643	33	2.2	32	82	7	79	21	8	18	51	1.72
23373454--23373532	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
23373651--23373906	47	5.4	47	92	1	413	28	30	8	32	1.88
23376377--23376436	30	2.0	30	83	0	75	41	6	23	28	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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