genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23385781--23385822	18	2.3	19	80	12	52	76	0	7	16	1.00
23385790--23385830	6	6.7	6	85	2	55	75	0	4	19	0.98
23387133--23387189	29	1.9	30	89	3	89	56	22	1	19	1.51
23407650--23407709	30	2.0	30	83	3	77	38	6	25	30	1.81
23408369--23408627	68	3.9	64	76	14	233	30	16	28	24	1.97
23412082--23412157	39	1.9	39	97	0	143	35	17	18	28	1.93
23415170--23415389	40	5.5	40	92	2	345	27	29	23	20	1.99
23423489--23423704	40	5.4	40	89	3	294	28	28	21	21	1.98
23423489--23423704	79	2.7	79	86	5	283	28	28	21	21	1.98
23423489--23423704	119	1.8	120	88	3	337	28	28	21	21	1.98
23427676--23427719	23	1.9	24	81	9	56	31	0	29	38	1.58
23431974--23432158	40	4.6	39	81	5	194	24	22	28	25	1.99
23431974--23432156	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
23432027--23432181	79	2.0	79	81	7	181	25	20	28	25	1.99
23440823--23441015	39	4.9	39	85	0	233	34	15	32	18	1.92
23440901--23441012	19	5.8	20	73	13	90	31	16	36	15	1.90
23440817--23441014	78	2.5	78	86	0	261	33	16	32	17	1.92
23442650--23442679	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
23446169--23446198	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
23450632--23450801	47	3.6	48	82	8	158	30	20	28	20	1.97
23450540--23450803	140	1.9	141	80	7	313	28	20	29	21	1.98
23458196--23458312	46	2.5	45	81	9	128	30	15	29	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23458145--23458367	47	4.8	48	74	9	133	28	19	30	21	1.98
23467979--23468022	21	2.0	23	87	12	67	50	11	9	29	1.69
23474739--23474812	29	2.6	29	82	0	94	22	18	24	33	1.97
23475920--23475959	20	1.9	22	85	10	57	62	2	12	22	1.42
23479350--23479380	15	2.1	15	93	0	53	6	19	16	58	1.59
23486074--23486125	19	2.9	17	72	10	59	36	17	21	25	1.94
23492107--23492192	29	3.0	29	73	13	95	23	15	24	37	1.93
23500427--23500637	106	2.0	106	95	0	377	38	16	20	25	1.92
23502555--23502587	17	2.0	17	88	5	50	39	3	6	51	1.42
23503542--23503648	37	2.9	37	79	5	126	43	14	14	27	1.84
23507171--23507354	40	4.6	40	83	5	237	25	22	26	25	2.00
23510815--23510859	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
23518169--23518238	35	2.0	35	94	0	122	15	0	30	54	1.42
23522917--23522959	22	2.0	22	100	0	86	55	0	41	2	1.12
23525162--23525279	43	2.7	43	85	0	155	15	23	31	29	1.95
23525586--23525696	45	2.5	42	80	12	125	25	22	25	27	2.00
23527194--23527278	39	2.2	40	93	2	145	29	20	11	38	1.88
23527807--23527845	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
23530770--23530870	27	3.7	27	83	0	112	36	13	18	30	1.90
23530859--23531206	27	12.9	27	80	7	244	39	16	10	33	1.83
23530867--23531206	54	6.3	54	79	5	276	39	16	10	33	1.83
23530859--23531228	81	4.6	81	77	6	304	38	17	10	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23531457--23531578	41	3.0	41	88	0	172	21	20	28	29	1.98
23531720--23531785	22	3.0	22	76	8	62	21	24	22	31	1.98
23531980--23532028	22	2.2	22	89	7	73	12	20	24	42	1.86
23532904--23532928	13	1.9	13	100	0	50	60	0	24	16	1.36
23536073--23536469	45	8.8	44	75	8	266	20	19	16	43	1.88
23536073--23536268	91	2.2	90	84	6	245	18	20	15	45	1.85
23538025--23538076	27	1.9	27	88	0	77	25	19	23	32	1.97
23538060--23538128	28	2.5	27	88	6	86	37	15	26	20	1.93
23538067--23538133	28	2.4	29	87	7	102	34	16	26	22	1.95
23543470--23543531	30	2.1	30	100	0	124	43	16	16	24	1.87
23545948--23546151	40	5.1	40	86	5	177	27	29	21	21	1.98
23545973--23546191	79	2.7	80	89	4	327	27	29	22	20	1.98
23545973--23546191	40	5.5	40	90	3	327	27	29	22	20	1.98
23561032--23561143	27	4.1	27	77	7	120	22	28	16	32	1.96
23561032--23561153	54	2.3	54	86	2	165	22	27	18	31	1.97
23563529--23563778	40	6.3	40	93	0	385	23	20	29	26	1.99
23563476--23563778	120	2.5	119	86	2	392	24	20	28	26	1.99
23571519--23571768	40	6.3	40	94	0	394	23	20	29	26	1.99
23571466--23571768	120	2.5	119	86	2	401	24	20	28	26	1.99
23573772--23573857	39	2.2	39	77	4	93	40	20	8	30	1.82
23574019--23574085	24	2.9	23	81	2	80	37	19	20	22	1.95
23575376--23575642	133	2.0	133	97	0	507	22	23	19	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23579661--23579844	40	4.6	40	82	9	207	23	22	28	25	1.99
23579713--23579867	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
23582668--23582773	55	1.9	55	84	3	142	17	26	30	25	1.98
23585951--23586158	39	5.3	39	90	1	301	18	23	27	30	1.98
23599429--23599659	109	2.1	109	92	0	381	25	29	25	19	1.98
23600990--23601160	43	4.0	43	78	6	132	33	26	14	25	1.94
23622739--23622803	28	2.3	28	89	5	96	33	26	7	32	1.85
23622909--23622998	28	3.2	27	80	13	103	20	23	24	32	1.98
23622909--23622998	27	3.2	28	78	13	105	20	23	24	32	1.98
23624083--23624116	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
23630712--23630801	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
23630712--23630826	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
23631265--23631303	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
23636869--23636932	27	2.3	28	91	2	103	32	28	7	31	1.85
23637037--23637125	26	3.2	28	84	10	121	19	24	23	32	1.97
23637037--23637150	26	4.1	28	82	7	119	18	24	21	35	1.96
23637587--23637625	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
23638205--23638238	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
23644713--23644775	27	2.3	27	86	5	83	31	26	7	33	1.85
23644881--23644970	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
23644881--23644995	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
23645431--23645469	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23649193--23649304	40	2.8	40	82	2	127	32	12	15	40	1.84
23649193--23649329	40	3.4	41	78	6	113	32	12	17	37	1.87
23653502--23653541	21	1.9	21	89	0	62	85	12	0	2	0.71
23653504--23653533	13	2.3	13	94	0	51	83	16	0	0	0.65
23653959--23654273	42	7.5	42	86	3	413	20	18	22	38	1.93
23654259--23654289	16	1.9	16	93	0	53	19	16	9	54	1.68
23654214--23654331	58	2.0	58	85	0	155	19	16	17	45	1.85
23654129--23654406	142	2.0	141	91	3	452	21	16	20	41	1.90
23654270--23654407	42	3.3	42	77	4	134	21	17	19	42	1.90
23654414--23654444	16	1.9	16	100	0	62	25	19	3	51	1.62
23657368--23657463	22	4.4	22	95	0	156	15	41	27	15	1.87
23658061--23658444	152	2.6	149	84	4	477	41	4	10	42	1.60
23658484--23658522	20	2.0	20	89	0	60	51	2	12	33	1.54
23659057--23659092	10	3.5	10	85	7	54	19	5	0	75	1.00
23659057--23659105	21	2.3	21	86	10	64	18	8	2	71	1.21
23662814--23662858	21	2.1	21	91	0	72	53	15	4	26	1.61
23663513--23663556	23	1.9	23	95	0	79	29	4	11	54	1.56
23664033--23664091	29	2.0	30	83	3	75	49	13	8	28	1.71
23666477--23666503	11	2.5	11	100	0	54	74	7	0	18	1.05
23669231--23669281	23	2.4	21	87	9	68	47	27	1	23	1.63
23669647--23669678	16	2.0	16	100	0	64	62	0	6	31	1.20
23690075--23690150	40	1.9	40	86	0	107	19	17	34	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23690159--23690235	28	2.8	28	77	0	82	29	9	28	32	1.88
23692630--23692768	37	3.8	36	81	8	149	28	17	28	25	1.97
23692739--23693077	48	7.7	42	77	12	208	27	16	25	30	1.97
23692763--23692948	48	3.9	48	91	1	284	30	16	24	29	1.97
23692905--23693057	82	1.9	82	80	2	182	25	15	28	31	1.95
23696613--23696688	40	1.9	40	88	0	116	19	17	32	30	1.95
23696702--23696766	28	2.3	28	86	0	94	33	12	23	30	1.91
23700301--23700428	47	2.7	47	80	0	148	20	13	30	35	1.91
23703024--23703145	23	5.2	23	61	24	58	31	6	31	29	1.83
23703008--23703293	47	6.1	47	92	0	419	32	8	31	27	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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