genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27647533--27647595	24	2.6	22	75	20	56	12	22	0	65	1.26
27647576--27647600	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
27647602--27647633	12	2.7	12	95	0	55	25	18	12	43	1.85
27647681--27647737	5	11.0	5	78	17	55	3	17	0	78	0.88
27648649--27648689	10	3.5	12	83	16	50	12	2	4	80	0.97
27648648--27648690	21	2.0	21	86	0	59	16	2	4	76	1.05
27649974--27650011	13	2.9	13	96	0	67	39	15	28	15	1.89
27661949--27661982	17	2.0	17	94	0	59	20	11	8	58	1.59
27666046--27666112	34	2.0	34	88	5	100	25	23	26	23	2.00
27672866--27672890	12	2.1	12	100	0	50	44	24	8	24	1.80
27676903--27676999	40	2.4	40	92	0	167	29	25	16	27	1.97
27679646--27679771	46	2.7	46	93	0	207	29	27	22	20	1.98
27679651--27679790	46	3.0	45	87	4	131	28	28	21	21	1.99
27685195--27685280	46	1.9	45	85	4	120	30	27	19	22	1.98
27701905--27701981	29	2.7	29	87	0	109	29	28	16	24	1.97
27702187--27702221	16	2.2	16	94	0	61	11	20	17	51	1.75
27706152--27706191	20	2.0	20	100	0	80	35	5	10	50	1.58
27713022--27713143	47	2.6	47	96	0	217	36	13	24	25	1.91
27713130--27713316	55	3.4	54	77	6	171	36	17	24	21	1.94
27717948--27718173	50	4.5	50	79	9	201	25	16	26	30	1.97
27718273--27718324	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
27724327--27724378	27	1.9	27	100	0	104	34	5	21	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27725480--27725655	51	3.5	48	79	13	187	26	19	25	28	1.99
27735239--27735413	46	3.8	46	77	7	201	28	25	21	24	1.99
27735244--27735414	93	1.8	93	92	0	288	28	26	21	23	1.99
27742834--27743004	93	1.8	93	92	0	288	29	26	21	22	1.99
27742829--27743001	46	3.7	46	75	13	174	30	26	20	23	1.99
27753579--27753754	46	3.8	46	75	10	178	23	20	25	30	1.98
27753576--27753747	93	1.8	93	88	0	263	24	20	25	29	1.99
27757746--27757780	18	2.0	17	88	5	52	11	17	5	65	1.43
27759955--27759986	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
27766310--27766356	21	2.2	21	100	0	94	36	27	12	23	1.91
27766460--27766621	42	3.8	42	70	4	128	30	22	16	30	1.96
27771882--27771916	17	2.1	17	94	0	61	42	14	5	37	1.69
27773787--27774032	49	4.9	50	81	2	289	26	17	26	28	1.98
27776371--27776532	42	3.8	42	72	8	121	31	25	13	29	1.94
27778196--27778290	43	2.2	43	83	3	120	32	27	15	24	1.95
27792081--27792114	16	2.1	16	100	0	68	17	11	26	44	1.83
27794179--27794358	88	2.1	87	95	1	324	25	22	12	38	1.90
27797575--27797613	14	2.7	15	85	14	55	58	2	0	38	1.12
27797578--27797608	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
27801202--27801253	26	2.0	26	84	0	68	15	13	34	36	1.87
27802668--27802703	11	3.0	13	80	19	51	69	0	0	30	0.89
27804725--27804754	15	1.9	16	93	6	53	36	16	0	46	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27811925--27811954	15	1.9	16	93	6	53	36	16	0	46	1.47
27821096--27821300	3	69.3	3	70	16	99	61	3	6	28	1.37
27821370--27821414	21	2.1	21	87	0	63	64	0	6	28	1.19
27823315--27823353	20	2.0	20	89	0	60	58	0	5	35	1.20
27826122--27826335	41	5.2	41	80	5	245	35	23	20	20	1.95
27826126--27826335	81	2.6	81	82	6	253	36	23	19	20	1.95
27826393--27826445	23	2.3	23	83	6	72	47	33	0	18	1.49
27826368--27826474	29	3.6	29	70	18	85	48	29	0	21	1.50
27826393--27826474	7	11.0	7	69	20	51	46	32	0	20	1.51
27826582--27826645	7	9.0	7	75	10	58	23	0	26	50	1.50
27826598--27826643	15	3.1	16	84	12	62	19	0	26	54	1.44
27832941--27833009	21	3.0	23	75	12	61	24	36	7	31	1.83
27835471--27835502	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
27837731--27837846	31	3.7	31	94	0	205	30	17	25	26	1.97
27837888--27837979	18	5.1	18	68	0	67	33	16	14	35	1.88
27837888--27837979	36	2.6	36	82	0	94	33	16	14	35	1.88
27840264--27840349	9	9.6	9	89	0	118	45	22	6	25	1.77
27840370--27840422	6	8.5	6	83	8	70	16	0	5	77	0.96
27840447--27840471	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
27842882--27842986	52	2.0	52	100	0	210	40	11	9	39	1.74
27842885--27842971	23	3.5	24	70	23	81	43	8	9	39	1.66
27847570--27847599	8	3.6	8	91	8	51	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27847526--27847599	17	4.4	17	72	13	64	70	2	0	27	1.01
27847538--27847604	10	6.9	10	71	17	52	71	1	0	26	0.94
27850955--27851030	37	2.1	37	87	0	107	26	31	18	23	1.97
27851151--27851681	47	11.2	47	93	1	846	29	30	8	31	1.87
27851151--27851681	143	3.7	142	91	2	859	29	30	8	31	1.87
27851151--27851681	190	2.8	188	91	2	846	29	30	8	31	1.87
27855197--27855330	46	3.0	44	78	10	119	25	18	32	23	1.97
27859276--27859346	28	2.5	28	88	4	99	30	12	23	32	1.92
27863852--27863890	21	1.9	21	89	5	62	33	25	7	33	1.84
27868685--27868753	28	2.5	28	90	4	104	27	13	26	33	1.93
27874822--27874986	46	3.5	47	82	12	189	30	18	27	23	1.98
27874728--27875088	47	7.7	47	72	12	201	28	20	28	22	1.99
27874728--27875089	138	2.6	138	80	8	347	28	20	28	22	1.98
27876863--27877080	79	2.7	80	81	7	239	26	27	21	25	1.99
27876877--27877080	40	5.1	40	82	7	245	25	27	22	24	2.00
27879557--27879596	21	2.0	20	85	5	53	12	37	27	22	1.90
27883620--27883663	20	2.3	19	84	15	63	36	4	0	59	1.18
27885195--27885382	100	1.9	100	94	0	331	25	19	25	29	1.99
27885092--27885387	49	5.9	49	79	3	295	26	17	26	29	1.98
27892957--27893101	40	3.6	40	81	8	168	24	26	24	24	2.00
27894294--27894369	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
27901007--27901150	40	3.6	40	85	5	184	23	26	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27902337--27902405	36	1.9	36	94	5	122	31	23	14	30	1.94
27914855--27915037	40	4.6	40	92	1	278	25	27	23	23	2.00
27914855--27915037	79	2.3	80	90	0	278	25	27	23	23	2.00
27914855--27915077	40	5.6	38	80	8	189	25	28	22	23	1.99
27918356--27918540	40	4.6	39	80	6	194	24	22	27	25	2.00
27918356--27918539	79	2.3	81	82	7	216	25	22	26	25	2.00
27918386--27918573	79	2.4	77	77	10	182	27	21	26	23	1.99
27925041--27925225	40	4.7	40	80	7	200	24	23	27	24	2.00
27925041--27925224	79	2.3	81	82	7	216	25	23	26	25	2.00
27925042--27925258	40	5.5	40	78	11	126	26	23	27	23	2.00
27925094--27925258	79	2.1	79	82	6	192	26	22	27	23	2.00
27932682--27932906	40	5.7	39	88	3	281	25	28	23	23	1.99
27938296--27938357	28	2.2	29	88	2	90	25	11	32	30	1.91
27941641--27941790	41	3.7	41	80	5	169	31	29	13	26	1.94
27946672--27947026	47	7.6	45	74	12	256	22	28	20	28	1.98
27946663--27947020	94	3.8	93	77	10	295	22	28	20	28	1.98
27949011--27949063	18	2.8	18	75	18	54	60	1	7	30	1.35
27953811--27953927	27	4.3	27	84	0	135	27	24	7	40	1.82
27953948--27954071	27	4.6	27	83	4	153	43	21	5	29	1.75
27953948--27954149	54	3.7	53	77	11	194	42	18	6	32	1.76
27953973--27954130	27	5.8	26	78	9	113	44	18	5	31	1.73
27955063--27955131	25	2.8	25	86	6	95	21	27	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27955279--27955412	42	3.2	42	97	2	252	31	14	20	34	1.92
27955436--27955611	31	5.7	31	93	2	302	30	16	25	27	1.97
27955436--27955611	92	1.9	92	95	2	318	30	16	25	27	1.97
27955436--27955611	61	2.9	62	92	2	302	30	16	25	27	1.97
27966407--27966449	18	2.3	18	84	11	52	34	4	0	60	1.17
27969090--27969135	22	2.0	24	84	16	62	54	0	6	39	1.26
27969192--27969233	16	2.6	16	85	7	59	52	0	2	45	1.13
27969189--27969235	22	2.2	22	85	14	64	53	0	2	44	1.12
27969090--27969259	92	1.8	93	82	9	222	48	5	3	41	1.44
27973933--27974022	27	3.2	27	82	7	110	31	23	25	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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