genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75906555--75906623	29	2.4	28	81	11	77	44	2	5	46	1.42
75912441--75912488	24	2.0	24	95	0	87	35	0	18	45	1.50
75917651--75917685	17	2.1	16	89	5	52	57	0	2	40	1.14
75922142--75922171	12	2.4	12	94	5	51	30	0	6	63	1.20
75923151--75923278	31	4.2	31	67	11	84	46	7	14	31	1.72
75923150--75923339	91	2.1	92	94	1	337	47	7	13	31	1.71
75932649--75933220	222	2.6	220	77	13	550	31	18	16	33	1.94
75936857--75936913	24	2.2	25	84	15	71	47	3	22	26	1.67
75954423--75954484	13	5.2	13	70	21	55	41	3	3	51	1.34
75954418--75954484	23	2.9	23	97	0	125	41	4	2	50	1.37
75954861--75954893	16	2.1	17	88	11	52	69	0	12	18	1.18
75960368--75960443	37	2.1	37	97	0	143	46	0	6	47	1.28
75961077--75961108	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
75961673--75961697	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
75963286--75963669	191	2.0	191	96	0	705	34	16	11	36	1.85
75965776--75965830	21	2.6	21	75	8	67	32	7	29	30	1.84
75969717--75969754	19	2.0	19	94	0	67	26	18	10	44	1.82
75971470--75971528	31	2.0	30	83	6	75	45	5	18	30	1.71
75971732--75971785	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
75971775--75971813	11	3.5	11	85	0	60	25	2	2	69	1.14
75973950--75974177	46	5.0	46	88	3	307	40	14	23	22	1.90
75979187--75979245	26	2.4	25	81	10	68	66	5	0	28	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75983878--75983938	13	4.7	13	81	0	77	36	29	9	24	1.88
75985952--75985990	21	1.9	20	89	5	60	61	2	0	35	1.10
75990499--75990549	25	2.0	25	100	0	102	27	19	11	41	1.86
75994984--75995024	18	2.3	18	83	4	57	17	0	31	51	1.46
75995024--75995091	26	2.6	26	97	0	127	45	0	13	41	1.43
75995216--75995589	125	3.0	125	83	5	418	36	15	17	29	1.91
75998690--75998778	29	3.1	29	67	23	89	51	5	4	38	1.46
75998697--75998794	27	3.6	27	70	22	87	57	5	4	33	1.40
75998680--75998810	56	2.4	55	89	5	210	53	5	3	38	1.39
75999229--75999263	18	1.9	18	88	0	52	42	2	25	28	1.69
75999318--75999385	30	2.3	30	76	0	73	14	19	38	27	1.91
75999882--75999921	7	5.7	7	87	0	62	55	12	2	30	1.50
75999882--75999921	21	1.9	21	94	0	71	55	12	2	30	1.50
76000845--76000943	48	2.0	49	88	1	146	56	3	6	34	1.39
76001088--76001153	10	6.4	10	74	6	51	39	0	25	34	1.56
76001091--76001150	22	2.8	22	73	14	63	43	0	26	30	1.55
76011258--76011320	30	2.1	30	93	0	108	23	4	12	58	1.53
76012002--76012056	29	2.0	29	89	7	87	36	1	14	47	1.55
76012155--76012425	135	2.0	135	91	1	445	43	8	4	43	1.54
76013395--76014062	262	2.5	262	95	0	1165	23	14	27	33	1.94
76023601--76023641	21	2.0	21	85	0	55	70	0	2	26	0.99
76040004--76040061	22	2.6	22	72	5	55	65	3	5	25	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76044286--76044315	12	2.4	12	94	5	51	30	0	6	63	1.20
76045291--76045418	31	4.2	31	67	11	84	46	7	14	31	1.72
76045290--76045478	91	2.1	91	94	2	335	47	7	13	31	1.71
76051918--76051956	20	2.0	20	84	0	51	48	0	12	38	1.42
76059140--76059205	33	2.0	33	96	0	123	40	6	22	30	1.78
76079263--76079290	11	2.5	11	100	0	56	32	21	10	35	1.88
76079543--76079617	9	7.9	9	74	11	51	45	4	0	50	1.20
76079543--76079620	20	4.0	20	69	14	56	46	3	0	50	1.20
76090178--76090270	18	5.2	18	82	0	114	32	12	23	31	1.92
76090178--76090270	36	2.6	36	85	0	132	32	12	23	31	1.92
76093530--76093572	18	2.4	18	92	7	70	44	0	0	55	0.99
76102446--76102485	20	2.0	20	100	0	80	45	15	15	25	1.84
76104876--76104906	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
76108679--76108724	20	2.3	20	96	0	83	10	8	30	50	1.68
76118456--76118490	19	1.9	17	88	11	52	45	0	0	54	0.99
76121232--76121311	35	2.3	35	79	14	85	27	2	3	66	1.22
76121985--76122040	27	2.1	27	96	0	103	28	19	10	41	1.85
76124796--76124867	28	2.4	30	81	9	94	48	5	4	41	1.45
76137412--76137457	24	2.0	23	84	12	60	63	0	6	30	1.20
76150546--76150597	20	2.5	20	90	3	86	25	15	11	48	1.78
76150620--76150666	20	2.3	20	92	0	76	53	8	10	27	1.64
76151080--76151147	34	2.0	34	100	0	136	38	14	14	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76159138--76159212	39	1.9	39	100	0	150	52	12	13	22	1.73
76161063--76161102	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
76163281--76163307	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
76169658--76169692	17	2.1	17	100	0	70	22	37	11	28	1.89
76173544--76173589	23	2.0	24	83	12	60	43	8	6	41	1.61
76176623--76176722	52	1.9	52	91	0	164	45	11	11	33	1.75
76176915--76176975	3	20.3	3	76	18	56	34	0	1	63	1.04
76176915--76176975	12	5.4	11	76	20	63	34	0	1	63	1.04
76178092--76178180	46	1.9	46	84	8	119	43	1	21	33	1.60
76178119--76178180	23	2.7	24	77	7	74	43	0	22	33	1.54
76178092--76178189	11	8.5	11	71	10	72	44	1	21	32	1.59
76179118--76179206	7	13.3	7	72	17	55	48	1	1	49	1.16
76179590--76179627	15	2.5	15	95	0	67	42	5	34	18	1.73
76185340--76185435	41	2.5	39	77	15	101	51	1	1	46	1.14
76185347--76185435	7	13.3	7	74	17	64	49	1	1	48	1.16
76190933--76190959	4	6.8	4	100	0	54	51	0	0	48	1.00
76199129--76199211	12	7.3	11	79	12	64	60	3	0	36	1.14
76199131--76199212	36	2.3	36	83	10	105	59	3	0	36	1.15
76199125--76199212	23	3.8	22	79	11	79	61	3	0	35	1.13
76199179--76199209	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
76199272--76199322	21	2.4	22	80	9	61	66	0	3	29	1.09
76201005--76201273	86	3.1	85	66	18	219	26	19	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76200953--76201670	175	4.1	174	89	3	1049	26	19	19	34	1.95
76201351--76201619	86	3.1	86	65	17	210	25	18	20	35	1.95
76201009--76201670	342	1.9	342	92	0	1101	26	19	19	34	1.96
76206113--76206415	146	2.1	146	97	0	570	25	23	21	29	1.99
76211030--76211113	31	2.7	32	76	12	86	51	9	10	28	1.68
76216483--76216525	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
76216482--76216524	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
76217056--76217130	18	4.2	18	91	0	114	28	25	16	30	1.96
76221178--76221220	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
76221177--76221219	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
76222738--76222813	38	2.0	37	92	2	125	39	23	7	28	1.83
76224362--76224401	15	2.6	16	84	11	57	32	0	0	67	0.91
76224408--76224441	15	2.3	15	89	0	50	38	2	2	55	1.30
76224521--76224571	25	2.0	25	100	0	102	43	15	0	41	1.47
76224575--76224619	23	2.0	23	82	8	56	31	0	6	62	1.21
76226041--76226083	21	2.0	21	100	0	86	30	18	13	37	1.90
76228896--76228952	20	2.8	20	79	15	62	42	3	1	52	1.28
76229226--76229272	13	3.5	14	80	5	53	76	2	8	12	1.09
76233428--76233542	42	2.7	42	89	4	178	28	26	13	31	1.94
76233641--76233669	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
76233668--76233816	31	4.8	31	94	0	244	24	27	20	27	1.99
76233792--76233920	50	2.5	51	87	5	190	26	22	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76252592--76252633	21	2.0	22	85	4	59	38	0	2	59	1.10
76258602--76258683	8	10.2	8	75	22	52	71	2	2	23	1.09
76259616--76259833	18	11.7	18	67	12	64	37	15	12	35	1.85
76259607--76259675	36	1.9	36	87	0	102	40	14	7	37	1.74
76259697--76259881	71	2.6	71	77	6	203	37	16	11	34	1.85
76259696--76259897	18	11.3	18	77	7	160	38	15	10	35	1.82
76264930--76265228	152	2.0	152	85	0	409	35	11	8	44	1.72
76265094--76265348	87	2.9	87	82	2	316	36	10	9	43	1.73
76265289--76265530	83	3.0	81	78	9	260	31	12	8	46	1.72
76268467--76269282	87	9.5	87	78	8	683	31	12	11	44	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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