genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74921675--74921972	155	1.9	160	83	6	392	29	16	20	34	1.94
74922070--74922107	14	2.8	13	84	7	58	28	15	7	47	1.74
74921837--74922137	89	3.5	88	78	9	305	29	16	18	35	1.93
74923936--74923983	22	2.2	22	82	14	55	27	6	0	66	1.15
74924006--74924070	12	5.3	13	68	24	52	35	0	7	56	1.28
74924020--74924070	23	2.3	22	86	3	75	35	0	5	58	1.22
74924107--74924181	30	2.5	30	81	10	82	34	2	6	56	1.40
74924153--74924208	24	2.3	25	82	14	64	30	3	8	57	1.47
74924265--74924301	19	1.9	19	94	0	65	32	13	2	51	1.55
74924348--74924402	18	2.9	18	81	5	56	38	3	0	58	1.16
74924368--74924407	18	2.1	20	90	9	66	37	0	0	62	0.95
74924367--74924401	9	3.9	9	84	0	52	40	0	0	60	0.97
74927414--74927450	18	2.1	18	89	0	56	54	18	13	13	1.71
74932114--74932142	13	2.1	14	93	6	51	68	3	0	27	1.05
74934137--74934463	124	2.6	125	81	6	385	38	17	17	27	1.92
74936107--74936152	24	1.9	24	82	8	58	69	0	6	23	1.11
74947855--74947892	18	2.1	19	90	5	60	60	0	0	39	0.97
74957912--74957971	29	2.1	27	84	6	75	48	0	1	50	1.11
74957924--74957981	29	2.0	29	82	0	71	55	1	1	41	1.20
74968196--74968235	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
74970413--74970471	30	2.0	30	83	6	75	35	5	6	52	1.50
74970427--74970488	30	2.0	31	82	14	76	32	3	9	54	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74976672--74976702	14	2.3	13	94	5	53	19	0	0	80	0.71
74981125--74981156	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
74981125--74981155	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
74982917--74982941	10	2.5	10	100	0	50	52	8	0	40	1.31
74988231--74988314	11	7.2	12	72	15	61	25	1	8	65	1.27
74988286--74988317	12	2.8	11	90	9	55	31	0	0	68	0.90
75000164--75000227	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
75000435--75000538	23	4.4	24	91	3	158	27	23	20	28	1.99
75000651--75000698	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
75007151--75007179	15	1.9	15	100	0	58	65	6	20	6	1.40
75007149--75007194	15	2.9	15	83	9	56	58	8	26	6	1.52
75007565--75007605	23	1.9	21	85	14	57	53	0	21	24	1.46
75007935--75007984	15	3.3	15	78	10	66	38	2	10	50	1.48
75008423--75008498	27	2.7	27	84	13	93	19	2	36	40	1.66
75008599--75008639	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
75010543--75010584	18	2.3	18	95	0	75	26	21	23	28	1.99
75010601--75010797	109	1.8	109	84	0	268	30	16	13	39	1.87
75010801--75010937	31	4.4	31	84	6	168	27	27	18	26	1.98
75010801--75010937	63	2.2	63	86	2	186	27	27	18	26	1.98
75020680--75022001	330	4.0	330	99	0	2599	28	13	15	42	1.85
75030976--75031039	32	2.0	32	100	0	128	28	6	15	50	1.68
75032997--75033043	22	2.2	21	88	3	67	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75033147--75033171	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
75035309--75035459	75	2.0	75	100	0	302	35	10	15	37	1.83
75040068--75040110	18	2.4	18	80	7	52	46	2	0	51	1.13
75050617--75050645	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
75053745--75053821	36	2.1	36	92	0	127	48	2	36	12	1.56
75055965--75056005	21	2.0	21	85	4	57	41	0	0	58	0.98
75057868--75058029	47	3.4	47	82	1	191	27	14	26	30	1.95
75063088--75063130	17	2.4	18	80	11	52	51	13	0	34	1.42
75065218--75065287	30	2.3	29	81	13	72	54	2	7	35	1.43
75065676--75065713	17	2.2	18	86	9	53	23	0	7	68	1.16
75078161--75078209	22	2.2	23	85	3	64	59	4	8	28	1.45
75085322--75085347	11	2.4	11	100	0	52	92	7	0	0	0.39
75089604--75089649	24	1.9	24	86	8	67	17	13	32	36	1.88
75090159--75090225	20	3.6	19	72	16	61	59	2	1	35	1.22
75091660--75091792	47	2.8	47	94	0	230	40	22	12	24	1.88
75092572--75092668	42	2.3	43	87	7	146	7	26	7	58	1.51
75094566--75094603	18	2.1	19	90	5	60	31	2	0	65	1.06
75095952--75096012	10	6.3	9	75	16	52	32	4	3	59	1.35
75103216--75103245	15	2.1	15	93	6	53	40	10	13	36	1.78
75110140--75110180	3	13.7	3	100	0	82	65	0	34	0	0.93
75116998--75117043	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
75116940--75117148	107	1.9	108	95	0	375	43	1	6	48	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75117105--75117146	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
75117362--75117413	16	3.2	16	88	0	86	38	36	1	23	1.66
75119598--75119790	103	1.9	103	81	10	241	41	4	4	49	1.43
75120763--75120808	23	2.0	22	87	4	65	41	10	4	43	1.59
75123665--75123702	18	2.1	18	95	0	67	52	13	0	34	1.40
75124163--75124207	22	2.1	22	88	12	67	62	2	0	35	1.08
75124685--75124725	16	2.5	17	88	7	59	51	9	2	36	1.48
75125639--75125690	27	2.0	27	84	3	70	30	3	3	61	1.32
75135546--75135570	13	1.9	13	100	0	50	32	8	8	52	1.60
75138179--75138240	28	2.1	28	88	8	88	51	0	0	48	1.00
75138218--75138254	19	1.9	19	89	10	58	54	2	0	43	1.14
75138187--75138285	49	1.9	52	82	11	125	54	1	0	44	1.06
75140202--75140257	20	3.0	18	69	19	51	5	8	8	76	1.14
75141383--75141428	19	2.4	20	82	10	60	67	2	0	30	1.03
75150942--75150977	19	1.9	19	88	5	56	44	5	2	47	1.41
75152298--75152356	21	2.8	21	78	12	59	67	8	1	22	1.26
75156242--75156316	30	2.5	32	83	12	88	53	2	0	44	1.14
75159052--75159202	38	4.0	38	84	0	194	35	13	15	34	1.88
75161640--75161843	106	1.9	106	94	0	363	31	18	19	29	1.96
75167615--75167790	37	4.8	37	96	0	298	39	13	21	26	1.90
75167753--75167876	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
75170146--75170199	27	1.9	29	81	7	67	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75173561--75173596	15	2.3	16	95	4	65	55	5	0	38	1.23
75173590--75173642	24	2.3	24	83	6	65	60	3	3	32	1.32
75174315--75174345	12	2.6	12	94	0	53	80	0	19	0	0.71
75176906--75176931	10	2.6	10	100	0	52	0	11	0	88	0.52
75177963--75177997	16	2.2	16	100	0	70	31	14	11	42	1.81
75192363--75192403	15	2.5	17	80	11	59	63	0	2	34	1.08
75192989--75193125	70	2.0	70	91	2	222	36	13	13	36	1.84
75196409--75196450	17	2.5	17	100	0	84	7	50	21	21	1.72
75198179--75198213	16	2.2	17	90	10	56	20	11	2	65	1.37
75201699--75201727	14	2.1	14	100	0	58	24	13	20	41	1.89
75212865--75212926	26	2.5	24	84	10	79	51	0	3	45	1.17
75212865--75212929	25	2.6	25	85	7	78	52	0	3	44	1.16
75214650--75214726	32	2.4	32	80	0	91	24	24	6	44	1.77
75219160--75219236	32	2.4	32	77	0	82	24	25	6	42	1.78
75244495--75244670	46	3.8	45	80	10	203	21	21	28	28	1.98
75244492--75244662	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	27	1.99
75252130--75252162	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
75252162--75252193	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
75255023--75255047	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
75257215--75257278	31	2.1	32	83	13	82	45	6	3	45	1.44
75267699--75267731	16	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
75268069--75268112	22	2.0	22	95	0	79	36	11	0	52	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75275779--75275845	31	2.2	30	82	10	75	35	7	7	49	1.59
75277267--75277297	16	1.9	16	100	0	62	35	32	12	19	1.90
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75292816--75292870	15	3.7	15	83	13	62	78	0	21	0	0.76
75294989--75295206	39	5.6	39	92	0	301	13	27	23	36	1.92
75295085--75295188	21	5.2	21	67	13	67	13	27	22	36	1.92
75295145--75295208	18	3.4	18	67	12	56	18	26	21	32	1.97
75296391--75296486	49	2.0	49	95	0	174	27	15	14	42	1.86
75297947--75297971	9	2.8	9	100	0	50	36	8	0	56	1.29
75298000--75298041	14	3.1	13	86	13	50	66	7	21	4	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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