genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1914030--1914133	27	3.9	27	83	0	127	15	20	39	25	1.91
1915984--1916035	27	1.9	27	100	0	104	42	3	23	30	1.72
1919162--1919317	43	3.6	43	73	10	149	24	17	25	32	1.97
1933308--1933465	27	5.9	27	80	11	173	34	21	24	19	1.96
1933325--1933468	54	2.7	54	93	2	236	34	22	24	18	1.96
1935062--1935169	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
1938074--1938116	19	2.3	18	96	4	77	25	39	0	34	1.56
1940275--1940433	27	5.9	27	80	11	175	34	22	23	19	1.96
1940293--1940436	54	2.7	54	93	2	236	34	22	24	18	1.96
1942030--1942137	26	4.2	26	90	0	171	37	23	6	33	1.80
1949127--1949156	15	1.9	16	93	6	53	66	10	6	16	1.41
1958907--1959136	55	4.1	56	79	7	205	48	16	9	26	1.75
1958907--1958985	18	4.3	18	72	20	56	51	17	5	25	1.65
1958907--1959123	61	3.8	58	79	6	201	49	15	9	25	1.74
1959374--1959407	17	2.0	17	100	0	68	52	11	0	35	1.38
1974736--1974786	23	2.2	23	100	0	102	52	3	0	43	1.19
1983062--1983100	20	2.0	20	90	5	62	28	12	10	48	1.74
1983321--1983363	20	2.3	19	88	11	63	20	6	9	62	1.48
1999682--1999717	10	3.6	10	84	0	54	16	2	2	77	1.00
1999786--1999820	17	1.9	19	88	11	56	20	2	11	65	1.37
2002741--2002787	23	2.0	23	100	0	94	42	29	4	23	1.73
2003520--2003586	18	3.6	17	75	15	62	28	2	17	50	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2003520--2003594	38	2.0	38	83	0	96	29	4	16	50	1.62
2008304--2008527	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
2008446--2008597	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
2015856--2016079	104	2.2	104	92	1	369	18	19	31	31	1.95
2015998--2016149	71	2.1	72	91	1	243	23	17	28	30	1.97
2026022--2026122	51	2.0	50	94	1	175	60	11	7	19	1.56
2030854--2030906	20	2.7	19	76	5	61	35	9	11	43	1.73
2033011--2033060	21	2.3	21	80	13	57	38	0	34	28	1.57
2036418--2036471	27	2.0	27	100	0	108	29	29	7	33	1.85
2037453--2037611	27	5.9	27	80	11	175	34	22	24	18	1.96
2037471--2037611	54	2.6	54	90	2	221	34	24	24	17	1.95
2037717--2037779	26	2.3	26	83	5	72	28	9	26	34	1.88
2039219--2039300	26	3.2	26	92	0	146	36	25	6	31	1.81
2040902--2040933	6	5.5	6	92	7	57	84	0	15	0	0.63
2042377--2042420	19	2.3	18	80	7	52	65	15	0	18	1.27
2042378--2042420	20	2.3	19	80	8	52	67	13	0	18	1.23
2042688--2042723	18	2.1	17	94	5	63	38	16	22	22	1.93
2042601--2043396	400	2.0	394	90	2	1265	33	25	16	25	1.96
2043488--2043550	27	2.3	27	86	5	92	39	19	14	26	1.90
2053626--2053680	6	9.3	6	96	4	103	83	0	0	16	0.64
2053630--2053679	23	2.2	23	100	0	100	84	0	0	16	0.63
2062883--2062930	20	2.4	20	92	0	78	35	0	25	39	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2062957--2063219	76	3.5	75	81	4	296	20	22	20	36	1.95
2068383--2068448	31	2.2	31	97	2	125	22	7	12	57	1.60
2068393--2068443	16	3.2	16	66	5	50	17	5	9	66	1.40
2069415--2069442	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
2070066--2070117	26	2.0	26	100	0	104	38	3	26	30	1.74
2070662--2070766	50	2.1	50	94	0	183	24	25	17	32	1.97
2070678--2070771	25	3.8	25	72	2	91	21	26	18	34	1.96
2071922--2071987	30	2.2	30	83	5	89	28	28	24	18	1.98
2086058--2086323	46	6.0	46	85	7	343	21	24	15	37	1.93
2086237--2086312	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
2097137--2097172	18	2.0	18	89	10	56	33	5	5	55	1.46
2098690--2098732	21	2.0	21	82	17	52	44	16	9	30	1.79
2106448--2106498	14	3.6	15	79	10	54	39	5	11	43	1.66
2113520--2113571	21	2.4	21	72	15	52	7	11	25	55	1.61
2115895--2115965	31	2.3	31	85	4	99	30	12	21	35	1.91
2127527--2127566	20	2.0	20	85	0	53	37	15	7	40	1.75
2128328--2128401	31	2.4	30	82	8	94	54	5	0	40	1.24
2132572--2132669	49	2.0	49	97	0	187	41	6	13	38	1.69
2136397--2136538	66	2.2	66	98	0	275	16	25	13	45	1.83
2139205--2139248	12	3.7	12	90	0	70	6	20	43	29	1.78
2157206--2157230	12	2.1	12	100	0	50	36	8	0	56	1.29
2159863--2159935	36	2.0	36	100	0	146	47	8	21	21	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2164061--2164085	13	1.9	13	100	0	50	8	44	32	16	1.76
2164263--2164287	11	2.3	11	100	0	50	8	16	16	60	1.58
2164528--2164638	42	2.6	42	85	0	132	44	15	21	18	1.87
2172331--2172371	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2178535--2178651	19	6.7	19	75	20	121	66	0	0	31	1.03
2178535--2178661	33	3.8	33	86	10	170	66	0	0	32	1.03
2178527--2178659	68	1.9	69	86	10	191	64	1	0	33	1.08
2178649--2178687	21	2.0	21	85	10	55	46	2	2	48	1.29
2178694--2178752	30	2.0	30	90	6	93	62	1	0	35	1.05
2178907--2178965	30	2.0	30	86	0	82	59	6	15	18	1.58
2179945--2179977	17	1.9	17	93	0	57	9	0	21	69	1.15
2180188--2180644	45	10.2	45	69	11	301	27	25	14	32	1.95
2180167--2180613	90	5.0	90	90	0	714	27	25	14	31	1.95
2180427--2180821	211	1.9	211	90	1	630	27	25	15	31	1.95
2180517--2180736	121	1.8	121	89	0	314	27	26	15	30	1.96
2180336--2180911	301	1.9	301	90	0	909	27	25	15	31	1.95
2180637--2180945	45	6.8	46	66	16	180	27	26	15	31	1.96
2180637--2180943	90	3.4	90	88	0	470	27	26	15	30	1.96
2189206--2189317	34	3.2	34	67	16	102	48	8	3	40	1.50
2191122--2191163	20	2.0	20	82	13	50	40	2	0	57	1.12
2191258--2191290	11	3.1	11	82	8	50	42	0	0	57	0.98
2191262--2191328	28	2.5	27	79	11	75	44	2	0	52	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192042--2192095	15	3.3	15	74	18	54	44	0	1	53	1.11
2192128--2192164	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
2192458--2192495	19	2.0	19	85	10	51	31	15	10	42	1.81
2192953--2192985	17	2.0	16	94	5	57	69	0	0	30	0.88
2193014--2193058	24	1.9	23	90	4	72	55	4	8	31	1.51
2193049--2193083	18	1.9	18	88	0	52	45	0	5	48	1.26
2193061--2193114	24	2.2	24	100	0	108	38	0	9	51	1.34
2193142--2193198	14	4.2	13	77	8	53	77	1	14	7	1.06
2193146--2193198	26	2.1	25	82	10	63	77	1	15	5	1.04
2194067--2194097	16	2.0	16	93	6	55	48	0	12	38	1.42
2195847--2195888	21	2.0	21	81	9	50	69	7	7	16	1.34
2196963--2197337	34	11.1	33	81	7	389	36	18	14	30	1.91
2198808--2198890	34	2.4	34	84	4	96	37	13	13	36	1.83
2198898--2198963	15	4.4	15	84	0	87	31	21	13	33	1.92
2204940--2204968	5	5.8	5	100	0	58	37	20	0	41	1.53
2207210--2207243	6	5.7	6	90	10	52	0	14	0	85	0.60
2208381--2208432	22	2.3	23	75	21	56	13	13	17	55	1.69
2210591--2210813	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
2210745--2210822	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
2218483--2218705	40	5.6	40	84	3	227	26	27	20	24	1.99
2218637--2218714	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
2226348--2226390	23	1.9	22	85	4	59	16	6	27	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2233207--2233311	43	2.5	43	81	7	126	26	20	20	33	1.97
2234041--2234083	23	1.9	22	85	4	59	16	6	27	48	1.71
2237568--2237599	5	6.4	5	92	0	55	65	0	15	18	1.27
2240885--2241012	48	2.6	47	84	9	143	26	29	17	26	1.97
2242592--2242777	67	2.8	67	80	9	177	31	16	29	22	1.95
2242616--2242799	67	2.8	64	77	8	194	29	16	29	23	1.96
2244580--2244884	48	6.4	48	87	0	423	29	30	16	23	1.96
2256159--2256413	55	4.8	54	78	10	251	36	17	24	21	1.94
2256166--2256366	108	1.8	110	88	4	309	34	17	24	22	1.96
2256471--2256499	5	5.8	5	100	0	58	41	0	37	20	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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