Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  78  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
A
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G
T
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Indices
Period
Size
Copy
Number
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Percent
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Score
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10
83
13
51
21
18
31
28
1.97
25444228--25444288
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3.0
20
83
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27
14
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29
1.95
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18
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2
0.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25458212--25458246
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1.9
18
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57
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1.90
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16
26
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1.97
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12
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1.19
25479655--25479751
30
3.2
30
76
2
106
27
16
27
27
1.97
25481929--25481959
12
2.6
12
100
0
62
25
16
12
45
1.83
25487863--25487910
15
3.3
14
80
8
60
4
18
0
77
0.93
25487863--25487921
21
2.8
21
87
5
75
6
22
0
71
1.09
25488920--25488961
22
2.0
20
90
9
66
19
4
0
76
0.96
25490934--25491030
30
3.2
30
72
8
99
28
16
26
27
1.97
25490970--25491425
228
2.0
228
96
0
833
24
18
31
25
1.98
25497681--25497735
15
3.8
15
80
2
60
1
23
1
72
1.04
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25501688--25501784
30
3.2
30
75
2
106
28
15
26
28
1.96
25505598--25505629
12
2.8
12
95
4
57
6
15
0
78
0.95
25505711--25505760
6
8.2
6
81
16
50
2
20
2
76
0.99
25505700--25505770
37
1.9
37
86
11
101
2
18
2
76
1.04
25505696--25505756
16
3.8
16
77
14
63
3
19
1
75
1.03
25508464--25508560
30
3.2
30
75
2
106
27
15
27
28
1.96
25509394--25509437
15
2.9
15
76
10
54
2
11
4
81
0.92
25511455--25511505
22
2.3
21
86
6
66
35
33
3
27
1.75
25511460--25511522
21
3.0
21
85
2
72
34
31
3
30
1.74
25518235--25518331
30
3.2
30
76
2
106
27
27
16
27
1.97
25520872--25520933
11
6.0
10
75
20
65
77
1
17
3
0.98
25520865--25520933
16
4.6
14
77
15
66
76
2
17
2
1.03
25520872--25520933
5
12.0
5
79
16
65
77
1
17
3
0.98
25520876--25520933
31
1.9
30
86
10
82
77
1
17
3
0.99
25520993--25521077
30
2.8
30
80
5
82
62
2
21
14
1.43
25525545--25525642
30
3.2
30
75
5
99
29
26
15
28
1.96
25526199--25526255
29
2.0
29
86
6
80
24
21
15
38
1.92
25527856--25527905
13
3.6
13
80
15
55
72
2
6
20
1.16
25528998--25529112
12
9.2
12
71
16
58
70
4
18
6
1.27
25528982--25529055
18
4.0
18
76
3
76
71
5
16
6
1.26
25529063--25529112
14
3.6
14
82
12
59
74
2
18
6
1.12
25529062--25529118
27
2.2
26
87
9
80
70
1
19
8
1.23
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25529062--25529118
13
4.3
13
77
14
55
70
1
19
8
1.23
25529115--25529177
33
1.9
33
84
12
85
53
6
26
12
1.62
25530961--25531006
20
2.3
20
84
0
56
23
19
17
39
1.92
25530953--25531026
30
2.5
30
84
8
80
22
20
18
37
1.94
25531901--25531940
20
2.0
20
100
0
80
35
10
15
40
1.80
25534640--25534696
11
5.5
10
73
22
55
77
1
17
3
1.00
25534640--25534696
5
11.0
5
77
17
55
77
1
17
3
1.00
25534640--25534696
16
3.7
14
80
17
60
77
1
17
3
1.00
25534765--25534845
12
6.8
12
73
5
56
66
1
20
11
1.29
25534765--25534846
30
2.7
31
79
5
96
65
1
20
12
1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259