genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7568947--7569000	28	2.0	26	85	7	72	57	0	1	40	1.09
7568943--7569008	27	2.4	28	80	10	73	54	1	1	42	1.18
7568976--7569247	34	7.9	33	73	14	169	52	1	2	43	1.24
7568976--7569213	69	3.5	69	70	16	199	52	2	2	43	1.26
7569088--7569156	14	4.5	14	71	25	59	55	0	1	43	1.08
7569120--7569150	13	2.3	14	94	5	55	54	0	3	41	1.16
7569092--7569157	13	5.4	13	73	10	50	56	0	1	42	1.08
7569091--7569156	15	4.2	15	71	17	53	57	0	1	40	1.08
7569191--7569226	13	2.8	14	88	12	51	63	0	0	36	0.94
7569203--7569269	21	3.0	22	79	12	66	55	4	0	40	1.20
7569205--7569269	23	2.8	24	78	15	66	53	4	0	41	1.21
7569325--7569394	19	3.7	18	76	12	52	74	1	7	17	1.11
7569492--7569544	13	4.2	13	87	4	81	22	0	0	77	0.77
7569492--7569542	6	8.2	6	87	8	75	21	0	0	78	0.75
7569785--7569838	18	3.1	18	76	5	58	48	0	0	51	1.00
7569788--7569846	25	2.2	26	88	8	84	55	0	0	44	0.99
7569818--7569859	14	3.0	14	82	0	57	52	0	0	47	1.00
7569824--7569878	21	2.6	21	86	8	76	56	1	0	41	1.10
7569798--7569890	48	1.9	48	82	8	118	55	1	0	43	1.06
7569858--7569938	13	6.6	13	71	19	50	55	2	0	41	1.13
7569971--7570016	8	5.5	8	82	7	56	76	4	8	10	1.15
7569958--7570017	9	6.9	9	73	21	56	75	3	11	10	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7569971--7570022	17	3.2	16	86	10	70	78	3	7	9	1.06
7579521--7579556	13	2.9	12	84	8	54	19	5	19	55	1.62
7591229--7591281	17	3.4	17	66	28	53	28	35	24	11	1.90
7591230--7591297	30	2.3	30	100	0	136	27	35	25	11	1.91
7591240--7591293	17	3.4	17	72	27	64	27	33	25	12	1.93
7595744--7596044	46	6.7	46	86	6	404	38	15	24	22	1.92
7595698--7596000	84	3.5	84	91	3	462	36	15	24	23	1.93
7596305--7596351	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
7601547--7601717	93	1.8	93	91	2	281	27	29	21	21	1.99
7601539--7601713	46	3.8	45	78	10	192	28	29	21	21	1.99
7601544--7601733	46	4.1	46	71	20	128	27	28	21	22	1.99
7611567--7611598	13	2.4	14	94	5	57	15	9	0	75	1.05
7625251--7625351	30	3.4	30	79	5	89	40	14	14	29	1.87
7625276--7625351	30	2.5	31	84	2	91	43	10	14	31	1.79
7625995--7626057	29	2.2	29	82	0	72	38	12	7	41	1.73
7627894--7627939	18	2.5	18	82	3	56	47	13	13	26	1.78
7630360--7630399	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
7630400--7630432	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
7638061--7638102	12	3.5	12	83	6	50	26	21	45	7	1.77
7644387--7644421	18	1.9	18	94	0	61	25	0	71	2	1.00
7644374--7644435	24	2.6	24	84	0	79	24	3	67	4	1.25
7647852--7647928	37	2.1	37	95	0	136	19	20	10	49	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7649501--7649531	14	2.2	14	94	0	53	9	0	29	61	1.28
7650965--7651008	17	2.6	17	81	0	52	11	13	6	68	1.39
7654003--7654383	198	1.9	198	98	0	744	38	22	8	30	1.85
7656113--7656177	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
7665511--7665553	18	2.4	19	80	11	54	20	0	0	79	0.74
7665520--7665558	10	3.8	10	80	6	51	20	0	0	79	0.73
7668789--7668949	6	27.0	6	66	16	50	60	4	6	27	1.41
7668789--7668829	15	2.7	15	88	0	64	63	0	4	31	1.15
7668793--7668850	24	2.4	24	82	0	71	56	1	6	34	1.36
7669555--7669760	3	68.7	3	72	11	127	59	3	5	31	1.36
7671591--7671621	15	2.1	15	93	0	53	51	0	0	48	1.00
7671600--7671685	3	27.7	3	79	11	93	37	2	2	58	1.24
7672961--7673013	17	3.2	17	84	7	56	45	0	20	33	1.52
7676828--7676862	14	2.4	15	95	4	63	28	2	5	62	1.32
7677845--7677909	24	2.7	25	73	20	66	33	9	4	52	1.54
7680330--7680479	58	2.6	58	74	11	144	43	14	16	26	1.86
7684606--7684632	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
7685820--7685850	3	10.3	3	92	0	53	0	32	0	67	0.91
7686179--7686239	13	4.5	13	76	12	52	55	0	4	39	1.21
7686200--7686239	13	3.1	13	85	0	53	62	0	2	35	1.09
7686593--7686627	16	2.2	16	89	0	52	68	0	8	22	1.16
7686595--7686637	22	2.0	22	85	0	59	65	0	9	25	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7686636--7686685	21	2.4	21	80	3	57	42	4	6	48	1.46
7688924--7688966	18	2.4	18	88	7	61	58	2	9	30	1.42
7690742--7690789	26	1.9	24	87	8	69	64	4	0	31	1.12
7690760--7690818	21	2.8	22	82	7	61	67	6	1	23	1.24
7691307--7691340	15	2.3	15	89	0	50	88	0	8	2	0.62
7696874--7697099	112	2.0	112	100	0	452	45	9	16	28	1.79
7698760--7698842	43	1.9	44	85	2	114	34	9	7	48	1.64
7707656--7707691	18	2.0	18	100	0	72	16	16	27	38	1.90
7707979--7708085	26	4.1	26	85	0	124	28	20	23	28	1.99
7713389--7713465	39	2.0	39	94	0	136	19	23	10	46	1.80
7717685--7717709	12	2.1	12	100	0	50	32	28	16	24	1.96
7734125--7734164	18	2.2	18	100	0	80	45	17	12	25	1.83
7741296--7741371	20	3.8	20	73	13	66	39	17	10	32	1.83
7741545--7741599	23	2.4	23	79	8	69	34	18	27	20	1.95
7741835--7741905	35	2.0	36	88	2	108	35	18	5	40	1.74
7746233--7746267	8	4.4	8	96	0	61	51	17	0	31	1.45
7747203--7747237	17	2.1	17	88	0	52	45	14	17	22	1.84
7747735--7747832	20	4.9	19	81	7	79	38	16	10	34	1.82
7747736--7747842	40	2.7	40	80	1	115	41	16	9	32	1.81
7747782--7747842	20	3.0	20	90	0	95	42	18	6	32	1.76
7748009--7748065	23	2.5	23	80	2	62	38	17	17	26	1.92
7761368--7761432	21	3.2	21	70	12	73	38	21	27	12	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7761350--7761450	39	2.6	39	91	0	175	38	23	24	12	1.90
7774808--7774904	37	2.6	37	85	4	115	29	14	19	36	1.92
7780339--7780382	8	5.6	8	79	15	56	59	0	0	40	0.98
7780339--7780379	5	8.0	5	84	15	57	58	0	0	41	0.98
7781538--7781594	25	2.3	25	96	0	105	36	0	15	47	1.46
7785679--7785741	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
7794500--7794593	23	4.1	23	83	0	125	47	5	24	22	1.71
7799007--7799100	23	4.1	23	83	0	125	47	5	24	22	1.71
7800782--7800896	45	2.9	36	78	20	140	32	11	17	39	1.85
7800793--7800884	45	2.0	45	95	0	166	30	11	15	42	1.83
7801505--7801551	21	2.2	22	96	3	87	17	23	17	42	1.88
7806222--7806246	13	1.9	13	100	0	50	16	28	40	16	1.89
7807746--7807784	17	2.2	18	90	4	62	43	12	5	38	1.65
7812829--7812867	18	2.2	17	86	4	51	46	10	2	41	1.51
7813727--7813769	20	2.2	19	83	4	50	58	0	2	39	1.11
7817265--7817353	43	2.1	43	81	8	101	74	5	16	3	1.15
7825182--7825227	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
7825194--7825237	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
7834601--7834631	16	1.9	16	100	0	62	45	0	0	54	0.99
7835271--7835313	22	1.9	23	85	4	61	51	4	2	41	1.35
7841290--7841335	3	15.7	3	86	13	69	32	2	0	65	1.05
7841290--7841332	17	2.4	18	92	3	70	32	2	0	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7842339--7842386	6	8.0	6	95	0	87	33	2	16	47	1.58
7845962--7845996	17	2.1	17	88	0	52	34	5	5	54	1.48
7846562--7846664	48	2.1	48	92	0	170	17	11	41	29	1.85
7846628--7846697	33	2.1	33	89	0	104	20	14	38	27	1.91
7850587--7850620	16	2.1	16	94	0	59	26	0	26	47	1.53
7852629--7852663	17	2.0	18	94	5	63	42	0	11	45	1.40
7854134--7854167	15	2.3	15	90	10	52	17	0	32	50	1.47
7854162--7854199	19	2.1	19	85	5	51	7	0	36	55	1.29
7855576--7855609	17	2.1	17	88	5	52	44	0	0	55	0.99
7861589--7861649	9	7.0	9	78	12	65	37	0	1	60	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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